UCSC Genome Browser new feature

一周的视频提示: Multi-region visualization in the UCSC Genome Browser

本周的视频尖在演示了一个新功能 UCSC基因组浏览器. I think it’s kind of unusual, 和概念上我花了一些时间来习惯,当我开始测试它. 所以,我想去过的基础知识为你, 给你一对夫妇的事情的提示,我不得不为神交我习惯了这种新的可视化选项.

标题的新闻项目 将其描述为: “结合基因组浏览器的多个区域为单幅可视化!” 和

你是否曾经希望能够从基因组浏览器显示删除所有内含子或间隔区的? 你是否曾经梦想能够可视化基因组的多遥远的地区? 嗯, 现在你可以用新 “多区域” 在基因组浏览器选项!

我也许应该开始与困惑我的第一件事情–名字 “多区域”. 我以为我将能够看到一个地区的染色体上的部分可能 1, 和一些染色体 8, 也许在同一时间. 但是,这不是如何运作. 在这种情况下, 你看多个区域沿同一染色体, 与某些间插序列的剪断出. 这将创建一个排序 “虚拟染色体” 为你互动.

在本周的视频, 我会告诉你如何看起来使用的BRCA1基因. 首先,我告诉你如何可以在所有外显子一起看–与内含子剪辑了. 然后,我告诉你如何看基因一起显示附近, 与非编码区裁剪出. 这些都是 2 用于查看单独的选项.

我用的是 “查看” 菜单选项来说明这个功能. 但还有另一种方式来访问它–您可以使用 “多区域” 按钮,在浏览器按钮区域.

multiregion_button

为了保持视频短片, 我没去到每一个细节上这个工​​具. 你应该检查出 消息公布吧, 并链接到的其他详细信息 用户指南文档 更多. 新的功能也在介绍最新NAR简要提到在UCSC基因组浏览器 (下面链接). 你应该尝试一下, 当然! 这是真正了解它如何帮助你想象,你可能会感兴趣的基因组区域的最佳方式.

也如在新闻, 由于开发团队. 我一直在寻找新的可视化, 而这个有趣的测试!

谢谢高尔特理发, 马修·斯皮尔, 而整个UCSC基因组浏览器的质量保证团队,为所有的努力在创造这些激动人心的新的显示模式.

按照加州大学圣克鲁兹分校的Twitter:

快速链接:

UCSC基因组浏览器: genome.ucsc.edu

多区域新闻项目: http://genome.ucsc.edu/goldenPath/newsarch.html#030816

在UCSC基因组浏览器培训教材: http://openhelix.com/ucsc

参考:

带动, 米, 科, 答:, 罗森布鲁姆, 光, 雷尼, 二, 赞助商, 二, Nejad, 体育, 李, 二, 学习, 光, Karolchik, 四, Hinrichs先生, 答:, 海特纳, 学, 硬, 河, Haeussler, 米, Guruvadoo, 属, 藤田, 体育, Eisenhart, 三, Diekhans, 米, 克劳森, 阁下, 卡斯帕, j的, 理发, 克, 豪斯勒速度, 四, 库恩, 河, & 肯特, 在. (2016). UCSC基因组浏览器数据库: 2016 更新 核酸研究, 44 (D1) 分类号: 10.1093/nar/gkv1275

披露: UCSC Genome Browser tutorials are freely available because UCSC 赞助商 us to do training and outreach on the UCSC Genome Browser.