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A: Hay un científico de datos en jefe de los EE.UU.. DJ Patil.

Sé que hay un montón de bombo y el drama sobre “de datos grandes”, algunos de los cuales es over-the-top. Pero hay necesidades reales y la oportunidad real en todo tipo de datos estamos generando así. Así que ahora tenemos un científico de datos principal en los EE.UU.. Encontré la noticia sobre la El blog NIH Datos Científicos, donde tienen más conexiones e incluyen este video donde DJ Patil explica más sobre este papel y las razones.

Aspectos destacados del video en caso de que no pueden escuchar en este momento:

~ 6min grita “bioinformática” como un área de énfasis

~ 10min él específicamente habla de trabajar con Phil Bourne y NIH acerca de acercar la ciencia y la bioinformática datos juntos.

La Comunicado de la Casa Blanca sobre Patil hace referencia a los esfuerzos de Medicina de precisión. 1.29.15_precision_medicine

Medicina de precisión. Datos médicos y genómica ofrece una oportunidad increíble para la transición de una "talla única para todos" enfoque a la atención médica hacia un sistema verdaderamente personalizada, uno que toma en cuenta las diferencias individuales en los genes de la gente, ambientes, y estilos de vida con el fin de prevenir y tratar la enfermedad de forma óptima. Vamos a trabajar a través de los esfuerzos públicos y privados de colaboración realizadas en virtud de la nueva Iniciativa Medicina precisión del Presidente para catalizar una nueva era de la atención de salud basada en datos responsable y seguro.

Él le pide su ayuda. Están construyendo a cabo equipos. Él quiere que todos se echa un vistazo a la página y ver si pueden contribuir.

Servicio de datos de EE.UU.: http://whitehouse.gov/USDS

Sigadpatil en twitter: https://twitter.com/dpatil

Sombrero de punta a Bet Russell en el blog de NIH de Datos Científicos llamada de entrada | Salida: https://nihdatascience.wordpress.com/2015/02/24/dj-patil-is-the-new-chief-data-scientist-of-the-united-states/

Cambridge Healthtech Institute anuncia la adquisición de OpenHelix

Cambridge Healthtech Institute (CHI) anunció la compra de OpenHelix con sede en Washington, el proveedor de formación online y presencial en algunas de las de acceso abierto de la bioinformática recursos más populares y poderosos en la web.

"Saber utilizar las últimas herramientas de bioinformática es fundamental para la investigación genómica, que no hará sino crecer en importancia,"Said Phillips Kuhl, Presidente de Cambridge Healthtech Institute "Con una trayectoria de más de diez años de desarrollar y presentar la formación en bioinformática abiertas de acceso bases de datos y programas, OpenHelix es un servicio fundamental para los investigadores y una adición clave a la familia de productos de seminarios y congresos de CHI ".

OpenHelix se unirá al Instituto Cambridge Healthtech como una división de Bio-IT World, una fuente líder de noticias y opinión sobre tecnología e innovación estratégica en las ciencias de la vida, incluyendo el descubrimiento y desarrollo de fármacos. "OpenHelix trae Bio-IT World una audiencia amplia y sólida en la comunidad de investigación académica, así como la oportunidad de extender a nuestro público una línea de productos existente valiosa formación,"Tengo más Scimemi, Editorial de Bio-IT World, "El entrenamiento que muchos de nuestros lectores necesitan para sí mismos o sus empleados o estudiantes, pero puede no tener en cuenta."

"Estamos orgullosos del éxito que hemos tenido en el pasado, con algunas de las mejores universidades y escuelas de medicina suscribirse a OpenHelix,", Dijo Scott Torno, CEO de OpenHelix "Trabajar con Bio-IT World nos traerá la infraestructura, recursos, y alcance de mercado que necesitamos para crecer aún más nuestros tutoriales, suscripciones, y ofertas de productos. "

Como parte de la adquisición, Scott, Torno, CEO y co-fundador de OpenHelix se convertirán Gerente General de la unidad de OpenHelix y María Mangan, Presidente y co-fundador de OpenHelix se convertirá en director, Producto y Contenidos de la unidad OpenHelix.

