标记档案: 生物信息学

TO: 有一个首席科学家的数据为美国. DJ·帕蒂尔.

我知道有很多炒作和戏剧超过 “大的数据”, 其中有些是过度的顶. 但也有真正的需求,并在所有类型的数据,我们正在产生,以及真正的机会. 所以,我们现在已经在美国首席科学家数据. 我发现这个消息的 美国国立卫生研究院数据科学博客, 他们有更多的链接,其中包括这个视频里的DJ·帕蒂尔介绍更多关于这个角色的原因.

视频的亮点的情况下,你可以不听,现在:

〜6分钟,他召唤出 “生物信息学” 作为重点的区域

菲尔Bourne和NIH工作有关使数据科学和生物信息学一起〜10分钟,他专门会谈.

白宫发布有关帕蒂尔 引用精密医学努力. 1.29.15_precision_medicine

精密药. 医疗和基因组数据提供了一个难得的机会,从一个“一刀切”的做法走向真正个性化的系统过渡到医疗保健, 1,考虑到人们的基因个体差异, 环境, 并且为了生活方式最优地预防和治疗疾病. 我们将通过在总统的新精密医学倡议进行合作的公共和私人努力促进负责任的和安全的数据为基础的保健新时代.

他问你的帮助. 他们正在构建团队. 他希望每个人都检查出的网站,看看他们是否可以促进.

美国数据服务: http://whitehouse.gov/USDS

在Twitter上跟随@dpatil: https://twitter.com/dpatil

帽尖到贝丝罗素在美国国立卫生研究院的数据科学博客 所谓输入 | 产量: https://nihdatascience.wordpress.com/2015/02/24/dj-patil-is-the-new-chief-data-scientist-of-the-united-states/

剑桥Healthtech研究所宣布收购OpenHelix的

剑桥Healthtech研究所 (智) 宣布收购总部位于华盛顿的OpenHelix的, 在线和现场培训的一些最流行和强大的开放获取生物信息资源在网络上的供应商.

“知道如何使用最新的生物信息学工具,是基因组学研究的关键, 这将只变得越来越重要,“说着菲利普斯库尔, 剑桥Healthtech研究院院长“开发和开放获取生物信息学数据库和程序提出培训的十余年的跟踪记录, OpenHelix是一种工具服务于科研人员和关键除了公牛的系列会议和培训产品。“

OpenHelix将参加剑桥Healthtech研究所的生物技术世界的一个部门, 新闻和舆论上的技术和战略创新,在生命科学领域的主要来源, 包括药物发现和开发. “OpenHelix带来了生物科技的世界产生广泛而坚实的观众在学术研究界, 以及有机会扩大我们现有的观众宝贵的培训产品线,“得到了更多的Scimemi, 生物科技世界出版社, “训练,我们的许多读者为自己或自己的员工或学生的需要,但可能不知道的。”

“我们是,我们已经在过去的成功而自豪, 与一些顶尖的大学和医学院的订阅OpenHelix,“斯科特说车床, OpenHelix首席执行官“使用生物科技的世界将带给我们的基础设施, 资源, 和市场范围,我们需要进一步发展我们的教程, 订阅, 和产品。“

作为收购的一部分,, 斯科特车床, 首席执行官和OpenHelix联合创始人将成为OpenHelix单位总经理和玛丽曼, 总裁和共同创始人OpenHelix将成为董事, 产品和OpenHelix单元内容.

关于生物的IT世界 (www.Bio-ITWorld.com)
生物科技的世界提供了最前沿的发展趋势和技术出色的覆盖面,影响生命科学数据管理与分析, 包括新一代测序, 药物发现, 预测和系统生物学, 信息学工具, 临床试验, 和个性化医疗. 通过各种渠道,包括, 生物ITWorld.com, 每周更新通讯和生物科技国际新闻公告, 生物科技的世界是新闻和舆论上的技术和战略创新,在生命科学领域的主要来源, 包括药物发现和开发.

