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Was ist die Antwort? (F1 Biostars x Galaxy Version!)

Offspring of original Biostars site, Galaxy Biostars replaces their support mailing list.

Nachkommen der ursprünglichen Biostars Website, Galaxy Biostars ihre Unterstützung Mailing-Liste ersetzt.

Generell jeder Woche stellen wir einen Beitrag aus dem Haupt Biostars Website, die einige Frage beantwortet oder Angebote Diskussion der Bioinformatik oder Analysen in vielen Arenen. Aber in dieser Woche möchte ich Ihnen einen Blick auf die Nachkommen von Biostar geben–Biostar Galaxy!

Ich rufe sie die F1 des Biostars x Galaxy, eher als die geschlechtsspezifische “Sohn von Galaxy”. Es gibt einen Beitrag über im Galaxy Biostar Support-Website, die einen Übergang beschreibt aus ihren traditionellen Mailing-Liste basierend Unterstützung dieses neue Format. Ich werde Teil davon hier verlinken, aber es ist lang, so sollten Sie gehen, lesen Sie die ganze Sache dort.

Forum: Willkommen bei Galaxy Biostar

Sehr geehrte Galaxy Gemeinschaft,
Galaxy hat sich mit Biostar zusammengetan, um ein Galaxy User-Support-Forum auf erstellen https://biostar.usegalaxy.org!

Wir wollen einen Raum, in dem die Forscher mit Hilfe erstellen Galaxy zusammen kommen und gemeinsam sowohl der wissenschaftlichen Beratung und praktische Hilfe Hilfe. Ob auf usegalaxy.org, ein Cloudman Beispiel, oder jede andere Galaxie (Öffentlichkeit oder lokal), wenn Sie etwas zu sagen haben Mit Galaxy, dies ist der Ort, es zu tun!

[has a lot more detail–go read the whole thing over there]

Jennifer Hillman Jackson

Als ich dort festgestellt, Ich habe mit Mailinglisten gerne für eine lange Zeit, denn das ist, was wir hatten. Aber ich denke, das ist eine gute Möglichkeit, den Übergang jetzt statt der E-Mail-Listen zu unterstützen. Go check it out!

 

Was ist die Antwort? (wie dem Laufenden zu bleiben)

Diese Woche ist ein bisschen anders als die üblichen “Was ist die Antwort?” Post, wo wir eine Frage von einem Forum, dass unsere Leser Interesse an markieren. Allerdings–in diesem Beitrag, eine der Antworten enthält Biostar–so es irgendwie geht wieder um!

Stephen Turner (aka @ Genetics_blog) schrieb einen Blog-Post vor kurzem in Reaktion auf die Menschen fragen ihn, wie er aktuell bleibt in der Bioinformatik / Genomforschung. Ich kenne eine Menge Leute, dass retweeted Beitrag zu dem Zeitpunkt, und seine sehr freundlichen Aufnahme OpenHelix führte zu einigen guten Traffic auf diesem Blog und neue Twitter-Follower. Und gerade letzte Nacht Ich sah dies ebenso, bestätigt meinen Eindruck von diesem Post:

Es gibt Blogs, Foren, automatisierten Abruf, Twitter, und Literatur–natürlich. Eine Menge Leute vielleicht über einige von diesen wissen, aber es ist schön zu sehen, wie jemand eine Sammlung zusammenstellen. Es ist auch interessant zu sehen, wie ähnlich es zu meiner Strategie ist.

So schien es wie könnte dies ein Spaß Element als eine gute Quelle für Antworten auf eine Reihe von Dingen hervorgehoben sein, und ein guter Weg zu nützlichen Websites und Leute finden sich bewusst sein, in diesem Bereich. Check it out.

Wie Sie wohnen in Bioinformatik / Genomforschung Aktuelles

So viel Daten und Informationen. Sie erhielten, einige Strategien. Und man muss mehr als der Literatur haben.