Acerca de Bio-IT World (www.Bio-ITWorld.com)
Mundial de Bio-IT proporciona una cobertura excepcional de las tendencias y tecnologías de vanguardia que impactan la gestión y análisis de datos de ciencias de la vida, incluyendo la secuenciación de próxima generación, el descubrimiento de fármacos, biología predictivo y sistemas, herramientas informáticas, los ensayos clínicos, y la medicina personalizada. A través de una variedad de fuentes, incluyendo, Bio-ITWorld.com, Boletín Semanal de actualización y la Bio-IT World News Boletines, Mundial de Bio-IT es una fuente líder de noticias y opinión sobre tecnología e innovación estratégica en las ciencias de la vida, incluyendo el descubrimiento y desarrollo de fármacos.

Acerca de Cambridge Instituto Healttech (www.chicorporate.com)
Cambridge Healthtech Institute (CHI), fundada en 1992, es el líder industrial que proporciona información científica de calidad superior a eminentes investigadores y expertos en negocios de alto farmacéutica, biotecnología, y organizaciones académicas. La entrega de una variedad de recursos, tales como eventos, informes, publicaciones y boletines electrónicos, Cartera de productos de CHI incluyen Cambridge Institute HealthTech Conferencias, Servicios educativos Barnett, Insight Informes Pharma, Cambridge Marketing Consultants, Cambridge Meeting Planners, Fundación Conocimiento y Cambridge HealthTech Media Group, que incluye Bio-IT World y Clínica Informática Noticias.

Acerca de OpenHelix (www.openhelix.com)
OpenHelix, una empresa del Estado de Washington, fue fundada en 2003 para proporcionar capacitación en lo que entonces era un incipiente pero rápidamente creciente mercado de los recursos bioinformáticos de libre acceso basados ​​en la web. OpenHelix ha proporcionado servicios de capacitación y extensión para muchos proveedores de recursos, tales como la UCSC Genome Browser, OMIM, y el Protein Data Bank (RSCB AP). OpenHelix recibió una $1.2 millones de subvención en 2007 para crear un motor de búsqueda de recursos bioinformáticos y para ampliar sus suites tutoriales. En 2009, se puso en marcha el servicio de suscripción a más de 100 suites tutorial.

Vídeo Consejo de la semana: MetaboAnalyst 2.0


Al mirar a través de la 2012 Web Server Edición de NAR, Nucleic Acids Research revista, No pude evitar nombres Aviso recursos que revelaron un poco acerca de los desarrolladores’ sentido del humor, tal como “Taxman” y “XXmotif“. Había otros en la lista (“MAGNET“, “Genios” y “VIGOR“, por ejemplo) cuyos nombres me hizo temblar imaginando a alguien tratando de encontrar con el buscador promedio. [Our family’s favorite such resource is JUNTOS, o la información con hipervínculos sobre las proteínas - Tengo que pensar que los desarrolladores orientados a ese nombre en honor a la otra JUNTOS :) y los desayunos en todas partes.]

Yo desplaza a través de muchos nombres hasta que encontré un recurso para presentar en la punta de hoy. Yo quería algo trata de un tema de actualidad – todos ellos más o menos en forma que los criterios – y uno que me interesaba, pero que estaba fuera de mi “área normal de experiencia”. Me decidí por “MetaboAnalyst 2.0“, que es el recurso que presentará en la punta de hoy. Se describe en el artículo “MetaboAnalyst de 2.0 de un servidor completo para el análisis de datos metabolómicos” como sigue:

“MetaboAnalyst es una suite basada en web de alto rendimiento para el análisis de datos metabolómicos. Fue lanzado originalmente en 2009… MetaboAnalyst 2.0 ahora incluye una variedad de nuevos módulos para el procesamiento de datos, datos de control de calidad y normalización de datos. También cuenta con nuevas herramientas para ayudar en la interpretación de los datos, nuevas funciones para apoyar multi-grupo de análisis de datos, así como nuevas capacidades de análisis de correlación, análisis de series temporales y el análisis de dos factores. También hemos actualizado y mejorado la salida gráfica para apoyar la generación de alta resolución, imágenes de calidad de publicación.”