关于剑桥Healttech研究所 (www.chicorporate.com)
剑桥Healthtech研究所 (智), 成立于 1992, 是从顶级制药杰出研究人员和业务专家提供卓越品质的科学信息行业的领跑者, 生物技术, 和学术机构. 提供资源的分类,如活动, 报告, 出版物和电子期刊, 产品池的产品组合包括剑桥Healthtech研究所会议, 巴尼特教育服务, 洞察医药报告, 剑桥营销顾问, 剑桥会议策划, 知识基础和剑桥Healthtech传媒集团, 其中包括生物技术世界和临床信息新闻.

关于OpenHelix (www.openhelix.com)
OpenHelix, 华盛顿州的公司, 始建于 2003 提供培训的开放式访问基于网络的生物信息资源是当时初出茅庐,但快速增长的市场. OpenHelix对资源的许多供应商提供培训和外展服务, 如加州大学圣克鲁兹分校基因组浏览器, OMIM, 和蛋白质数据库 (RSCB临时区议会). OpenHelix收到了 $1.2 万元补助金 2007 创造生物信息资源搜索引擎,并扩大其教程套房. 在 2009, 它推出的订阅服务过度 100 教程套房.

一周的视频提示: MetaboAnalyst 2.0


在寻找通过 2012 Web服务器问题NAR中, 核酸研究杂志, 我忍不住通知的资源名称,透露了一些关于开发人员’ 幽默感, 如 “税务员” 和 “XXmotif“. 名单上还有其他人 (“MAGNET“, “天才” 和 “FORCE“, 例如) 他们的名字让我畏缩想象有人试图找到他们的平均搜索引擎. [Our family’s favorite such resource is 在一起, 或超连结在蛋白质的信息 - 我总得认为,开发商为了在这个名字是为了纪念其他 :) 早餐无处不在。]

我通过许多这样的名字滚动,直到我发现了一个资源在今天的尖端功能. 我想要的东西,处理当前的主题 – 他们都非常符合这个标准 – 和一个我很感兴趣,, 但是,这是超出了我的 “正常的专业领域”. 我决定 “MetaboAnalyst 2.0“, 这是资源,我会在今天的尖端配备. 本文中描述的 “MetaboAnalyst 2.0代谢组学数据分析的一个全面的服务器” 如下:

“MetaboAnalyst是一个基于Web的套件,用于高通量代谢组学数据分析. 它最初是在2009年发布… MetaboAnalyst 2.0 现在包括一个用于数据处理的各种新的模块, 数据质量控制和数据标准化. 它也有新的工具来协助数据的解释, 新的功能,支持多组数据分析, 在相关性分析,以及新的功能, 时间序列分析和因素分析. 我们也更新和升级,支持新一代的高分辨率图形输出, 出版质量的图像。”

我经常这样做, 我开始 “探索” MetaboAnalyst 2.0 通过阅读他们的NAR文章. 良好的书面和目标的接口是用户友好和直观的介绍了如何, 所以我到MetaboAnalyst 2.0 “踢一些轮胎”, 可以这么说. 我发现,界面也相当容易 & 直观的使用. 为了真正帮助用户了解的资源,然后再发射到自己的数据上传, 开发者提供了广泛的示例数据集,用户可以玩, 以及一步一步的指南 (PDF格式, PowerPoint中, & 需要订阅的期刊的两篇文章,, 还没有视频). 我的视频我使用他们的数据集 & 显示一个简单的例子,一些分析步骤. 当然没有时间完全覆盖MetaboAnalyst的 2.0, 但我希望我表明你有足够的诱惑你尝试一下自己的.

*请注意,开发商建议您立即下载结果,因为所有用户数据将被视为私人和保密的MetaboAnalyst 2.0 将保留在服务器上,只有72小时后自动删除.

