Publishers + Bioinformatik-Werkzeuge. Gute Idee.

So beobachtete ich meine Twitter-Feed heute und sah diesen Leckerbissen kommen:

@ FN_Press: Elsevier stellt Genome-Viewer http://bit.ly/nS92lE

….Die Genome-Viewer verwendet eine Genom-Browser von NCBI entwickelt (das National Center for Biotechnology Information an den National Institutes of Health). Elsevier Zusammenarbeit mit der NCBI, wie es der Entwicklung wurde der Browser, und ist der erste Herausgeber, der die Technologie in eine Anwendung integrieren für die Anzeige detaillierter Informationen über die Gensequenzen, die in den Artikeln erwähnt werden, sind.

Wenn ein Autor eines Artikels tags einer Gensequenz, Elsevier Spiele in dieser Gen-Informationen in NCBI”s Datenbanken und zieht diese Informationen in dem Artikel. Dies erlaubt dem Leser des Artikels, um spezifische Informationen über jeden Strang durch Überfahren zu bekommen, und bietet darüber hinaus Funktionen wie Spiegeln die Stränge, Zoomen, um eine Sequenz, oder an eine bestimmte Position, um einen Track von Interesse innerhalb der Sequenz festlegen….

Es gibt nichts, was ich mehr liebe als Erkundung eines neuen Genom-Viewer, oder eine clevere neue Nutzung eines bestehenden! Die Pressemitteilung angebotenen Links, um ein paar Papiere, die angeblich diese neue Funktion zeigen, wurden. Ein…Ich konnte ihn nicht finden.

Schritt 1: Suchen Genom-Viewer.

Schritt 2: Sich Genoms Betrachter.

Schritt 3: Schreiben Sie bis Blogbeitrag über neue Genom-Viewer.

So hier sind wir, und ich bin bei Schritt stecken 1 noch. Aber ich habe solche setzte über über die zu Schritt 3. Ich bin sicher, die Leute bei Elsevier gehen, um mich zu diesem Browser–Ich habe bereits mit ihnen in Kontakt gewesen und sie gehen, um mir zu helfen.

Aber in der Zwischenzeit möchte ich sagen, wie cool eine Idee ist dies. Ich habe immer gedacht, es sollte mehr Integration zwischen der Wissenschaft Publikationen und Datenbanken. Und nicht nur, weil ich fest davon überzeugt, dass, zu einem großen Teil, die Daten nicht in den Zeitungen mehr.

Wir haben einen anderen Ansatz. Wir haben vor kurzem mit BioMedCentral Team um Schlagwort Artikel Partnerschaft mit der Rechenressourcen in ihrer Publikation, für die wir eine Ausbildung erwähnt. Auf ihren Seiten sehen Sie einen Link zu unserer Website, die wie folgt aussieht, auf einer kürzlich erschienenen Arbeit über CNVs in Trypanosomen: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/12/139

Auf unseren Seiten–wie dieses Beispiel unsere Zielseite für die GBrowse Tutorial–Sie werden sehen, neuere Arbeiten, die zu diesem Werkzeug bezeichnet.

Also, wenn Sie Interesse an GBrowse waren konnte man schnell sehen, wer mit ihm arbeitet,, wie, und es würde Ihnen helfen zu beurteilen, ob GBrowse ist das richtige Werkzeug für Sie braucht. Und könnten Sie unser Tutorial, um zu verstehen Möglichkeiten, die Daten aus einem Projekt, GBrowse verwendet erkunden. In vielen der “Große Datenmengen” Projekte, die Sie nicht gehen, um ein Gen-Liste oder ein Gen Link bekommen. Sie müssen den Satz in toto an den Standorten erkunden. Ich habe meine Garantie Hosen * auf diesen vor

Yeah. Ich habe starke Gefühle über diese.

Ich denke auch, es ist eine gute Idee für Verlage. Es ist ein bisschen Pushback ich über Abo Preise gesehen habe, Dieser Brief, der immer bei mir hängen geblieben, da ich es gelesen:

Der Leiter des Harvard Library System ist Pissed

Die Gewinnmargen der Zeitschriftenverlage in den Bereichen Wissenschaft, Technologie, und Medizin vor kurzem lief zu 30-40 Prozent; doch diejenigen Verlage add sehr wenig Wert auf den Forschungsprozess, und die meisten der Forschung ist letztlich durch die amerikanischen Steuerzahler durch die National Institutes of Health und anderen Organisationen finanziert.

