Tipp der Woche: PLAN2L für Arabidopsis Literatur

plan2L_jingAus diesem Tipp der Woche schauen wir uns ein Text-Mining-Tool für die Arabidopsis Literatur, Plan2L, oder Werk Anmerkung zu Literatur. Es hat eine sehr einfache Schnittstelle, die Benutzer des Papiers Raum ermöglicht, und Sie können mit einer Vielzahl von Brennpunkten zu tun: die bibliome als Ganzes, oder mit dem Schwerpunkt auf Interaktion, Regulierung, Zellzyklus, und mehr. Die Ergebnisse bieten Links zu den Abstracts PubMed, und tabellarische Ergebnisse der Statistiken des Begriffs Auftreten in diesem Bereich der Schwerpunkt. Green Ergebnisse zeigen positive Ergebnisse und voraussichtliche Bedeutung, rot sind wahrscheinlich nicht relevant, eine grafische Anleitung zum schnellen Auffinden der Daten von Interesse. Links zu anderen Ressourcen, einschließlich der BioCreative Server, WikiGenes, iHOP und TAIR stehen ebenfalls zur Verfügung.

Der aktuelle Schwerpunkt für diese Ressource ist Arabidopsis, aber es wäre sehr nützlich für andere Arten zu. Wenn Sie in Text Mining Arabidopisis interessiert Ich würde auch empfehlen Ihnen, die Ergebnisse mit dem vergleichen Textpresso Installation bei TAIR zu sehen, was Sie in einem anderen Text Miner-Schnittstelle sowie entdecken.

Plan2L site: http://zope.bioinfo.cnio.es/plan2l/plan2l.html

Für ihre jüngste Arbeit über Plan2L sehen: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19520768 oder den ganzen Artikel frei verfügbar in PubMedCentral: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=19520768

3 thoughts on "Tipp der Woche: PLAN2L für Arabidopsis Literatur

  1. Martin Krallinger

    Nizza-Präsentation, tatsächlich bei der einfachen Suche ist es möglich, re-Ranking der Satz trifft für jede der unterstützten biologischen Themen (Regulierung, Interaktion Entwicklung Sub-Typen,…). Wir planen, die Schnittstelle zu verbessern und auch einige der speziellen Text-Mining-Module. Wir wollen ein ähnliches System für den Muskelaufbau zu konstruieren (Entwicklung, Regeneration) relevanten Genen, sowie Gene, die für bestimmte Krebsarten. In Fall müssen Sie ein paar Vorschläge, schickt mir einfach eine e-mail. Es wäre schön, eine Kopie des Videos auf dem plan2l Netz gestellt, aber ich weiß nicht, wie der Autor des Videos Kontakt. Regards, Martin Krallinger (PLAN2L Autor)

  2. Mary

    Oh, hallo Martin–Dank für das Kommen von. Und vielen Dank für die zusätzlichen Tipps.

    Erfreut über die Ausweitung auf andere Themen zu hören. Ich studierte Muskelaufbau für meine Doktorarbeit, so dass ein besonderer Liebling von mir! Ich würde glücklich sein, miteinander zu tun “Spitze” dann.

    Ich werde Ihnen das Schreiben auf dem Video.

  3. Pingback: Tipp der Woche: Jahr der Tipps, Teil zwei | Die OpenHelix Blog

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