الوسم المحفوظات: المعلوماتية الحيوية

TO: هناك كبير العلماء البيانات بالنسبة للولايات المتحدة. DJ باتيل.

أنا أعلم أن هناك الكثير من الضجيج والدراما على “البيانات الكبيرة”, ومنها ما هو الافراط في أعلى. ولكن هناك احتياجات حقيقية وفرصة حقيقية في جميع أنواع البيانات التي تولد كذلك. لذلك لدينا الآن كبير العلماء بيانات في الولايات المتحدة. لقد وجدت الخبر على NIH العلوم بيانات بلوق, حيث لديهم المزيد من الروابط وتشمل هذا الفيديو حيث يفسر DJ باتيل المزيد عن هذا الدور والأسباب.

ويبرز من الفيديو في حال لم تتمكن من الاستماع الآن:

~ 6min ينادي “المعلوماتية الحيوية” كمجال للتركيز

~ 10min انه وجه التحديد محادثات العمل مع فيل بورن والمعاهد الوطنية للصحة عن جلب العلوم البيانات والمعلوماتية الحيوية معا.

و الافراج عن البيت الأبيض حول باتيل يرجع الجهود الطب الدقة. 1.29.15_precision_medicine

الطب الدقة. يوفر بيانات الطبي والجيني فرصة رائعة للانتقال من "مقاس واحد يناسب الجميع" النهج على الرعاية الصحية نحو نظام شخصية حقا, واحد أن يأخذ بعين الاعتبار الفروق الفردية في جينات الشعب, البيئات, وأنماط الحياة من أجل منع وعلاج المرض على النحو الأمثل. وسنعمل من خلال الجهود العامة والخاصة التعاونية التي نفذت في إطار مبادرة الطب الدقة جديد الرئيس لتحفيز حقبة جديدة من الرعاية الصحية مسؤولة وآمنة على أساس البيانات.

يسأل لمساعدتكم. أنهم يبنون بها فرق. يريد الجميع للتحقق من الموقع ومعرفة ما اذا كان يمكن أن تسهم.

خدمة البيانات الأمريكية: http://whitehouse.gov/USDS

اتبعdpatil على تويتر: https://twitter.com/dpatil

قبعة تلميح إلى بيت راسيل في بلوق NIH العلوم البيانات دعا الإدخال | إنتاج: https://nihdatascience.wordpress.com/2015/02/24/dj-patil-is-the-new-chief-data-scientist-of-the-united-states/

معهد كامبردج Healthtech تعلن عن اقتناء OpenHelix

معهد كامبردج Healthtech (CHI) أعلنت وشراء OpenHelix مقرها واشنطن, مقدم التدريب عبر الإنترنت والموقع على بعض الوصول المفتوح الموارد المعلوماتية الحيوية الأكثر شعبية وقوية على شبكة الإنترنت.

"معرفة كيفية استخدام أحدث أدوات المعلوماتية الحيوية هو أمر حاسم لبحوث الجينوم, والتي سوف تنمو فقط في أهمية,"سعيد فيليبس كوهل, رئيس معهد كامبريدج Healthtech "مع سجل حافل على مدى عشر سنوات لتطوير وتقديم التدريب على المعلوماتية الحيوية مفتوحة الوصول قواعد البيانات والبرامج, OpenHelix هي خدمة مفيدة للباحثين وسيكون اضافة هامة لأسرة CHI من المنتجات للمؤتمرات والتدريب ".

سوف OpenHelix انضمام إلى معهد كامبريدج Healthtech وتقسيم الحيوية تكنولوجيا المعلومات العالمية, المصدر الرئيسي للأخبار والرأي حول التكنولوجيا والابتكار الاستراتيجي في علوم الحياة, بما في ذلك اكتشاف المخدرات والتنمية. "OpenHelix يجلب الحيوية تكنولوجيا المعلومات العالمية جمهور واسع وقوي في مجتمع البحوث الأكاديمية, فضلا عن فرصة لتمتد إلى جمهور الموجودة لدينا وقيما خط الانتاج التدريب,"حصلت على أكثر Scimemi, ناشر بيو تكنولوجيا المعلومات العالمية, "تدريب أن العديد من القراء بحاجة لأنفسهم أو موظفيها أو الطلاب ولكن قد لا تكون على علم."

"نحن فخورون النجاح الذي حققناه في الماضي, مع بعض من أفضل الجامعات وكليات الطب الاشتراك في OpenHelix,"وقال سكوت المخرطة, والرئيس التنفيذي لشركة OpenHelix "العمل مع بيو-IT العالم تجلب لنا البنية التحتية, موارد, وصول السوق نحتاج إلى مزيد من النمو الدروس لدينا, الاشتراكات, وعروض المنتجات ".

كجزء من عملية الاستحواذ, سكوت المخرطة, والرئيس التنفيذي والمؤسس المشارك لOpenHelix تصبح مدير عام وحدة OpenHelix وماري مانجان, الرئيس والمؤسس المشارك لOpenHelix سيصبح مدير, منتج ومضمون وحدة OpenHelix.

