UCSC Genome Browser new feature

Video Tipp der Woche: Multi-Region Visualisierung im UCSC Genome Browser

Dieses Video-Tipp der Woche zeigt eine neue Funktion bei der UCSC Genome Browser. Ich denke, es ist eine Art ungewöhnlich, und nahm mich vom Konzept her eine kleine Weile daran zu gewöhnen, als ich begann es zu testen. Also wollte ich für Sie über die Grundlagen zu gehen, und geben Ihnen ein paar Tipps auf Dinge, die ich hatte grok, wie ich zu dieser neuen Sichtoption verwendet wurde.

Das Überschrift für die News beschreibt es als: “Kombinieren mehrerer Regionen des Genoms Browser in einer einzigen Visualisierung!” und

Haben Sie sich jemals gewünscht, Sie alle der Intron oder intergenischen Regionen aus dem Genom-Browser-Anzeige entfernen könnte? Haben Sie schon einmal davon geträumt mehrere entlegene Regionen eines Genoms zu visualisieren? Nun, jetzt können Sie mit dem neuen “Multi-Region” Option im Genome Browser!

Ich sollte wohl mit der ersten Sache beginnen, die mich verwirrt–der Name “Multi-Region”. Ich dachte, dass ich in der Lage sein vielleicht Teil einer Region auf dem Chromosom zu sehen 1, und etwas auf dem Chromosom 8, vielleicht zugleich. Aber das ist nicht, wie das funktioniert. In diesem Fall, Sie schauen auf mehrere Regionen auf dem gleichen Chromosom, mit einigen der intervenierende Sequenzen snipped out. Dies schafft eine Art von “virtuelle Chromosom” Sie interagieren mit.

In dieser Woche Video, Ich werde Ihnen zeigen, wie das aussieht das BRCA1-Gen unter Verwendung von. Zuerst zeige ich, wie Sie bei allen Exons aussehen kann zusammen–mit Introns ausgeclipst. Und dann zeige ich, wie man die Gene in der Nachbarschaft zusammen angezeigt sehen, mit den nicht-kodierenden Regionen ausgeclipst. Dies sind 2 der einzelnen Optionen für die Anzeige.

Ich die “Anzeigen” Menüoption zu illustrieren diese Funktion. Aber es gibt eine andere Möglichkeit, darauf zuzugreifen–Sie können die Verwendung “Multi-Region” Button in der Browser-Buttons Bereich.

multiregion_button

Damit das Video kurz, Ich habe nicht in jedem Detail zu diesem Werkzeug. Sie sollten überprüfen, die news- Mitteilung für sie, und die Verbindung zu den weiteren Einzelheiten in der Benutzerhandbuch Dokumentation Für weitere. Die neue Funktion wird auch kurz in der neuesten NAR Papier auf dem UCSC Genome Browser erwähnt (unten verlinkt). Und Sie sollten es ausprobieren, natürlich! Das ist der beste Weg, um wirklich zu verstehen, wie es Ihnen Regionen des Genoms zu visualisieren könnte helfen, die Sie interessiert sein könnte in.

Wie auch in den Nachrichten, Dank an das Entwicklungsteam. Ich bin immer auf der Suche nach neuen Visualisierungen, und dieser Spaß zu testen!

Wir danken Ihnen, Galt Barber, Matthew Speir, und die gesamte UCSC Genome Browser Qualitätssicherung Team für all ihre Bemühungen in diese aufregende neue Anzeige-Modi zu schaffen.

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Quick-Links:

UCSC Genome Browser: genome.ucsc.edu

Nachrichten Artikel auf Multi-Region: http://genome.ucsc.edu/goldenPath/newsarch.html#030816

Schulungsunterlagen auf der UCSC Genome Browser: http://openhelix.com/ucsc

Referenz:

Sporn, M., Zweig, A., Rosenbloom, K., Raney, B., Paten, B., Nejad, P., Lee, B., Learned, K., Karolchik, D., RAMspan>, Hinrichs, AS, Hsu, F., Kober, KM, Miller, W., Pedersen, JS, Pohl, A., Raney, BJ , A., Heitner, S., Harte, R., Häußler, M., Guruvadoo, L., Fujita, P., Eisenhart, C., Diekhans, M., Clawson, H., Casper, J., Friseur, G., Haussler, D., Kuhn, R., & Kent, In. (2016). Die UCSC Genome Browser Datenbank: 2016 Update Nucleic Acids Research, 44 (D1) DOI: 10.1093/nar/gkv1275

Bekanntgabe: UCSC Genome Browser tutorials are freely available because UCSC Sponsoren us to do training and outreach on the UCSC Genome Browser.