Tag Archives: bioinformatique

À: Il ya un scientifique de données en chef pour les États-Unis. DJ Patil.

Je sais qu'il ya beaucoup de battage et le drame plus “grandes données”, dont certains sont over-the-top. Mais il ya des besoins réels et réelle opportunité dans toutes sortes de données que nous dégageons ainsi. Donc, nous avons maintenant un scientifique en chef de données aux États-Unis. Je ai trouvé les nouvelles sur le NIH Data Science Blog, où ils ont plus de liens et comprennent cette vidéo où DJ Patil explique plus sur ce rôle et les raisons.

Faits saillants de la vidéo dans le cas où vous ne peuvent pas écouter dès maintenant:

~ 6min il appelle “bioinformatique” comme une zone d'importance

~ 10min il a expressément parle de travailler avec Phil Bourne et NIH sur les rapprocher la science des données et de la bioinformatique ensemble.

L' Maison-Blanche de presse sur Patil Références Les efforts médecine de précision. 1.29.15_precision_medicine

la médecine de précision. Les données médicales et génomique offre une opportunité incroyable de passer d'un "one-size-fits-all" approche des soins de santé vers un système véritablement personnalisé, celui qui prend en compte les différences individuelles dans les gènes des gens, environnements, et des modes de vie afin de prévenir et traiter la maladie de manière optimale. Nous allons travailler à travers des efforts publics et privés de collaboration menées dans le cadre Initiative nouvelle médecine de précision du président pour catalyser une nouvelle ère de soins de santé responsable et sécurisée basée sur des données.

Il demande de l'aide. Ils construisent des équipes. Il veut que chacun de vérifier le site et voir si elles peuvent contribuer.

Service de données des États-Unis: http://whitehouse.gov/USDS

Suivezdpatil sur twitter: https://twitter.com/dpatil

Pointe du chapeau à Beth Russell sur le blog NIH Data Science dite entrée | Sortie: https://nihdatascience.wordpress.com/2015/02/24/dj-patil-is-the-new-chief-data-scientist-of-the-united-states/

Cambridge Institute Healthtech annonce l'acquisition de OpenHelix

Cambridge Institute Healthtech (CHI) annoncé l'achat de OpenHelix basé à Washington, le fournisseur de la formation en ligne et sur place sur une partie de la bio-informatique des ressources les plus puissantes et les plus en accès libre sur le web.

"Savoir utiliser les derniers outils de la bioinformatique est essentielle à la recherche en génomique, qui ne fera que croître en importance,"A déclaré M. Phillips Kuhl, Président de Cambridge Institut Healthtech "Avec un palmarès de plus de dix ans de développement et la présentation de formation sur les bases de données ouvertes et des programmes d'accès bioinformatiques, OpenHelix est un service instrumental pour les chercheurs et un ajout important à la famille de CHI de produits de conférence et de formation ".

OpenHelix se joindra à l'Institut Healthtech Cambridge en tant que division de Bio-IT World, une des principales sources de nouvelles et d'opinions sur la technologie et l'innovation stratégique dans les sciences de la vie, notamment la découverte et le développement de médicaments. "OpenHelix apporte Bio-IT World un public vaste et solide dans le milieu de la recherche universitaire, ainsi que la possibilité d'étendre à notre public une gamme de produits de formation de grande valeur,,"Vous avez plus Scimemi, Editeur de Bio-IT World, "Formation que beaucoup de nos lecteurs ont besoin pour eux-mêmes ou leur personnel ou les élèves, mais peut ne pas être au courant."

«Nous sommes fiers du succès que nous avons eu dans le passé, avec certaines des meilleures universités et écoles de médecine vous abonnant à OpenHelix,»A déclaré Scott Tour, PDG de OpenHelix «Travailler avec Bio-IT World nous apportera l'infrastructure, les ressources, et la portée de marché nous avons besoin de développer davantage nos tutoriels, abonnements, et l'offre de produits. "

Dans le cadre de l'acquisition, Scott Tour, PDG et co-fondateur de OpenHelix deviendra directeur général de l'unité OpenHelix et Marie Mangan, Président et co-fondateur de OpenHelix deviendra directeur, Produit et contenu de l'unité OpenHelix.

