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Astuce Vidéo de la semaine: FlyBase TV, and a letter of support for model organism communities

This week’s video tip was prompted by a couple of things. Première, il était un tweet de FlyBase, about their video channel. Ça a été un moment depuis que nous avions fait une Airbase Conseil de la semaine, donc ça a été une raison suffisante.

Mais il est également venu juste après que je pensais à l'importance des organismes modèles, sur la base de la campagne par les bases de données d'organismes modèles pour sauver leur financement. Voici un tweet de la base de données du génome de la levure (SGD) avec un plaidoyer:

Mais cette lettre cite la levure, vole, WormBase, Danse, MGI, RGD et Gene Ontology ainsi.

mergeJ'ai un faible pour les organismes modèles, non seulement en raison de la quantité énorme de grande biologie qu'ils ont fourni. J'étais un postdoc au laboratoire Jackson, et je suis parfaitement conscient de l'importance cruciale est d'avoir la profondeur des spécialistes des espèces impliquées dans la création et le maintien des ressources qui sont appropriées pour leur organisme. Mais il est plus que de simples connaissances institutionnelles et les données, bien sûr. Il est également l'importance de la communauté des chercheurs travaillant sur cet organisme, les soutenir et ayant leurs besoins satisfaits à bien des égards avec des ressources spécifiques aux espèces.

Donc, la pointe de cette semaine met en évidence certaines caractéristiques des outils de FlyBase, comme un moyen de rappeler aux gens du grand travail qui est en cours au modèle des bases de données de l'organisme (MODs).

Maintenant, si vous ne l'avez pas déjà fait, s'il vous plaît envisager de signer à la lettre de soutien à ces bases de données. Vous pouvez en savoir plus sur la question plus sur le site, mais brièvement:

NHGRI / NIH a récemment avancé un plan dans lequel les MODs seront intégrées dans une base de données combinée unique, ainsi qu'un 30% réduction du financement pour chaque MOD (voir également Nature et Science reportages). Alors que l'intégration accrue présentera de nombreux avantages, le plan se traduira par une perte d'ensembles de données spécifiques à l'organisme critiques. La coupe de financement sera également paralyser les fonctions de base telles que la littérature de haute qualité curation et annotation du génome, dégrader l'utilité des MODs. Étant donné le grand nombre de scientifiques que ce changement de politique aurait une incidence et l'importance de leur travail, ceci est une question extrêmement préoccupante.

J'ai toujours crié sur l'importance de curation de haute qualité. Il est tellement sous-évalué, mais il est seulement de plus en plus crucial maintenant que nous obtenons des données de séquence tant et nous avons besoin des meilleures connaissances existantes pour nous guider à travers elle. Maintenant, est pas le moment de réduire les curation.

Donc, si vous avez évalué les données MOD et les sites communautaires, s'il vous plaît envisager de signer à la lettre d'appui.

Liens rapides:

FlyBase: http://flybase.org/

Modèle de soutien Organism Bases de données lettre: http://www.genetics-gsa.org/MODSupport/

Références:

Hayden, Erica Check. “Le financement des bases de données modèle-organismes en difficulté.” Nature Nouvelles. () DOI: 10.1038/nature.2016.20134

Kaiser, Jocelyn. “Le financement des ressources de données clés en danger.” Science 351.6268 (2016): 14-14. DOI: 10.1126/science.351.6268.14

Attrill, Helen, et al. “FlyBase: établir une ressource Gene groupe pour Drosophila melanogaster.” Nucleic Acids Research (2015): gkv1046. DOI: 10.1093/grenade / gkv1046