Was ist die Antwort? (Online-Maus Ressourcen)

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder derGemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Brauchen Online-Ressourcen für Forschungs-Maus? Andrew Su bei Biostar bat um eine Liste solcher Ressourcen und begann es mit ein paar Dutzend:

Ich würde gerne eine Sammlung der nützlichsten Online-Ressourcen für Maus Forscher schaffen. Hier meine Liste so weit…

Ein Kommentar-Thread weiter mit einigen großen Zusatz darunter viele aus Mary wie die Maus Ressource Browser: http://bioit.fleming.gr/mrb/, Jax: http://informatics.jax.org/und andere, die Andrew in die Liste aufgenommen.

Was ist die Antwort? (Bioinformatik-Tools auf Biostar)

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder derGemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Genau vor einem Monat, BioStar ein Tool Abschnitt als ein Ort, zu verkünden und zu aktualisieren, neue und alte Bioinformatik-Tools. So, in einem Sinne, heutigen Post wird sind auf der Suche nach Antworten Ihre Fragen :):

Wir haben soeben einen neuen Abschnitt auf der Website genannt ** Werkzeuge ** Wir bezeichnen diesen Abschnitt, um Ankündigungen bezüglich innovativer Bioinformatik-Software-Tools, Neues und Altes.

Es gibt ungefähr 10 Werkzeuge zur Zeit für verschiedene Bereiche der Analyse aufgelistet. Das passt gut mit einem der “Nachruf” Abschnitt Mary erstellt am Biostar für nicht mehr unterstützt sie Tools und Datenbanken Anfang dieser Woche diskutiert. Kreis des Lebens und alles, was :).

Was ist die Antwort? (Next-Generation Sequencing-NGS- Kurse)

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder derGemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Diese Frage wurde erstellt 18 Monaten, aber neue Folien und Kommentare wurden hinzugefügt und ist immer noch eine hervorragende Ressource für einen Kurs über NGS:

Frage: Ich bereite einen Kurs über NGS: Jede Andeutung ?

Die erste Antwort (mit 22 bis Stimmen!) ist eine Fundgrube an Material, zusammen mit einigen hervorragenden Ressourcen von anderen Antworten. Möchten Sie mehr über Analyse von NGS-Daten lernen?… here you go.

Was ist die Antwort? (Gene ID Umwandlung)

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder derGemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Diese Woche hervorgehoben Frage:

Was ist ein guter “Gen-ID-Konvertierungstool

Dies ist eine ältere Frage, von 2 Jahren, aber immer noch relevant und die Antworten immer noch recht hilfsbereit und voller Ressourcen wie DAVID, BioDBnet, BioMart und andere.

Check it out. Auch, Vielleicht möchten Sie bitte zuerst die dritte Übung unserer UCSC Lernprogramm für Fortgeschrittene . Die Übung:

“Aus einer Liste von Genen UCSC, hinzufügen Gen Symbole und GO-IDs für zusätzliche Informationen über das Gen-Set. Bonusschritt: Add Gehe Begriffe.”

Spaziergänge durch, wie Sie in der Lage sein, dies mit dem UCSC Table Browser tun, mit einigen einfachen Modifikationen.

Biostar, bewegt

Wir hier bei OpenHelix Liebe Biostar. Wenn Sie noch nicht bemerkt, heben wir eine Antwort von Biostar jeden Donnerstag bei uns “Was ist die Antwort” Thread. Für diejenigen, die Biostar, eine kurze Einführung: Biostar ist ein Q&Ein Standort für die Bioinformatik und Genomik oder, beschreibt, wie es auf der über Seite:

Diese Website konzentriert sich Bioinformatik, Computational Genomics und biologische Datenanalyse.