À propos de Bio-IT World (www.Bio-ITWorld.com)
Bio-IT World offre une couverture exceptionnelle des tendances et des technologies de pointe qui ont un impact à la gestion et l'analyse des données sur les sciences de la vie, y compris le séquençage de prochaine génération, découverte de médicaments, prédictive et biologie des systèmes, outils informatiques, essais cliniques, et la médecine personnalisée. Grâce à une variété de sources, y compris, Bio-ITWorld.com, Mise à jour lettre d'information hebdomadaire et la Bio-IT World Nouvelles Bulletins, Bio-IT World est une source de nouvelles et d'opinions sur la technologie et l'innovation stratégique dans les sciences de la vie, notamment la découverte et le développement de médicaments.

À propos de Cambridge Institut Healttech (www.chicorporate.com)
Cambridge Institute Healthtech (CHI), fondé en 1992, est le chef de file de l'industrie en fournissant des informations scientifiques de qualité supérieure à d'éminents chercheurs et experts en affaires de haut pharmaceutique, biotechnologie, et des organisations académiques. Mettre en place un assortiment de ressources telles que des événements, rapports, publications et bulletins électroniques, Le portefeuille de CHI de produits comprend des conférences Cambridge Institute Healthtech, Services éducatifs Barnett, Rapports d'Insight Pharma, Cambridge Consultants Marketing, Cambridge Meeting Planners, Fondation Connaissance et Cambridge Healthtech Media Group, qui comprend Bio-IT World et informatique clinique Nouvelles.

A propos de OpenHelix (www.openhelix.com)
OpenHelix, une société l'État de Washington, a été fondée en 2003 de fournir une formation sur ce qui était alors un jeune mais marché en croissance rapide des ressources en bioinformatique basée web en libre accès. OpenHelix a fourni des services de formation et de sensibilisation pour de nombreux fournisseurs de ressources, telles que le navigateur de génome UCSC, OMIM, et la Protein Data Bank (RSCB APB). OpenHelix reçu une $1.2 millions de subvention 2007 pour créer un moteur de recherche pour les ressources bioinformatiques et de développer ses suites de tutoriels. Dans 2009, il a lancé le service de souscription à plus de 100 suites tutoriel.

Astuce Vidéo de la semaine: MetaboAnalyst 2.0


En regardant à travers la 2012 Numéro du serveur Web de la NAR, Revue Nucleic Acids Research, Je ne pouvais m'empêcher de noms de ressources préavis qui a révélé un peu sur les développeurs’ sens de l'humour, tels que “Percepteur” et “XXmotif“. Il y avait d'autres sur la liste (“AIMANT“, “GENII” et “FORCER“, par exemple,) dont le nom m'a fait grincer des dents imaginer quelqu'un qui essaie de les trouver avec le moteur de recherche moyen. [Our family’s favorite such resource is ENSEMBLE, ou Information hyperlien Plus de protéines - Je dois penser que les développeurs visent à ce nom en l'honneur de l'autre ENSEMBLE :) et petits déjeuners partout.]

Je défile à travers de nombreux noms tels jusqu'à ce que je trouve une ressource pour figurer dans la pointe d'aujourd'hui. Je voulais quelque chose face à un sujet d'actualité – ils ont tous à peu près convenable que les critères – et celui qui m'a intéressé, mais c'était en dehors de ma “zone normale de l'expertise”. J'ai décidé de “MetaboAnalyst 2.0“, qui est la ressource que je vais figurer dans la pointe d'aujourd'hui. Il est décrit dans l'article “MetaboAnalyst 2.0 d'un serveur complet d'analyse de données métabolomique” comme suit:

“MetaboAnalyst est une suite basée sur le Web pour analyse à haut débit de données métabolomique. Il a été initialement publié en 2009… MetaboAnalyst 2.0 comprend maintenant une variété de nouveaux modules pour le traitement des données, QC des données et la normalisation des données. Il a également de nouveaux outils pour faciliter l'interprétation des données, nouvelles fonctions à l'appui multi-groupe d'analyse des données, ainsi que de nouvelles capacités dans l'analyse de corrélation, analyse de séries chronologiques et l'analyse à deux facteurs. Nous avons également mis à jour et amélioré la sortie graphique de soutenir la production de haute résolution, images de qualité professionnelle.”

