Eh, geben Sie Ihre eigenen verdammt Daten….

tair_submission.jpgIch wurde über die Suche Eurekalert Ankündigungen und stieß auf eine, die ich habe mit jetzt für einige Zeit sickert. Es ist eine Anstrengung, die ich voll unterstützen und fördern. Aber ich mache mir Sorgen über ein paar Aspekte der IT-. Die Warnung ist berechtigt: Controlling ein Meer von Informationen. Ter Einrabidopsis Innformation ReSource. (TAIR) hat mit der Zeitschrift Partnerschaft Pflanzenphysiologie um sicherzustellen, Daten aus Pflanzenphysiologie Papiere werden in die Datenbank zu erhalten TAIR. Je länger Geschichte ist aus der Ausschreibung und eine der verfügbaren findet Editorial. Die Kurzgeschichte ist: es gibt nicht genug Kuratoren zu halten mit allen Daten kommen aus. Dies verhindert eine Vielzahl von Informationen aus Einstieg in die Datenbanken. Die TAIR und PlantPhysiol Leute haben sich zusammengetan, um einen Weg für die Autoren selbst diese Informationen in TAIR mit einer einfachen Form zu bekommen erstellen.

Jetzt, Ich würde die Form, und ich würde behaupten,, und ich würde versuchen, es zu tun, um Standards zu erfüllen und mit einer Genauigkeit. Aber ich habe viele Kollegen im Laufe der Jahre, die geblasen hätte, dass aus. Also ich hoffe, es ist die Einhaltung, aber….wir werden sehen. Immer und immer in der Bioinformatik gibt es Bemühungen um “Community Annotation” und “Community Einreichung” die haben gemischte Ergebnisse hatte–sowohl in Annahme und Qualität. Es gibt sicherlich einige Befürworter und Early Adopters. Jeder will große Daten in den Datenbanken, wenn sie gehen und ihn suchen. Aber für die Autoren / Einreicher–es kann eine Zeit Waschbecken und ein Ärgernis sein–ohne Leistung wie ein Lebenslauf Artikel, dass die Amtszeit Ausschuss prüft.

Ich hatte sogar einen Kollegen, der ein Gen vorgelegt hatte GenBank Jahren und zufällig hatte einen Tippfehler in der Gen-Namen. Er wusste, er konnte es zu korrigieren–aber er lieber nicht, weil er wusste, wenn er den Tippfehler als Suche verwendet er immer seine Unterwerfung und nicht durch all die anderen aussehen.

Professionelle curation Mitarbeiter sind so wichtig für Fokus, Volumen, und Qualitätskontrolle. Sie sind ernst, und haben so ein großes Verständnis dafür, warum die richtigen Symbole, Gene Ontology Begriffe, experimentelle Beschreibungen, etc sind entscheidend, um in den Datenbanken gespeichert. Aber einige Wissenschaftler beklagen sich über die Finanzierung, die zur Datenbank-Projekte geht, weil sie für knapper Ressourcen mit den Bank Forscher konkurrieren.

Ich wünsche diesem Projekt viel Erfolg. Ich würde Menschen zu ermutigen, diese ernst zu nehmen, wenn Sie qualitativ hochwertige Informationen in den Datenbanken wollen. Bemühungen der Gemeinschaft sind eine tolle Idee. Aber professionelle Personal an diesen Ressourcen sind immer noch von entscheidender Bedeutung für den Erhalt der Qualität, die wir brauchen in den Datenbanken. Und für einige Anstrengungen es wirklich braucht, um eine engagierte Gruppe mit der Ausbildung sein, Standards, institutionelle Gedächtnis und Teamarbeit. Ich hoffe, die Leute unterstützen und schätzen Kuratoren sowie.

Vielleicht werden wir einen Bericht über die TAIR / PlantPhysiol Projekt am nächsten zu kommen Biocurators Treffen–wir werden da sein, wir freuen uns auf Anhörung darüber!

Leitartikel: Pflanzenphysiologie 146:1022-1023 (2008)

3 thoughts on "Eh, geben Sie Ihre eigenen verdammt Daten….

  1. Eva Huala

    Eine leichte Klärung – die Daten in der Form noch durch professionelle Kuratoren überprüft, aber mit den Daten, die bereits etwas strukturiert und destilliert im Formular sollte reduzieren auf die Zeit, die benötigt Kurator.

  2. Mary

    Hallo Eva–

    Oh, Ich bin sicher, es muss noch schreiben. Aber ich bin besorgt, dass fast länger als ein professioneller Kurator nehmen unter den ganzen Papier von Anfang an. Wenn ich Jax war haben wir eine saubere up auf einem freien Feld Text Gewebe…Abstimmen. Und ich sah, dass alle freien Text in der Form.

    Ich war auch eine Zeit erinnern, wenn jemand bedroht zu verklagen, weil Kuratoren ihr Haustier Gen Namen geändert hatte. Proper Nomenklatur ist einfach nicht eine oberste Priorität für viele Menschen.

    Ich hoffe wirklich, dass es funktioniert, und funktioniert gut. Ich weiß, das Datenvolumen ist riesig. Vielleicht habe ich einfach haben nicht um hängen mit den richtigen Leuten, wenn ich nicht arbeiten bei Datenbanken :)

  3. Pingback: Wikification der Genbank | Die OpenHelix Blog

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