Las moscas encontrar

Finalmente llegué a la lectura del mes pasado Papel de la naturaleza en la secuencia genómica de 12 Drosophila especies. Además de ser la investigación genómica (que es mi campo ahora :), que también está estudiando 12 de las decenas de especies de par I estudiado durante mi doctorado. (aunque yo sólo estaba viendo la evolución de la R1 & Retroposones R2 en artrópodos).Interesante trabajo, y yo podría ir a más en profundidad más adelante (lo que significa la genómica, y no significa para los estudios evolutivos).

Pero yo llegué a pensar, dónde voy a ir a navegar y buscar los datos de la secuencia genómica de éstos 12 especies ( hey, Puede ser que quiera volver a crear mi trabajo, pesar de que el laboratorio de Eickbush ya tiene.. y extendida). Por supuesto que son los dos navegadores mencionados en el documento ;-), Flybase y UCSC Genome Browser, aunque UCSC no incluye D. willistoni mientras escribo esto. Revisé los otros dos principales navegadores generales del genoma, en contraposición a especies o taxones específico: Ensembl y MapViewer del NCBI.Tanto Ensembl y MapViewer actualmente sólo tienen D. melanogaster disponibles para la navegación. Esto podría cambiar, estos tres navegadores genoma genomas están añadiendo regularmente. Sin embargo,, si quieres ver, comparar y buscar datos sobre especies de Drosophila genoma, UCSC o Flybase es ¿de dónde vas ahora.

Esto pone de relieve un punto. A menudo nos preguntan cómo decidir cuál de los tres navegadores de usar. La primera parte de la respuesta es que especies o grupos de especies que desea ver y compare.If es especies de mamíferos, Ensembl podría ser la opción correcta: que tiene actualmente 24 especies de mamíferos, mientras NCBI MapViewer tiene 13 y la UCSC Genome Browser tiene sus 11.If de plantas, de NCBI MapViewer es su elección. Aunque, por supuesto, es Gramene, TAIR y otros específicos de la instalación, NCBI ha 35 especies de plantas, Ensembl tiene ninguno y UCSC Genome Browser tiene sólo S. Saccharomyces.Por supuesto, si usted quiere mirar retrotransposable elementos en los genes ribosomales de 12 Drosophila especies, UCSC Genome Browser es su mejor opción :D.

(oh, y si desea que la lista creciente de genomas que están terminados o en curso, … 77 eucariotas hasta la fecha con más de 800 en marcha, y dónde obtener información sobre ellos, a continuación, obtener el derecho a GOLD)