Comme je le fais souvent, J'ai commencé à “explorer” MetaboAnalyst 2.0 en lisant leur article NAR. Il est bien écrit et décrit comment l'objectif de l'interface est d'être convivial et intuitif, si je me dirigeai vers MetaboAnalyst 2.0 “lancer des pneus”, pour ainsi dire. J'ai trouvé que l'interface est assez facile & intuitif à utiliser. Et pour vraiment aider les utilisateurs à comprendre la ressource avant de se lancer dans téléchargeant leurs propres données, les développeurs de fournir un large éventail de données d'exemple établit que les utilisateurs peuvent jouer avec, ainsi que l'étape par étape guides (pdf, PowerPoint, & deux articles qui nécessitent des abonnements aux revues, pas encore de vidéos). Dans ma vidéo j'utilise un de leurs ensembles de données & montrer un exemple rapide de certaines étapes de l'analyse. Bien sûr, il n'est pas temps de couvrir entièrement MetaboAnalyst 2.0, mais j'espère vous montrer assez pour vous inciter à essayer sur votre propre.

*S'il vous plaît noter que les développeurs vous conseillons de télécharger les résultats immédiatement, car toutes les données utilisateur est traitée comme privée et confidentielle par MetaboAnalyst 2.0 resteront sur le serveur pour que 72 heures avant de passer automatiquement supprimés.

Lien rapide:

MetaboAnalyst 2.0 – http://www.metaboanalyst.ca/

Références:
Jianguo Xia, Manda Rupasri, Igor V. Sinelnikov, David Broadhurst, & David S. Wishart (2012). MetaboAnalyst 2.0 d'un serveur complet d'analyse de données métabolomique Nucleic Acids Research, 40 (W1) DOI: 10.1093/nar/gks374

Jianguo Xia, Nick Psychogios, Nelson jeunes, & David S. Wishart (2009). MetaboAnalyst: un serveur Web pour l'analyse des données métabolomique et de l'interprétation Nucleic Acids Research Volume 37, Suppl question 2 Pp. W652-W660. , 37 DOI: 10.1093/nar/gkp356

Quelle est la réponse? (comment se tenir au courant)

Cette semaine est un peu différent de l'habituel “Quelle est la réponse?” afficher dans des endroits nous mettons en évidence une question d'un forum que nos lecteurs pourraient être intéressés à. Cependant–dans ce message, l'une des réponses comprend Biostar–de sorte qu'il sorte de revient autour!

Stephen Turner (alias @ Genetics_blog) a écrit un billet de blog récemment en réponse à des gens qui lui demandaient comment il se tient au courant en bioinformatique / génomique. Je sais que beaucoup de personnes retweeté ce poste au moment, et son inclusion type même de OpenHelix conduit à une certaine bonne circulation à ce blog et de nouveaux adeptes de Twitter. Et hier soir, j'ai vu cela aussi bien, confirmant mon impression de ce post:

Il ya des blogs, forums, recherches automatisées, Twitter, et de la littérature–bien sûr. Beaucoup de gens pourraient connaître quelques-unes de ces, mais il est agréable de voir quelqu'un monter une collection. Il est également intéressant de voir comment il est similaire à ma stratégie.

Donc, il semblait que cela pourrait être un élément de plaisir à mettre en évidence comme une bonne source de réponses sur un certain nombre de choses, et un bon moyen pour trouver des sites utiles et les gens d'être conscient de dans ce domaine. Check it out.

Comment se tenir au courant en matière de bioinformatique / génomique

Tellement de données et d'information. Tu dois avoir des stratégies. Et vous devez avoir plus de la littérature.

Astuce Vidéo de la semaine: Variation de données Ensembl

Trey m'a présenté à cette “collection de tutoriels vidéo décente de ” d'Ensembl, mais lui et Marie sont actuellement en Maroc enseignement d'un atelier de 3 jours bioinformatique & puis assister à la conférence (oui, Je suis jaloux!). Je suis donc en train de créer la pointe de cette semaine sur la base des tutoriels qui Trey me fait. Dans la pointe d'aujourd'hui, je vais mettre en parallèle un tutoriel disponible à partir de Ensembl sur des informations SNP dans le but à la fois: 1) vous montrer Haw vous pouvez accéder à l'information et de la variation du Ensembl 2) comparez faisant ces étapes en utilisant Ensembl 64 (ici, dans cette vidéo) et en utilisant Ensembl 54 (archivés) (dans la vidéo Ensembl).