حول بيو تكنولوجيا المعلومات العالمية (www.Bio-ITWorld.com)
يوفر الحيوي تكنولوجيا المعلومات العالمية تغطية بارزة من الاتجاهات والتقنيات المتطورة التي تؤثر على إدارة وتحليل البيانات علوم الحياة, بما في ذلك الجيل المقبل من التسلسل, اكتشاف المخدرات, علم الأحياء التنبؤي والنظم, أدوات المعلوماتية, التجارب السريرية, والطب الشخصي. من خلال مجموعة متنوعة من المصادر، بما فيها, الحيوي ITWorld.com, النشرة الأسبوعية تحديث وبيو-IT نشرات أخبار العالم, الحيوي-IT العالمي هو المصدر الرئيسي للأخبار والرأي حول التكنولوجيا والابتكار الاستراتيجي في علوم الحياة, بما في ذلك اكتشاف المخدرات والتنمية.

حول معهد كامبريدج Healttech (www.chicorporate.com)
معهد كامبردج Healthtech (CHI), تأسست في عام 1992, هي الرائدة في مجال توفير المعلومات العلمية ذات الجودة العالية للباحثين بارزين وخبراء الأعمال من كبار الأدوية, التكنولوجيا الحيوية, والمنظمات الأكاديمية. تقديم مجموعة متنوعة من الموارد مثل الأحداث, تقارير, المنشورات وeNewsletters, CHI محفظة من المنتجات تشمل المؤتمرات معهد كامبريدج Healthtech, بارنيت خدمات التعليمية, البصيرة تقارير فارما, كامبردج للاستشارات التسويقية, كامبريدج اجتماع المخططين, مؤسسة المعرفة وكامبريدج Healthtech ميديا ​​جروب, التي تشمل بيو-IT الدولي والمعلوماتية السريرية الأخبار.

حول OpenHelix (www.openhelix.com)
OpenHelix, شركة ولاية واشنطن, تأسست في عام 2003 لتوفير التدريب على ما كان في ذلك الحين الوليدة ولكن السوق المتنامية بسرعة للموارد المعلوماتية الحيوية الوصول المفتوح على شبكة الإنترنت. قدمت OpenHelix خدمات التدريب والتوعية لكثير من مقدمي الموارد, مثل متصفح الجينوم UCSC, OMIM, والبروتين بنك المعلومات (RSCB PDB). تلقى OpenHelix ل $1.2 مليون منحة في 2007 لإنشاء محرك بحث للموارد المعلوماتية الحيوية وتوسيع الأجنحة في الدروس. في 2009, أطلقت خدمة الاشتراك إلى أكثر من 100 البرنامج التعليمي أجنحة.

تلميح فيديو للأسبوع: MetaboAnalyst 2.0


في البحث عن طريق 2012 العدد ويب خادم NAR, الاحماض النووية أبحاث مجلة, أنا لا يمكن أن تساعد أسماء الموارد لاحظ أن كشفت قليلا عن المطورين’ حس ظريف طبيعي, مثل “taxman غير” و “XXmotif“. كان هناك آخرون على قائمة (“MAGNET“, “الجان” و “إجبار“, مثلا) قدم لي أسماء التي تذلل تخيل شخص يحاول العثور عليها مع محرك البحث المتوسط. [Our family’s favorite such resource is معا, أو مرتبطة بارتباطات تشعبية المعلومات عبر البروتينات - أنا فلدي أعتقد أن المطورين تهدف إلى أن اسم تكريما لأخرى TOGETHER :) وجبات الإفطار في كل مكان.]

I تمريره من خلال هذه الأسماء حتى وجدت الكثير من مورد إلى ميزة في تلميح اليوم. كنت أريد شيئا التعامل مع الموضوع الحالي – أنهم جميعا الى حد كبير تناسب المعايير التي – والذي كان مهتم في, لكن ذلك كان خارج بلدي “العادية مجال من مجالات الخبرة”. قررت على “MetaboAnalyst 2.0“, وهو المورد الذي سيضم I في تلميح اليوم. هو وصفها في المادة “MetaboAnalyst 2.0 ملقم شاملة لتحليل البيانات metabolomic” كما يلي:

“MetaboAnalyst هو مجموعة على شبكة الإنترنت عالية الإنتاجية لتحليل البيانات metabolomic. تم إصداره في الأصل في عام 2009… MetaboAnalyst 2.0 تضم الآن مجموعة متنوعة من وحدات جديدة لمعالجة البيانات, QC البيانات وتطبيع البيانات. كما أن لديها أدوات جديدة للمساعدة في تفسير البيانات, وظائف جديدة لدعم مجموعة متعددة تحليل البيانات, فضلا عن قدرات جديدة في تحليل الارتباط, تحليل السلاسل الزمنية وتحليل اثنين عامل. لقد قمنا بتحديث وترقية أيضا الإخراج رسومية لدعم جيل من دقة عالية, نشر الصور الجودة.”