快速链接:

MetaboAnalyst 2.0 – http://www.metaboanalyst.ca/

参考文献:
建国夏, 曼达Rupasri, 伊戈尔·V. Sinelnikov, 大卫·布罗德赫斯特, & 大卫S. Wishart (2012). MetaboAnalyst 2.0代谢组学数据分析的一个全面的服务器 核酸研究, 40 (W1) 分类号: 10.1093/nar/gks374

建国夏, 尼克Psychogios, 尼尔森年轻, & 大卫S. Wishart (2009). MetaboAnalyst: Web服务器进行代谢组学数据分析和解释 核酸研究卷 37, 期增刊 2 PP. W652-W660. , 37 分类号: 10.1093/nar/gkp356

答案是什么? (如何保持目前的)

这一周是有点比平常不同 “答案是什么?” 哨所,在那里,我们强调从一个论坛,我们的读者可能会感兴趣的问题. 不过–在这个岗位, 一个问题的答案,包括 映泰–所以回来围绕!

斯蒂芬特纳 (又名 @ genetics_blog) 人们问他写了一篇博客文章,最近他是如何保持目前在生物信息学/基因组学. 我知道很多人时,后转推, 和OpenHelix他很亲切列入导致一些良好的交通,这个博客和新的Twitter的追随者. 昨晚我看到这个以及, 确认我这个职位的印象:

博客, 论坛, 自动搜索, 叽叽喳喳, 与文学–当然. 很多人可能会知道一些关于这些, 但它很高兴看到有人组装集合. 它也是有趣的,看看如何相似,它是我的策略.

因此,它似乎是这可能是一个有趣的项目,突出对一些事情的答案来源, 一个很好的方法,找到有用的网站和乡亲要注意的,在这一领域. 检查出来.

如何保持目前在生物信息学/基因

这么多的数据和信息. 你总得有一些战略. 你必须有超过文献.

一周的视频提示: 从Ensembl的变化数据

三分球把我介绍给这个 “体面收集的视频教程 ” 从Ensembl, 但他和玛丽目前在 摩洛哥教学进行为期3天的生物信息学研讨会 & 然后出席会议 (是的, 我很羡慕!). 因此,我创造三分球向我指出这一周的尖端基础教程. 在今天的小费,我要为两个平行教程Ensembl人类SNP信息: 1) 显示您山楂,您可以从Ensembl变化信息, 2) 比较做下列步骤使用 Ensembl 64 (在这个视频) 和使用 Ensembl 54 (存档) (在Ensembl视频).

往往是生命科学的资源不断被开发和改进 & 它可能很难保持视频和文档的最新. 这就是为什么在这里OpenHelix我们不断努力使我们的材料的最新, 每周的新功能和更新教程技巧更新的网站趋于稳定.

的ENSEMBL视频 (SNP和其他变化 – 1 的 2) 是相当不错的 & 提供更多的细节有关的实际Ensembl数据比我在我的短片, 但它是做了几年前的一个旧版本的Ensembl. 自那时以来,资源已更新, 经历了几个新版本的数据. 我要按照Ensembl的SNP教程的第一部分,是在做相同的步骤,使你可以看到有什么变化的例子 & 什么是漂亮的大同小异. 我建议你​​看两个视频,背回一个好主意,有什么变化, 什么类型的变化信息可从Ensembl. 从这个基础上,我敢肯定,你就可以观看Ensembl的第二个SNP的视频 & 它应用于使用当前版本没有太多的麻烦,Ensembl. 欲了解更多详细信息,你可以参考到的最近期ENSEMBL纸NAR数据库问题, 它描述了作为一个整体的不只是变化的信息,但Ensembl.

