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금요일 SNPpets

이번 주 내가 왼쪽으로,,en,행동을 요구하다,,en,상단에 트윗,,en,당신은 매일의 GenBank 투표 수,,en,그러나 다른 트윗은 이번 주 새로운,,en,빠지지 않는다,,en,가짜 보조금 사기에 빠지지 않는다,,en,박물관 샘플 카탈로그,,en,나는 그를 사용하여 시퀀싱 프로젝트에서 데이터를 사랑,,en,유전자형 배열 대,,en,시퀀싱 토론과 많은,,en “call to action” tweet at the top–당신이 할 수 vote for GenBank every day in August. And I know it’s September now, but I wanted to go and check–and they made it to the final four! So go vote for GenBank some more. Same link works fine. Other things this week: NYTimes shows more stories of people whose recreational genomics endeavors reveal family secrets. One of them is what’s in the reference genome? I don’t think the answer came up completely clearly, but it reminds me I want to look into that again. The breakthrough cancer diagnostics kit is approved. The girlfriend meme. And one more example of how far ahead agriculture is on genomics.


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This seems to be the answer:

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오늘 아침에 건강 관리를 원하는 경우 내가보고 지난 밤을 머물렀다,,en,나는 일정을 얻었다,,en,그러나 떨어져 우리가 간다,,en,아직 보험,,en,이번 주 금요일은 최초의 완보 동물을 포함,,en,이번 주 금요일은 최초의 완보 동물의 단백질 구조를 포함,,en,그것은 내부에 더 큰,,en,기다림,,en,잘못된 일,,en,현명한 사람,,en,우리는 레크리에이션 유전체학 애플 리케이션을,,en,우리는 레크리에이션 게놈 결과를,,en,성적인 샴푸,,en, and I got off schedule. But off we go–still insured!

This Friday includes the first ever tardigrade protein structure! It’s bigger on the inside–wait, 에, wrong thing. Human wise, we have recreational genomics apps, and we have recreational genomics consequences. Epigenetic shampoo (심각). Students and biotechnology issues, how are they thinking about the topics? Maize and Mars. Dead bovine DNA. Live cheese microbes. Hungry yet?


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This week I’m taking a different tack. There was something bothering me about misuse of genomics, and I’m going to rant on that. Recently a friend pointed me to something that I hadn’t seen before: cranks are misusing 23andMe-type of data to “diagnose” kids as being likely to suffer “vaccine injury”. As you might recognize from the dog-whistle, this means that anti-vaccine cranks are taking their message to a new front: 개인 유전체학. They are misusing data to convince parents that vaccinating their kids is dangerous.

This is a very, very disturbing direction as vaccine fears already have led to tragic outcomes as kids get vaccine-preventable diseases at increasing rates.

또한, cranks are coming together around “맞춤 의학” to pitch their terrible ideas to people and sell them “detox” potions and supplements. They are out talking to the public on these things. We need to step up our game and get people better information. There will be serious consequences–misuse of genomics on many topics–with the potential for public health outcomes.

So below are a few links to illustrate this. It’s time to raise awareness of this in the legit genomics community. I expect others didn’t know this was going on, 너무.


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This week there was some mainstream communication on genomics as well. I’m not sure it helped. 한숨.

 

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이번 주, DNA was indicted and decades later led to a conviction. Genomes of birch trees and shape-shifting butterflies. And the most interesting stuff to me is non-human, but dbSNP will stop accepting non-human species info. 한숨. 음, I do think alternative splicing is interesting too, and we have some of that this week. Human gene editing, tumors, and various types of personalized genomics were out and about this week as well. It’s not that I dislike humans (항상), but I’m sort of agnostic on species.


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이번 주 바쁜 다양한 주이었다,en. From Bioinformatics as an Amusement Park, to the very serious FDA approval of 23andMe’s reports. From Lenski’s April Fool’s post to cancer databases. From diagnosing children with genomics details, to CRISPR sci-fi. We live in interesting times. But at least now we will be able to see everybody citing everybody else.