كما أفعل أنا في كثير من الأحيان, لقد بدأت “استكشاف” MetaboAnalyst 2.0 من خلال قراءة المقالة على NAR. هو مكتوب جيدا ويصف كيف أن الهدف من واجهة المستخدم هو أن تكون ودية وبديهية, لذلك توجهت الى MetaboAnalyst 2.0 “ركلة بعض الإطارات”, إذا جاز التعبير. لقد وجدت أن واجهة من السهل جدا & بديهية للاستخدام. وللمساعدة المستخدمين على فهم حقا قبل إطلاق الموارد في تحميل البيانات الخاصة بها, مطوري توفير مجموعة واسعة من البيانات المثال يحدد أنه يمكن للمستخدمين اللعب مع, وكذلك خطوة بخطوة أدلة (PDF, باور بوينت, & مقالين التي تتطلب اشتراكات الصحف, أي مقاطع فيديو حتى الآن). في الفيديو الخاص بي يمكنني استخدام واحدة من مجموعات البيانات التي & تظهر مثال سريع لبعض الخطوات تحليل. بالطبع لم يكن هناك وقت لتغطية كامل MetaboAnalyst 2.0, ولكن نأمل تظهر لك ما يكفي لإغراء لك لتجربتها بنفسك.

*يرجى ملاحظة أن أقترح عليك أن المطورين تحميل النتائج على الفور لأنه يعامل جميع بيانات المستخدم وخاصة وسرية من قبل MetaboAnalyst 2.0 ستبقى على الخادم فقط لمدة 72 ساعة قبل حذف تلقائيا.

وصلات سريعة:

MetaboAnalyst 2.0 – http://www.metaboanalyst.ca/

المراجع:
جيان قوه شيا, Rupasri ماندا, ايغور V. Sinelnikov, ديفيد Broadhurst, & ديفيد S. يشارت (2012). MetaboAnalyst 2.0 ملقم شاملة لتحليل البيانات metabolomic أبحاث الأحماض النووية, 40 (W1) دوى: 10.1093/nar/gks374

جيان قوه شيا, نيك Psychogios, نيلسون الشباب, & ديفيد S. يشارت (2009). MetaboAnalyst: خادم الويب لتحليل البيانات وتفسيرها metabolomic الأحماض النووية بحوث المجلد 37, قضية ملحق 2 PP. W652-W660. , 37 دوى: 10.1093/nar/gkp356

ما هو الجواب? (كيفية البقاء الحالية)

هذا الأسبوع هو مختلف قليلا من المعتاد “ما هو الرد?” حيث تستطيع أن نسلط الضوء على سؤال من أحد المنتدى الذي قد تكون مهتمة قرائنا في. ومع ذلك–في هذا المنصب, واحد من الأجوبة يشمل BIOSTAR–لذلك النوع من يأتي مرة أخرى في جميع أنحاء!

ستيفن تيرنر (اكا @ genetics_blog) كتب حتى بلوق وظيفة في الآونة الأخيرة ردا على الناس وطلب منه كيف انه يبقى الحالية في المعلوماتية الحيوية / علم الجينوم. أنا أعرف الكثير من الناس أن ريتويتيد آخر في ذلك الوقت, وأدى إدراج الرقيقة جدا من OpenHelix إلى بعض الحركة جيدة لهذا بلوق وجديد أتباع التغريد. والليل الماضي فقط رأيت هذا فضلا عن, يؤكد انطباعي هذا المنصب:

هناك بلوق, المنتديات, عمليات البحث الآلي, تغريد, والأدب–بالطبع. ربما هناك الكثير من الناس يعرفون عن بعض هذه, ولكن من الجميل أن نرى شخص ما تجميع مجموعة. ومن المهم أيضا أن نرى كيف أنها مماثلة لاستراتيجيتي.

هكذا بدا الأمر في مثل هذا قد يكون عنصر المتعة لتسليط الضوء على مصدر جيد للأجوبة على عدد من الأمور, وسيلة جيدة للعثور على مواقع مفيدة، والناس ليكون على بينة من في هذا المجال. التحقق من ذلك.

كيفية البقاء الحالية في المعلوماتية الحيوية / علم الجينوم

الكثير من البيانات والمعلومات. أنت فلدي بعض الاستراتيجيات. ويكون لديك أكثر من الأدبيات.

تلميح فيديو للأسبوع: بيانات الاختلاف من Ensembl

قدم لي في هذا تراي “جمع لائق من دروس الفيديو ” من Ensembl, لكنه ومريم هي حاليا في المغرب ورشة عمل تدريس المعلوماتية الحيوية لمدة 3 أيام & ثم حضور المؤتمر (نعم, أنا حسود!). ولذلك فإنني خلق غيض هذا الاسبوع استنادا إلى الدروس التي تري أشار لي إلى. في تلميح اليوم وانا ذاهب الى موازية تعليمي المتاحة من Ensembl على المعلومات SNP من أجل كل: 1) تظهر لك الخمان يمكنك الحصول على المعلومات من التباين وEnsembl 2) قارن بين هذه الخطوات القيام به Ensembl 64 (هنا في هذا الفيديو) واستخدام Ensembl 54 (أرشفة) (في شريط الفيديو Ensembl).

موارد العلوم الحيوية غالبا ما يجري تطويرها بشكل مستمر وتحسين & قد يكون من الصعب للحفاظ على أشرطة الفيديو والوثائق تصل إلى التاريخ. لهذا السبب نحن هنا في OpenHelix العمل مستمر لحفظ المواد لدينا ما يصل إلى التاريخ, مع نصائح الأسبوعية على ميزات جديدة وتحديث البرامج التعليمية والمواقع المحدثة تصبح مستقرة.