Como suelo hacer, Empecé “explorar” MetaboAnalyst 2.0 mediante la lectura de su artículo NAR. Está bien escrito y describe cómo el objetivo de la interfaz debe ser de uso fácil e intuitivo, así que me dirigí a MetaboAnalyst 2.0 “patear los neumáticos”, por decirlo así. He descubierto que la interfaz es bastante fácil & intuitivo de usar. Y para ayudar a los usuarios a comprender realmente el recurso antes de lanzarse a cargar sus propios datos, proporcionar a los desarrolladores una amplia gama de datos de ejemplo establece que los usuarios pueden jugar con, así como el paso a paso guías (pdf, PowerPoint, & dos artículos que requieren suscripciones a revistas, Aún no hay videos). En mi video que utiliza uno de sus conjuntos de datos & mostrar un ejemplo rápido de algunos pasos de análisis. Por supuesto que no es el momento de cubrir la totalidad de MetaboAnalyst 2.0, pero espero que os muestro lo suficiente como para tentar a probarlo por ti mismo.

*Por favor, tenga en cuenta que los desarrolladores sugiero que descargar los resultados de inmediato, ya que todos los datos de usuario se trata como privada y confidencial por MetaboAnalyst 2.0 permanecerán en el servidor para sólo 72 horas antes eliminan automáticamente.

Enlace rápido:

MetaboAnalyst 2.0 – http://www.metaboanalyst.ca/

Referencias:
Jianguo Xia, Manda Rupasri, Igor V. Sinelnikov, David Broadhurst, & David S. Wishart (2012). MetaboAnalyst de 2.0 de un servidor completo para el análisis de datos metabolómicos Nucleic Acids Research, 40 (W1) DOI: 10.1093/nar/gks374

Jianguo Xia, Nick Psychogios, Nelson Young, & David S. Wishart (2009). MetaboAnalyst: un servidor web para el análisis y la interpretación de datos metabolómico Nucleic Acids Research Volumen 37, Edición supl 2 Pp. W652-W660. , 37 DOI: 10.1093/nar/gkp356

¿Cuál es la respuesta? (cómo mantenerse al día)

Esta semana es un poco diferente a la habitual “¿Cuál es la respuesta?” publicar donde destacamos una pregunta de un foro en el que nuestros lectores podrían estar interesados ​​en. Sin embargo–en este post, una de las respuestas incluye Biostar–por lo que una especie de llega de nuevo!

Stephen Turner (aka @ Genetics_blog) escribió una entrada en el blog recientemente, en respuesta a las personas que le pedían la forma en que se mantiene al día en bioinformática / genómica. Conozco a un montón de gente retweeted ese cargo en el momento, y su inclusión mismo tipo de OpenHelix llevado a un buen tráfico de este blog y los nuevos seguidores en Twitter. Y justo anoche vi esto también, que confirma mi impresión de este post:

Hay blogs, foros, búsquedas automatizadas, Gorjeo, y la literatura–por supuesto. Mucha gente puede saber acerca de algunos de estos, pero es bueno ver a alguien que reunir una colección. También es interesante ver lo similar que es mi estrategia.

Así que me pareció que esto podría ser un elemento de diversión a destacar como una buena fuente de respuestas en una serie de cosas, y una buena manera de encontrar sitios útiles y la gente a tener en cuenta en este campo. Échale un vistazo.

¿Cómo mantenerse al día en Bioinformática / Genómica

Tantos datos e información. Tienes que tener algunas de las estrategias. Y tienes que tener más de la literatura.

Vídeo Consejo de la semana: Datos de la variación de Ensembl

Trey me presentó a este “decente colección de tutoriales en vídeo ” de Ensembl, pero él y María se encuentran actualmente en Marruecos la enseñanza de un taller de 3 días bioinformática & luego asistir a la conferencia (sí, Soy envidioso!). Por lo tanto, voy a crear el consejo de esta semana sobre la base de los tutoriales que Trey me señaló. En el consejo de hoy voy a paralelo un tutorial disponible en Ensembl en la información SNP para ambos: 1) demostrar que haw puede acceder a la información y la variación de Ensembl 2) comparar haciendo uso de estos pasos Ensembl 64 (aquí en este video) y el uso de Ensembl 54 (archivados) (en el video Ensembl).

