الوسم المحفوظات: BIOSTAR

ما هو الجواب? (F1 من Biostars X الإصدار غالاكسي!)

Offspring of original Biostars site, Galaxy Biostars replaces their support mailing list.

نسل موقع Biostars الأصلي, المجرة Biostars يستبدل دعم قائمة البريدية الخاصة بهم.

عموما كل أسبوع نسلط الضوء على آخر من موقع Biostars الرئيسية, الذي يجيب بعض سؤال أو يقدم مناقشة أدوات المعلوماتية الحيوية أو يحلل عبر العديد من الساحات. ولكن هذا الأسبوع وأنا أريد أن أقدم لكم نظرة على نسل بيوستار–بيوستار غالاكسي!

ادعو عليه F1 من Biostars س المجرة, بدلا من النوع الاجتماعي “ابن غالاكسي”. هناك آخر في أكثر من موقع دعم غالاكسي بيوستار التي تصف التحول بعيدا عن دعمهم التقليدي بريدية، قائمة على أساس أن هذا الشكل الجديد. أنا ربط جزء من ذلك هنا, ولكن من فترة طويلة يجب عليك ان تذهب قراءة كل شيء هناك.

المنتدى: مرحبا بكم في غالاكسي بيوستار

عزيزي غالاكسي الجماعة,
وقد تعاونت المجرة مع بيوستار لإنشاء منتدى الدعم العضو غالاكسي في HTTPS://biostar.usegalaxy.org!

نحن نريد لخلق مساحة حيث استخدام الباحثين المجرة يمكن أن تأتي معا وتبادل كل من المشورة العلمية والعملية أداة مساعدة. سواء على usegalaxy.org, a Cloudman مثل, أو أي مجرة ​​أخرى (جمهور أو محلي), إذا كان لديك شيء لتقوله عن باستخدام غالاكسي, هذا هو المكان المناسب للقيام بذلك!

[has a lot more detail–go read the whole thing over there]

جنيفر هيلمان جاكسون

وأنا لاحظت هناك, لقد تم استخدام القوائم البريدية بسعادة لفترة طويلة لأن هذا هو ما كان لدينا. ولكن أعتقد أن هذا هو وسيلة رائعة للانتقال إلى دعم الآن بدلا من قوائم البريد الإلكتروني. الذهاب التحقق من ذلك!

 

ما هو الجواب? (كيفية البقاء الحالية)

هذا الأسبوع هو مختلف قليلا من المعتاد “ما هو الرد?” حيث تستطيع أن نسلط الضوء على سؤال من أحد المنتدى الذي قد تكون مهتمة قرائنا في. ومع ذلك–في هذا المنصب, واحد من الأجوبة يشمل BIOSTAR–لذلك النوع من يأتي مرة أخرى في جميع أنحاء!

ستيفن تيرنر (اكا @ genetics_blog) كتب حتى بلوق وظيفة في الآونة الأخيرة ردا على الناس وطلب منه كيف انه يبقى الحالية في المعلوماتية الحيوية / علم الجينوم. أنا أعرف الكثير من الناس أن ريتويتيد آخر في ذلك الوقت, وأدى إدراج الرقيقة جدا من OpenHelix إلى بعض الحركة جيدة لهذا بلوق وجديد أتباع التغريد. والليل الماضي فقط رأيت هذا فضلا عن, يؤكد انطباعي هذا المنصب:

هناك بلوق, المنتديات, عمليات البحث الآلي, تغريد, والأدب–بالطبع. ربما هناك الكثير من الناس يعرفون عن بعض هذه, ولكن من الجميل أن نرى شخص ما تجميع مجموعة. ومن المهم أيضا أن نرى كيف أنها مماثلة لاستراتيجيتي.

هكذا بدا الأمر في مثل هذا قد يكون عنصر المتعة لتسليط الضوء على مصدر جيد للأجوبة على عدد من الأمور, وسيلة جيدة للعثور على مواقع مفيدة، والناس ليكون على بينة من في هذا المجال. التحقق من ذلك.

كيفية البقاء الحالية في المعلوماتية الحيوية / علم الجينوم

الكثير من البيانات والمعلومات. أنت فلدي بعض الاستراتيجيات. ويكون لديك أكثر من الأدبيات.

ما هو الرد? (موارد الماوس على الانترنت)

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاءالمجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

تحتاج إلى موارد على الانترنت للبحث الماوس? أندرو سو في بيوستار طلب للحصول على قائمة من هذه الموارد وتشغيلها مع بضع عشرات:

ويهمني ان اشير إلى إنشاء مجموعة من الموارد على شبكة الإنترنت أكثر فائدة للباحثين الماوس. وهنا قائمتي حتى الآن…

تواصل تعليق الخيط مع بعض بالإضافة إلى ذلك كبيرة بما في ذلك العديد من ماري مثل متصفح الموارد ماوس: http://bioit.fleming.gr/mrb/, جاكس: http://informatics.jax.org/وغيرها التي وأضاف أندرو إلى قائمة.

ما هو الرد? (المعلوماتية الحيوية في أدوات بيوستار)

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاءالمجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

فقط قبل نحو شهر, وأضاف بيوستار قسم أداة كمكان ليعلن أدوات المعلوماتية الحيوية الجديدة والقديمة وتحديثها. هكذا, بمعنى, آخر اليوم والأجوبة هي في البحث عن أسئلتك :):

نحن فقط واضاف قسم جديد للموقع يسمى ** أدوات ** نحن يسمي هذا القسم لإعلانات عن أدوات البرمجيات المعلوماتية الحيوية, على حد سواء القديمة والجديدة.

هناك حوالي 10 أدوات المدرجة حاليا في المناطق المختلفة من تحليل. هذه تتوافق بشكل جيد مع هذا “النعي” إنشاء قسم ماري في بيوستار لأدوات لم تعد معتمدة وقواعد البيانات هي وناقش في وقت سابق من هذا الاسبوع. دائرة الحياة، وبأن جميع :).

ما هو الرد? (الجيل المقبل من تسلسل-NGS- الدورات)

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاءالمجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

تم إنشاء هذا السؤال 18 منذ أشهر, ولكن تم إضافة شرائح جديدة والتعليقات ومازال مصدرا ممتازا للدورة عن NGS:

سؤال: وأنا على التحضير لعقد دورة NGS: أي اقتراح ?

الجواب الأول (مع 22 على أصوات!) هي الكنز الدفين من المواد, جنبا إلى جنب مع بعض موارد ممتازة من إجابات أخرى. تريد معرفة المزيد حول تحليل البيانات NGS?… هنا تذهب.

ما هو الرد? (الجين رقم التحويل)

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاءالمجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

سؤال هذا الاسبوع أبرزت:

ما هو جيد “الجينات أداة تحويل معرف

هذا هو السؤال الأكبر سنا, من 2 منذ سنوات, لكن لا يزال ذات الصلة والأجوبة المفيدة لا يزال الى حد بعيد والكامل للموارد مثل DAVID, BioDBnet, BioMart وغيرها.

التحقق من ذلك. أيضا, قد ترغب في الإطلاع على ممارسة الثالثة من البرنامج التعليمي لدينا المتقدم UCSC . ممارسة:

“من قائمة الجينات UCSC, إضافة رموز الجينات وGO معرفات للحصول على معلومات إضافية حول مجموعة الجينات. مكافأة خطوة: إضافة ذهاب شروط.”

يمشي من خلال الطريقة التي قد تكون قادرة على القيام بذلك مع متصفح الجدول UCSC مع بعض التعديلات البسيطة.

BIOSTAR, انتقل

نحن هنا في الحب OpenHelix BIOSTAR. إذا لم تكن قد لاحظت, نسلط الضوء على جواب من بيوستار كل يوم خميس في موقعنا “ما هو الرد” الصفحات. بالنسبة لأولئك جديدة لبيوستار, ومقدمة سريعة: BIOSTAR هو س&وهناك موقع للالمعلوماتية الحيوية وعلم الجينوم أو, كما يصف على عن الصفحة:

التركيز هذا الموقع هو المعلوماتية الحيوية, الجينوميات الحسابية و تحليل البيانات البيولوجية.