الفيديو Ensembl (النيوكلوتايد والاختلافات الأخرى – 1 من 2) هو لطيف جدا & يوفر المزيد من التفاصيل حول البيانات الفعلية Ensembl مما أستطيع في فيلمي القصير, لكنها لم تفعل ذلك منذ بضع سنوات على نسخة قديمة من Ensembl. منذ ذلك الحين تم تحديث المورد, ومرت عدة إصدارات جديدة من البيانات. انا ذاهب الى اتباع نفس الخطوات التي تتم في الجزء الأول من البرنامج التعليمي SNP Ensembl بحيث يمكنك أن ترى أمثلة على ما الذي تغير & ما هو الى حد كبير نفس. فما استقاموا لكم فاستقيموا أقترح عليك مشاهدة أشرطة الفيديو على حد سواء للعودة إلى الخلف للحصول على فكرة جيدة عن ما الذي تغير, وماذا عن أنواع المعلومات المتوفرة من التباين Ensembl. من هذا المنطلق أنا متأكد أنك سوف تكون قادرة على مشاهدة الفيديو Ensembl في الحزب الوطني الاسكتلندي second & تطبيقه على استخدام الإصدار الحالي من دون الكثير من المتاعب Ensembl. لمزيد من التفاصيل يمكنك الرجوع إلى ورقة Ensembl الأخيرة في مسألة قاعدة البيانات NAR, المعلومات التي تصف ليس فقط ولكن الاختلاف Ensembl ككل.

وصلات سريعة:

Ensembl المستعرض: http://www.ensembl.org/index.html

إرث Ensembl المستعرض (إطلاق 54): http://may2009.archive.ensembl.org/index.html

Ensembl التعليمي, جزء 1 من 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=208

Ensembl التعليمي, جزء 1 من 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=211

المواد OpenHelix Ensembl التعليمي: http://www.openhelix.eu/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

Ensembl ملف قائمة: http://useast.ensembl.org/common/Help/Movie?db=core

مرجع:
Flicek, P., آخن, ب., بالستر, ب., بيل, ك., براغين, E., برنت, س., تشن, Y., كلافام, P., كوتس, غ., فيرلي, س., فيتزجيرالد, س., فيرنانديز Banet, ج., غوردون, L., عد, س., حيدر, س., هاموند, م., هوي, ك., جينكينسون, أ., جونسون, ن., Kahari, أ., كيفي, د., كينان, س., كينسيلا, ر., Kokocinski, ف., Koscielny, غ., Kulesha, E., لوسون, د., Longden, I., Massingham, ت., ماكلارين, دبليو., انتقل, ك., Overduin, ب., بريتشارد, ب., ريوس, د., روفييه, م., شوستر, م., مسقف, غ., سميدلي, د., Spudich, غ., مسحة, Y., Trevanion, س., Vilella, أ., طائر, ج., أبيض, س., وايلدر, س., Zadissa, أ., Birney, E., كننغهام, ف., دنهام, I., دوربين, ر., فيرنانديز سواريز, عاشرا, حداد, ج., هوبارد, ت., باركر, أ., راقب, غ., سميث, ج., & سيرل, S. (2009). Ensembl في العام 10 أبحاث الأحماض النووية, 38 (قاعدة بيانات) دوى: 10.1093/nar/gkp972

الجمعة SNPets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

المعلوماتية الحيوية مشورة حكيم, لكن…

المعلوماتية الحيوية هو تحليل تقنية قوية تنطبق على طائفة واسعة من المجالات, ويخضع العديد من بلوق وظيفة ما وهو هنا في OpenHelix. لقد تلقى اثنان سيما المواد المعلوماتية الحيوية على مكتبي لبضعة أشهر الآن, الانتظار بالنسبة لي أن أكون قادرا على التعبير عن أفكاري حول لهم. كلاهما تقديم معلومات كبيرة عن منطقتهم ولا سيما في المصالح – توقع الآثار إما SNV أو هويات البروتين – المعلوماتية الحيوية والموعظة الحسنة.