快速链接:

Ensembl浏览器: http://www.ensembl.org/index.html

传统Ensembl浏览器 (释放 54): http://may2009.archive.ensembl.org/index.html

Ensembl教程, 部分 1 的 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=208

Ensembl教程, 部分 1 的 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=211

OpenHelix Ensembl教程材料: http://www.openhelix.eu/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

Ensembl教程列表: http://useast.ensembl.org/common/Help/Movie?db=core

参考:
Flicek, 体育, 亚琛, 二, Ballester, 二, 比尔, 光, Bragin, 大肠杆菌, 黑雁, 学, 陈, 华, 惊魂, 体育, 科茨, 克, 费尔利, 学, 菲茨杰拉德, 学, 费尔南德斯 - Banet, j的, 戈登, 属, 计数, 学, 海德尔, 学, 哈蒙德, 米, 豪, 光, 詹金森, 答:, 约翰逊, 全, Kahari, 答:, 基夫, 四, 基南, 学, 金塞拉, 河, Kokocinski, 楼, Koscielny, 克, Kulesha, 大肠杆菌, 劳森, 四, Longden, 一, Massingham, 吨, 迈凯轮, 瓦特, 转到, 光, Overduin, 二, 普里查德, 二, 里奥斯, 四, Ruffier, 米, 舒斯特, 米, 斯莱特, 克, 史沫特莱, 四, Spudich, 克, 唐, 华, Trevanion, 学, Vilella, 答:, 禽流, j的, 白, 学, 怀尔德, 学, Zadissa, 答:, Birney, 大肠杆菌, 坎宁安, 楼, 邓纳姆, 一, 德宾, 河, 费尔南德斯 - 苏亚雷斯, 十, 锻造, j的, 哈伯德, 吨, 帕克, 答:, 普罗克特, 克, 史密斯, j的, & 塞尔, S. (2009). Ensembl的10年 核酸研究, 38 (数据库) 分类号: 10.1093/nar/gkp972

星期五SNPets

欢迎来到我们的链接集合星期五功能: SNPpets. 一周之内,我们遇到了很多链接和读取,我们认为很有趣, 但不要到一个博客帖子. 在这里,他们是您的享受…

生物信息咨询塞奇, 但…

生物信息学分析是一种功能强大的技术适用于广泛领域, 这次论坛的主题很多博客文章这里OpenHelix. 我已经有一两个月现在我的桌子上两个特殊的生物信息学的文章, 等我能够表达我对他们的想法. 他们都提供了极大的信息,他们感兴趣的特定领域 – 无论是荷兰发展组织预测的影响或蛋白质身份 – 生物信息学的意见和鼠尾草.

第一篇文章 “利用生物信息学预测SNVs功能的影响” 是一家生物信息学技术对挑选出重要功能的单核苷酸变异伟大的审查 (SNVs, 有时也被称为单核苷酸多态性不同程度或小, 简单或单核苷酸多态性) 从候选人的变种被确定每天数以百万计. 在引进的作者做了解释许多方面非常出色,其中有一影响SNVs, 以及如何影响这些基本原则,可用于生物信息学分析. 本文接着来描述这种变化的预测影响经典的和生物信息学技术. 这是一个单独的资源列表惊人的阅读, 提到的许多宝贵和重要的算法和资源. 我们已经得到了教程 (进行编码, OMIM, 在UCSC基因组浏览器, UniProtKB, Blosum和PAM, HGMD, 贾斯珀尔, 主成分分析, 相对熵, 上海对外贸易学院评分, TRANSFAC, ) 和博客 (的 目录发布全基因组关联研究) 描述了许多相同的资源. 事实上,这个文件对我们的启发,至少每周发布一次提示 (提示的周: 斯基皮预测变种瓦特/剪接的影响). 本文接着以一 “买家小心” 节提供了一些明智的建议 – 知道的弱点, 假设, 和你的资源用于您的预测.

第二篇文章是从生物技术开放获取的文章,题为 “在蛋白质组学身份误区“. 它提供了通过质谱历史欢蹦乱跳 (质谱) 技术和蛋白质鉴定技术的使用也日益提高期刊记录. 文章还得出结论鼠尾草生物信息学的意见, 包括这句话:

蛋白质组学研究人员应该能够回答的关键问题, 根据吉丁士. “那你实际上得到了一个搜索引擎?“她说. “当你能相信? 你什么时候需要验证?“

这两个文件表明,研究人员希望使用谁在他们的研究资源,生物信息学研究的工具之前,决定使用的理论基础和假设每个工具, 然后应该去分析每一种难以置信的水平,在工具结果. 这听起来像是常识, 是一个很好的理论和意见.