Ich denke, dass durch Zugabe handlicher Zugriff auf die Daten in einem Papier, oder die notwendigen Werkzeuge, um weiter zu gehen, Publisher können Wert mehr als nur die traditionellen Publikation hinzufügen.

Wenn ich könnte sie nur finden…

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*Hut Spitze zu Mike the Mad Biologe für mein neues Lieblingswort, “Garantie Hosen

12 thoughts on "Publishers + Bioinformatik-Werkzeuge. Gute Idee.

  1. Shaun

    Hallo Mary,

    Wenn ich in einen der folgenden Links eingefügt, der Browser kam direkt unterhalb des abstrakten: http://dx.doi.org/10.1016/j.ygeno.2010.06.001

    Ich denke, dies ist eine großartige Idee, und es wird vor allem für ChIP-seq/RNA-seq Papiere. GEO fragt nun (aber nicht durchsetzen) jeder Vorlage ChIP-seq Daten an einen WIG-Datei beschreiben Abdeckung erstreckt sich über das Genom bieten zusammen mit den Rohdaten. Wenn Ihre Daten an den SRA geschickt, die nackten Knochen NCBI Genom-Browser ist es, Ihre GEO-Seiten hinzugefügt. Ich bin wirklich froh, dass die Zeitschriften werden jetzt beginnen, Quelle, aus der gleichen Browser.

    Ich habe vor kurzem sehr darauf mit Anleitung in mein Tagebuch Einsendungen, die Führung durch Gutachter, wie wir unsere ChIP-seq GEO WIG-Dateien direkt auf die UCSC Genom-Browser laden. Ich denke, es ist wirklich mächtig, damit die Gäste, um die Qualität der ChIP-seq Daten selbst nicht beurteilen als nur präsentieren eine Handvoll handverlesene Beispiele in den Zahlen. Direkt Laden von GEO zu UCSC bietet eine Reihe von Vorteilen, wie die Erhaltung Gutachter Anonymität und damit das Volk übermitteln die Daten ihn privat zu halten, bis Manuskript Akzeptanz. Ich bin sicher, ihr Jungs wissen, wie die UCSC eigene Spur URL zu erstellen, damit Sourcing direkt von GEO, aber lassen Sie mich wissen, wenn nicht.

  2. Mary Beitrag Autor

    Dank Shaun–welchen Browser verwenden Sie? Keiner von uns hat es auf jede Sorte von IE oder FF gefunden, auf PC und Macs so weit. Hier ist, was ich sehe: http://screencast.com/t/tgTw7XbtG

    Das ist eine wunderbare Punkt über Rezensenten zu.

    Fühlen Sie sich wie zu tun Gast Beitrag auf Ihrer Strategie ;) ? Klingt wie es wäre hilfreich für Menschen….

  3. Shaun Mahony

    Es ist für mich arbeiten auf beiden FF5.0 und Chrome12.0. Vielleicht ist es eine Sache HTML5? Es dauert ein paar Sekunden zum laden, obwohl, so versuchen Sie es erneut. Hier ist, was mein Bildschirm wie in Chrome aussieht:
    http://people.csail.mit.edu/mahony/screen.png

    Ich würde gerne ein Gastbeitrag auf der Rezensenten Thema zu tun; danke für das Angebot! Bitte schicken Sie mir, mir zu sagen, wenn Sie es wollen, usw.. Beware, obwohl, es ist ein bisschen wie ein Hack!

  4. Shaun

    Allein der Gedanke — ist es möglich, dass Sie nicht sehen, weil Sie nicht über eine Zeitschrift abonnieren? Das wäre wirklich lahm, wenn sie es eingerichtet haben auf diese Weise, gegeben, dass diese öffentlichen Daten aus einer öffentlichen Genom-Browser bezogen wird. Sowieso, nur, um Ihnen ein Gefühl für den Browser, eingebetteten Browser in dem Artikel Links zu dieser Seite am NCBI:
    http://1.usa.gov/pPkXEt

    und es ist das gleiche Look and Feel. Wahrscheinlich haben Sie schon diesen Browser von GEO Seiten oder anderswo gesehen.

