Wie gut kennen wir unsere Gene?

Gene Characterization IndexHaben Sie einige der beliebtesten Gene? Nun, natürlich können Sie tun–Sie sind wahrscheinlich ein Forscher, der in der Vergangenheit gearbeitet hat, auf einige spezifische Gene, oder Sie sind in Gruppen von Genen oder genomischen Regionen interessiert. Oder vielleicht Klassen von Genen. Es gibt eine neue Ressource, die Sie mit einer Punktzahl von, wie gut ein bestimmtes Protein codierenden Gen annotiert, und möglicherweise daher verstanden. Das GCI, oder Gene Charakterisierung Index, kann Ihnen sagen,. http://cisreg.ca/gci/

Ich liebe die Idee dieses Projektes. Das Team wollte an der Gen-Raum sehen und verstehen, wie gut wir die menschlichen Gene wusste. Sie sahen das Wachstum unseres Wissens über die Zeit, Auch–die bietet einen interessanten Blick auf unsere Fortschritte–Wie in dieser Figur aus ihrer Webseite dargestellt. Und sie wollten die Dunkelheit zu identifizieren–wo wir nicht genug wissen? Wo gibt einige große Gene zu untersuchen, dass wir ein paar wirklich neue Dinge zu lernen?
ResearchBlogging.org
Das ist die Art von Projekt, das ich tun wollte, als ich noch in der Wissenschaft. Ich dachte, Sie könnten ein ganzes Labor bauen und Kurbel aus Studenten, die ein unbekanntes Gen zugeordnet bekommen, und es ist ihr Job in den nächsten Jahren zu analysieren und zu verstehen, das Gen. Es wäre durch eine Krankheit Bereich Vision unvoreingenommene, oder durch das Labor des Regisseurs Vorstellungen von dem, was das Gen tun könnte. Sie könnten versuchen, alle möglichen Techniken, um dorthin zu gelangen. Es ist wahrscheinlich auch ganz unfundable durch Zuschüsse Agenturen. Nach unten.

Sowieso–das ist, was die GCI hält–Eimern von Genen, das schwankende Mengen Charakterisierung haben. Sie können auf Gene schauen und herauszufinden, was bekannt ist,. Sie können Gene greifen, die nicht gut gekennzeichnet und gehen ihnen nach.

Ich bin nicht ganz sicher, ich bin mit den Noten, basierend auf einem Gen, wurde ich von einst fasziniert….Ich fürchte, ich kann Ihnen nicht genau sagen, welche es war, weil ich für ein pharmazeutisches Unternehmen arbeitete zu der Zeit. Es ist ein Gen mit einer möglichen siRNA-Bibliotheken beinhalten Struktur (Zelloberfläche Ort, Pharma liebt diese–eine Art von Transporter). Seine Identität Protein: Mensch / Maus / Ratte / Kuh / Schwein / Huhn = 100/99/98/97/96/90%. Auch 89% Identität in Xenopus! Dies ist ein Gen, das nicht mit viel wurde durcheinander. Es hat , etwas Wichtiges zu tun. Es erhält eine Punktzahl von knapp 6 auf der 10 Punkte-Skala. Aber es ist wirklich nicht so viel über dieses Gen überhaupt bekannt.

Der Score basiert auf 6 Hauptkriterien, dass sie ausgewählt: GenBank Sequenzen, InterPro Domains, KEGG Wege, Medline Referenzen, OMIM Einträge, und Swiss-Prot Daten. Aber im Fall des Gens Ich bin interessiert in, einer der Medline Papiere führte zu der wirklich kurze und ziemlich uninformativ OMIM Eintrag. Zwei der Papiere waren Riesen-Sequenzanalyse und Klonierung Bemühungen, die über enthalten 10,000 Gene (PMID: 12477932 und PMID: 15489334). So etwas von der Partitur auf dieser resultiert aus der langjährigen Problem der transitiven Informationen Durchgang zwischen den Datenbanken–Informationen aus einer Hand in den anderen getragen, ohne viel Mehrwert. Und manchmal kann dies zu Fehlern führen transitive (aber nicht in diesem Fall). Deshalb denke ich, besteht die Gefahr, zu sich auf die spezifische Punktzahl, vielleicht.

Doch–wenn man wollte, in den Schatten von dem, was wir wissen, für einige große Projekte aussehen, Sie können sie hier finden. Ich würde wahrscheinlich eine ziemlich hohe Punktzahl Cut-off zu prüfen, die weniger gut knowns. Aber dies scheint ein netter Ressource sein, an einem Strang ziehen einige nützliche Ressourcen für die Gene von Interesse. Mögen Sie es verwenden, um die Dunkelheit zu erhellen!

Kemmer, D., Podowski, RM, Yusuf, D., Brumm, J., Cheung, W., Wahlestedt, C., Lenhard, B., Wasserman, W.W., Valcarcel, J. (2008). Gene Charakterisierung Index: Die Beurteilung der Tiefe der Gene Annotation. PLoS ONE, 3(1), E1440. DOI: 10.1371/journal.pone.0001440