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A pretty typical week, lots of great software and fascinating data. Methylation analysis, 7-set Venn, a new genomics comic strip, some personal genomics, some clinical genomics. Gosh, I love my life. But the most amusing and unexpected snippet: misuse of a Circuses image of caught the eye of the developer, and he found that Jurassic Park dinosaurs are made of corn.


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은 https://twitter.com/vahidaidun/status/619550732518342656

답변은 무엇입니까? (23다른 형식으로 andMe)

Biostars 질문에 대한 사이트입니다, 생물 정보학 질문과 문제에 대한 답변 및 토론. 우리의 회원 Biostars_logo 커뮤니티는 매우 유용한 찾아. 종종 질문과 답변은 우리의 독자들에게 밀접한 있습니다 Biostars에서 발생 (게놈 자원의 최종 사용자). 매주 목요일 우리는이 대화 목록에서 여기 해당 항목이나 토론 중 하나를 강조됩니다. 당신이이 스레드에 질문을 할 수, 또는 당신은 항상 Biostars에의 가입하실 수 있습니다.

이번 주 하이라이트 문제는 그들의 손에있는 개인 게놈 데이터와 사람으로부터했다, 하지만 다음에 무엇을 해야할지하지 않습니다.

질문: 어떻게 23andMe 원시 게놈의 GenBank 또는 FASTA로 변환하는?

내 생의 게놈을 다운로드 23andMe를 사용. 나는. txt 파일로 가지고 있지만 실제 바이오 프로그램의 형식을 사용할 수 없습니다. 내가 추가 분석을 위해 내 자신의 라이브러리를 만들려면. 아무도 내가 FASTA에. TXT로 변환하는 방법을 알고 있나요, GenBank, 또는 임의의 다른 가능한 파일 형식?

someashole

바이오 스타 (Biostar)는 일반적으로 파일 형식의 자신의 이해에 조금 더 진보되어 사람들의 질문을 호스트 있지만, 이 문제는 몇 가지 이유로 내가 흥미 강타. 실무자없는 사람들의 필요, 그러나 그들의 손에 데이터를 자신을 찾을 사람, 만 향후 증가 할 것이다. 그리고 회사는 몇 가지 도구를 제공 할 것입니다하지만,, 약간의 가벼운 무게 공공 도구에 대한 틈새 시장이있다. 나는 이전에이 논의 게놈 브라우저의 문제, 현재 소개 수준의 사용자를 위해 너무 무거운되는. 나도이 데이터 주위에 형성하는 일부 오픈 데이터 공동체가 알고, 지금까지 내가 본 더 정교한 얼리 어답터 유형이다.

하지만이 같은 소개 수준의 도구에 대한 자금 지원을받을하기 어려울 것이라고 생각. 아마도 그들은 잘에서 득점하지 않을 “혁신” 다른 기존의 부여 기준의 일부 때문에–음, 그 시스템이 무엇 아니기 때문에.

어쩌면 그것은 도구를 구축하는 학습 일부 코더 좋은 수준의 프로젝트를 만들 것, 그리고 이러한 유형의 데이터로 작업하는. X-형식 변환에 약간 부드러운 23andme을. 최대 데이터를로드하고 너무 많은 트랙없이 주위를 둘러 보면 너무 어렵지 않다 브라우저. 이 사람들은 더 손을 잡고 필요할 것입니다. 그들은 필요한 형식 모른다, 그들이 어떻게 또는 무엇을 사용할 수 있습니다.

하지만 답변에 모습을 가지고, 당신이 초보자에 대한 다른 지침이있는 경우, 거기에 몇 가지 의견을 드롭.

답변은 무엇입니까? (23andMe 생물 정보학)

Biostar 질문에 대한 사이트입니다, 생물 정보학 질문과 문제에 대한 답변 및 토론. 우리의 회원 커뮤니티는 매우 유용한 찾아. 자주 질문 및 답변은​​ 우리의 독자들에게 밀접한 관계가있는 것을 BioStar에서 발생하는 (게놈 자원의 최종 사용자). 매주 목요일 우리는이 대화 목록에서 여기 해당 항목이나 토론 중 하나를 강조됩니다. 당신이이 스레드에 질문을 할 수, 또는 당신은 항상 BioStar에 참가할 수.