المادة الاولى “استخدام المعلوماتية الحيوية في التنبؤ بتأثير الفنية SNVs” هو استعراض كبير للتقنيات المعلوماتية الحيوية الهامة لفتنتقي ظيفيا المتغيرات النوكليوتيدات واحد (SNVs, أيضا في بعض الأحيان يشار إليها بطرق متعددة تعدد الأشكال أو الصغيرة, النكليوتيد الأشكال ، أو واحدة بسيطة) من ملايين يجري تحديد المتغيرات مرشح اليومية. في مقدمة الكتاب يقوم بعمل عظيم لشرح العديد من الطرق التي يمكن SNVs يكون لها تأثير, وكذلك كيف يمكن أن تستخدم هذه الفلسفات الأساسية للتأثير على التحليلات المعلوماتية الحيوية. ورقة ثم يذهب إلى وصف كل من الكلاسيكية وتقنيات المعلوماتية الحيوية للتنبؤ بتأثير هذه الاختلافات. فمن قراءة الهائل للاطلاع على قائمة الموارد وحدها, مع العديد من الخوارزميات والموارد القيمة والهامة المذكورة. لقد حصلنا على الدروس (ترميز, OMIM, مستعرض الجينوم UCSC, UniProtKB, Blosum والأصالة والمعاصرة, HGMD, JASPAR, تحليل مكونات رئيسية, النسبية الكون, فرزت درجة, TRANSFAC, ) بلوق وظائف و (و فهرس النشر جمعية دراسات الجينوم على نطاق) يصف العديد من الموارد نفسها. في الحقيقة من وحي هذه الورقة واحدة على الأقل من النصائح الأسبوعية لدينا السؤال (نصيحة الأسبوع: توقع سكيبي المتغيرات ث / الربط يؤثر). ورقة ثم يمضي إلى “المشتري حذار” المقطع الذي يقدم بعض الموعظة الحسنة – معرفة نقاط الضعف, الافتراضات, والموارد التي تستخدم للتنبؤات الخاص.

المادة الثانية هي عبارة عن مقالة وصول مفتوحة من التقنيات البيولوجية بعنوان “مخطئ الهويات في البروتيوميات“. وهو يقدم من خلال قصف لتاريخ قياس الطيف الكتلي (MS) ارتفاع مستويات التكنولوجيا وتقنيات توثيق لاستخدامها لتحديد البروتين في المجلات. ويختتم المقال أيضا مع حكيم المشورة المعلوماتية الحيوية, بما في ذلك هذا الاقتباس:

يجب على الباحثين البروتين يكون قادرا على الإجابة على الأسئلة الأساسية, وفقا لجيدينجز. "ما الذي يحصل فعليا من محرك البحث?"تقول :. "لا أعتقد أنه عند? عندما لا تحتاج إلى التحقق من صحة?"

كلاهما أوراق تشير إلى أن الباحثين الذين يرغبون في استخدام الموارد المعلوماتية الحيوية في أبحاثهم ينبغي التحقيق في الأسس النظرية والافتراضات من كل أداة قبل اتخاذ قرار بشأن استخدام أداة, ويجب ان تذهب بعد ذلك في كل مستوى التحليل مع الكفر في نتائج أداة. يبدو أن مثل الحس السليم, ويجعل المشورة النظرية جيدة.

لكن, على مستوى التحقيق ما هو مطلوب حقا لمعرفة كل أداة والخوارزمية ضخمة باهظة. بالنسبة لي, لي “عملي” اقتراح للباحثين قليلا من “تصفية المختصرة”. قبل الغوص في جميع المنشورات على جميع الأدوات الممكنة, قضاء بضع دقائق مع بعض الوثائق – المورد التعليمات, أو مقدمة البرنامج التعليمي – لدينا عدد قليل من أننا يمكن أن نقدم لكم :) – للحصول على فكرة عن ما هو حول الأداة & ما كنت قد تكون قادرة على الحصول منه. مرة واحدة كنت قد حصلت على فكرة عامة عن كيفية التعامل مع بدء الموارد “قرع” على أنها خفيفة. ركلة الاختبار الأولي اطارات خوارزمية, قاعدة البيانات, أو الموارد الأخرى يمكن أن يكون سهلا كما الحفاظ على “اختبار مجموعة” في متناول اليد في كل الأوقات & تشغيله من خلال أي أداة جديدة تريد استخدامها. تأكد من أن مجموعة تضم قائمة جزئية من بعض البروتينات معروف جدا / مسارات / النيوكلوتايد / الخ. (مهما كنت تعمل على & وسوف تكون مهتمة في تحليل) وأنه لديها بعض من 'المثقوبة' الحقول. التفكير في ما كنت تتوقع أن نعود من مجموعة الخاص. ثم تشغيل مجموعة اختبار الخاص من خلال أي أداة جديدة كنت تفكر به في البحث الخاص بك, وننظر في النتائج – هم ما كنت أعرف أنها ينبغي أن تكون? يمكنهم التعامل مع المثقوبة, أو أنها لا تكسر? كمثال, عندما كنت نهج التفاعل البروتين الموارد الجديدة, انا استخدام قائمة جزئية لبعض أجزاء الجانب من الخميرة دورة الخلية, وتشمل واحدة أو اثنتين من الجينات أسماء الواصلة. إذا كانت أداة جيدة, أحصل على الانتهاء مع عدم وجود قائمة على التعثر “غريب” أسماء. إذا كان السباخ, وأنا أعلم أن الموارد قد لا تكون 100% وضعت لالخميرة & ربما لديك مشاكل مع الأنواع الأخرى كذلك. إذا كانت القائمة الكاملة لinteractors يعود مع حفنة من الفضاء غير المرغوب فيه البروتينات أبدأ التحقيق ما يتم تضمين البيانات في الموارد ، وإذا كان يمكن أنب الإعدادات للحصول على أفضل الإجابات. ثم, اذا كانت الامور لا تزال تبدو واعدة مع أداة, أنا من المحتمل أن يحفر عميقا في الأدب, الخ. للأداة – لمجرد التأكد من – لأن واضعي هذه المواد على حق تماما, مطاردة يؤدي كاذبة مكلفة, محبط & مضيعة للوقت. ومن المدهش كم من الليمون & jalopies يمكنك الخروج مع الاعشاب 5 المعلوماتية الحيوية الدقيقة ركلة الإطارات! :)