Bioscience recursos a menudo están siendo continuamente desarrollado y mejorado & puede ser difícil de mantener videos y la documentación al día. Es por eso que aquí en OpenHelix, trabajamos continuamente para mantener a nuestros materiales están al día, con consejos semanales sobre las nuevas características y tutoriales actualizados los sitios actualizados estén estables.

El vídeo Ensembl (SNPs y otras variaciones – 1 de 2) es bastante agradable & proporciona más detalles sobre los datos reales Ensembl de lo que puedo en mi cortometraje, pero se hizo hace unos años en una versión anterior de Ensembl. Desde entonces, el recurso ha sido actualizado, y ha pasado por varias versiones nuevas de los datos. Voy a seguir los mismos pasos que se llevan a cabo en la primera parte del tutorial Ensembl SNP de modo que usted puede ver ejemplos de lo que ha cambiado & lo que es casi lo mismo. Te sugiero que ver los dos videos de back-to-back para obtener una buena idea de lo que ha cambiado, y qué tipo de información están disponibles a partir de la variación Ensembl. Desde esa base, estoy seguro de que será capaz de ver el video del segundo Ensembl SNP & aplicarlo a la utilización de la versión actual de Ensembl sin muchos problemas. Para más detalles puede consultar el documento de Ensembl más reciente en la edición de la base de datos NAR, que describe no sólo información, sino Ensembl variación en su conjunto.

Enlaces rápidos:

Ensembl navegador: http://www.ensembl.org/index.html

Legado Ensembl navegador (liberación 54): http://may2009.archive.ensembl.org/index.html

Ensembl tutorial, parte 1 de 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=208

Ensembl tutorial, parte 1 de 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=211

OpenHelix Ensembl materiales didácticos: http://www.openhelix.eu/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

Ensembl Lista de Tutoriales: http://useast.ensembl.org/common/Help/Movie?db=core

De referencia:
Flicek, P., Aachen, B., Ballester, B., Beal, K., Bragin, E., Brent, S., Chen, Y., Clapham, P., Coates, G., Fairley, S., Fitzgerald, S., Fernández-Banet, J., Gordon, L., Graf, S., Haider, S., Hammond, M., Howe, K., Jenkinson, A., Johnson, N., Kahari, A., Keefe, D., Keenan, S., Kinsella, R., Kokocinski, F., Koscielny, G., KULESHA, E., Lawson, D., Longden, I., Massingham, T., McLaren, W., Ir, K., Overduin, B., Pritchard, B., Ríos, D., Ruffier, M., Schuster, M., Pizarrero, G., Smedley, D., Spudich, G., Espiga, Y., Trevanion, S., Vilella, A., AVE, J., Blanco, S., Wilder, S., Zadissa, A., Birney, E., Cunningham, F., Dunham, I., Durbin, R., Fernández-Suárez, X., Herrero, J., Hubbard, T., Parker, A., Procurador, G., Herrero, J., & Searle, S. (2009). 10 º año de Ensembl Nucleic Acids Research, 38 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkp972

Viernes SNPets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

Sabio consejo Bioinformática, Sin embargo,…

Bioinformática análisis es una poderosa técnica aplicable a una amplia variedad de campos, y el tema de muchos un blog aquí en OpenHelix. He tenido dos artículos en particular la bioinformática en mi escritorio un par de meses, esperando a que yo sea capaz de articular mis pensamientos en ellos. Ambos ofrecen una gran información acerca de su área particular de interés – la predicción de los impactos ya sea SNV o identidades de proteínas – y el sabio consejo de bioinformática.

