Tipp der Woche: Von UniProt der PSI SBKB and Back Again


Es ist oft nützlich, um mehrere biomedizinische Datenbanken oder Ressourcen zu besuchen, selbst wenn sie scheinen überlappende Informationen liefern, da keine zwei Ressourcen auf dem exakt gleichen Informationen konzentrieren, oder präsentieren sie in genau der gleichen Weise. Statt Duplizieren jedes andere’ Kuration Bemühungen, Datenbank häufig Link aus, um Informationen an andere Ressourcen. Sie können diese Links als denken “soziale Verbindungen”, wenn Sie und in der heutigen Spitze möchte ich möchte Ihnen ein paar Verbindungen zwischen Protein Informationsressourcen, einschließlich einer neuen Verbindung, die wirklich zeigt einige der Grundwerte der PSI Strukturbiologie Knowledgebase, or SBKB.

Ich fange an die Spitze bei die UniProtKB, wo ich für eine UniProt ID-Nummer suchen. Aus dem resultierenden Protein Bericht, den ich zuerst kurz zeigen, wie man Link aus, um eine entsprechende RCSB HVE Bericht, wo finden Sie qualitativ hochwertige Protein-Struktur Informationen und mehr. Wenn Sie an weiteren Informationen über die RCSB PDB interessiert & Wie benutzt man es, bitte OpenHelix vollständige, free-Tutorial, das durch die RCSB PDB gefördert wird.

Von dort bin ich auf die UniProt Bericht zurück und zeigen einen neuen Link out-Option, die Links zu Protein-Protokolle, zur Verfügung stehenden Materialien, sowie Informationen über theoretische Modelle und vorhergesagten Protein-Targets aus dem SBKB. Ich habe keine Zeit, es zu zeigen, sondern eine aktuelle Update für das SBKB ermöglicht es Benutzern, jetzt suchen die Strukturbiologie Knowledgebase mit einer UniProt Zugangsnummer. Diese Recherchen stellt dem Anwender zusätzliche Informationen wie Protein-Struktur und Informationen über pre-released Struktur-Sequenz. Wie bei den RCSB PDB, haben wir eine kostenlose Tutorial auf der SBKB dass wird gefördert von der Protein Structure Initiative.

Als ich durch scrollen UniProt Protein Bericht Nutzer Informationen und Links für eine breite Palette von biowissenschaftlichen Informationen siehe. OpenHelix, da ich sicher bin, viele von Ihnen sind uns bewusst,, hat Anleitungen, wie viele dieser Ressourcen zu nutzen. Unsere Tutorials auf der RCSB PDB und die PSI SBKB sind beide kostenlos. Unsere Tutorials auf UniProt und viele andere Ressourcen werden durch ein Abonnement unserer Datenbank von Trainings oder durch den Kauf von individuellen Zugang zur Verfügung. Ob Sie lernen die Ressourcen durch unsere Tutorials, durch die Referenzen I Liste unten, oder durch eigene Erkundungen der Datenbanken, es ist wirklich eine erstaunliche Menge an verfügbaren Informationen über diese miteinander, öffentlich finanzierten Ressourcen – Bitte nutzen Sie diese bei Ihrer Recherche!

Quick Links:

UniProt Knowledgebase - http://www.uniprot.org/

OpenHelix Tutorial auf UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB HVE – http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial auf der RCSB PDB – http://www.openhelix.com/pdb

Das Protein Structure Initiative Strukturbiologie Knowledgebase (SBKB) - http://www.sbkb.org/

OpenHelix Tutorial auf der SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

Gesamtverzeichnis aller OpenHelix Tutorials – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Referenzen:
Die UniProt Consortium. (2009). Die Universal-Protein Ressource (UniProt) in 2010 Nucleic Acids Research, 38 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkp846

Rose, P., Beran, B., Bi, C., Bluhm, W., Dimitropoulos, D., Goodsell, D., Prlic, A., Quesada, M., Quinn, G., Westbrook, J., Jung, J., Yukich, B., Zardecki, C., Berman, H., & Bourne, P. (2010). Die RCSB Protein Data Bank: neu gestalteten Website und Web-Services Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq1021

Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Schah, R., Nucleic Acids Research, 37, A., Schwede, T., Arnold, K., Kiefer, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Fuhrmann, L., Moll, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). Die Proteinstruktur Initiative strukturelle Genomik Knowledgebase Nucleic Acids Research, 37 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkn790