Tipp der Woche: ORegAnno für regulatorische Annotation

In letzter Zeit bekommen wir viele Fragen über Möglichkeiten, den Veranstaltern und anderen rechtlichen Aspekte der Gene analysieren. Und für eine Weile waren wir meist den Hinweis auf die Vorhersage, dass Daten in die UCSC war Genome Browsers TFBS Konservierte Spur. TFBS konserviert ist eine Spur von rechnerisch vorhergesagt Bindungsstellen für Transkriptionsfaktoren (TFBS) die über Mensch / Maus / Ratte konserviert und auf der Grundlage Transfac v7.0 von BioBase. Wie sie sagen in der Spur Beschreibung, es ist wichtig zu wissen:

Die Daten sind rein rechnerische, und als solche nicht alle Bindungsstellen hier aufgeführten biologisch funktionellen Bindungsstellen.

Das ist zwar nützlich, Leute gefehlt haben mehr Beweise auf der Grundlage realer Bindung und / oder Aktivität Daten. Der heutige Tipp sprechen über 2 Möglichkeiten, sich zu anderen Daten–über Vorausberechnungen. Zuerst werden wir erkunden ORegAnno so werden Sie verstehen die Datenquellen, und dann werden wir auch an, dass die Daten sehen im Rahmen der UCSC Genom-Browser und einige nützliche Daten aus dem ENCODE Projekt.

ORegAnno ist die DasStift Regtorischen Jahrzung Database, eine Gemeinschaft Literatur Kuration Projekt für regulatorische Informationen. Jeder kann in der Kuration teilnehmen–sie leisten einen nützlichen Beitrag Kuration Werkzeuge und automatisierte Vernetzung und Überprüfung Funktionen, die es leichter machen. Sie würden registrieren, sauber, und die Daten wird für jeden zugänglich. Und mit dem Kurator Tools, die die Daten in Projekten wird geladen sind, die mit ORegAnno koordinieren–einschließlich der Spur an der UCSC Genome Browser von ORegAnno Daten.

In der Papierindustrie veröffentlicht im NAR 2008, Sie erklärten, diese:

Die aktuelle Version umfasst 30 145 Aufzeichnungen kuratiert von 922 Publikationen und beschreibt regulatorischen Sequenzen über 3853 Gene und 465 Transkriptionsfaktoren aus 19 Arten.

Also das ist ein schönes Set mit dieser Angaben ist das nicht nur rechnerische Prognosen. In der Spitze zeige ich ein Beispiel Stat1 Bindung, in der menschlichen, in der Nähe des Il10 Gen. Wenn man sich den Datensatz, Sie sehen mehrere Beweise, dass die Unterstützung dieser Daten und ein Link auf die Publikation, die es bietet.

Jetzt, wenn man sich ORegAnno Daten über die UCSC Genome Browser, Sie könnte an der rechnerischen Vorhersagen vergleichen, oder TFBS Daten aus anderen Projekten wie dem ENCODE Datensätze mit den Chip-Seq Daten (Yale TFBS und Haib, zum Beispiel; beachten: Sie können zurückgehen eine Versammlung, weil die ENCODE Daten nicht alle auf die aktuelle Assembly zu diesem Zeitpunkt). Dies ist, was ich im Film zeigen: Nehme ich eine ORegAnno kommentierte Artikel, visualisieren, dass mit den TFBS Konservierte Vorhersagen und mit einigen Projekt Daten zu kodieren. So erhalten Sie alle 3 Arten von Daten mit wenigen Klicks.

So gibt es mehrere Möglichkeiten, um für TFBS Daten sehen–einige davon Vorausberechnungen, einige Literatur Kuration, und einige große Daten Zeug aus dem ENCODE Teams. Alle haben Stärken und Einschränkungen. Computational Vorhersagen kann genomweite und unabhängig von einer bestimmten Zelle oder eines Gewebes Typ, sondern sind abhängig von den Zwängen der Algorithmen. Gemeinschaft Literatur Kuration bieten Qualität Beweise, sondern kann von interessierten Gruppen gewählt werden und nicht als weitgehend repräsentativ für die genomweite Situation. Big Daten Projekten kann genomweiten und haben Beweise in einigen Zelltypen, kann aber in Fortschritt und unterliegt der Kontrolle sein, wie sie vor der Veröffentlichung von Daten sind. Aber effektiv mit ihnen allen könnte Ihnen helfen, Regulation von Genen, die Sie interessieren könnten verstehen.