El primer artículo “Uso de la bioinformática para predecir el impacto funcional de SNVS” es una gran revisión de las técnicas de bioinformática para escoger funcionalmente importantes variantes de nucleótido único (SNVS, A veces también diversas denominaciones, como SNPs o pequeñas, Polimorfismos de nucleótido simple o única) de los millones de variantes de candidatos que se identifican todos los días. En la introducción los autores hacen un gran trabajo de explicar las muchas maneras en las que SNVS puede tener un impacto, así como la forma en que estas filosofías básicas de impacto puede ser utilizado para el análisis de la bioinformática. En el documento se pasa a describir la vez clásico y técnicas de bioinformática para predecir el impacto de estas variaciones. Es una lectura fenomenal para la lista de los recursos por sí solos, con muchos algoritmos y recursos valiosos e importantes mencionados. Tenemos tutoriales (CODIFICAR, OMIM, la UCSC Genome Browser, UniProtKB, Blosum y PAM, HGMD, JASPAR, Principal Componentes Analysis, entropía relativa, SIFT puntuación, TRANSFAC, ) y entradas de blog (la Catálogo de la publicación del genoma estudios de asociación) describir muchos de los mismos recursos. De hecho este trabajo inspirado en al menos uno de nuestros consejos semanales publicados (Consejo del la Semana: Skippy predecir variantes w / empalme afecta). El papel entonces pasa a un “ADVERTENCIA AL COMPRADOR” sección que ofrece un consejo sabio – conocer las debilidades, supuestos, y de los recursos que utiliza para sus predicciones.

El segundo artículo es un artículo de acceso abierto de biotécnicas derecho “La confusión de identidades en la proteómica“. Se ofrece un paseo por la historia de la espectrometría de masas (MS) la tecnología y la mejora del nivel de las técnicas de la documentación utilizada para la identificación de proteínas en las revistas. El artículo también se concluye con el sabio consejo de bioinformática, incluyendo esta cita:

Investigadores proteómicos deben ser capaces de responder a preguntas clave, de acuerdo a Giddings. "¿Cuáles son en realidad salir de un motor de búsqueda?", Dice. "¿Cuándo se puede creer? ¿Cuándo se necesita para validar?"

Ambos trabajos sugieren que los investigadores que deseen utilizar los recursos de la bioinformática en la investigación debe investigar los fundamentos teóricos y los supuestos de cada herramienta antes de decidir sobre una herramienta para usar, y luego debe ir en todos los análisis con un nivel de desconfianza en los resultados de la herramienta. Eso suena como el sentido común, y hace un buen asesoramiento teórico.

SIN EMBARGO, el nivel de investigación que se requiere para conocer verdaderamente a cada herramienta y el algoritmo está a un gran. En cuanto a mí, mi “práctico” sugerencia para los investigadores es un poco de “filtrado de acceso directo”. Antes de zambullirse en todas las publicaciones en todas las herramientas posibles, simplemente, pasar unos minutos con algún tipo de documentación – el recurso de las preguntas más frecuentes, o introducción tutorial – tenemos unos cuantos que podemos ofrecerle :) – para tener una idea de lo que la herramienta se acerca & lo que podría ser capaz de obtener de ella. Una vez que tenga una idea general de cómo acercarse a comenzar el recurso “golpes” en ella a la ligera. Un puntapié inicial de la prueba de neumáticos de un algoritmo, base de datos, u otro recurso puede ser tan fácil como llevar un “prueba de conjunto” a mano en todo momento & corriendo a través de cualquier nueva herramienta que desea utilizar. Asegúrese de que el juego incluye una lista parcial de algunas proteínas muy conocido / caminos / SNP / etc. (lo que el trabajo en & estarán interesados ​​en el análisis de) y que tiene algunas de las "casualidades" sus campos. Piense en lo que se espera que regrese de su conjunto. A continuación, ejecute el comprobador de establecer a través de cualquier nueva herramienta que se desee utilizar en su investigación, y ver sus resultados – son ellos lo que saben que deben ser? ¿Pueden manejar las uñas, o se rompen? A modo de ejemplo, cuando me acerco a un recurso de interacción de proteínas nuevas, Voy a usar una lista de piezas parcial de algunos aspectos del ciclo celular de la levadura, e incluyen uno o dos de los nombres de genes con guión. Si la herramienta es buena, Puedo obtener una lista completa, sin empantanamiento en el “extraño” nombres. Si los pantanos, Sé que el material no puede ser 100% elaborado para la levadura & pueden tener problemas con otras especies, así. Si la lista completa de los interactores vuelve con un montón de proteínas de basura espacial-que comenzar a investigar los datos que se incluyen en el recurso y si los ajustes se pueden modificar para obtener mejores respuestas. Entonces, si las cosas todavía parecen prometedores con la herramienta, Estoy probable que cavar profundamente en la literatura, etc. de la herramienta – sólo para estar seguro – porque los autores de estos artículos están en lo cierto, persiguiendo pistas falsas es caro, frustrante & tiempo. Es sorprendente cómo muchos limones & destartalados se puede eliminar con una 5 minutos bioinformática neumáticos patada! :)

