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Video Tipp der Woche: Bioproject, es ist, wo ich anfangen Auffinden von Daten (andeuten, die Papiere nicht mehr so ​​viel))


Vor ein paar Monaten, Jennifer hat Sie ein schöne Spitze auf über NCBI Genome Ressourcen und die Änderungen dort. Da ist sie kurz erwähnt Genome Project Ressource Umzug in ein neues Zuhause, BioProject, nur vor etwa einem Jahr. Heute, Ich möchte Ihnen einen schnellen Überblick über BioProject. Es wurde in der diesjährigen Ausgabe des NAR-Datenbank beschriebene Problem: “BioProject und BioSample Datenbanken NCBI: Erleichterung Erfassung und Organisation von Metadaten.Von der abstrakten:

Da das Volumen und die Komplexität der Datensätze bei NCBI archiviert wachsen schnell, auch der Bedarf zu sammeln und zu organisieren, die zugehörigen Metadaten. Obwohl Metadaten seit einigen Archivalien Datenbanken gesammelt worden, vorher, es gab keinen zentralen Ansatz bei NCBI zum Sammeln dieser Informationen und die Verwendung dieser Datenbanken über. Die BioProject Datenbank wurde vor kurzem gegründet, um zu erleichtern Organisation und Klassifizierung von Daten, die Projekt NCBI, EBI und DDBJ Datenbanken.

Dies ist nur ein Schritt im Prozess der biologischen Wissenschaft der Gemeinschaft zu tun haben wird, um einen Griff der Datenflut zu bekommen. Wenn Wissenschaftler sind, um einen Griff der Projekte und Daten, die mit halsbrecherischer Geschwindigkeit spuckt wird erhalten, ein Schlüssel ist, zu wissen, welche Daten erzeugt, Organisation der Projekte.

Als Mary (und wir hier bei OpenHelix) halten nicht-so-sanft Sie daran erinnert,, der Daten sind nicht in der Zeitung mehr. Riesige Projekte wie 1000 Genome, ENCODE und anderes und reduzierten Kosten produzieren Sequenzierung genug Daten, die es zu finden ist schwierig.

BioProject entstand aus einer Notwendigkeit, besser zu organisieren, diese großen Projekte’ Datensätze und Metadaten und ersetzt NCBI Genome Project Ressource. Diese Projekte erzeugen Daten, die dann in mehreren Repositories abgelegt wird. BioProject “bietet einen organisatorischen Rahmen, um Metadaten über Forschungsprojekte zugreifen und die Daten aus diesen Projekten, die abgelagert wird, oder zur Abscheidung vorgesehen, Archivierung in Datenbanken.”

Quick Links:

BioProject
BioProject Hilfe
BioSample (Beschreibungen von biologischen Ausgangsstoffen in der experimentellen Assays verwendet)
ENCODE (gesponserten Tutorial)
1000 Genome

Referenz:

 
Barrett, T., Clark, K., Gevorgyan, R., Gorelenkov, V, Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject und BioSample Datenbanken NCBI: Erleichterung Erfassung und Organisation von Metadaten Nucleic Acids Research, 40 (D1) DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Video Tipp der Woche: Big Änderungen NCBI Genome Ressourcen


NCBI wurde in erstellt 1988 und hat die gepflegt GenBank Datenbank für die Jahre. Sie bieten auch viele Rechenressourcen und Daten-Retrieval-Systeme für viele Arten von biologischen Daten. Als solche sind sie wissen nur zu gut, wie schnell die Daten, die Biologen sammeln hat sich verändert und erweitert. Als Einsatzmöglichkeiten für verschiedene Datentypen sind entwickelt worden,, ist deutlich geworden, dass neue Arten von Informationen (wie erweiterte Metadaten) müssen gesammelt werden, und neue Wege im Umgang mit Daten erforderlich.

NCBI hat auf diese Bedürfnisse wurden Anpassung im Laufe der Jahre und vor kurzem wurde die Anpassung seines Genoms Ressourcen. Der heutige Tipp wird auf einige dieser Veränderungen beruhen. Mein Video wird auf den Schwerpunkt “komplett überarbeitet Genome site”, das erst kürzlich ausgerollt und kündigte in der jüngsten NCBI Newsletter. Ich habe nicht eine Publikation beschreibt die Veränderungen gefunden, aber der Newsletter geht in einigen Details und die Ankündigung auf der Oberseite des Genome Seite gefunden (& dass ich darauf hinweisen, in dem video) hat eine sehr hilfreiche Details über die Änderungen.

Wie Sie in der Ankündigung siehe, der Genome Ressource ist nicht der einzige Zusammenhang Ressource erlebt die letzten Änderungen haben, einschließlich der Neugestaltung der Genome Project-Ressource in der BioProject Ressourcen und die Schaffung des BioSample Ressource. Ich werde keine Zeit haben, um ins Detail über diese beiden Ressourcen gehen, aber am Ende meines Posts werde ich zwei neuere NCBI Publikationen, die in Nucleic Acids Research kam in diesem Monat verlinken – das sind gute Quellen für weitere Informationen über BioProject lesen, BioSample, und auf der NCBI als Ganzes. Für eine historische Perspektive, die ich auch auf die ursprüngliche Genome Referenz Link, die in der Bioinformatik und derzeit frei zugänglich.

Einige der Änderungen sind sehr interessant, einschließlich “Einzel-Genom Aufzeichnungen stellen nun einen Organismus und nicht ein Genom für ein Isolat.” Die NCBI Newsletter besagt, dass “Wesentliche Verbesserungen sind eine natürliche Organisation auf der Ebene des Organismus für prokaryotische, eukaryotischen, und viralen Genomen. Die Berichte enthalten Informationen über die Verfügbarkeit von Nuklear-oder prokaryotischen primäre Genome sowie Organellen und Plasmide. ” Es gibt auch einen Hinweis, dass “Aufgrund der Reorganisation zu einer natürlichen Klassifikation, älteren Genom Kennungen sind nicht mehr gültig. Typischerweise sind diese Genom-IDs wurden nicht in das bisherige System ausgesetzt und wurden hauptsächlich für den programmgesteuerten Zugriff verwendet. ” Das macht mich fragen, was ändert dies an andere NCBI Ressourcen Mandat, sowie externer Ressourcen. Ich habe keine Ankündigungen diesbezüglich noch nicht gesehen, also werde ich nur noch stay tuned & Check rund um häufig.

Genießen Sie die Spitze & lassen Sie uns, oder NCBI, wissen, was Sie von deren Veränderungen denken! :)

Quick Links:

NCBI Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez Genome Ressourcen Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject Ressourcen Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Referenzen:

Historische Referenz Entrez Genome: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Komplette Genome in WWW Entrez: Darstellung der Daten und Analysen Bioinformatik, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., Gevorgyan, R., Gorelenkov, V, Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject und BioSample Datenbanken NCBI: Erleichterung Erfassung und Organisation von Metadaten Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., Chetvernin, V, Kirche, D., DiCuccio, M., Federhen, S., Feola, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lesen, Z., Madden, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Miller, V, Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Sherry, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Suworow, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., Wang, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Ihr, J. (2011). Database Ressourcen des National Center for Biotechnology Information Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184