كما أنني لا أعتقد أن المسؤولية يجب أن تكون فقط على الجزء الخلفي من كل مستخدم النهائي – المطور الموارد لديها بعض المسؤولية عن اتخاذ هذه القرارات بشكل دقيق وأداة لتمثيل بدقة قدراته في المنشورات والوثائق. يمكن أن تدعو إلى رمز المصدر المفتوح يساعد على تحسين بعض الأدوات المعلوماتية الحيوية, بحيث التعليم & التوعية – ولكن تلك المناقشة يتعين الانتظار ليوم اخر…

المراجع:

استكشاف فتح الوصول أدوات المعلوماتية الحيوية مع الحرة “جولة في عالم الموارد جينوم” جناح تعليمي

البرنامج التعليمي على الانترنت يعطي الباحثين والعلماء مكانا للتعرف على العديد من الأحياء الموارد المتاحة لهم.

Quote  startهذه الروابط تساعد العلماء من خلال إرشادهم إلى الدروس التقنية ذات الصلة على الموارد التي قد تكون غير مألوفة لهم. بفضل هذه الشراكة مع OpenHelix, بيوميد المجلات الوسطى قادرون على جعل محتواها العلمي أكثر فائدة وصول.Quote end

بيلفو, WA (PRWEB) نيسان / أبريل 6, 2011

المجتمع العلمي الآن على نقطة ثمينة لاستكشاف وإطلاق العثور على العديد من المعلوماتية الحيوية وعلم الجينوم الموارد المتاحة لهم من خلال "جولة في عالم الموارد جينوم"جناح تعليمي من قبل OpenHelix.

جناح تعليمي مجاني ويشمل عينة من الموارد التي نظمتها فئات مثل خوارزميات وأدوات التحليل, التعبير الموارد, مستعرضات الجينوم (كلا حقيقية النواة وبدائية / الجرثومية), الموارد الأدب والنصوص والتعدين, والموارد التي تركز على النيوكليوتيدات, البروتينات, مسارات, المرض والاختلاف.

في كل فئة, يستكشف البرنامج التعليمي ، ليس فقط على الموارد الأكثر شعبية, ولكن أيضا بعض منها أقل من المعروف أن سد الاحتياجات العلمية الفريدة أو هي مفيدة خصوصا للباحثين.

جولة يظهر أيضا طرق سهلة لإنجاز المهمة الصعبة المتمثلة في إيجاد والتعلم عن موارد أخرى مع أداة البحث الحر OpenHelix, البرنامج التعليمي أجنحة, وغيرها من الأدوات.

"مع مجموعات البيانات دائمة التوسع وموارد عصر الجينوم" وقال وارن (تراي) مخرطة, موظف كبير في العلوم OpenHelix, "هذا الجناح التعليمي يسد الحاجة الماسة لإعطاء العلماء لمحة عامة عن الموارد وتبين لهم الطرق للعثور عليهم ومعرفة كيفية استخدامها."

البرنامج التعليمي على الانترنت روى, الذي يعمل في المتصفح فقط عن أي, ويمكن الاطلاع من البداية إلى النهاية ، أو التنقل بينها باستخدام فصول وإلى الأمام وإلى الوراء المتزلجون.

وشملت في جناح تعليمي يتم تحريك شرائح PowerPoint تستخدم كأساس لتعليمي, اقترح النصي للشرائح, الشريحة الصدقات, وأأ قائمة الموارد والصفحات المقصودة التعليمي المذكورة في البرنامج التعليمي. هذا يوفر وقتا وجهدا هائلا للمعلمين وأساتذة لإعطاء هذه الجولة للآخرين.

قطعة مصاحب لهذا البرنامج التعليمي مجانا, استكشاف السبل لإيجاد ومعرفة علم الأحياء الحسابي أدوات الإنترنت, هي ورقة "OpenHelix: المعلوماتية الحيوية التعليم خارج مربع مختلفة"نشر في عدد خاص من إحاطات في المعلوماتية الحيوية والمعنون"خاص العدد: التعليم في المعلوماتية الحيوية“. توضح هذه الورقة مجموعة واسعة من المستودعات حيث يمكن للباحثين الوصول إلى المصادر التعليمية الرسمية للتعلم على الموارد المتاحة للجمهور المعلوماتية الحيوية. وتشمل هذه طائفة واسعة من الأشكال والاستراتيجيات بما في ذلك قوائم للموارد, المجلات التي تتميز بانتظام أوصاف الأداة, التعليم الالكتروني ومصادر الموارد مثل هذا الجهد أوبن كورس معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا.