无论其, 调查水平所需要的真正了解每个工具和算法是难以承受巨大. 至于我, 我的 “实际” 研究人员建议,是一个位 “过滤捷径”. 在进入所有出版物的所有可能的工具跳水, 刚刚度过了几分钟的一些文件 – 资源的常见问题, 或 教程简介 – 我们已经有了一些,我们可以为您提供 :) – 得到一个想法是什么工具是关于 & 你也许可以从中获得. 一旦你已经有了一个总体思路,如何处理资源开始 “撞” 它轻轻. 据初步踢轮胎测试的算法, 数据库, 或其他资源可以是一个只要保持简单 “测试集” 在各次手 & 通过任何新的工具,运行它,你要使用. 确保集包括一些非常著名的蛋白质部分清单/通路/个SNPs /等. (无论你的工作 & 在分析会感兴趣) 它有一些领域的吸虫“. 想想你希望从你重新设置. 然后运行您的测试仪通过任何新的工具集你正在考虑在您的研究利用, 看看你的结果 – 他们是什么,你知道他们应? 他们能处理吸虫, 或者他们打破? 作为一个例子, 当我走近一个新的蛋白质相互作用的资源, 我会使用一些酵母细胞周期方面,部分零件的清单, 并包括一个或多​​个基因的两个名字连字符号. 如果该工具是好的, 我得到一个没有完成的名单上的市场影响 “怪异” 名称. 如果伯格斯, 我知道可能没有资源 100% 制定了酵母 & 可能与其他物种的问题,以及. 如果全部列表扶回来了空间蛋白质一堆垃圾,我开始调查哪些数据是包含在资源,如果设置可以进行调整以获得更好的答案. 接着, 如果事情仍看好与工具, 我可能会在文学深层挖掘, 等. 为工具 – 只是要确保 – 因为这些文章的作者是绝对正确的, 假情报是昂贵的追逐, 令人沮丧 & 耗时. 令人吃惊的是多少柠檬 & jalopies你可以淘汰了 5 生物信息学踢轮胎分钟! :)

我不认为责任应该完全建立在每个最终用户回 – 资源开发也有一些工具,使他们严格和准确的出版物和文件,代表其能力的责任. 开源代码调用可以帮助改善一些生物信息学工具, 因此可以教育 & 外展 – 但这种讨论将不得不等待另一天…

参考文献:

探索开放获取生物信息学工具与自由 “世界旅游资源的基因组学” 教程套房

网上教程为研究人员和科学家的地方,了解许多生物资源提供给他们.

Quote  start这些链接协助科学家的指导,这可能是陌生的他们的资源相关的技术教程. 这与OpenHelix阿尔卡特合作, BioMed Central的杂志能够使他们的科学内涵,更为有用和访问.Quote end

贝勒维, 西澳 (华美) 四月 6, 2011

现在科学界已通过“探索和发现许多生物信息学和基因组学资源,提供给他们一个宝贵的启动点世界旅游资源的基因组学“OpenHelix教程套件.

免费教程套件包括资源的采样算法和分析工具等类别举办, 表达资源, 基因组浏览器 (真核和原核/微生物), 文学和文本挖掘资源, 和资源集中对核苷酸, 蛋白质, 途径, 疾病和变异.

在每个类别, 本教程探讨不仅是最热门资源, 但也填写独特的科研需要或一些不太知名的研究人员特别有用.

参观也显示简单的方法完成艰巨的任务自由OpenHelix搜索工具寻找和学习其他资源, 教程套房, 和其他工具.

“随着不断扩大的数据集和资源的基因组时代”沃伦说, (三分球) 车床, 在OpenHelix首席科学官, “本教程套件填补提供科学家资源的概述,并显示他们的方式找到他们,并学习如何使用它们的迫切需要。”

线上叙述教程, 它运行在几乎所有浏览器, 可从开始到结束或章节和导航使用向前和向后滑.

