Tag Archives: 23andme

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Freitag SNPpets

This week I left the “call to action” tweet at the top–Sie können vote for GenBank every day in August. Und ich weiß, es September ist jetzt,,en,aber ich wollte gehen und,,en,aber ich wollte gehen und überprüfen,,en,und sie schafften es in die letzten vier,,en,So geht Stimme für GenBank einig mehr,,en,Gleicher Link funktioniert gut,,en,Andere Dinge in dieser Woche,,en,NYTimes zeigt,,en, but I wanted to go and check–and they made it to the final four! So go vote for GenBank some more. Same link works fine. Other things this week: NYTimes shows more stories of people whose recreational genomics endeavors reveal family secrets. One of them is what’s in the reference genome? I don’t think the answer came up completely clearly, but it reminds me I want to look into that again. The breakthrough cancer diagnostics kit is approved. The girlfriend meme. And one more example of how far ahead agriculture is on genomics.


SNPpets_2Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


This seems to be the answer:

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Freitag SNPpets

I stayed up late last night to see if I’d have health care this morning, and I got off schedule. But off we go–still insured!

This Friday includes the first ever tardigrade protein structure! It’s bigger on the inside–wait, auf, wrong thing. Human wise, we have recreational genomics apps, and we have recreational genomics consequences. Epigenetic shampoo (ernst). Students and biotechnology issues, how are they thinking about the topics? Maize and Mars. Dead bovine DNA. Live cheese microbes. Hungry yet?


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Freitag SNPpets

Diese Woche nehme ich einen anderen Weg,,en,Es war etwas, das mich über den Missbrauch von Genomik stört,,en,und ich werde auf das schimpfen,,en,Kürzlich zeigte mir ein Freund zu etwas, das ich vorher nicht gesehen hatte,,,en,Kurbeln missbräuchlich 23andMe-Datentyp,,en,diagnostizieren,,en,Kinder als wahrscheinlich zu leiden,,en,Impfschaden,,en,Wie Sie aus der Hundepfeife könnten erkennen,,en,Dies bedeutet, dass anti-Impfstoff Kurbeln ihre Nachricht an eine neue Front einnehmen,,en,Sie sind missbräuchlich Daten Eltern davon zu überzeugen, dass ihre Kinder impfen gefährlich,,en,Das ist ein sehr,,en,sehr beunruhigende Richtung als Impfstoff Ängste bereits zu tragischen Ergebnissen geführt haben, wie Kinder durch Impfung vermeidbare Krankheiten bei steigenden Preisen erhalten,,en,Kurbeln kommen zusammen, um,,en,aufzuschlagen sie ihre schrecklichen Ideen, um Menschen und verkaufen,,en,detox,,en,Tränke und Ergänzungen,,en. There was something bothering me about misuse of genomics, and I’m going to rant on that. Recently a friend pointed me to something that I hadn’t seen before: cranks are misusing 23andMe-type of data to “diagnose” kids as being likely to suffer “vaccine injury”. As you might recognize from the dog-whistle, this means that anti-vaccine cranks are taking their message to a new front: personalisierte Genomik. They are misusing data to convince parents that vaccinating their kids is dangerous.

This is a very, very disturbing direction as vaccine fears already have led to tragic outcomes as kids get vaccine-preventable diseases at increasing rates.

Darüber hinaus, cranks are coming together around “personalisierten Medizin” to pitch their terrible ideas to people and sell them “detox” potions and supplements. Sie sprechen an die Öffentlichkeit über diese Dinge,,en,Wir müssen unser Spiel intensivieren und die Menschen bekommen eine bessere Information,,en,Es wird ernsthafte Konsequenzen,,en,Missbrauch von Genomik zu vielen Themen,,en,mit dem Potenzial für die öffentliche Gesundheit Ergebnisse,,en,So sind unter ein paar Links, dies zu veranschaulichen,,en,Es ist Zeit, das Bewusstsein für diese in der legit Genomik Gemeinde zu erhöhen,,en,Ich erwarte, dass andere nicht wussten dies vorging,,en,oftmals,,en,es ist ganz klar, dass sie diese Schlussfolgerungen sind Zeichnung,,en,Layla Katiraee,,ar,@BioChicaGMO,,fr,Aber manchmal,,en,es ist subtiler wie diese Konferenz,,en,Deshalb fordere ich,,en,zu überdenken diese Konferenz teilnehmen,,en,Es gibt eine Menge von Pseudowissenschaft eine Plattform auf der Veranstaltung gegeben wird,,en,In dieser Woche gibt es auf Genomik einig Mainstream-Kommunikation sowie,,en,Ich bin nicht sicher, ob es geholfen,,en,pic.twitter.com/zaBEWk86ox,,en,Nationale DNA-Tag,,en. We need to step up our game and get people better information. There will be serious consequences–misuse of genomics on many topics–with the potential for public health outcomes.