Les ressources Bioscience souvent sont continuellement développés et améliorés & il peut être difficile de garder les vidéos et la documentation mise à jour. C'est pourquoi ici nous travaillons en permanence OpenHelix au maintien de nos matériaux mis à jour, avec des conseils hebdomadaires sur les nouvelles fonctionnalités et des tutoriels mis à jour en tant que sites mis à jour deviennent stables.

La vidéo Ensembl (SNP et d'autres variations – 1 des 2) est assez agréable & fournit plus de détails sur les données réelles Ensembl que je peux dans mon court-métrage, mais il a été fait il ya quelques années sur une ancienne version d'Ensembl. Depuis lors, la ressource a été mis à jour, et passé par plusieurs nouvelles versions des données. Je vais suivre les mêmes étapes qui sont faites dans la première partie du tutoriel Ensembl SNP afin que vous puissiez voir des exemples de ce qui a changé & ce qui est pratiquement la même chose. Je vous suggère de regarder les deux vidéos en arrière-arrière pour obtenir une bonne idée de ce qui a changé, et quels types d'informations sont disponibles auprès de la variation Ensembl. De cette base, je suis sûr que vous serez en mesure de regarder la deuxième vidéo Ensembl SNP & l'appliquer à l'aide de la version actuelle de Ensembl sans trop de difficulté. Pour plus de détails vous pouvez vous référer au document Ensembl la plus récente dans l'édition de base de données NAR, qui décrit la variation n'est pas l'information juste, mais comme un tout Ensembl.

Liens rapides:

Navigateur Ensembl: http://www.ensembl.org/index.html

Héritage Ensembl navigateur (communiqué 54): http://may2009.archive.ensembl.org/index.html

Ensembl tutoriel, une partie 1 des 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=208

Ensembl tutoriel, une partie 1 des 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=211

Matériaux OpenHelix tutoriel Ensembl: http://www.openhelix.eu/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

Liste Tutoriel Ensembl: http://useast.ensembl.org/common/Help/Movie?db=core

Référence:
Flicek, P., AkenBallester, B., Ballester, B., Beal, K., Bragin, E., Brent, S., Chen, Y., Clapham, P., Coates, G., Fairley, S., Fitzgerald, S., Fernandez-Banet, J., Gordon, L., Comte, S., Haider, S., Hammond, M., Howe, K., Jenkinson, A., Johnson, N., M.hari, A., Keefe, D., Keenan, S., Kinsella, R., Kokocinski, F., Koscielny, G., Kulesha, E., Lawson, D., Longden, I., Massingham, T., McLaren, W., MegF. / Span>, K., OverdG.n, R., Pritchard , K., Overduin, B., Pritchard, B., Rios, D., Ruffier, M., Schuster, M., Slater, G., Smedley, D., Spudich, G., Tang, Y., Trevanion, S., Vilella, A., Oiseaux, J., Blanc, S., Wilder, S., Zadissa, A., Birney, E., Cunningham, F., Dunham, I., Durbin, R., Fernandez-Suarez, X., Forgeron, J., Hubbard, T., Parker, A., Procureur, G., Smith, J., & Searle, S. (2009). 10e année de Ensembl Nucleic Acids Research, 38 (Base de données) DOI: 10.1093/nar/gkp972

SNPets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

Sage conseil bioinformatique, Mais…

L'analyse bioinformatique est une technique puissante applicable à une grande variété de domaines, et l'objet de plus d'un billet de blog ici à OpenHelix. J'ai eu deux articles bioinformatique notamment sur mon bureau pour un couple de mois maintenant, d'attente pour moi d'être en mesure d'exprimer mes pensées sur les. Ils offrent de l'information à la fois long sur leur domaine d'intérêt particulier – prévoir soit impacts SNV ou des identités protéines – bioinformatique et de la sauge des conseils.