نصيحة الأسبوع: جولة في عالم الموارد جينوم

معظم أسابيع تلميح لدينا هو فيلم مدته خمس دقائق أن يقدم لك بسرعة مورد جديد, أو وظيفة جديدة في تبريد موردا المنشأة. أحيانا ونحن على ميزة واحدة من البرنامج التعليمي لدينا موارد كاملة التي يتم إتاحتها من خلال رعايتها لجناح الموارد تدريبنا. في تلميح لهذا الأسبوع ونحن نقدم الوصول إلى واحد من الدروس التي لدينا لا سيما بالقرب من وعزيزة على قلوبنا. بل هو جولة في عالم الموارد جينوم ونحن في استكشاف مجموعة متنوعة من الطب الحيوي المتاحة للجمهور, المعلوماتية الحيوية والعلوم الحيوية قواعد البيانات وغيرها من الموارد.

هذا البرنامج التعليمي هو مختلف تماما عن تلك المعتادة لدينا. عموما نحن نركز على مورد برامج محددة ، ووصف خطوة بخطوة كيفية استخدام وظائفه ، مثل كيفية القيام بالبحث الأساسية والمتقدمة, كيفية فهم وتعديل يعرض, أين تجد أنواع محددة من البيانات مثل متواليات FASTA, الخ. وحتى توفر النصائح حول 'ملامح خفية’ أن مستخدمي الطاقة حتى تجدها مفيدة وغنية بالمعلومات. هذا النوع من التدريب البرنامج هو في غاية الأهمية.

لكن الكثير من الناس في حاجة إلى خطوة سابقة حتى: فقط *وعي* أن الموارد المتاحة التي يمكن أن تخدم احتياجاتهم. هذا البرنامج التعليمي الذي يملأ مكانه. نقدم عينة من الموارد, كل الحرية في استخدام, من كل من 9 بما في ذلك الفئات: تحليل & خوارزميات, التعبير, مستعرضات الجينوم (لحقيقيات النوى ول بدائيات النوى والفيروسات), الجينوم البديل, أدب, النيوكليوتيدات, مسارات و البروتينات. بعد جولة حول العالم, وهي الغالبية العظمى من البرنامج التعليمي, ثم تصف لنا كيفية استخدام البحث OpenHelix الحرة ومعرفة المدخل لإيجاد موارد العلوم الحيوية الأكثر ملاءمة للبحث احتياجاتك. من هذه التحولات جولة في مناقشة موجزة عن شكل مواد التدريب لدينا وكيفية استخدامها, وينتهي بعد ذلك مع معلومات أخرى عن الموارد التعليمية التي نقدمها.

لقد كان هذا البرنامج التعليمي بشعبية كبيرة كلما فعلناه بأنها حلقة دراسية العيش. في المعاهد الوطنية للصحة انها في الواقع لقفل الابواب لاننا كنا ضرب قدرة الغرفة, وتحولت الناس بعيدا. في الواقع, فقد كان من الشعبية بحيث قررنا انتاج بأنها جناح تعليمي كامل والافراج عنها باعتبارها واحدة من الدورات التدريبية المجانية بحيث يتمكن الجميع من أي شخص ومعرفة مدى اتساع خيارات كبيرة البرامج العامة المتاحة للاستخدام مجانا.

بالإضافة إلى هذا البرنامج التعليمي مجانا, لدينا أيضا نشرت ورقة بعنوان “OpenHelix: المعلوماتية الحيوية التعليم خارج مربع مختلفة” في عدد خاص من إحاطات في المعلوماتية الحيوية بعنوان “خاص العدد: التعليم في المعلوماتية الحيوية“. توضح هذه الورقة مجموعة كبيرة من المصادر التي يمكن للباحثين الوصول إلى المصادر التعليمية الرسمية للتعلم على الموارد المتاحة للجمهور المعلوماتية الحيوية. مصادر المعلومات وتشمل طائفة واسعة من الأشكال بما في ذلك قوائم للموارد, المجلات التي تتميز بانتظام أوصاف الأداة, التعليم الالكتروني ومصادر الموارد مثل هذا الجهد أوبن كورس معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا. إذا كنت تعرف هذه الموارد الأخرى التي لم تتم تغطيتها في جولتنا أو الورق, كيف & اسمحوا لنا أن نعرف عنهم – نحن نحب لتعلم قدر ما نحب لتعليم! :)

بسرعة تصل إلى جولة حول العالم من موارد البرنامج التعليمي جينوم هنا.

  • وليامز, ج., المنغنيز, م., Perreault - Micale, C., مخرطة, س., Sirohi, ن., & مخرطة, في. (2010). OpenHelix: المعلوماتية الحيوية التعليم خارج مربع مختلفة إحاطات في المعلوماتية الحيوية, 11 (6), 598-609 دوى: 10.1093/bib/bbq026

bioinformaticians كتابة رمز حقيقي, العلماء الحقيقي…

ما يزيد قليلا على اسبوع, كتب نيل سوندرز وظيفة انا اتفق مع: bioinformaticians كتابة رمز حقيقي. كانت آخر استجابة للمحادثة التي بدأت سقسقة:

أسئلة كثيرة # BIOSTAR تبدأ "أنا أتطلع لمورد..". الجواب غالبا ما تحتاج إلى رمز حلا باستخدام البيانات لديك.

انه الحق, وهذا صحيح جدا بالنسبة لbioinformaticists الذي كان يتحدث. قلقي هو لبقية الباحثين البيولوجية. يقول في آخر:

وبعبارة أخرى: تعرف مصادر البيانات, تعرف على الأدوات الصحيحة ، ويمكنك دائما نحت حلا للموقف الخاص بك.

