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星期五SNPpets

This week I left the “call to action” tweet at the top–你可以 vote for GenBank every day in August. And I know it’s September now, but I wanted to go and check–and they made it to the final four! So go vote for GenBank some more. Same link works fine. Other things this week: NYTimes shows more stories of people whose recreational genomics endeavors reveal family secrets. One of them is what’s in the reference genome? I don’t think the answer came up completely clearly, but it reminds me I want to look into that again. The breakthrough cancer diagnostics kit is approved. The girlfriend meme. And one more example of how far ahead agriculture is on genomics.


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This seems to be the answer:

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我昨晚熬夜看我不得不保健今天上午,,en,我下车时间表,,en,但是,我们出发,,en,还是保险,,en,这包括周五有史以来第一次缓步,,en,这包括周五有史以来第一次缓步动物蛋白结构,,en,这是更大的在里面,,en,等待,,en,说错话,,en,人WISE,,en,我们的娱乐基因组学应用,,en,而我们的娱乐基因组学的后果,,en,后生洗发水,,en, and I got off schedule. But off we go–still insured!

This Friday includes the first ever tardigrade protein structure! It’s bigger on the inside–wait, 在, wrong thing. Human wise, we have recreational genomics apps, and we have recreational genomics consequences. Epigenetic shampoo (严重). Students and biotechnology issues, how are they thinking about the topics? Maize and Mars. Dead bovine DNA. Live cheese microbes. Hungry yet?


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这个星期我采取了不同的策略,,en,有什么烦心事我关于基因组学的滥用,,en,我要去要强调对,,en,最近有朋友指出我的东西,我从来没有见过,,en,曲柄在不当使用数据的23andMe公司型到,,en,诊断,,en,孩子们为可能遭受,,en,疫苗伤害,,en,正如你可能从狗哨认识,,en,这意味着抗疫苗曲柄正在他们的消息,一个新的前,,en,他们被滥用的数据来说服家长接种他们的孩子是危险的,,en,这是一个非常,,en,作为疫苗的担忧已经导致了悲剧性的结果为孩子在利率上升得到疫苗可预防疾病非常令人不安的方向,,en,曲柄围绕走到一起,,en,在球场的可怕想法的人拿去卖,,en,排毒,,en,药水和补充,,en. There was something bothering me about misuse of genomics, and I’m going to rant on that. Recently a friend pointed me to something that I hadn’t seen before: cranks are misusing 23andMe-type of data to “diagnose” kids as being likely to suffer “vaccine injury”. As you might recognize from the dog-whistle, this means that anti-vaccine cranks are taking their message to a new front: 个性化基因组学. They are misusing data to convince parents that vaccinating their kids is dangerous.

This is a very, very disturbing direction as vaccine fears already have led to tragic outcomes as kids get vaccine-preventable diseases at increasing rates.

此外, cranks are coming together around “个性化医疗” to pitch their terrible ideas to people and sell them “detox” potions and supplements. 他们出来说话公众对这些东西,,en,我们需要加强我们的游戏,让人们更好的信息,,en,将有严重后果,,en,基因组学的许多主题滥用,,en,与公共卫生结果的可能性,,en,所以,下面是几个环节来说明这,,en,它的时间,以提高在合法的基因组学社区的这种意识,,en,我希望别人不知道这是怎么回事,,en,通常情况下,,en,这是很清楚,他们正在绘制这些结论,,en,莱拉·凯蒂雷,,ar,@BioChicaGMO,,fr,但是有时,,en,它更微妙的像这样的会议,,en,因此,我敦促,,en,重新考虑参加这次会议,,en,还有的被赋予了很多伪科学在活动平台,,en,本周出现了基因组学上一些主流的通信,以及,,en,我不知道它帮助,,en,pic.twitter.com/zaBEWk86ox,,en,国家DNA日,,en. We need to step up our game and get people better information. There will be serious consequences–misuse of genomics on many topics–with the potential for public health outcomes.

So below are a few links to illustrate this. It’s time to raise awareness of this in the legit genomics community. I expect others didn’t know this was going on, 太.


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This week there was some mainstream communication on genomics as well. I’m not sure it helped. 叹息.

 

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这一周, DNA was indicted and decades later led to a conviction. Genomes of birch trees and shape-shifting butterflies. And the most interesting stuff to me is non-human, but dbSNP will stop accepting non-human species info. 叹息. 嗯, I do think alternative splicing is interesting too, and we have some of that this week. Human gene editing, tumors, and various types of personalized genomics were out and about this week as well. It’s not that I dislike humans (所有的时间), but I’m sort of agnostic on species.


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This week was a busy and diverse week. From Bioinformatics as an Amusement Park, to the very serious FDA approval of 23andMe’s reports. From Lenski’s April Fool’s post to cancer databases. From diagnosing children with genomics details, to CRISPR sci-fi. We live in interesting times. But at least now we will be able to see everybody citing everybody else.


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A pretty typical week, lots of great software and fascinating data. Methylation analysis, 7-set Venn, a new genomics comic strip, some personal genomics, some clinical genomics. Gosh, I love my life. But the most amusing and unexpected snippet: misuse of a 马戏团 image of caught the eye of the developer, and he found that Jurassic Park dinosaurs are made of corn.