Le premier article “Utilisation de bio-informatique pour prédire l'impact fonctionnel de SNVs” est une grande revue des techniques de bio-informatique pour la cueillette des fonctionnellement importantes variantes seul nucléotide (SNVs, aussi parfois diversement dénommés SNP ou petits, Simple ou des polymorphismes de nucléotides simples) des millions de variantes candidat en cours d'identification de tous les jours. Dans l'introduction, les auteurs font un excellent travail d'expliquer les nombreuses façons dont SNVs peut avoir un impact, ainsi que la façon dont ces philosophies de base de l'impact peut être utilisée pour des analyses bio-informatique. Le document poursuit en décrivant les techniques classiques et bio-informatique pour prévoir l'impact de ces variations. C'est une lecture phénoménal pour la liste des ressources à elles seules, avec de nombreux algorithmes et des ressources précieuses et importantes cités. Nous avons tutoriels (ENCODE, OMIM, UCSC Genome Browser l', UniProtKB, Blosum et PAM, HGMD, JASPAR, Analyse en composantes principales, entropie relative, Profil d'EIPD, TRANSFAC, ) et billets de blogs (l' Catalogue des études publiées association pangénomique) décrivant plusieurs des mêmes ressources. En fait, cet article a inspiré au moins un de nos hebdomadaires conseils postés (Astuce de la semaine: SKIPPY w prédire variantes / épissage affecte). Le document passe ensuite à un “Buyer Beware” section qui offre des conseils judicieux – connaître les faiblesses, hypothèses, et des ressources que vous utilisez pour vos prédictions.

Le deuxième article est un article en accès ouvert de BioTechniques droit “quiproquos en protéomique“. Il offre un parcourt l'histoire de la spectrométrie de masse (MS) technologie et les normes techniques pour documenter la hausse utilisé pour l'identification des protéines dans des revues. L'article conclut également à la sauge des conseils bioinformatique, y compris cette citation:

chercheurs en protéomique devrait être en mesure de répondre aux questions clés, selon Giddings. "Que faites-vous fait sortir d'un moteur de recherche?»Dit-elle. "Quand peut-on y croire? Quand avez-vous besoin pour valider?"

Les deux articles donnent à penser que les chercheurs qui souhaitent utiliser les ressources de la bio-informatique dans leur recherche devrait étudier les fondements théoriques et les hypothèses de chaque outil avant de décider sur un outil à utiliser, Elle devrait ensuite aller à toutes les analyses avec un niveau d'incrédulité dans les résultats de l'outil. Cela sonne comme du bon sens, et fait de bons conseils théoriques.

TOUTEFOIS, le niveau de l'enquête qui est nécessaire pour vraiment connaître chaque outil et l'algorithme est beaucoup trop grand. Quant à moi, mon “pratiques” suggestion pour les chercheurs est un peu “filtrage contextuel”. Avant de plonger dans toutes les publications sur tous les outils possibles, simplement passer quelques minutes avec de la documentation – de la ressource FAQ, ou d'un intro tutoriel – nous avons un peu nous pouvons vous offrir :) – pour avoir une idée de ce que l'outil est d'environ & ce que vous pourriez être en mesure d'obtenir d'elle. Une fois que vous avez une idée générale de la façon d'aborder la ressource commence “claquement” à ce sujet à la légère. Un coup franc initiale de la tester les pneus d'un algorithme, base de données, ou une autre ressource peut être aussi facile que garder un “ensemble de test” sur la main en tout temps & il traverse tout nouvel outil que vous souhaitez utiliser. Assurez-vous que l'ensemble comprend une liste partielle de certaines protéines très connu / voies / SNP / etc. (tout ce que vous travailler sur & seront intéressés par l'analyse) et qu'il a quelques-uns des «douves» vos champs. Pensez à ce que vous vous attendez à retrouver à partir de votre jeu. Puis lancez votre testeur jeu grâce à tout nouvel outil vous envisagez d'utiliser dans votre recherche, et regardez vos résultats – sont-ils ce que vous savez qu'ils devraient être? Peuvent-ils gérer les douves, ou sont-ils briser? Comme un exemple, quand je m'approche d'une ressource nouvelle protéine d'interaction, Je vais utiliser une liste partielle des pièces pour certains aspects du cycle cellulaire de la levure, et inclure un ou deux des noms de gènes trait d'union. Si l'outil est bon, Je obtenir une liste complétée sans s'enlise sur la “bizarre” noms. Si elle tourbières, Je sais que la ressource ne peut pas être 100% élaboré pour la levure & peuvent avoir des problèmes avec d'autres espèces aussi bien. Si la liste complète des interacteurs revient avec un tas d'espace-poubelle protéines je commence enquêter sur quelles données sont inclus dans la ressource et si les paramètres peut être modifié pour obtenir de meilleures réponses. Puis, si les choses semblent toujours prometteurs avec l'outil, Je suis susceptible de creuser profondément dans la littérature, etc. pour l'outil – juste pour être sûr – parce que les auteurs de ces articles sont absolument raison, chassant de fausses pistes est cher, frustrant & beaucoup de temps. Il est étonnant de voir combien les citrons & tacots vous pouvez les mauvaises herbes avec un 5 minute bioinformatique pneus coup! :)