在本教程套件包括动画的PowerPoint幻灯片作为本教程的基础上使用, 建议在幻灯片脚本, 幻灯片讲义, 在本教程中提到的和AA的资源和教程登陆页面列表. 这节省了大量时间和精力,为教师和教授,给他人这次巡演.

这个免费的教程姊妹篇, 探索,发现和了解网上生物学计算工具, 是纸“OpenHelix: 生物信息学教育以外的一个不同的盒子“发表在题为问题的简报特别在生物信息学”特刊: 生物信息学教育“. 本文介绍的资料库,研究人员可以访问非正规教育学习上公开可用的生物信息学资源来源广泛. 这些措施包括各种各样的格式和战略资源,包括列出, 期刊,定期功能工具的描述, 和电子学习资源的来源,如麻省理工学院开放式课程的努力.

提示的周: 世界旅游资源的基因组学

大多数周我们小费是五分钟的电影,并迅速向您介绍一个新的资源, 或一个很酷的新功能在一个既定的资源. 偶尔 我们的特色,我们将充分资源教程一 正在通过资源免费提供的赞助,我们的培训套件. 在本周的提示,我们可以访问我们的教程,尤其是近,珍视我们的心一. 这是一个 世界旅游资源的基因组学 中,我们探索出一套公开发表的各种生物医学, 生物信息学和生物科学数据库及其他资源.

本教程是完全不同于我们通常的不同. 一般来说,我们专注于一个特定的软件资源和描述一步一步如何使用其功能,比如如何做基本的和先进的搜索, 如何理解和修改显示, 在哪里可以找到,如FASTA格式的序列特定类型的数据, 等. 甚至提供“隐藏功能的提示’ 电力用户甚至可以找到有用的信息. 这种类型的软件培训是绝对关键.

但是许多人需要更早一步: 只是 *意识* 可用的资源可能满足他们的需求. 本教程填补了利基. 我们目前的资源抽样, 所有免费使用, 从每 9 类别包括: 分析 & 算法, 表达, 基因组浏览器 (对真核生物原核生物和病毒), 基因体变异, 文学, 核苷酸, 途径蛋白质. 之后的世界巡回赛, 这是大多数的教程, 然后,我们描述了如何使用OpenHelix的免费搜索门户,以寻找和学习生物科学的资源得到最适当的需求为您的研究. 从这个成为一个对我们的培训材料的格式和简要讨论如何使用它们的旅游转换, 然后结束,我们提供有关其他学习资源的信息.

本教程是广受欢迎,每当我们做了它作为现场研讨会. 在 美国国立卫生研究院 他们实际上有锁的门,因为我们想打到房间的能力, 人们被拒之门外. 事实上, 它是如此受欢迎,我们决定以生产为一套完整的教程,并释放我们的一个免费的培训,使任何人,每个人都可以了解重大公众免费使用软件的选择提供它的广度.

除了这个免费教程, 我们也发表了题为 “OpenHelix: 生物信息学教育以外的一个不同的盒子” 在生物信息学中的特殊问题简报题为 “特刊: 生物信息学教育“. 本文介绍的来源,研究人员可以访问现有公开的非正式生物信息学资源的学习教育资源过多. 资料来源包括资源清单,包括各种格式, 期刊,定期功能工具的描述, 和电子学习资源的来源,如麻省理工学院开放式课程的努力. 如果你知道其他一些不符合我们的旅行团或纸包等资源, 如何 & 让我们了解他们 – 我们爱学习多,我们爱教! :)

快速连结世界基因组学教程旅游资源 这里.

