Tipp der Woche: ENCODE Daten UCSC

encode_standaloneENCODE stehen für Encyclopedia derf DNA ELEMENTE. Dies ist ein wichtiges Projekt, um die Sequenz Elemente des menschlichen Genoms in umfangreichen Detail zu untersuchen, mit vielen Gruppen in den USA und darüber hinaus, koordiniert und gefördert durch die NHGRI. Letztes Jahr, da dies braute Ich habe eine Reihe von “Tipps der Woche” über die ENCODE Daten, die das Pilotprojekt und die Produktionsphase Daten, die von den Leuten an der UCSC Genome Browser gebändigt und in diesem Rahmen enthalten. Nun, nun, dass die Daten in Rollen, und, und Sie haben Zugriff auf die vor der Veröffentlichung von Daten erzeugt. In diesem Tipp der Woche bieten wir Ihnen Hintergrundinformationen über das Projekt und freuen sich speziell an einige dieser Daten.

Wir haben eine formale Darstellung für diese, die Sie hier sehen kann als Stand-alone-Film erstellt. Es ist mehr als wir haben in der Regel ein “Spitze”, aber wir denken es ist wichtig, die Vorder-und Hintergrund zu verstehen, um zu verstehen, wie Sie das Beste aus den Daten zu erhalten.

Herzlichen Glückwunsch an die ENCODE DCC-Team an UCSC, dass durch Kate Rosenbloom für die Herstellung diese Daten verfügbar sind, führte. Und dank der ENCODE Projektteams zur Erzeugung dieser Daten.

Dieses Material ist auch in unserer kompletten Paket von UCSC Materialien, die eingebettet sind frei verfügbar hier. Wenn Sie noch nicht vertraut sind mit dem UCSC Genome Browser können Sie wollen, dass die ersten erkunden. Die Codier Stück ist ein Segment des “Zusätzliche Tools” Tutorial. Alle unsere Folien sind da und können Sie herunterladen und verwenden Sie die Folien um Studenten zu unterrichten. Es gibt auch eine Übung, die Sie durch eine Auswahl der Daten, die in der Ausübung Download.

Da immer mehr Stücke des Projekts kommen wir erwarten, diesen Film zu verbessern, und es wird auf viele der verfügbaren Datentypen als Teil dieses großen Projekts berühren. Wir werden zusätzliche Übungen. Wir hoffen, Sie können die Verwendung der Hot-off-the-Projekte machen (vor dem Pressen!) Daten, die Ihre Forschung helfen können.

ENCODE bei NHGRI: http://www.genome.gov/10005107

ENCODE DCC site: http://genome.ucsc.edu / ENCODE /

Komplette Ausbildung Suite auf UCSC Genome Browser (ENCODE Teil wird in den zugehörigen Tools Abschnitt zu diesem Zeitpunkt): http://www.openhelix.com / cgi / tutorialInfo.cgi?id = 76

ENCODE Daten UCSC Stand-alone-Film direkte Verbindung: http://www.openhelix.com/downloads/jing/encode/encode_movie.html

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