Je ne pense pas non exclusivement la responsabilité devrait être sur le dos de chaque utilisateur final – le développeur de ressources ne ont une certaine responsabilité pour rendre leur outil rigoureux et pour représenter avec exactitude ses capacités dans les publications et la documentation. Appels à code source ouvert peut aider à améliorer certains outils bioinformatiques, de sorte que l'éducation peut & sensibilisation – mais que la discussion devra attendre un autre jour…

Références:

Explorez le libre accès à la bioinformatique Outils gratuits “Tour du monde des ressources en génomique” Tutorial Suite

Tutoriel en ligne donne aux chercheurs et aux scientifiques un lieu d'apprentissage sur les ressources biologiques de nombreuses mises à leur disposition.

Quote  startCes liens d'aider les scientifiques en les guidant au pertinents tutoriels techniques sur les ressources qui peuvent être inconnus pour les. Merci à ce partenariat avec OpenHelix, BioMed Central revues sont en mesure de rendre leur contenu scientifique plus utile et l'accès.Quote end

Bellevue, WA (PRWEB) Avril 6, 2011

La communauté scientifique a aujourd'hui un précieux point de lancer d'explorer et de trouver le nombre de bioinformatique et génomique des ressources à leur disposition par la "Tour du monde des ressources en génomiqueSuite tutoriel »par OpenHelix.

La suite comprend un tutoriel gratuit d'échantillonnage des ressources organisé par catégories telles que des algorithmes et des outils d'analyse, les ressources d'expression, navigateurs génome (deux eucaryotes et procaryotes / microbienne), ressources minières littérature et le texte, et des ressources axés sur les nucléotides, protéines, voies, la maladie et de la variation.

Dans chaque catégorie, le tutoriel explore non seulement les ressources les plus populaires, mais aussi quelques moins connus qui remplissent uniques des besoins scientifiques ou sont particulièrement utiles pour les chercheurs.

La visite montre également des moyens faciles d'accomplir la tâche difficile de trouver et d'apprentissage sur d'autres ressources avec l'outil de recherche OpenHelix gratuitement, suites tutoriel, et d'autres outils.

«Avec les ensembles de données en constante expansion et les ressources de l'ère de la génomique», a déclaré Warren (Trey) Tour, Conseiller scientifique en chef au OpenHelix, "Cette suite tutoriel comble le besoin critique de scientifiques donnant un aperçu des ressources et en leur montrant des moyens de les trouver et apprendre comment les utiliser."

Le didacticiel en ligne narré, qui fonctionne dans n'importe quel navigateur, peut être consulté du début à la fin ou navigué en utilisant des chapitres et en avant et en arrière curseurs.

Inclus dans la suite de tutoriel sont animés diapositives PowerPoint utilisées comme base pour le tutoriel, scénario proposé pour les diapositives, polycopiés diapositives, et la liste AA des ressources et des pages d'atterrissage tutoriel mentionné dans le tutoriel. Cela permet de gagner un temps énorme et les efforts des enseignants et des professeurs de donner ce tour à d'autres.

Un morceau qui accompagne le présent tutoriel gratuit, explorer les moyens de trouver et d'en apprendre davantage sur la biologie des outils de calcul en ligne, est le papier "OpenHelix: bioinformatique éducation à l'extérieur d'une boîte de différentes», Publié dans un numéro spécial de Briefings in Bioinformatics intitulé"Numéro spécial: L'éducation en bioinformatique“. Ce document décrit un large éventail de référentiels où les chercheurs peuvent accéder à des sources informelles d'éducation de l'apprentissage sur la disposition du public les ressources bioinformatiques. Ces incluent une large variété de formats et de stratégies, y compris des listes de ressources, revues qui présentent régulièrement des descriptions d'outils, et des ressources d'apprentissage en ligne de sources telles que l'effort MIT OpenCourseWare.