  5. Mary Beitrag Autor

    Yeah, wir haben alles, was wir denken können ausprobiert, einschließlich des Wartens…. Wir haben kein Abonnement, das ist wahr. Doch sehen wir den vollständigen Text des Papiers. Also, wenn es eine Demo-Papier mit offenem Zugang, Ich würde erwarten, es trotzdem zu sehen. Einer von uns angemeldet sein, um Science Direct und wusste immer noch nicht sehen.

    Es ist eine gute Frage aber, wie verhält es sich mit Abo-Zeug. Ist es wie die abstrakte und wird für alle, oder nicht?

    Und wir werden Sie per E-Mail ping.

  6. Casey Bergman

    Ich konnte das neue Genome Viewer-Zugriff auf unsere Universität VPN, aber nicht von ihm weg, so ist dies wahrscheinlich ein Abonnement Zugang Problem sein. Kein toller Start für ein neues Feature von einem Unternehmen mit Open Access Glaubwürdigkeit Fragen…

    Was der Elsevier-System zu sein scheint dabei ist der Bergbau GenBank Accession-Nummern aus dem Volltext, und die Bereitstellung einen eingebetteten Link-out der NCBI-Genom-Viewer. So in der Realität Elsevier haben keine neuen Genome Browser-Funktionalität hergestellt. Darüber hinaus, der Genbank Identifier Text Mining zu sein scheint primitive, fehlen z. B.. Bereich Expansion seit den Text “Zugangsnummern GU646204 zu GU646336.” in http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378111911002125 nur Links zu zwei GenBank Beitritte (GU646204 und GU646336).

    Wenn diese Art der Integration ist von Interesse zu Leuten, Ich schlage vor, Sie prüfen ein Projekt von Max Häußler entwickelte genannt text2genome (http://www.text2genome.org). text2genome Extrakte DNA-Sequenzen aus Volltext-und ordnet sie Genen und Genomen eine direkte Kommentierung der DNA-Sequenzen in ein Papier geben, anstatt eine indirekte Kommentierung der GenBank Beitritte im Zusammenhang mit einem Artikel. Daten aus text2genome erfolgt über benutzerdefinierte Spuren der UCSC Genome Browser und einem DAS-Tracks, die Ensembl Genome Browser bedient.

    Wir haben auch püriert-up Publikationen und Genomen in einem benutzerdefinierten BioMart genannt pubmed2ensembl (http://www.pubmed2ensembl.org), wo Benutzer können sich über Papiere im Zusammenhang mit Genen und Genen in Verbindung mit Papieren aus einer Vielzahl von Datenquellen, einige basierend auf Text-Mining und andere auf Genomsequenz Analyse. Daten in pubmed2ensembl kann über die BioMart DAS Tracks auf der Ensembl Genome Browser als auch angezeigt werden.

  7. Mary Beitrag Autor

    Vielen Dank für die Details Casey.

    Ich mag die Idee, aber da ich nicht in der Lage gewesen, die Umsetzung sehen, ich habe keine wirklichen Schlüsse ziehen noch. Ich bin auch gefragt, wie Updates wird sich dies auf: wenn das Gen über die wir heute sprechen werden in diesem Papier ist dieses Gen, aber die Dinge in einer späteren Versammlung ändern–welche wir in den Browser haben? Und wird das klar sein Benutzer?

  8. Trey

    Casey,
    Dank für die, Ich war gerade auf der Suche über text2genome und sieht gut aus.

    Diese Art der Integration ist sehr hilfreich beim Lesen Papiere, hier hofft Verlage add mehr davon :)

  9. Mary Beitrag Autor

    Hey thanks @ Rafael! Ich konnte die Schüsse zu sehen, und bin gespannt auf die Probefahrt, es selbst. Ich bin ein Weltklasse-Software-Tester, Sie wissen ;) Ernst, Ich liebe es, die Reifen Kick.

    Wenn Sie Links zur Dokumentation haben, dass ich anfangen kann zu lesen, das wäre sehr nett. Ich bin einer der 10 Menschen auf dem Planeten, die tatsächlich liest Dokumentation Ich denke,….

  10. Pingback: Was ist die Antwort? (Publishing-Anwendungen) | Die OpenHelix Blog

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