Nun, das ist nicht besonders aussagekräftigen, aber lesen Sie weiter und Sie werden feststellen, dass BioStar eine ausgezeichnete Frage-Antwort-Seite ist. Die Fragen und Antworten können sehr detailliert und komplex, oder wie sie sagen auf der About-Seite, “Keine Frage ist zu trivial oder zu “Grünschnabel”. Wir haben eine Menge Einsatz und eine Menge gute Antworten gefunden (und Fragen). Mary und I sowohl dort als (Maria ist ein Moderator) und jede Woche suchen wir den Ort für Fragen und Antworten, die besonders nützlich sind für unsere Leser.

Aber das beschreibt BioStar war nicht der Titel von diesem Post (und wir getan haben, dass vor :), sondern um die Leute daran erinnern, dass BioStar hat, um es den eigenen vier Wänden bewegt. Es verwendet, um zu untergebracht werden StackExchange, jedoch aus verschiedenen Gründen (Diskussion Geschichte wenn Sie stürzen) wurde die Entscheidung getroffen, um BioStar an einen neuen Standort zu migrieren. Das Migration fand am vergangenen Wochenende, auf http://www.biostars.org. Es ist eine schöne neue Website mit allen Funktionen und Features, die Sie daran erinnern, ein paar Dinge verändert (Ruf wird anders berechnet). Eine glatte und glücklich unterwegs. Ihre alte URL sollte auf die neue umleiten, aber wenn es nicht, Sie haben es hier. Herzlichen Glückwunsch an die Gemeinde in Biostars an einen neuen Standort und starten.

 

Was ist die Antwort? Lipid-Protein-Datenbank oder ein Werkzeug?

 

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Diese Woche hervorgehoben Frage:

Wie identifiziere ich die Lipid-bindenden Region (Aminosäurereste) in das Protein? Jeder spezialisierte Online / kommerzielle Tools gibt es.

Die erste Antwort beginnt:

Sie können versuchen, Cgdb - eine Datenbank mit membrane protein / Lipid-Wechselwirkungen. Sie können auch versuchen die prädiktive Algorithmus für die Lipid-Bindungsstellen mit dreidimensionalen Strukturdaten, beschrieben durch Scott, et al.

Und dann setzt sich mit mehr zu lesen und einige Beschreibung. Es ist (zu diesem Zeitpunkt) eine andere Antwort mit PFAM.

Was ist die Antwort? Datenbanken der Krankheit SNPs

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder der thecommunity und finde es sehr nützlich,. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Diese Woche Frage ist für Datenbanken SNPS "kausalen suchen’ für Krankheiten. Wie die Antworten darauf, das Wort "kausalen’ sollte bedenkenlos eingesetzt werden, wenn es um SNPs. Das sagte, Die Antworten gab ein paar gute Anregungen zu dieser immer wieder gestellte Frage, hier ist der erste (andere sind als nützliche, so überprüfen sie out):

Human Gene Mutation Database

http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php

Paid-Abo für up-to-date Informationen. Ansonsten weniger up-to-date öffentliche Version der Datenbank ist frei zugänglich nur für registrierte Benutzer von akademischen Institutionen / Non-Profit-Organisationen.

Was ist die Antwort? Alternativen zu Galaxy

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder derGemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Diese Woche hervorgehoben Frage ist

Was sind die “Alternativen zu Galaxy für die Verpackung ein Kommandozeilen-Tool in GUI?

Oder in anderen Worten:, was Workflow-Systeme sind dort neben Galaxy (ein großartiges Werkzeug, aber manchmal Menschen brauchen etwas anderes :). Die Antworten auf diese Frage hilft sowohl Bioinformatiker, die Werkzeuge und Biologen, die sie benutzen zu erstellen, Angabe der ehemaligen Alternativen, dies zu tun wenn es sein muß und dieser andere Workflow-Systeme auszuprobieren.

Mehrere wurden auch hervorgehoben Taverne, Yabi und KNIME und ein Liste wurde von wikipedia zur Verfügung gestellt. Schauen Sie sich die Antworten finden Sie weitere Beispiele.