Astuce de la semaine: Tour du monde des ressources en génomique

La plupart des semaines, notre conseil est un film de cinq minutes qui vous présente rapidement à une nouvelle ressource, ou une fonction nouvelle à refroidir une ressource établie. Occasionnellement nous vous présentons un de nos ressources tutoriel complet qui est mis gratuitement à disposition de ressources grâce au parrainage de notre suite de la formation. En bout de cette semaine nous fournissons l'accès à l'un de nos tutoriels qui est particulièrement proche et chère à notre cœur. Il s'agit d'un Tour du monde des ressources en génomique dans lequel nous explorer une variété de la recherche biomédicale accessibles au public, bioinformatique et bases de données en biosciences et d'autres ressources.

Ce tutoriel est assez différente de la nôtre d'habitude. Généralement nous nous concentrons sur une ressource de logiciels spécifiques et décrivent étape par étape comment utiliser ses fonctions telles que la façon de faire des recherches de base et avancées, comment comprendre et modifier affiche, où trouver certains types de données telles que les séquences FASTA, etc. et même fournir des conseils sur la «fonctions cachées’ que les utilisateurs de puissance encore trouver utile et instructif. Ce type de formation sur les logiciels est absolument essentiel.

Mais beaucoup de gens ont besoin d'une étape encore plus tôt: juste le *sensibilisation* que les ressources sont disponibles qui pourraient répondre à leurs besoins. Ce tutoriel remplit ce créneau. Nous présentons un échantillon des ressources, libre d'utiliser tous les, de chacun des 9 catégories, y compris: Analyse & Algorithmes, Expression, Navigateurs Génome (des Eucaryotes et pour Procaryotes et les virus), Variation du génome, Littérature, Nucléotides, Pathways et Protéines. Après le Tour du Monde, qui est la majorité du tutoriel, Nous décrivons ensuite comment utiliser recherche libre OpenHelix et apprendre portail pour trouver des ressources biosciences plus appropriée pour votre recherche doit. A partir de cette tournée les transitions dans une brève discussion sur le format de nos documents de formation et comment les utiliser, et se termine alors avec des informations sur d'autres ressources d'apprentissage que nous fournissons.

Ce tutoriel a été très populaire lorsque nous l'avons fait comme un séminaire en direct. A la NIH qu'ils ont dû fermer les portes parce que nous avions touché la capacité de la salle, et les gens ont été refoulés. En fait,, il a été si populaire que nous avons décidé de le produire comme une suite tutoriel complet et le relâcher comme l'une de nos formations gratuites afin que tout un chacun pouvait se renseigner sur l'ampleur des grandes options du logiciel grand public disponible pour l'utilisation gratuite.

En plus de ce tutoriel gratuit, nous avons aussi publié un document intitulé “OpenHelix: bioinformatique éducation à l'extérieur d'une boîte de différentes” dans un numéro spécial de Briefings in Bioinformatics droit “Numéro spécial: L'éducation en bioinformatique“. Ce document décrit une multitude de sources où les chercheurs peuvent accéder à des sources informelles d'éducation de l'apprentissage sur la disposition du public les ressources bioinformatiques. Les sources d'information comprennent une grande variété de formats, y compris des listes de ressources, revues qui présentent régulièrement des descriptions d'outils, et des ressources d'apprentissage en ligne de sources telles que l'effort MIT OpenCourseWare. Si vous connaissez d'autres ressources telles que le sont pas couvertes dans notre tournée ou de papier, commentaires & nous le faire savoir à leur sujet – nous aimons à en apprendre autant que nous aimons à enseigner! :)

Lien vers World Tour du tutoriel Ressources génomique ici.

  • Williams, J., Mangan, M., Perreault-Micale, C., Tour, S., Sirohi, N., & Tour, Dans. (2010). OpenHelix: bioinformatique éducation à l'extérieur d'une boîte de différentes Briefings in Bioinformatics, 11 (6), 598-609 DOI: 10.1093/bib/bbq026

Bioinformaticiens réel écrire du code, vrais scientifiques…

Un peu plus il ya une semaine, Neil Saunders écrit un post, j'ai convenu avec: Bioinformaticiens réel écrire du code. Le poste a été en réponse à une conversation qui a commencé Tweet:

Beaucoup des questions # Biostar commencer "Je suis à la recherche d'une ressource ..". La réponse est souvent que vous avez besoin de coder une solution en utilisant les données que vous avez.

Il a raison, et c'est très vrai pour les bioinformaticiens à qui il parle. Mon souci est pour le reste de chercheurs en biologie. Il déclare dans le poste:

En d'autres termes: connaître les sources de données, connaître les bons outils et vous pouvez toujours sculpter une solution pour votre propre situation.