Yo tampoco creo que la responsabilidad debe ser únicamente en la parte posterior de cada usuario final – el desarrollador de recursos tiene cierta responsabilidad por lo que su herramienta rigurosa y precisa para representar a sus capacidades en las publicaciones y documentación. Pide que el código abierto puede ayudar a mejorar algunas de las herramientas bioinformáticas, por lo que puede la educación & de extensión – pero que la discusión tendrá que esperar para otro día…

Referencias:

Explora el Acceso Abierto Herramientas Bioinformáticas con el Tratado de Libre “La Vuelta al Mundo de los Recursos Genómica” Tutorial Suite

Tutorial en línea ofrece a los investigadores y los científicos un lugar para aprender sobre la biología de los recursos a su disposición muchos.

Quote  startEstos enlaces ayudan a los científicos, guiando a los pertinentes tutoriales técnicos sobre los recursos que pueden ser desconocidos para ellos. Gracias a esta colaboración con OpenHelix, Revistas de BioMed Central son capaces de hacer su contenido científico más útil y el acceso.Quote end

Bellevue, WA (AmbosMedios) De abril 6, 2011

La comunidad científica tiene ahora un valioso punto de lanzamiento para explorar y descubrir los muchos bioinformática y la genómica recursos disponibles a través de la "La Vuelta al Mundo de los Recursos Genómica"Tutorial suite de OpenHelix.

La suite libre tutorial incluye un muestreo de recursos organizados por categorías tales como los algoritmos y herramientas de análisis, recursos de la expresión, genoma navegadores (eucarióticas como procarióticas / microbiana), la literatura y el texto de los recursos mineros, y los recursos se centraron en los nucleótidos, proteínas, vías, la enfermedad y la variación.

En cada categoría, el tutorial explora no sólo los recursos más populares, pero también algunos menos conocidos que llenan las necesidades únicas de científicos o son especialmente útiles para los investigadores.

El recorrido también muestra formas sencillas de llevar a cabo la difícil tarea de buscar y aprender acerca de otros recursos con la herramienta de búsqueda gratuita OpenHelix, suites tutorial, y otras herramientas.

"Con los juegos cada vez más amplio de datos y recursos de la era de la genómica", dijo Warren (Trey) Torno, Director científico en OpenHelix, "Este conjunto de tutorial satisface la necesidad crítica de dar a los científicos una visión general de los recursos y les enseña la manera de encontrar y aprender a usarlos."

El tutorial en línea narrada, que va del navegador en apenas alrededor de cualquier, se puede ver de principio a fin o navegado utilizando los capítulos y hacia adelante y hacia atrás deslizadores.

Incluido en el paquete tutorial se animan las diapositivas de PowerPoint utilizada como base para el tutorial, guión sugerido para las diapositivas, folletos de diapositivas, y la lista de aa de los recursos y las páginas de aterrizaje tutorial se menciona en el tutorial. Esto ahorra tiempo y esfuerzo enorme cantidad de maestros y profesores para dar a este viaje a los demás.

Una pieza que acompaña a este tutorial gratuito, explorar formas de encontrar y aprender sobre la biología de las herramientas computacionales en línea, es el papel "OpenHelix: bioinformática educación fuera de un cuadro de diferentes", Publicado en una edición especial de sesiones de información en Bioinformática titulado"Número especial: Educación en Bioinformática“. Este artículo describe una amplia gama de depósitos, donde los investigadores pueden tener acceso a fuentes informales de educación de la formación en recursos bioinformáticos a disposición del público. Estas incluyen una amplia variedad de formatos y estrategias, tales como listas de recursos, revistas que habitualmente acompañadas de descripciones de las herramientas, de fuentes y recursos e-learning, tales como el esfuerzo del MIT OpenCourseWare.