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通过https://twitter.com/vahidaidun/status/619550732518342656

答案是什么? (23andMe为其他格式)

Biostars 网站是一个要求, 生物信息学的问题和问题的回答和讨论. 我们的成员 Biostars_logo 社区和发现它非常有用. 常的问题和答案出现在Biostars是有密切关系的读者 (基因组学的最终用户资源). 逢星期四,我们将突出这些项目或讨论,在这个线程. 您可以询问一下该线程问题, 或者你可以随时参加在Biostars.

本周高亮显示的问题是从别人与自己手中的个人基因组数据, 但不知道下一步该怎么做.

问题: 如何转换我23andMe公司原基因与GenBank或​​FASTA?

我用23andMe公司下载我的原始基因组. 我有它在一个txt文件,但您不能使用的格式为真正的生物程序. 我想使自己的库,用于进一步的分析. 有谁知道我可以转换。TXT到FASTA, GenBank中, 或任何其他可用的文件类型?

someashole

虽然映泰通常由举办人谁是更高级一点的文件格式自己掌握的问题, 这个问题让我觉得有趣的几个原因. 乡亲谁不从业人员的需求, 但谁发现自己的数据在自己手中, 只会增加未来. 虽然该公司将提供一些工具, 有一个利基一些重量更轻的公共工具. 我讨论这个之前 基因组浏览器的问题, 这是目前太繁重的前奏级用户. 我知道有解决这个数据形成了一些开放数据社区, 但到目前为止,我所看到的已经比较成熟的早期采用者类型.

但我想这将是很难获得资金的这种前奏级工具. 他们可能不会取得好成绩的 “革新” 和其他一些传统的补助标准,因为–好, 因为这不是系统做什么.

也许这会让一些好类项目,谁正在学习构建工具的一些编码器, 与这种类型的数据的工作. 做一些温和的23andMe公司于X格式转换器. 一个浏览器,这不是太难加载数据并环顾四周,没有太多的曲目. 这些人将需要更多手把手. 他们不知道自己需要什么格式, 或者什么是可以为他们做.

看看答案, 如果您有其他指导这个新手, 放弃一些意见那边.

答案是什么? (23andMe生物信息学)

映泰 网站是一个要求, 生物信息学的问题和问题的回答和讨论. 我们的成员 社区和发现它非常有用. 经常出现的问题和答案在映泰是我们的读者有密切关系 (基因组学的最终用户资源). 逢星期四,我们将突出这些项目或讨论,在这个线程. 您可以询问一下该线程问题, 或者你可以随时参加在映泰.

本周的突出映泰产品的23andMe公司戏剧的化身. 我见过的人承担的法律, 医疗实践, 和社会方面. 但这个线程当标的生物信息学作为一个问题. 我认为这是有趣的.

论坛: 美国FDA发出警告信,23andMe公司 – 个人基因组服务营销将终止

目前已在个人基因组学的世界有趣的发展. 美国食品药物管理局派出什么可以解释停火和desists秩序:

因此,, 23andMe必须立即停止销售个人基因组服务 (PGS) 直到它获得FDA上市许可的设备的时间.

在这里阅读更多: http://www.fda.gov/ICECI/EnforcementActions/WarningLetters/2013/ucm376296.htm

这似乎把生物信息学家在决定什么构成可信的证据前列的PGS确实工作作为标榜.

伊斯特万·艾伯特

我在那边加入我的最爱附加件, 这还没有得到genoscenti当中很多单曲. 但 去看看更广泛的讨论, 生物信息学从业者, 我认为是有趣的.

SNPTips更新 (1.1)

我做了 一周尖SNPTips 几个月前 (有更多的信息). 这是一个伟大的插件来查看你的基因组数据,同时浏览数据库和网站. 他们已经搬到版 1.1. 有两个漂亮的 新功能和一些错误修复. 这些功能:
*现在,您可以使用您的deCODEme数据, 除了向23andMe公司的支持,他们开始与.
*您可以使用,即使没有原始数据SNPTips,以查看页面上的SNP.
*它已经更新为Firefox 4.x中.

您可以检查我们以前的技巧 (这仍然适用 :).

SNPTips 在上午05点解决方案的登陆页面.

基因组学的成本, 重新

1,000 整个测序美元 3 十亿的碱基对的’ 人类基因组是长期的圣杯. L助攻年, 在此博客, 我预测,我们会在一年之内实现这一目标“’. 嗯, 它已经过了一年,我们不存在. 我做对冲晚些时候在评论, 但主要的一点是,成本直线下降,前往 $1,000 对整个基因组. 在左侧图是成本从一个单一的基因组 2003 至2010年… 300 万, 到 10 千.

成本仍暴跌. Illumina公司* 降低了基因组测序的费用 $5,000. 半.完整基因组* 今日 宣布其第一季度的收入为 6.8 万, 从 300 去年千. 他们有 2,000 完整的基因组序列的积压. 他们收取 < 10,000 对于小批量订货, 到 $5,000 大宗订单 (在研究小组). 测序的研究大集团成本越来越少得多.

所以价格仍直线下降.

基因组扫描的价格也狂泻. 23andMe, 关于进行扫描 1 万个变异位点​​的基因组 (人类基因组的不是人与人之间的变量), 成本 400 美元,比去年, 他们在价格上涨到十二月 200. 经过为期一天的自由销售, 它现在 $100.

当然, 问题是,如何将它是昂贵的数据分析.

 

*全面披露, 我拥有一 (很) 少量的库存都Illumina公司和完整基因组学.