Cela est très vrai et je de tout coeur d'accord. Ainsi de nombreuses solutions existent déjà dans des milliers de bases de données et des outils d'analyse. C'est ce que nous faisons ici au OpenHelix, aider les biologistes expérimentaux, les chercheurs en génomique et aux bioinformaticiens de trouver les sources de données et les outils adéquats et ensuite aller “sculpter une solution à leur situation.”

Dans la dernière partie de mon commentaire,

BioMart, UCSC Genome Browser, Galaxy, etc, etc, sont d'excellents outils et sources de données et pourrait probablement répondre au sujet 80% des questions les plus posées :). Mais ma mise en garde serait que la connaissance des sources de données et des outils de droit peut être un peu une tâche ardue.

Et il est, malgré la réponse quelque peu dédaigneux :). Nous avons tous vu les graphiques, quantités exponentiellement croissante de données au fil du temps. C'est une question que la Chronicle of Higher Education stipule l'article Titre:

Sous-évaluées sur des données par les: Les scientifiques disent un déluge n'est Recherche sur les noyades

Le journal La science a également eu un ensemble de 10 section d'article sur la question. Ce n'est pas un problème qui va disparaître.

Avec ce déluge de données, a parcouru un déluge de bases de données et des outils d'analyse de données (créées pour la plupart par les bioinformaticiens!), dont beaucoup sont assez intimidante _alone_ de trouver les bonnes données et un outil au sein de. Il ya des milliers de bases de données et ces outils. J'ai perdu le compte.

Neil Saunders est correcte. La solution est là, trouver les bons outils et les données, sculpter une solution. Il répond à mon commentaire avec “Apprendre ce que vous devez savoir en bioinformatique peut certainement être intimidant. Mais alors, science n'est pas pour la facile intimidé :-).” En d'autres termes, “Si vous êtes intimidé, vous n'êtes pas un scientifique?”

Nous donnons des ateliers pour les chercheurs du monde entier de Singapour vers les Etats-Unis au Maroc et dans des établissements aussi variés que Harvard, Stanford, Université du Missouri, Mt. Sinaï, Stowers et Hudson-Alpha. Les chercheurs que nous avons donné des ateliers et répondu aux questions ont été aussi varié, biologistes du développement, évolutif, chercheurs en médecine, bioinformaticiens, chercheurs bien versés dans la génomique et de ceux qui n'ont pas.

Le thème principal est de trouver et connaître les données et les outils ne sont pas seulement intimidant, mais parfois pas possible. Non pas parce qu'ils n'existent pas, mais parce que la recherche et les connaître est un drain de ressources personnelles et de laboratoire compte tenu du champ de cisaillement croissant de choses à trouver et savoir. Je vous renvoie à l'article Chronique… noyade dans les données..

Ils sont les vrais scientifiques pas facilement intimidé, mais intimidé tout de même, par ce qui est en face d'eux. Et oui, beaucoup de ces questions spécifiques aux besoins de recherche spécifiques peuvent être répondues par les outils existants. Nous rencontrons de nombreuses questions sur Biostar qu'une base de données bien conçu recherche ou analyse étape répondra magnifiquement, sans avoir besoin de réinventer la roue avec plus de code (et les réponses sont souvent le code).

Je soupçonne que la plupart de ces scientifiques là-bas qui appellent eux-mêmes «bioinformaticiens” devraient avoir une bonne connaissance des outils et des bases de données mises à leur disposition (mais je peux vous dire, même les plus brillants d'entre eux ne parfois). Alors, les conseils et les dernières paroles du blog lié ci-dessus…

En d'autres termes: connaître les sources de données, connaître les bons outils et vous pouvez toujours sculpter une solution pour votre propre situation…. bioinformaticiens vraie écriture de code

Oui, bioinformaticiens vraie écriture de code, mais ce conseil est insuffisante pour l'autre 90% des vrais scientifiques qui n'ont pas. Peut-être Biostar n'est pas la solution (Je soupçonne que beaucoup de ces questions étant posées, il souligne sont ceux par des non-bioinformaticiens qui ont seulement une base, le cas échéant, connaissances de codage, ni l'accès à ceux qui ne). Peut-être, ou quelque chose comme ça, peut être.