Video Tipp der Woche: New UCSC “gestapelt” wackeln Trackansicht

Diese Woche im Video-Tipp zeigt Ihnen eine neue Möglichkeit, an den multiWig Track-Daten an der UCSC Genome Browser sehen. Ein neue Option wurde vor kurzem veröffentlicht (siehe 06 Mai 2014), ein “gestapelt” Blick, und es ist eine praktische Möglichkeit, um auf die Daten mit einer neuen Strategie aus. Aber ich gebe zu, es hat mich ein wenig, während der Arbeit mit ihm, um die Details zu verstehen. Also in diesem Tipp, den ich hoffe, dass Sie, was die neue Visualisierung Angebote zu sehen.

Ich werde nicht auf die vielen Arten von Annotation Tracks erhältlich in den Hintergrund–Wenn Sie brauchen, um auf die Idee, den Grund Blick auf die Rennstrecke eingeführt werden, beginnen mit unserer Einführung Tutorial , die auf die verschiedenen Arten von grafischen Darstellungen berührt. Individuelle Spuren auf in die berührt erweiterte Tutorial. Für Hinweise speziell wie die verschiedenen Spurtypen erstellen, finden Sie in der Dokumentation UCSC. Die Art der Strecke, die ich bin in dem Video veranschaulicht, heute, ein MultiWig track, hat seinen eigenen Abschnitt dort zu. Im Grunde, wenn man völlig neu in diesem, der “wackeln” Stil ist eine Möglichkeit, eine Histogramm-Anzeige über einen Bereich zeigen. MultiWig können Sie mehrere dieser Histogramme überlagert in einem Raum. Im Beispiel habe ich hier zeigen,, Die Ergebnisse des Betrachtens 7 verschiedenen Zelllinien sind für einige Histon Markensignale gezeigt (Layered H3K27Ac Spur).

Annotation track cell lines

Annotation Spur Zelllinien

Als ich die Ankündigung, Ich dachte, das war ein guter Weg, um alle Daten gleichzeitig zeigen. Wenn wir das tun Grund Workshops, wir nicht immer Zeit haben, um in die Details dieser Ansicht gehen, obwohl wir erforschen in der ENCODE Material, weil die Strecke bin ich mit einer der ENCODE Datensätzen. Ich werde die gleiche Strecke in der Region: der Ankündigung verwenden, die hier dargestellte:

stack announcementAber als ich zum ersten Mal sah diese, Ich war mir nicht sicher, ob der Spitzen–konzentrieren sich auf die rosa Spitze, die die NHLF Zelllinie stellt–sollte den gesamten Bereich unterhalb oder nicht decken. Was ich versuche, herauszufinden, ist im Wesentlichen diese (eine grafische Darstellung der mein Gedankengang folgt):

stackedMultiWig_screenshot_v2

Durch den Versuch, die verschiedenen Arten war ich ziemlich sicher, dass ich die Idee hatte, was wirklich gezeigt, aber ich bestätigt, dass mit einem der Spur Entwickler. Der Wert ist nur die rosa Bandsegment, nicht die gesamte Fläche darunter. Und Matthew mir auch angemerkt, dass sie sortieren die Titel in umgekehrter alphabetischer Reihenfolge (NHLF so ist die höchste in dem Stapel). Das war ein Aspekt, den ich noch nicht realisiert. Sie sind nicht Sortierung auf der Basis der Werte an dieser Stelle. Dies macht Sinn,, natürlich, aber es war nicht offensichtlich für mich auf den ersten.

Ich mag diese Option sehr–aber ich dachte, wenn ich etwas noodling auf, was es eigentlich bedeutet, andere die gleichen Fragen haben, vielleicht zu tun hatte.

In dem Video werde ich Ihnen zeigen, wie dieses Segment sieht mit den verschiedenen “Overlay-Methode” Einstellungen auf dieser Spur Seite. Werde ich mir auf der SOD1-Bereich, wie beispielsweise die Bekanntgabe. Ich zwickte ein paar von den anderen Einstellungen von den Standardeinstellungen so, es wäre einfacher, auf dem Video zu sehen (siehe Pfeilspitzen für meine Änderungen). Aber ich hoffe, dass dies vermittelt die Möglichkeiten Sie haben nun bei dieser Art von Track-Daten effektiv aussehen.

Track settings for videoSo, hier ist das Video mit SOD1-5′ Bereich in der Mitte, mit Hilfe der 4 verschiedene Möglichkeiten der Overlay-Methode, Darstellung der Histon-Markendaten in die 7 Zelllinien. Ich bin nicht in die Details der Daten gehen hier, aber ich werde Ihnen zu einem Referenz mit dieser Arbeit für mehr verbunden, wie es gemacht wird zeigen–finden Sie in der Bernstein-Labor Papier unter. Ich wollte nur diese neue Art von Anzeige-Optionen, die auf wackeln Titel verfügbar sein wird zeigen,. Einige Titel werden zu viele Daten für einen oder anderen Art haben, oder mit der einen oder anderen Stil klarer. Aber jetzt haben Sie eine zusätzliche Möglichkeit, sie zu prüfen haben.

Quick-Links:

UCSC Genome Browser: genome.ucsc.edu

UCSC Intro-Tutorial: http://openhelix.com/ucscintro

UCSC Erweiterte Tutorial: http://openhelix.com/ucscadv

Diese Tutorials sind frei verfügbar, da UCSC sponsert uns, Ausbildung und Öffentlichkeitsarbeit an der UCSC Genome Browser tun.

Referenzen:

Kent WJ, Zweig A.S., Barber G., Hinrichs A.Ş. & Karolchik D. (2010). Bigwig und BigBed: ermöglicht Durchsuchen von großen verteilten Datensätzen., Bioinformatik (Oxford, England), PMID:

Karolchik D., Barber G.P., Casper J., Clawson H., Cline M.S., Diekhans M., Dreszer T.R., Fujita P.A., Guruvadoo L. & Häußler M. & (2013). Die UCSC Genome Browser Datenbank: 2014 aktualisieren., Nucleic Acids Research, PMID:

Ram O., Goren A., Amit I., Shoresh N., Josef N., Ernst J., Kellis, M., Gymrek M., ISSNER R. & Coyne M. & der. Kombinatorische Strukturierung des Chromatins Regulatoren durch genomweite Standortanalyse in menschlichen Zellen entdeckt., Zelle, PMID:

Das ENCODE Project Consortium, Bernstein B.E., Birney E., Dunham I., Grüne E.D., Gunter C. & Snyder M. et al. (2012). Eine integrierte Enzyklopädie der DNA-Elemente im menschlichen Genom., Nature, 489 PMID:

Siehe auch die Natur Sonderausgabe über ENCODE Daten, besonders das Chromatin Zugänglichkeit und Histon-Modifikation Teilmenge (Abschnitt 02): http://www.nature.com/encode/