Haben Sie ein Genom? Brauchen Sie noch einen Browser?

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Von der GBrowse Mailing-Liste Neulich kam Bekanntmachung über einen neuen Weg zu Verwendung GBrowse–ohne Programmierung! Ein Team von der Indiana University hat die Hürde für abgesenkt jedermann mit einem Genom sie anzeigen möchten. Sie haben eine Schnittstelle und Web-Server für die gbrowse laden Sie einfach Ihre Daten und machen einige Entscheidungen für die Anzeige können erstellt…und hier! Sie haben ein Genom-Browser. Es heißt WebGBrowse, und ich denke, es ist enorm hilfreich. http://webgbrowse.cgb.indiana.edu

Wie wir vorantreiben mehr und mehr Sequenzdaten für jedermann die Lieblingsorte Arten, und mit persönlicher Genome, eine schnelle und Programmierung-lite Option für die Überprüfung dieser Daten muss existieren. Dies ist ein Schritt in diese Richtung. Alles, was Sie tun müssen, ist Ihre Daten in GFF3 Format erhalten (und sie geben Ihnen eine Probe), Sie laden ihn, Sie wählen einige Display-Funktionen, und du kannst deine Genom und Annotation Features sucht in kürzester Zeit alle.

Selbst wenn Sie sich entscheiden, Sie wollten den Standard bauen GBrowse Version, es wäre wirklich hilfreich für das Team, um es Mock-up in der WebGBrowse Schnittstelle die Funktionen zu diskutieren. Es könnte auch ein schöner Weg, um Schüler zum Nachdenken über solche Displays zu bekommen und dann nehmen sie an den regelmäßigen gbrowse Werkzeuge sein. Ich konnte auch sehen, erstellen Sie Ihre Anzeigen für Gen von Interesse mit verschiedenen Funktionen, die wichtig sind für Ihre Arbeit, oder für Präsentationen und Papiere zeigen. Ich frage mich, ob es eine geringere Größe Limit, was können Sie sich…hmm….

Ich habe ihre Sample-Datei zum Hochladen und untersuchen, und es war sehr ordentlich und dramatisch schnell. Ich werde versuchen, dass GFF mit einigen Beispieldaten bearbeiten, dass ich ziehen aus NCBI–nur um es auszuprobieren. Eine Sache, die mein Leben machen würde nur so viel einfacher wäre, die GFF-Datei als Web-Formular zu verwenden, so konnte ich einfach Laden von Daten in dieser Weise. Ich sehe die Notwendigkeit für das Hochladen einige Dinge (wie Listen von Genen oder Primer oder Variationen) und ich möchte einen Weg zum Ausgang zur Wiederwahl upping und den Austausch sparen, aber ich würde gerne in der Lage sein, um jede dieser Griff separat statt einer großen GFF. Ein weiteres praktisches Feature wäre in der Lage sein, um eine Datei zu laden GenBank-Format bis hin. Ich frage mich, wenn es eine Web-Konverter da draußen für die (Ich weiß, es gibt auf der Programmiersprache Seite)…Ich muss schauen. Oder lassen Sie mich in den Kommentaren wissen, wenn Sie eine haben. Aber dies sind kleinere Verbesserungsvorschläge–es scheint sehr gut zu funktionieren bereits. Und vielleicht werde ich mehr lernen, wie ich ein bisschen mehr Zeit mit ihm verbringen.

Sie sind völlig neu für GBrowse möchten Sie vielleicht einen Blick auf unsere kostenlose Nachhilfestunde auf sie. Dutzende von Forschungsgruppen GBrowse Hilfe, um ihre Daten jetzt Anzeige, und mehr sind entlang der ganzen Zeit kommen. Es wird Ihnen helfen, um die Struktur zu verstehen und die Art der Dinge, die Sie erwarten können–und vorstellen, was Sie anzeigen möchten.

Sowieso–Gratulation an das Team, das WebGBrowse erstellt. Ich denke, es wird wirklich in vielerlei Hinsicht nützlich. Und es hebt die Belastung für Biologen, die keine Programmierung Ressourcen–das ist ernst hilfreich.

Mehr davon, Bitte :)

ResearchBlogging.orgPodicheti, R., Gollapudi, R., & Dong, Q. (2009). WebGBrowse – einen Web-Server für GBrowse Bioinformatik DOI: 10.1093/bioinformatics/btp239

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