Astuce de la semaine: Encoder les données à l'UCSC

encode_standaloneENCODE reposer Encyclopedia l'f DNA ELEMENTS. Il s'agit d'un projet important d'examiner les éléments de la séquence du génome humain de façon très détaillée, impliquant de nombreux groupes aux États-Unis et au-delà, coordonné et parrainé par le NHGRI. L'année dernière, comme ce fut le brassage J'ai fait une série de “Conseils de la semaine” au sujet de la ENCODE données qui inclus le projet pilote et les données de la phase de production qui est disputaient par les gens à l'UCSC Genome Browser et affiché dans ce cadre. Eh bien, maintenant que les données sont roulant dans, et et vous avez accès à des données pré-publication étant généré. Dans ce Astuce de la semaine nous vous proposons de fond sur le projet et examiner spécifiquement certaines de ces données.

Nous avons créé une présentation plus formelle de ce que vous pouvez regarder ici comme un film autonome. C'est plus que ce que nous avons habituellement comme un “pointe”, mais nous pensons qu'il est important de comprendre le contexte et les avant-plan pour comprendre comment tirer le meilleur parti des données.

Félicitations à la ENCODE équipe de CDC à l'UCSC qui est dirigé par Kate Rosenbloom pour rendre ces données disponibles. Et grâce à l'encodage des équipes de projet pour générer ces données.

Ce matériau est également intégré dans notre offre complète de matériaux qui sont UCSC librement disponible ici. Si vous n'êtes pas déjà familier avec l'UCSC Genome Browser vous voudrez peut-être explorer cette première. La pièce ENCODE est un segment de la “Outils supplémentaires” tutoriel. Toutes nos lames sont là et vous pouvez télécharger et utiliser les diapositives pour enseigner aux élèves. Il ya aussi un exercice qui vous guide à travers un échantillon de données dans le téléchargement de l'exercice.

En plus de morceaux du projet viennent le long nous nous attendons à améliorer ce film et il touchera sur la plupart des types de données disponibles dans le cadre de ce grand projet. Nous allons ajouter des exercices supplémentaires. Nous espérons que vous pouvez faire usage des hors-la-la-projets chaudes (avant que les presses!) données qui peuvent aider votre recherche.

Encoder à NHGRI: http://www.genome.gov/10005107

ENCODE chantier de CDC: http://genome.ucsc.edu / encoder /

Suite de formation complet sur UCSC Genome Browser (ENCODE partie est dans la section Outils Associated à ce moment): http://www.openhelix.com / cgi / tutorialInfo.cgi?id = 76

Encoder les données au lien vidéo UCSC autonome directe: http://www.openhelix.com/downloads/jing/encode/encode_movie.html

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