Auf einer Mission für die Protein-Information

Es ist wahrscheinlich nur das menschliche Gehirn in der Lage, um Punkte zu verbinden & Muster finden, aber es kann interessant sein, wie viele “unabhängig” Veranstaltungen und Informations-Bits sammeln sich in meinem Kopf & schließlich in eine Idee oder Theorie Glühwein bekommen. Nehmen, zum Beispiel, einer aktuellen Biotech-Mischer, Bits aus einem Bildungs-Führung Serie & eine Vergangenheit, Nature-Artikel – jeder “Veranstaltung” hat in meinem Kopf schon mäandernden und jetzt sind sie ihren Weg als diesen Blog-Eintrag.

OK, nun die Erklärung: Bei einer kürzlich lokale Biotech-Veranstaltung hörte ich von einem Unternehmen (KeraNetics) Reinigung Keratinproteinen & mit ihnen zu therapeutischen und wissenschaftlichen Anwendungen entwickeln. Das Unternehmen & ihre Forschung klang sehr interessant & weil ein großer Teil davon ist auf Beihilfe verwundeten Soldaten gerichtet, es klang auch direkt von Vorteil. Die Rede war nur von kurzer, nur etwa 20 Minuten, so gab es kein viel Zeit für Details oder Fragen. Ich beschloss her Venture durch viele der biowissenschaftlichen Datenbanken und Ressourcen, die ich kenne und liebe, Um mehr über Keratin.

Meine Suche war sowohl Spaß und frustrierend, weil der Natur der Sache – Keratin ist “bekannt” (i. es kommt in der High School akademische Herausforderung Auswahlverfahren "eine Menge", nach jemand in der wissen), aber ist schwer zu verarbeiten (i. zäh, unlöslich, faserigen Strukturproteine) Das ist schwer zu viel allgemeine Informationen über finden in Ihrem durchschnittlichen Protein-Datenbank (da es viele verschiedene Genprodukte hergestellt, alle genannt “Keratin”). Ich beschloss, mein Abenteuer auf zwei meiner Lieblings-Protein Ressourcen beginnen, BIP & SBKB, aber ich fand keine Lösung Strukturen für Keratin. Aufgrund der Art, Modell-Organismus Datenbanken werden kuratiert und organisiert, I beginnen oft ein Protein suchen dort, nur um einige grundlegende Hintergrund, Gen-Namen, Sequenz-Information, usw.. In (natürlich) nichts gefunden außer ein paar GO Begriffe in der Saccharomyces Genome Database (SGD), aber ich fand Hunderte von Ergebnissen in beiden Mouse Genome Informatics (MGI) (660 genomische Funktionen) und Ratte Database (RGD) (162 rat genes, 342 menschliche Gene). Ich fand auch Gennamen (Krt *), Sequenzen und viele Zusammenfassung Anmerkungen mit Hinweisen auf Krankheiten mit Links zu OMIM. Als ich fragte für “Keratin”, in OMIM Ich habe 180 Hits, einschließlich 61 “klinischen synopsises”, in UniProt zurück 505 Bewertung Einträge und 2,435 Nicht freigegebene entiries, in Geben Protein 10,611 Ergebnisse und in PubMed 26,430 Artikel mit 1,707 Bewertungen. Ich habe meine Neugier KeraNetics’ Forschung mit einem PubMed erweiterte Suche nach Keratin in der abstrakten oder Titel satt & der PI Namen als Autor (search = “(Keratin[Titel / Abstract]) UND Van Dyke[Autor]“).

Ich landete mit einer Vielzahl von Informationen führt, dass ich durch gejagt haben, aber es war ein Spaß, bei dem ich viel gelernt über Keratin. Dies ist, wo die Bildung Zeug kommt in. Ich habe da eine Menge von Studien gehen, indem man über die Reform des Bildungswesens zu mehr Untersuchungen getrieben, und ich kann ganz sehen, wie das funktionieren kann. “Lernen” durch Auswendiglernen & Regurgitation ist trocken für alle & rau für die “Speicher in Frage gestellt”, wie ich. Mit einem Grund-oder Neugier zu erforschen, mit einem neuen Nugget von Daten oder Verständnis lauert hinter jeder Ecke, Informationen scheint nur in besser & bleiben länger. (OT, aber dachte, ich hätte eine verwandte Seiten erwähnen, dass ich heute gefunden w / einige nette Dinge: Mind / Shift-Wie wir lernen.)

Und ich konnte die erweiterte Suche in PubMed in den Anfang gemacht haben, aber was für ein Spaß wäre das haben? Außerdem gibt es eine Menge, die ich über Keratin gelernt, was ich nicht finden, so gab es kein Fülle von PDB Strukturen für Keratinproteinen. Das bringt mich zu dem Punkt am Ende in meinem Mullings – einen Artikel, dass ich über heute kam, als ich auf meine Lektüre Auftragsbestand gearbeitet: “Zu viele Straßen nicht getroffen“. Wenn Sie ein Abonnement für die Natur haben, können Sie lesen, aber die Hauptsache ist, dass die Forscher sind noch weitgehend mit Schwerpunkt auf die gleiche Gruppe von Proteinen, die sie für eine lange Zeit, denn diese sind die Proteine, für die es Recherche-Tools (Antikörper, chemische Inhibitoren, usw.). Die gleiche Art von Philosophie treibt die Protein Structure Initiative (PSI) Bemühungen, wie beschrieben hier. Sowieso, Ich fand den Artikel interessant & Übereinstimmung mit den Autoren allgemeine Vorschläge. Ich würde jedoch verlängern sie über diese physikalischen Forschung Werkzeuge & sagen, dass geht nach vorne Forscher mehr Daten-Analyse-Tools müssen, und Ausbildung, wie man sie benutzt – aber ich würde, würde ich nicht? :)

Referenzen:

  • Sierpinski P, Garrett J, Mein J, Apel P, Klorig D, Smith T, Als LA, Atala A, & Van Dyke M (2008). Die Verwendung von Keratin Biomaterialien aus menschlichem Haar für die Förderung der schnellen Regeneration von peripheren Nerven abgeleitet. Biomaterials, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • Edwards, A., Isserlin, R., Bader, G., Frye, S., Willson, T., & Yu, F. (2011). Zu viele Straßen nicht getroffen Nature, 470 (7333), 163-165 DOI: 10.1038/470163ein