이번 주 하이라이트 바이오 스타 (Biostar) 항목은 23andMe 드라마의 화신. 나는 사람들이 법률에 걸릴 보았다, 의료 행위, 사회적 측면. 하지만이 스레드는 문제로 기본 생물 정보학에 걸립니다. 그 재미라고 생각.

포럼: FDA는 23andMe에 경고 편지를 보냅니다 – 개인 유전체학 서비스 마케팅이 중단 될

개인 게놈의 세계에서 흥미로운 발전이 있었다. FDA는 중지를 해석 할 수있다 무엇을 전송하고 주문을 desists:

그러므로, 23andMe 즉시 개인 게놈 서비스 마케팅을 중단해야합니다 (PGS) 이 장치에 대한 FDA의 시판 허가를받는 등의 시간까지.

자세한 내용은 여기 읽기: http://www.fda.gov/ICECI/EnforcementActions/WarningLetters/2013/ucm376296.htm

이 PGS가 실제로 광고되는 것과 같이 작동 않는 신뢰할 수있는 증거를 구성하는 결정의 최전선에 bioinformaticians을 넣어 것.

이스트 반 알버트

나는 거기에 내 마음에 드는 추가 조각을 추가, genoscenti 사이에 많은 에어 플레이가 없어요하는. 하지만 넓은 토론에 모습을 가지고 가서 생물 정보학의 실무자들, 내가 재미라고 생각하는.

SNPTips 업데이트 (1.1)

난 해냈어 SNPTips에 일주일의 끝 몇 개월 전 (거기에 대한 자세한 내용). 그것은 데이터베이스와 웹 사이트를 탐색하면서 게놈 데이터를 볼 수있는 훌륭한 addon의. 그들은 버전으로 이동했습니다 1.1. 이 좋은가 있습니다 새로운 기능 및 일부 버그 수정. 기능은 다음과 같습니다:
*이제 deCODEme 데이터를 사용할 수 있습니다, 23andme 지원뿐만 아니라 그들은 시작.
*당신은 페이지에 SNPs를 볼 수도없이 원시 데이터 SNPTips를 사용할 수 있습니다.
*그리고 그것은 파이어 폭스 4.x의에 대한 업데이트 되었죠.

여기서 우리가 우리의 이전 팁을 확인하실 수 있습니다 (이것은 여전히​​ 적용 :).

SNPTips 오전 5시 솔루션의 방문 페이지의.

게놈의 비용, revisited

1,000 순서 달러 전체 3 억 'basepair’ 긴 인간 게놈은 성배입니다. 패대서양 표준시 년, 이 블로그에, 난 우리가 년 이내에 그 목표를 '도달 할 것으로 예측’. 음, 그것은 일년이 지났 우리는 존재하지 않습니다. 나중에 코멘트에 약간 울타리어요, 하지만 중요 한건 비용이 낙하했고 향하고 있었어요 $1,000 전체 게놈을위한. 왼쪽에있는 그래프는 하나의 염색체에서 비용입니다 2003 2010… 300 백만, 에 10 천.

비용은 여전히​​ 급락. Illumina* 의 게놈을 시퀀싱 비용을 낮춘있다 $5,000. 반.완전한 게놈* 오늘 첫 분기 매출이라고 발표 6.8 백만, 부터 300 천 작년. 그들이 2,000 그들의 백로그에 시퀀스를 완료 genomes. 그들은 요금 < 10,000 작은 주문, 아래로 $5,000 대량 주문 (연구 그룹에서). 연구에 큰 그룹을 시퀀싱의 비용은 훨씬 작아지고있다.

가격이 아직 plummets 그래서.

게놈 검사에 대한 가격도 급락. 23andMe, 어떤 검사에 대해 1 당신의 게놈에 백만 변수 사이트 (인간 지놈의 대부분이 변수되지 않습니다 사람에서 사람에게로), 비용 400 달러 작년, 12 월에 그들은 가격에 갔어요 200. 한 - 일 무료 판매 후, 그게 지금이야 $100.

물론 이죠, 문제는 그 데이터를 분석하는 것입니다 얼마나 비싼 유적.

 

*전체 공개, 난 주인 (매우) 모두 Illumina하고 완전한 게놈의 재고 소량.