جيد, هذا ليس وصفي خاصة, لكن على قراءة وستجد أن بيوستار سؤال ممتاز وموقع جواب. لا يمكن للأسئلة والأجوبة تكون مفصلة جدا ومعقدة, أو كما يقولون في الصفحة حول, “لا شك هي تافهة جدا أو “مبتدئ”. لقد وجدنا الكثير من الاستخدام والكثير من إجابات جيدة (والأسئلة). ماري و أنا هي هناك على حد سواء (مريم هي وسيط) وكل اسبوع ونحن نبحث في موقع للأسئلة والأجوبة التي هي مفيدة بشكل خاص لقرائنا.

وكان بيوستار لكن هذا لا تصف على لقب هذا المنصب (و لقد فعلنا ذلك من قبل :), ولكن لتذكير الناس التي انتقلت من المنزل لبيوستار الخاصة. استخدامه ليتم توفير مساكن في StackExchange, ولكن لأسباب مختلفة (مناقشة التاريخ إذا كنت تريد الغطس) ان هذا القرار اتخذ لترحيل بيوستار إلى موقع جديد. استغرق ذلك هجرة مكان في نهاية الأسبوع الماضي, إلى http://www.biostars.org. انها موقع جديد لطيفة مع جميع الوظائف والميزات التي تذكر, عدد قليل من الأشياء تغيرت (ويتم حساب سمعة بشكل مختلف). وهذه الخطوة على نحو سلس وسعيد. وينبغي توجيه URL القديم الخاص بك إلى واحدة جديدة, ولكن إذا لم يحدث ذلك, لديك هنا. تهنئة للمجتمع في Biostars إلى موقع جديد والبدء في.

 

ما هو الرد? الدهون ملزم قاعدة البروتين أو أداة?

 

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاء المجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

سؤال هذا الاسبوع أبرزت:

كيفية تحديد المنطقة الدهون ملزم (مخلفات الأحماض الأمينية) في البروتين? أي الأدوات المتخصصة على شبكة الانترنت / التجارية هناك.

الجواب الأول يبدأ:

يمكنك محاولة Cgdb - قاعدة بيانات لتفاعلات البروتين / الغشاء الدهني. يمكنك أيضا محاولة الخوارزمية التنبؤية لدهن ملزم المواقع باستخدام ثلاثي الأبعاد الهيكلية البيانات, التي وصفها سكوت, وآخرون.

ويستمر بعد ذلك مع مزيد من القراءة وبعض الوصف. هناك (في هذا الوقت) إجابة أخرى باستخدام PFAM.

ما هو الرد? قواعد بيانات النيوكلوتايد المرض

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاء thecommunity وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

هذا الأسبوع السؤال هو البحث عن قواعد بيانات السببية SNPS "’ للأمراض. كما نشير إلى إجابات, كلمة 'سببية’ يجب استخدامها مع تردد عندما نتحدث عن النيوكلوتايد. وقال ان, أعطى إجابات بعض اقتراحات جيدة على هذا السؤال سألت الدوام, هنا أول واحد (بعضها مفيدة, هكذا التحقق منها أوور):

قاعدة بيانات الجينات البشرية الطفرة

http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php

دفع الاشتراك لمدة تصل إلى أحدث المعلومات. خلاف ذلك أقل ما يصل إلى تاريخ الإصدار العام من قاعدة البيانات متاحة بحرية فقط للمستخدمين المسجلين من المؤسسات الأكاديمية / المنظمات غير الربحية.

ما هو الرد? بدائل لغالاكسي

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاءالمجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

سؤال هذا الاسبوع هو تسليط الضوء

ما هي “بدائل للالتفاف غالاكسي أداة سطر الأوامر في واجهة المستخدم الرسومية?

أو بعبارة أخرى, ما هي نظم سير العمل هناك في مكان ما ، بالإضافة إلى المجرة (أداة عظيمة, لكن في بعض الأحيان يحتاج الناس شيئا مختلفا :). إن الأجوبة على هذا السؤال مساعدة كل bioinformaticists الذي خلق أدوات وعلماء الأحياء الذين يستخدمونها, إعطاء البدائل السابقة للقيام بذلك إذا لزم الأمر ، وهذا الأخير نظم سير العمل الأخرى لمحاولة الخروج.

وسلط الضوء على عدة بما في ذلك حانة, Yabi و Knime و وقدمت قائمة من ويكيبيديا. تحقق من الأجوبة عن مزيد من الأمثلة.