Consejo del la Semana: La Vuelta al Mundo de los Recursos Genómica

La mayoría de semana nuestro consejo es una película de cinco minutos que rápidamente se le presenta un nuevo recurso, o una función de frío nuevo en un recurso establecido. Ocasionalmente contamos con uno de nuestros recursos tutorial completo que se está a libre disposición a través del patrocinio de los recursos de nuestra suite de formación. En la punta de esta semana que el acceso a uno de nuestros tutoriales que es especialmente cercano y querido a nuestro corazón. Se trata de un La Vuelta al Mundo de los Recursos Genómica en el que se explora una variedad de públicos disponibles biomédica, la bioinformática y las bases de datos de la biociencia y otros recursos.

Este tutorial es muy diferente de nuestros seres habitual. Generalmente nos enfocamos en un recurso de software específico y describe paso a paso cómo utilizar sus funciones, tales como la forma de realizar búsquedas básicas y avanzadas, cómo entender y modificar muestra, dónde encontrar tipos específicos de datos, como secuencias de FASTA, etc. e incluso ofrecer consejos sobre las «características ocultas’ que los usuarios de energía, incluso encontrar útil e informativo. Este tipo de formación de software es absolutamente crítico.

Pero muchas personas necesitan un paso aún más temprano: sólo el *conciencia* que los recursos disponibles que puedan servir a sus necesidades. En este tutorial se llena ese hueco. Se presenta un muestreo de los recursos, todos gratuitos, de cada uno de 9 categorías que incluyen: Análisis & Algoritmos, Expresión, Genoma Navegadores (de eucariotas y para Procariotas y virus), Variación del genoma, Literatura, Nucleótidos, Rutas y Proteínas. Después de la Vuelta al Mundo, que es la mayoría del tutorial, que a continuación se describe cómo utilizar la búsqueda libre OpenHelix y aprender portal para encontrar los recursos más adecuados para la biociencia sus necesidades de investigación. A partir de esta transición en la gira de una breve discusión sobre el formato de nuestros materiales de formación y cómo usarlos, y luego termina con información sobre otros recursos de aprendizaje que ofrecemos.

Este tutorial ha sido muy popular cada vez que lo hemos hecho como un seminario en vivo. En el NIH que en realidad tenía que cerrar las puertas porque había golpeado la capacidad de la sala, y la gente se dio la vuelta. De hecho, ha sido tan popular que decidimos producir un conjunto completo tutorial y lo liberan como uno de nuestros entrenamientos libres para que cualquiera y todos pueden aprender acerca de la amplitud de las grandes opciones de software públicos disponibles para el uso libre.

Además de esta clase particular libre, también ha publicado un documento titulado “OpenHelix: bioinformática educación fuera de un cuadro de diferentes” en un número especial de sesiones informativas en Bioinformática derecho “Número especial: Educación en Bioinformática“. En este trabajo se describe una gran cantidad de fuentes de donde los investigadores pueden tener acceso a fuentes de educación informal de aprendizaje sobre los recursos bioinformáticos a disposición del público. Las fuentes de información incluyen una amplia variedad de formatos, incluyendo las listas de los recursos, revistas que habitualmente acompañadas de descripciones de las herramientas, de fuentes y recursos e-learning, tales como el esfuerzo del MIT OpenCourseWare. Si usted sabe de otros recursos con los que no están cubiertos en nuestro recorrido o de papel, cómo & vamos a saber de ellos – nos encanta aprender todo lo que nos gusta enseñar! :)

Vínculos a la Gira Mundial de los Recursos Genómica tutorial aquí.

  • Williams, J., Manganeso, M., Perreault-Micale, C., Torno, S., Sirohi, N., & Torno, En. (2010). OpenHelix: bioinformática educación fuera de un cuadro de diferentes Reuniones informativas en Bioinformática, 11 (6), 598-609 DOI: 10.1093/bib/bbq026

Bioinformáticos reales escribir código, verdaderos científicos…

Justo hace una semana, Neil Saunders escribió un post que estaba de acuerdo con: Bioinformáticos reales escribir código. El mensaje fue en respuesta a una conversación tweet que inició:

Muchas preguntas # biostar comenzar "Estoy buscando un recurso ..". La respuesta es a menudo que usted necesita para una solución de código con los datos que ha.

Él tiene razón, y eso es muy cierto para los bioinformáticos a quien está hablando. Mi preocupación es por el resto de los investigadores biológicos. Afirma en el mensaje:

En otras palabras: conocer las fuentes de datos, conocer las herramientas adecuadas y siempre se puede esculpir una solución para su situación.