هذا صحيح جدا ، وأنا نتفق بإخلاص كامل. حتى العديد من الحلول موجودة بالفعل في الآلاف من قواعد البيانات وأدوات التحليل. هذا ما نفعله هنا في OpenHelix, مساعدة البيولوجيا التجريبية, الجينوميات والباحثين bioinformaticists العثور على مصادر البيانات الصحيحة والأدوات ثم انتقل و “نحت حل لأوضاعهم.”

في الجزء الأخير من تعليقي,

BioMart, UCSC متصفح الجينوم, المجرة, الخ, وما هي أدوات ممتازة ومصادر البيانات ، ويمكن الإجابة على الأرجح نحو 80% من الأسئلة المطروحة أكثر :). ولكن سوف يكون لي أن التحذير معرفة مصادر البيانات والأدوات المناسبة يمكن أن يكون نوعا من مهمة شاقة.

ومن, على الرغم من استجابة بعض الشيء رافض :). شاهدنا كل الرسوم البيانية, ارتفاع أضعافا مضاعفة كميات كبيرة من البيانات على مر الزمن. انها قضية مثل وقائع التعليم العالي عنوان المقالة الدول:

ملقاة على البيانات التي: ويقول العلماء ان الطوفان والغرق بحوث

المجلة كما كان العلم بأكمله 10 المادة القسم حول القضية. انها ليست المشكلة التي سوف تذهب بعيدا.

مع أن طوفان من البيانات, لقد حان طوفان من قواعد البيانات وأدوات تحليل البيانات (إنشاء بالنسبة للجزء الأكبر من قبل bioinformaticists!), وكثير منها _alone_ مروعة تماما للعثور على البيانات الصحيحة وأداة داخل. هناك آلاف مثل قواعد البيانات والأدوات. لقد فقدت العد.

نيل سوندرز هو الصحيح. الحل هو هناك, العثور على الأدوات الصحيحة والبيانات, نحت حلا. انه يستجيب لتعليقي مع “يمكن تعلم ما تحتاج إلى معرفته في مجال المعلوماتية البيولوجية بالتأكيد شاقة. ولكن بعد ذلك, العلم ليس عن متهيب بسهولة :-).” وبعبارة أخرى, “إذا كنت متهيب, أنت لست بعالم?”

نعطي ورش عمل للباحثين في جميع أنحاء العالم من سنغافورة إلى الولايات المتحدة إلى المغرب وعلى مؤسسات متنوعة مثل هارفارد, ستانفورد, جامعة ميسوري, طن متري. سيناء, نيفيز وهدسون الفا. وقد تباينت أيضا للباحثين نظرا لدينا ورش العمل والإجابة على الأسئلة من, علماء البيولوجيا التنموية, تطوري, الباحثين الطبيين, bioinformaticists, الباحثون جيدا ضليع في علم الجينوم وليس تلك.

والموضوع الرئيسي هو العثور والتعرف على البيانات والأدوات ليست فقط صعبة, لكن في بعض الأحيان غير ممكن. ليس لأنهم لا وجود لها, ولكن لأن الحقائق ومعرفة منهم هو استنزاف الموارد الشخصية ومختبر النظر في حقل القص المتزايدة للعثور على الأشياء ومعرفة. وأحيلكم إلى المقالة كرونيكل… الغرق في البيانات..

هم العلماء الحقيقيين لا متهيب بسهولة, ولكن بنفس الطريقة متهيب, قبل ما أمامهم. ونعم, يمكن الرد على كثير من تلك الأسئلة المحددة لاحتياجات بحثية محددة بواسطة الأدوات الموجودة. صادفنا الكثير من التساؤلات حول بيوستار أن خطوة جيدة وضعت بحث أو تحليل قاعدة البيانات سوف يجيب الجميلة, دون الحاجة إلى إعادة اختراع العجلة مع رمز أكثر (وغالبا ما تكون رمز أجوبة).

وأظن أن معظم هؤلاء العلماء الذين يدعون الى هناك bioinformaticists أنفسهم "” يجب أن يكون فهم من الأدوات وقواعد البيانات المتاحة لهم (ولكن استطيع ان اقول لكم, حتى أذكى منهم لا أحيانا). هكذا, المشورة والعبارة الأخيرة من بلوق وظيفة مرتبطة أعلاه…

وبعبارة أخرى: تعرف مصادر البيانات, تعرف على الأدوات الصحيحة ، ويمكنك دائما نحت حلا للموقف الخاص بك…. bioinformaticists كتابة رمز حقيقي

نعم, bioinformaticists كتابة رمز حقيقي, ولكن هذه النصيحة ليست كافية لأخرى 90% من العلماء الحقيقيين الذين لا. بيوستار ربما ليس هو الحل (وأظن الكثير من تلك الأسئلة التي سأل نقاط خارج تلك التي bioinformaticists غير الذين لديهم سوى الأساسية, إن وجدت, علم التشفير أو الوصول إلى أولئك الذين لا). ربما, أو ما شابه ذلك, ويمكن.