So below are a few links to illustrate this. It’s time to raise awareness of this in the legit genomics community. I expect others didn’t know this was going on, Auch.


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This week there was some mainstream communication on genomics as well. I’m not sure it helped. Seufzer.

 

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Diese Woche, DNA was indicted and decades later led to a conviction. Genomes of birch trees and shape-shifting butterflies. And the most interesting stuff to me is non-human, but dbSNP will stop accepting non-human species info. Seufzer. Nun, I do think alternative splicing is interesting too, and we have some of that this week. Human gene editing, tumors, and various types of personalized genomics were out and about this week as well. It’s not that I dislike humans (die ganze Zeit), but I’m sort of agnostic on species.


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Freitag SNPpets

Diese Woche war eine arbeitsreiches und vielfältige Woche,,en,Von Bioinformatics als Vergnügungspark,,en,auf die sehr ernste FDA-Zulassung von 23andMe Berichte,,en,Von Lenski Aprilscherzes Beitrag zu Krebs,,en,Von Lenski Aprilscherzes Post an Krebs Datenbanken,,en,Von Kindern mit Genomik Details Diagnose,,en,zu CRISPR Sci-Fi,,en,Wir leben in interessanten Zeiten,,en,Aber zumindest jetzt werden wir in der Lage sein zu sehen,,,en. From Bioinformatics as an Amusement Park, to the very serious FDA approval of 23andMe’s reports. From Lenski’s April Fool’s post to cancer databases. From diagnosing children with genomics details, to CRISPR sci-fi. We live in interesting times. Aber zumindest jetzt werden wir in der Lage sein, alle unter Berufung auf alle anderen zu sehen,,en,Es ist recht ordentlich,,en,„Ihre Gene,,en.


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Freitag SNPpets

A pretty typical week, lots of great software and fascinating data. Methylation analysis, 7-set Venn, a new genomics comic strip, some personal genomics, some clinical genomics. Gosh, I love my life. But the most amusing and unexpected snippet: misuse of a Zirkusse image of caught the eye of the developer, and he found that Jurassic Park dinosaurs are made of corn.


Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


https://twitter.com/vahidaidun/status/619550732518342656

Was ist die Antwort? (23andMe in andere Formate)

Biostars ist ein Ort für die Nachfrage, Beantwortung und Diskussion Bioinformatik Fragen und Probleme. Wir sind Mitglieder der Biostars_logo Gemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei Biostars, die relevant für unsere Leser (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung einer dieser Artikel oder Diskussionen hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei Biostars.

In dieser Woche markierte Frage war, von jemandem mit persönlichen Genomik Daten in ihren Händen, aber nicht weiß, was als nächstes zu tun.

Frage: Wie konvertiere ich 23andMe Raw Genome GenBank oder FASTA?

Früher habe ich meine rohen 23andMe Genom downloaden. Ich habe es in einer. Txt-Datei, aber sie können nicht das Format für echte Bio-Programme. ich möchte meine eigene Bibliothek für die weitere Analyse machen. Weiß jemand, wie ich kann. TXT zu FASTA konvertieren, GenBank, oder jede andere brauchbare Dateityp?

someashole

Obwohl Biostar beherbergt in der Regel Fragen von Leuten, die ein bisschen mehr in ihre Verständnis für Dateiformate, Diese Frage schien mir interessant für eine Reihe von Gründen. Die Bedürfnisse der Leute, die nicht sind Praktiker, aber, die sich mit Daten zu finden in ihren Händen, erhöht nur für die Zukunft. Und obwohl die Unternehmen werden einige Tools bieten, gibt es eine Nische für einige leichtere öffentliche Werkzeuge. Ich besprach diese zuvor auf die Frage der Genom-Browser, die derzeit zu viel schweres Heben für Intro-Level-Benutzer. Ich weiß, es gibt einige offene Datengemeinschaften bilden um diese Daten zu, aber so weit, was ich gesehen habe, hat mehr anspruchsvolle Early-Adopter-Typen.

Aber ich vorstellen, dass es schwierig sein würde, um die Finanzierung für solche Intro-Level-Tools erhalten. Sie würde wahrscheinlich nicht gut auf Gäste “Innovation” und einige von den anderen traditionellen Zuschusskriterien, weil–gut, denn das ist nicht das, was das System tut.

Vielleicht wäre es ein paar gute Klassenprojekte für einige Programmierer, die lernen, Instrumente zu bauen machen, und mit dieser Art von Daten zu arbeiten. Machen Sie etwas sanfter 23andme X-Formatkonverter. Ein Browser, der nicht zu schwer ist, um Ihre Daten zu laden und schauen Sie sich um, ohne zu viele Spuren. Diese Leute werden mehr Hand-Betrieb müssen. Sie wissen nicht, welche Formate sie brauchen, oder was ist für sie zu tun.