Esto es muy cierto y todo está de acuerdo corazón. Así que muchas soluciones ya existen en miles de bases de datos y herramientas de análisis. Es lo que hacemos aquí en OpenHelix, ayudar a los biólogos experimentales, Investigación genómica y bioinformáticos encontrar las fuentes de datos y las herramientas adecuadas y luego ir a “esculpir una solución para su situación.”

En la última parte de mi comentario,

BioMart, UCSC Genome Browser, Galaxia, etc, etc, son excelentes herramientas y fuentes de datos y, probablemente, podría responder sobre 80% de las preguntas más planteadas :). Pero mi advertencia sería que el conocimiento de las fuentes de datos y herramientas adecuadas puede ser un poco de una tarea de enormes proporciones.

Y es, a pesar de la respuesta un tanto despreciativa :). Todos hemos visto los gráficos, cantidad exponencialmente creciente de datos en el tiempo. Es un tema como el Chronicle of Higher Education artículo establece el título:

Objeto de dumping por datos: Los científicos dicen que el diluvio se está ahogando la investigación

La revista La ciencia también había todo un 10 artículo sección sobre el tema. No es un problema que va a desaparecer.

Junto con la avalancha de datos, Ha llegado un aluvión de bases de datos y herramientas de análisis de datos (creado en su mayor parte por bioinformáticos!), muchos de los cuales _alone_ son bastante desalentador para encontrar los datos correctos y herramienta dentro de. Hay miles de bases de datos y herramientas tales. He perdido la cuenta.

Neil Saunders es correcta. La solución está ahí fuera, encontrar las herramientas y los datos, esculpir una solución. Responde a mi comentario con “Aprender lo que necesita saber en bioinformática sin duda puede ser desalentador. Pero entonces,, la ciencia no es para intimidar fácilmente por el :-).” En otras palabras, “si se amilanan, no es un científico?”

Damos talleres para investigadores de todo el mundo, desde Singapur a los EE.UU. a Marruecos y en instituciones tan diversas como Harvard, Stanford, Universidad de Missouri, Mt. Sinaí, Stowers y Hudson Alfa-. Los investigadores le hemos dado talleres de preguntas y respuestas fueron variadas también de, los biólogos del desarrollo, evolutivo, los investigadores médicos, bioinformáticos, investigadores muy bien versado en la genómica y los que no.

El tema principal es encontrar y conocer los datos y las herramientas no sólo es desalentador, pero a veces no es posible. No porque no existen, pero debido a la búsqueda y saber que es un drenaje de recursos personales y de laboratorio teniendo en cuenta el campo de corte cada vez mayor de las cosas para encontrar y conocer. Me remito al artículo de Crónica… ahogamiento en los datos..

Ellos son los verdaderos científicos no son fácilmente intimidados, pero desalentado la misma, por lo que está delante de ellos. Y sí, muchas de esas preguntas específicas a las necesidades específicas de investigación pueden ser respondidas por las herramientas existentes. Nos encontramos con muchas preguntas sobre Biostar que un bien elaborado la base de datos de búsqueda o paso de análisis responde muy bien, sin la necesidad de reinventar la rueda con más código (y las respuestas son a menudo el código).

Sospecho que la mayoría de los científicos por ahí que se llaman a sí mismos "bioinformáticos” debe tener una comprensión de las herramientas y bases de datos disponibles para (pero te puedo decir, incluso el más brillante de ellos a veces no). Así que, los consejos y las palabras finales de la entrada en el blog vinculado arriba…

En otras palabras: conocer las fuentes de datos, conocer las herramientas adecuadas y siempre se puede esculpir una solución para su situación…. bioinformáticos real de escribir código

Sí, bioinformáticos real de escribir código, pero este consejo no es suficiente para el otro 90% de los verdaderos científicos que no. Tal vez Biostar no es la solución (Sospecho que muchas de esas preguntas que se destaca son las de no bioinformáticos que sólo tienen una base, en su caso, conocimiento de la codificación ni el acceso a aquellos que lo hacen). Tal vez, o algo parecido, puede ser.