Vídeo Consejo de la semana: Mariposas navegando con GBrowse y Ensembl

Un par de meses atrás, cuando el Heliconius (Cartero) Mariposa de papel del genoma fue puesto en libertad, llegamos a ver otro ejemplo de cómo las nuevas tecnologías de secuenciación nos están dando acceso a los datos del genoma de más y más–en especies que no son los principales organismos modelo. Mariposa Monarca datos del genoma había sido puesto en libertad antes que a su vez. Y puede que no sepa que hay un gran esfuerzo para conseguir que miles de genomas de insectos–el proyecto i5k. Creo que eso es lo que más me gusta de donde estamos hoy: podemos examinar más especies con más detalle de lo que nos encontramos ante. No sólo tenemos datos interesantes del marco secuencia del genoma, pero información interesante acerca de las especies relaciones evolutivas, y las características de la biología interesantes y novedosas se pueden explorar y. Me refiero a–el genoma humano y sus variaciones son grandes–pero las mariposas monarca tienen una brújula solar! ¿No es genial??

Y al igual que la mayoría de los trabajos del genoma de hoy, sólo una fracción de los datos que se obtuvo en el cuerpo principal del documento. La “ejemplos convincentes” podría estar allí. Pero del “12,699 predijo la codificación de proteínas de los genes” de los Heliconius genoma, sólo un puñado son realmente cuenta en el texto. A puñados más en algunas cifras. El documento anterior de la mariposa monarca entregado “un conjunto de 16,866 la codificación de proteínas de los genes” (y 10 suplementos más allá del papel!). Pero para acceder a los datos por sí mismo y comparar a los genes y especies de interés que necesita para convertir a los navegadores que acompañan a los periódicos.

En este caso tienes dos opciones para los estilos de tu navegador: la Heliconius Consorcio del Genoma (autores del trabajo) mantener una instalación GBrowse en su Butterflygenome.org sitio. El grupo Monarca tiene una GBrowse a MonarchBase. Además, los datos tanto también se incluyen ahora en Ensembl como del julio 2012 liberación 15. [nota: ver los detalles administrativos en los comentarios - mm]

Para la punta de esta semana que vuelan alrededor de los GBrowsers específicas de cada especie a los grupos recogidos en Ensembl. Es muy bueno tener los sitios específicos de la especie para la profundidad de la información sobre los proyectos y recursos, pero también es bueno tener las herramientas adicionales y las pantallas de los navegadores más grandes del genoma. Navegadores de la comunidad pueden ofrecer datos muy actuales y nuevos que aún no se podrían incluir en los navegadores super-, y los navegadores super-pueden ofrecer herramientas adicionales y de infraestructura que no se dispone de los navegadores de la comunidad. Su mejor apuesta es ser consciente de ambos, y para sentirse cómodo con las características principales del software y sus fortalezas y debilidades.

Los errores están viniendo–y muchas de ellas. Estar preparado. Y ten cuidado: buscar la superhéroe de la derecha

Nota: He sido incapaz de localizar el genoma Mothra que ha estado toda la atwitter en el último par de días.

Enlaces rápidos:

Heliconius GBrowse: http://butterflygenome.org/

MonarchBase: http://monarchbase.umassmed.edu/genome.html

Ensembl Metazoa: http://metazoa.ensembl.org/

i5k insectos y otros artrópodos Iniciativa de Secuenciación del Genoma http://arthropodgenomes.org/wiki/i5K

Si usted vino a buscar fotos de mariposas, tratar este: http://www.butterfliesandmoths.org/ Este es también un sitio de ciencia ciudadana, donde usted puede enviar sus propias observaciones–Yo lo he hecho en el pasado.

Referencias:

Dasmahapatra, K.K., Walters, J.R., Briscoe, DC, Davey, J.W., Whibley, A., Nadeau, N.J., Zimin, A.V., Hughes, D.S.T., Ferguson, L.C., Martin, S.H. & (2012). Mariposa del genoma revela el intercambio promiscuo de adaptaciones mimetismo entre las especies, Naturaleza, DOI: 10.1038/nature11041

Zhan, S., Esmerejón, C., Boore, J. & Reppert, S. (2011). La mariposa monarca produce comprensión del genoma en migración de larga distancia, Célula, 147 (5) 1185. DOI: 10.1016/j.cell.2011.09.052

Stensmyr, AbT.l. & Hansson, B. (2011). Como corresponde a un genoma de un Monarca, Célula, 147 (5) 972. DOI: 10.1016/j.cell.2011.11.009

Kersey, P. J., Staines, D.M., Lawson, D., KULESHA, E., Derwent, P., Humphrey, Jesús Cristo, Hughes, D.S.T., Keenan, S., Kerhornou, A., Koscielny, G. & (2011). Genomas Ensembl: un recurso de integración de datos a escala del genoma de especies de vertebrados no-, Nucleic Acids Research, 40 (D1) D97. DOI: 10.1093/nar/gkr895

2 thoughts on "Vídeo Consejo de la semana: Mariposas navegando con GBrowse y Ensembl

  1. Daniel Lawson

    Hola María, Una pequeña corrección a su blog después de. El Heliconius y de genomas de mariposa Danaus están disponibles a través de los genomas Ensembl, un proyecto hermano de Ensembl. Así que sus enlaces rápidos son correctas pero el línea uno en el párrafo 3 debería ser http://www.ensemblgenomes.org. Usted no encontrará en los genomas de lepidópteros http://www.ensembl.org

  2. María Publique autor

    Bueno, técnicamente se puede…Si vas a la página principal de Ensembl y haga clic en el “la lista completa” enlace, esa página también ofrece el enlace para el conjunto Metazoa.

    Pero la otra cosa es que para nosotros que nos permite etiquetar el post para que coincida con tutorial Ensembl en nuestra base de datos, y aparecerá en las búsquedas de esa manera. Desde la fundación de software es el marco Ensembl, ese tutorial ayudará a la gente a utilizar la interfaz.

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