Aber haben einen Blick auf die Antworten, und wenn Sie andere Leitlinien für diesen Neuling haben, fallen einige Kommentare dort.

Was ist die Antwort? (23andMe Bioinformatik)

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, Beantwortung und Diskussion Bioinformatik Fragen und Probleme. Wir sind Mitglieder der Gemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung einer dieser Artikel oder Diskussionen hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Diese Woche markiert Biostar Artikel ist eine Inkarnation des 23andMe Drama. Ich habe Leute gesehen, die auf die Rechts nehmen, medizinischen Praxis, und soziale Aspekte. Aber dieser Thread nimmt auf die zugrunde liegenden Bioinformatik als Thema. Ich dachte, das war interessant.

Forum: FDA sendet eine Warnung an 23andMe – Personal Genomics-Service Marketing abgebrochen werden

Es hat eine interessante Entwicklung in der Welt der persönlichen Genomik. Die FDA geschickt, was kann einen Waffenstillstand interpretiert und Zurechtweisungen bestellen:

Deshalb, 23andMe muss sofort einzustellen Vermarktung des Personal Genome Service- (PGS) so lange, bis sie erhält FDA-Zulassung für das Gerät.

Lesen Sie hier mehr: http://www.fda.gov/ICECI/EnforcementActions/WarningLetters/2013/ucm376296.htm

Dies scheint Bioinformatiker an der Spitze der Entscheidung, was als glaubwürdigen Beweis gestellt, dass die PGS tatsächlich funktioniert wie beworben.

Istvan Albert

Ich habe meine Lieblings zusätzliche Stücke dort, die nicht unter den genoscenti bekommen haben viel Airplay. Aber gehen Sie haben einen Blick auf die breitere Diskussion Praktiker unter der Bioinformatik, Ich dachte, das war interessant.

SNPTips update (1.1)

Ich habe eine Tipp der Woche auf SNPTips vor ein paar Monaten (Weitere Informationen gibt es). Es ist ein tolles Addon zu Ihrem genomischen Daten beim Surfen Datenbanken und Web-Sites. Sie haben auf Version verschoben 1.1. Es gibt zwei schöne neue Features und einige Bugfixes. Die Funktionen sind:
*Sie können nun Ihre Daten deCODEme, zusätzlich zu den 23andme Unterstützung, die sie begann mit.
*Sie können SNPTips auch ohne Rohdaten nutzen, um SNPs auf einer Seite anzeigen.
*und es ist für Firefox 4.x aktualisiert worden.

Sie können unsere unsere vorherigen Tipp hier überprüfen (die immer noch gilt :).

SNPTips Zielseite um 5 Uhr morgens Lösungen.

Die Kosten der Genomik, revisited

1,000 Dollar zu sequenzieren das gesamte 3 Milliarden "Basenpaar’ langen menschlichen Genoms ist der heilige Gral. Last Jahr, auf diesem Blog, Ich habe vorausgesagt, dass wir würden dieses Ziel "innerhalb eines Jahres zu erreichen’. Nun, es ist schon ein Jahr und wir sind nicht da. Ich habe Hedge ein bisschen in den Kommentaren später, aber die Hauptsache war, daß die Kosten wurde Talfahrt und ging zur $1,000 für ein gesamtes Genom. Die Grafik auf der linken Seite besteht aus einem einzigen Genoms aus 2003 bis 2010… 300 Million, auf 10 Tausend.

Die Kosten sind noch Talfahrt. Illumina* hat senkte die Kosten für die Sequenzierung des Genoms zu $5,000. Hälfte.Complete Genomics* heute angekündigt, dass ihre ersten Quartal Umsatz war 6.8 Million, aus 300 Tausend im vergangenen Jahr. Sie haben 2,000 komplette Genome zu sequenzieren in ihren Rückstand. Sie verlangen < 10,000 Für Kleinaufträge, bis $5,000 für Großaufträge (in Arbeitsgruppen). Die Kosten für die Sequenzierung große Gruppen für die Forschung ist immer viel kleiner.

Also der Preis sinkt noch.

Der Preis für die genomische Scans auch sinkt. 23andMe, die Scans über 1 Millionen variable sites in Ihrem Genom (meisten des menschlichen Genoms ist nicht variabel von Person zu Person), Kosten 400 Dollar im letzten Jahr, im Dezember diese Preis ging an 200. Nach einem eintägigen freien Verkauf, es ist jetzt $100.

Natürlich, bleibt die Frage, wie teuer wird es, diese Daten zu analysieren.

 

*vollständige Offenlegung, Ich besitze ein (sehr) kleine Menge auf Lager in beiden Illumina und Complete Genomics.