support_MODs

Vídeo Consejo de la semana: base aérea de TV, y una carta de apoyo a las comunidades organismo modelo

This week’s video tip was prompted by a couple of things. Primero, era un tweet de FlyBase, about their video channel. Ha sido un tiempo desde que habíamos hecho una Base aérea Consejo de la semana, así que fue una razón suficiente.

Pero también se produjo justo después de que yo estaba pensando acerca de la importancia de los organismos modelo, sobre la base de la campaña de las bases de datos organismo modelo para salvar a su financiación. Aquí está un tweet de la base de datos del genoma de la levadura (SGD) con una petición:

Pero esta carta cita la levadura, moscas, WormBase, Danza, MGI, RGD y Gene Ontology también.

mergeTengo una debilidad por los organismos modelo, no sólo debido a la enorme cantidad de gran biología que han proporcionado. Yo era un post-doctorado en el Laboratorio Jackson, y soy muy consciente de lo importante que es tener la profundidad de los especialistas en especies involucradas en la creación y el mantenimiento de los recursos que sean apropiados para su organismo. Pero es más que conocimientos institucional y de datos, por supuesto. Es también la importancia de la comunidad de investigadores que trabajan en ese organismo, apoyándolos y tener sus necesidades cubiertas en muchos aspectos con los recursos específicos de cada especie.

Así que el consejo de esta semana pone de relieve algunas de las características de las herramientas FlyBase, como una manera de recordar a la gente de la gran obra que está pasando en las bases de datos de organismos modelo (MODs).

Ahora, si no lo ha hecho, por que no firmar el carta de apoyo a estas bases de datos. Puede leer más sobre el tema más en el sitio, pero brevemente:

NHGRI / NIH ha avanzado recientemente un plan en el que los mods se integrarán en una única base de datos combinada, junto con una 30% reducción de los fondos para cada MOD (véase también éstos Naturaleza y Ciencia noticias). Aunque el aumento de la integración presentará muchas ventajas, el plan se traducirá en una pérdida de datos críticos organismos específicos. El corte financiación también paralizar funciones básicas tales como curación de la literatura de alta calidad y la anotación del genoma, degradar la utilidad de los MODs. Dado el gran número de científicos que este cambio de política afectaría y la importancia de su trabajo, esto es un motivo de preocupación extrema.

Siempre he gritado sobre la importancia de curación de alta calidad. Es tan infravalorado, but it’s only more and more crucial now that we are getting so much sequence data and we need the best existing knowledge to help guide us through it. Now is not the time to cut back on curation.

So if you have valued MOD data and community sites, please consider signing on to the letter of support.

Enlaces rápidos:

FlyBase: http://flybase.org/

Support Model Organism Databases carta: http://www.genetics-gsa.org/MODSupport/

Referencias:

Hayden, Erica Check. “Funding for model-organism databases in trouble.” Nature News. () DOI: 10.1038/nature.2016.20134

Emperador, Jocelyn. “Funding for key data resources in jeopardy.” Ciencia 351.6268 (2016): 14-14. DOI: 10.1126/science.351.6268.14

Attrill, Helen, et al. “FlyBase: establishing a Gene Group resource for Drosophila melanogaster.” Los ácidos nucleicos de investigación (2015): gkv1046. DOI: 10.1093/nar/gkv1046