نصيحة الأسبوع: CircuitsDB لشبكات تنظيم TF / ميرنا / الجين


في تلميح هذا الأسبوع أود أن أعرض لكم CircuitsDB, التي تصف نفسها بأنها:

“…قاعدة بيانات حيث الترانسكربتي وبعد الترانسكربتي - (ميرنا توسطت) وتنصهر معا في شبكة المعلومات من أجل اقتراح والاعتراف غير تركيبات تنظيمية تافهة. “

اكتشفت حول قاعدة البيانات المركزية من مقالة بيوميد “CircuitsDB: قاعدة بيانات للعامل microRNA / النسخ مختلطة التغذية إلى الأمام الدوائر التنظيمية في الإنسان والفأر“, الذي أذكر أدناه. كنت قد تم بالفعل التفكير miRNAs لأنني أنا من المقرر استكمال البرنامج التعليمي لدينا miRBase في المستقبل القريب ، وكانت القراءة / اللحاق بالركب عن آخر في هذا المجال. ورقة كتبها آخرون CircuitsDB اوليفييه بن Friard يقوم بعمل لطيف حقا بسرعة وبوضوح بطرح الخلفية من المشروع – كيف عوامل النسخ منذ فترة طويلة لدرس تنظيمها الترانسكربتي من الجينات والبروتينات الترميز تشارك في أي من المسارات مانور, بما فيها تلك الأمراض. وغني عن لوصف أن دراسة microRNAs, أو miRNAs, هو أحدث مجال دراسة آثار ما بعد متعدية التنظيمية للmiRNAs على الجينات والبروتينات ووظائفها الترميز. الجهود الحالية تتجه لدمج المنطقتين من البحوث لإنشاء أكثر اكتمالا, وباعتراف الجميع أكثر تعقيدا, التنظيمية وجهات النظر من البروتين الترميز الجينات والأمراض ويؤثر على مسارات أخرى.

مطورو CircuitsDB أيضا بشكل واضح جدا كيف تصف لديهم الملغومة, تحليل وتوصيل البيانات من قواعد البيانات عدد من كبار – العديد من الدروس التي لدينا على, مثل OMIM, miRBase, Ensembl وغيرها – من أجل إنشاء خدمة الأمام حلقات التنظيمية, أو FFLs, من TFS, تتأثر وتؤثر في نهاية المطاف miRNAs جينات البروتينات والترميز. الصورة في اليمين من ورقة الأصلي: “الجينوم على نطاق المسح من microRNA - النسخ عامل تغذية إلى الأمام الدوائر التنظيمية في الإنسان” (الواردة أدناه), التي ذكرت وتطوير الإطار الحسابية لميرنا مختلط / TF التغذية إلى الأمام الدوائر التنظيمية التي هي متاحة بحرية من خلال واجهة ويب CircuitsDB. هذه الورقة الأصلي هو متاح مجانا, مع التسجيل لنشر RSC, ويقدم وصفا مفصلا لتنميتها الأصلي, فضلا عن الوصول إلى ملفات عدة تكميلية.

ربط شبكات أساسا عوامل النسخ والجينات المتأثرة, miRNAs والجينات المتأثرة, وكانت ترتبط بصعوبة عوامل النسخ وmiRNAs من خلال تحليل بنسبة ضئيلة منذ البداية AB -. وقد اكتسبت ثم الدعم للاتصالات عن طريق تحليل المخصب GO حيث, مرض اتصالات, واتصالات معروفة في السابق وجدت في الموارد الأخرى المتخصصة. واجهة CircuitsDB يقدم أدوات متعددة. و الأداة الرئيسية (FFL) هذا ما تبين لي في هذا غيض & هو الأداة التي يتم البحث عن الشبكات تخطيطي أعلاه. و MYC FFL هو مثير للإعجاب “برعاية قاعدة بيانات للتغذية بوساطة ميرنا الحلقات التي تنطوي على إعادة توجيه MYC كمنظم ماجستير”, وتتضمن معلومات عن اتجاه التنظيم, حلقة المشاركين, مستويات الأدلة وأكثر. و الترانسكربتي الشبكة أداة يسمح للمستخدم للبحث مع ميرنا إما & العثور على تنظيم TF, أو البحث مع TF & العثور على الجينات أو تنظيم miRNAs. و بعد الترانسكربتي الشبكة أداة مشابه, ولكنه يسمح بالبحث عن ميرنا أو للعثور على الجينات الجينات التي تنظم تنظيما أو ميرنا, على التوالي. لذا تحقق من غيض & ثم تحقق من CircuitsDB – استمتع!

المراجع:
Friard, O., إعادة, أ., حانة, د., دي بورتولي, م., & كورا, D. (2010). CircuitsDB: قاعدة بيانات للعامل microRNA / النسخ مختلطة التغذية إلى الأمام الدوائر التنظيمية في الإنسان والفأر BMC المعلوماتية الحيوية, 11 (1) دوى: 10.1186/1471-2105-11-435

إعادة, أ., كورا, د., حانة, د., & مربعات, M. (2009). الجينوم على نطاق المسح من microRNA - النسخ عامل تغذية إلى الأمام الدوائر التنظيمية في الإنسان النظم البيولوجية الجزيئية, 5 (8) دوى: 10.1039/B900177H

4 الأفكار حول "نصيحة الأسبوع: CircuitsDB لشبكات تنظيم TF / ميرنا / الجين

  1. أسمر

    واحد من المؤلفين من كبار السن الورقة هو أستاذي في الوقت الدكتوراه! في الحقيقة أنا أحاول أن استنساخ بالضبط الشيء نفسه في الأنواع النباتية. اعتقد انها طريقة ذكية لدمج نوعين مختلفين من أنظمة, وآمل في الحصول على نفس النتائج جيدة كما هو الحال في الإنسان والفئران.

  2. جنيفر أضف المؤلف

    مرحبا مورينو,

    شكرا لإعلامنا عن مشروعك. هذا يبدو وكأنه محاولة صعبة للغاية وجديرة بالاهتمام – نتمنى لكم كل التوفيق معها! وعندما (إذا لم) كنت تنجح ويمكن أن تجعل النتائج متاحة للجمهور, اسمحوا لنا أن نعرف – ثم أستطيع أن أفعل تلميح يضم قاعدة البيانات الخاصة بك. :)

  3. التنبيهات: تويت أن أذكر نصيحة الأسبوع: CircuitsDB لشبكات تنظيم TF / ميرنا / الجين | وOpenHelix مدونة -- Topsy.com

  4. التنبيهات: نصيحة الأسبوع: Reptar, قاعدة بيانات للمواقع المستهدفة ميرنا | وOpenHelix مدونة

التعليقات مغلقة.