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Viernes SNPpets

This week’s SNPpets include stories about the FlyBase memoriam for Bill Gelbart, Phenolyzer for gene discovery from phenotypes, tejido- and tumor-PPI comparison, Faro, shotgun metagenomics, the future decade in genomics, no-so-scary personal genome sequencing and apps for it, DNA-barcoded beer, y más.


Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…


Un árbol es con código de barras en Brooklyn

Figure 1 of the Plant Barcoding paperDesplazarse a través de algunos de mis podcasts regulares, el otro día me encontré con este chisme sobre bioinformática creciente en Nueva York (entre otras cosas, o un curso!):

Código de barras del ADN vegetal (Espero que el integrar el archivo de audio de las obras, primera vez que estoy tratando de que…)

Se trata de una discusión con el Dr.. Damon Little, un curador de la bioinformática de la New York Botanical Garden. El foco de la discusión es la reciente publicación del Grupo de Trabajo Planta CBOL que se ha asentado en las regiones que se utilizará para el código de barras plantas.

Si usted no está familiarizado con los esfuerzos de los códigos de barras sin embargo,, puedes echar un vistazo Mensaje antes de Jennifer con algunos antecedentes y buenas conexiones. Esencialmente un pequeño fragmento de la secuencia de ADN se utiliza para (con suerte) identificar de forma única una especie dada. Esto se puede almacenar en una base de datos–Dr.. Poco del Jardín Botánico de Nueva York se refiere a GenBank en NCBI, pero hay otros sitios, así. Estaba leyendo acerca de la interfaz web de código de barras llamado iBarcode.org para el análisis y la gestión de este tipo de datos.

La Consorcio para el Código de Barras de la Vida del Grupo de Trabajo Planta comunicado de prensa de resumen de este trabajo se puede encontrar aquí. El documento que describe el trabajo es de acceso abierto en PNAS aquí. El documento describe los genes que habían sido candidatos para el código de barras, y los que fueron seleccionados (rbcL + matK). Describieron la primer selección y secuenciación de los resultados de la serie se examinaron. Ellos evalúan cuáles cumplen con los criterios estándar de códigos de barras y proporcionan las selecciones. Utilizan MUSCULAR para examinar la secuencia de alineaciones.

Este es un excelente esfuerzo en muchos frentes. Sólo la evaluación y catalogación de la biodiversidad es útil en sí, pero esto también puede ayudar a identificar las plantas que son reclamados para ser utilizados en los productos alimenticios o medicamentos para ver si eso es lo que realmente está allí. Puede ayudar a combatir la caza furtiva de especies protegidas–por ejemplo, se puede identificar la madera cosechada que no se han tomado para la madera.

Me alegra ver que este trabajo adelante y salir delante de la pública!

Enlaces relacionados

Podcast directa página: http://www.wnyc.org/shows/lopate/episodes/2009/07/29/segments/137623

NYBG: http://www.nybg.org/

Código de barras de blog: http://phe.rockefeller.edu/barcode/blog/

El artículo de Scientific American sobre el tema: http://www.scientificamerican.com/blog/60-second-science/post.cfm?id=botanists-agree-on-dna-barcode-for-2009-07-29

Consorcio para el Código de Barras de la Vida (CBOL): http://www.barcoding.si.edu/

Referencias
CBOL Grupo de Trabajo Planta (2009). Un código de barras de ADN para las plantas terrestres PNAS, 106 (31), 12794-12797 : 10.1073/PNAS.0905845106

Cantante, G., & Hajibabaei, AbT.l. (2009). iBarcode.org: basado en la web de análisis molecular la biodiversidad BMC Bioinformatics, 10 (Supl 6) DOI: 10.1186/1471-2105-10-S6-S14

Edgar, R. (2004). MUSCULAR: la alineación de secuencias múltiples con alta precisión y alto rendimiento Nucleic Acids Research, 32 (5), 1792-1797 DOI: 10.1093/nar/gkh340

Todo el mundo puede amar a un beagle, pero también me gusta un proyecto audaz (actualización)

barcodeswan Hace poco me encontré Karen James al SBC. Ella es una científica en El Museo de Historia Natural, Londres y es también parte de El Proyecto HMS Beagle. Eso en sí es lo suficientemente fría & Yo sugiero que consulte cada una de las entidades, pero en este blog quiero hablar de otra cosa que me hizo tomar conciencia de: la Código de barras de vida de los datos (BOLD) sistema. Como yo lo entiendo, BOLD es un sistema de gestión de datos muy interesantes que permite la integración de datos de secuencias de ADN con su fuente de datos para la muestra de documentación y análisis de muestras tanto nuevos como existentes en las colecciones del museo. Seguir leyendo