  • 威廉姆斯, j的, 锰, 米, 佩罗- Micale, 三, 车床, 学, Sirohi, 全, & 车床, 在. (2010). OpenHelix: 生物信息学教育以外的一个不同的盒子 在生物信息学简报, 11 (6), 598-609 分类号: 10.1093/bib/bbq026

真正的生物信息学家编写代码, 真正的科学家…

仅仅在一周前, 尼尔桑德斯说后我同意: 真正的生物信息学家编写代码. 该职位是在回答一个开始鸣叫交谈:

#映泰许多问题开始:“我为资源寻找..”. 答案常常是你需要编写一个解决方案,使用数据,您有.

他的权, 这是非常真实的人,他的谈话bioinformaticists. 我关心的是其他的生物研究. 他指出,在后:

换言之: 知道数据源, 知道正确的工具,你可以随时为自己塑造一个解决方案的情况.

这是非常真实的,我全心全意同意. 因此,许多解决方案已经存在的数据库和分析工具数千. 这是我们在这里做OpenHelix, 帮助实验生物学家, 基因组学研究人员和bioinformaticists找到正确的数据源和工具,然后去 “造型为他们的情况的解决方案。”

在我的最后部分评论,

BioMart, UCSC基因组浏览器, 星系, 等, 等都是优秀的工具和资料来源,他能回答有关 80% 大多数提出的问题 :). 但我的警告将是知道的数据源和合适的工具可以是一项艰巨的任务位.

它是, 尽管有些不屑一顾的反应 :). 我们都看到了图, 随着时间的推移呈指数增长的数据量. 这是一个因为这个问题 高等教育纪事报文章的标题国:

由数据倾销: 科学家说,大洪水溺水研究

该杂志 也有一个完整的科学 10 一节 在这个问题上. 这不是一个问题将消失.

随着海量数据的, 已经走过了数据库和数据分析工具泛滥 (创造了大部分的bioinformaticists!), 其中许多是相当艰巨的_alone_找到正确的数据和工具内. 有成千上万这样的数据库和工具. 我已经记不清.

尼尔桑德斯是正确的. 该解决方案就在那里, 找到合适的工具和资料, 造型的解决方案. 他回应我的评论与 “学习你所需要知道的生物信息学是一定能够艰巨. 但随后, 科学是不轻易气馁的 :-).” 换言之, “如果你是气馁, 你不是科学家?”

我们给工作坊,世界各地的研究人员从新加坡到美国摩洛哥和机构多种多样,哈佛, 斯坦福大学, 密苏里大学, 公吨. 西乃山, 斯托尔斯和Hudson -阿尔法. 我们已经给了研讨会并回答了问题,研究人员也各不相同, 发育生物学家, 进化, 医学研究人员, bioinformaticists, 研究人员很精通基因组学和那些不.

压倒一切的主题是发现和了解的数据和工具,不仅是艰巨的, 但有时却可能. 不是因为它们不存在, 但是个人和实验室考虑剪的东西越来越多领域的发现和知道资源流失,因为他们发现和认识. 请您看看纪事文章… 溺水的数据。.

他们是真正的科学家不容易气馁, 但吓倒一样, 由什么在他们面前. 是的, 具体的研究需要对这些具体问题都可以通过现有的工具来回答. 大家加油映泰,一个精心设计的数据库检索和分析步骤将在许多问题回答精美, 无需进行重塑与车轮需要更多的代码 (而答案往往是代码).

我怀疑,这些科学家在那里谁自称为“生物信息学家” 应该有把握的工具和数据库提供给他们 (但我可以告诉你, 甚至他们有时不亮). 因此,, 的意见和链接的博客帖子上面最后一句话…

换言之: 知道数据源, 知道正确的工具,你可以随时为自己塑造一个解决方案的情况…. 真正bioinformaticists编写代码

是的, 真正bioinformaticists编写代码, 但这个建议是不够​​的其他 90% 谁不真正的科学家. 映泰也许是解决不了问题 (我怀疑很多的这些问题,他指出,被要求是由非bioinformaticists那些谁只能有一个基本的, 如有, 获取知识的编码,也没有对那些谁). 也许这, 或者类似的, 可.