Quick Links:

ORegAnno: http://www.oreganno.org/

Biobase und Transfac: http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html

UCSC Genome Browser: http://genome.ucsc.edu/

ENCODE Daten UCSC: http://genome.ucsc.edu/ENCODE/

Referenz:
Griffith, O., Montgomery, S., Bernier, B., Chu, B., Kasaian, K., Aerts, S., Mahony, S., Sleumer, M., Bilenky, M., Häußler, M., Griffith, M., Gallo, S., Giardine, B., Hooghe, B., Klo, P., Weiß, E., Ticoll, A., Lithwick, S., Portales-Casamar, E., Donaldson, I., Robertson, G., Wadelius, C., Die BlesC., P., Vlieghe, D., Halfon, M., Wasserman, W., Hardison, R., Bergman, C., Jones, S., & Die Open Regulatory Annotation Consortium. (2007). ORegAnno: eine Open-Access Community getriebene Quelle für regulatorische Annotation Nucleic Acids Research, 36 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkm967

3 thoughts on "Tipp der Woche: ORegAnno für regulatorische Annotation

  1. Shaun Mahony

    Hallo Mary —

    Wenn Sie Einstecken des teuren proprietären Transfac, Es ist auch erwähnenswert, die freie & Open-Source- (aber weniger dicht besiedelten) Jaspar:
    http://jaspar.genereg.net/

    Ich habe auch festgestellt, dass UNIProbe eine ausgezeichnete Quelle für Informationen werden auf der Bindung Präferenzen der Säugetier-Transkriptionsfaktoren.
    http://the_brain.bwh.harvard.edu/uniprobe/index.php
    Es ist ein Repository für Martha Bulyk die Proteinbindung Microarray-Analyse der in vitro-Bindung Präferenz vieler TFs. Einige Familien sind ziemlich tief profilierte (g. Homeodomains & ETS).

  2. Mary Beitrag Autor

    Hallo Shaun–

    Ich bin nicht Einstecken Transfac–es ist nur die Spur, die zur Verfügung steht UCSC, dass ich rede. Und es gibt keine Kosten, um es auf die UCSC Genome Browser verwenden, wie hier gezeigt.

    Aber danke für die anderen Werkzeuge als auch. Wie die meisten Fragen in der Bioinformatik, es gibt eine Menge von Werkzeugen mit unterschiedlichen Perspektiven und Projektziele. Und unterschiedliche Mengen an Daten. So ist es schön zu Optionen.

  3. Trey

    Dank Shaun für den Werkzeug-Vorschläge.

    Das hat mich an etwas, Ich mag zu wiederholen, würde daran erinnern,.

    Ich möchte nur darauf hinweisen, unseren Lesern, wenn sie nicht bereits herausgefunden, dass wir auf öffentlich zugänglichen Fokus, Open-Access-Datenbanken und Tools (Daher unser Name). Fast alle Ressourcen und Werkzeuge, die wir Zug auf, oder hier zu erwähnen auf dem Blog, sind somit.

    Wir sind nicht gegen proprietäre Tools, aber wenn wir erwähnen sie tun wir natürlich zeigen, dass sie urheberrechtlich geschützt sind out. Und wenn wir für die Werbung bezahlt, Wir werden auf jeden Fall offen zu legen, dass.

    Und als Mary erwähnt, der Beitrag wurde von UCSC (öffentlich zugänglich) Spuren Transfac (offen auf UCSC abgerufen) und anderen öffentlich zugänglichen Tools wie ORegAnno.

    Ich dachte, das war ein guter Ort, um das wiederholen, :D

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