Archiv der Kategorie: Neue Ressource

Biostars

Was ist die Antwort? (brain connectome)

This week’s highlighted item lets you find answers in brains. What do the brain connections look like in 3D? I love 3D brain maps–not in a zombie manner, just in an astonishing complexity manner. And although this is a different type of computational resource than we usually explore, Ich fand es interessant,.


Biostars ist ein Ort für die Nachfrage, Beantwortung und Diskussion Bioinformatik Fragen und Probleme. Wir sind Mitglieder der Biostars_logo Gemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei Biostars, die relevant für unsere Leser (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung einer dieser Artikel oder Diskussionen hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei Biostars.


Werkzeug: Budapest Reference Connectome: a 3D visualization tool to browse connections in the human brain

I am pleased to announce a new tool in neuroscience (connectomics): Budapest Reference Connectome a 3D visualization tool to browse connections in the human (consensus) Gehirn.

The connectome has 1015 Knoten, but those corresponding to the same larger cerebral area are drawn at the same spot, for a cleaner view. You can use your mouse to zoom and rotate, and and if you click a node you can see only connections of that node.

We welcome any comment, question and suggestion.

[couple of sample images are included over there]

Csaba Kerepesi

The idea of the “human consensus brain” makes me giggle. We could really use that. But as if we could all agree on one! Das sagte, you have the option of using the menus over there to load up a female brain or a male brain as well as the consensus brain. I went over and tried it out.

Another neat thing about their project is that they are using Biostar as a option for support. I think that’s really neat. I’m so over mailing lists. And yet I still have to read them all the time.

Referenz:
Szalkai, B., Kerepesi, C., Varga, B., & Grolmusz, In. (2015). The Budapest Reference Connectome Server v2.0 Neuroscience Letters, 595, 60-62 DOI: 10.1016/j.neulet.2015.03.071

Video Tipp der Woche: Aquarien, optimierten Zugriff auf Proteinstrukturen für Biologen

In dieser Woche Video-Tipp der Woche ist Aquarien, eine neue Ressource für Ausflüge in Proteinstrukturen, Mutationen, und Ähnlichkeiten zu anderen Proteinen. Es ist ein sehr gut durchdacht und interaktives Erlebnis für Endanwender. Es wird größtenteils an Biologen, die von der Erforschung der strukturellen Details der Proteine ​​von Interesse profitieren könnten, gerichtet, sondern werden von Werkzeugen bei Strukturbiologen sollen eingeschüchtert. Aber für Tool-Entwickler, Sie sollten auch, wie dieses Rollout ging aussehen. Es ist eines der besten Beispiele für ein Werkzeug Start Ich habe auf diesem Gebiet gesehen. Und ich habe viel gesehen.

Also zuerst, das Werkzeug. Aquaria bietet Anwendern eine optimierte Weise den Zugang und die Proteinstrukturen zu erforschen. Die Kombination der Arten von Informationen, die Sie aus der get BIP Struktur Ressourcen, und zusätzliche Details wie die UniProt Mutationen. Derzeit können Sie mit einem einfachen Suchvorgang zu starten, indem er für ein Protein mit Namen, oder PDB oder UniProt ID. Sie haben vor, berechnet die Beziehungen von Proteinen in PDB und Swiss-Prot, schnell bieten Ihnen eine Struktur und verwandten Proteinen. Die Notizen auf Papier: “Zur Zeit, Aquarien enthält 46 Millionen vorberechneten Sequenz-to-Struktur Ausrichtungen, wodurch wenigstens eine Anpassungsstruktur 87% der Swiss-Prot Proteinen und einem Median von 35 Strukturen pro Protein….” Darüber hinaus, es lässt Sie andere wichtige biologische Funktionen wie erkunden InterPro Domains, post-translationale Modifikationen, schauen Sie sich darüber, wie die Mutationen zu denken + Strukturen + Funktionen beeinflussen ein bestimmtes Protein, das Sie interessiert sind. Wie sie es beschreiben:

“Wir haben SNP Daten aus Uniprot und Interpro geladen, so dass Sie sehen können, wo die Mutationen liegen auf Ihrem 3D-Modell. Und wir festgestellt, dass Sie angenehm überrascht, um Ihren Clustering-Mutationen im 3D-Raum zu finden!”

Die Aquaria Leute bot eine Intro-Video, um Ihnen den Einstieg:

Ein weiteres praktisches Feature sie vorgesehen ist Kurzübersichtskarte mit Verknüpfungen zu den Funktionen [PDF]. Neben dieser Einleitung, sie eine längere Videos haben, sowie. Das ist mehr wie ein typisches Vortrag mit dem Hintergrund, der Rahmen, Die Ziele des Projekts, und mehr über die zugrunde liegende Datenbank.

Jetzt, die Sache mit dem Roll-out der Software-Projekt. Ich fand es, als ich in den Gesprächen auf der kommenden suchen VIZBI Konferenz (Visualizing Biological Data). Jedes Jahr finde ich es super Ideen, die aus VIZBI kommen, und Tools Ich möchte erkunden. Unter ihnen ist in diesem Jahr Aquaria. Also ging ich auf der Suche nach mehr Details, und festgestellt, einige der traditionellen Zeug. Das Papier (unten), der Pressemitteilung, usw.. Und dann fand ich die Reddit Diskussion. Das Aquaria Team hat Wissenschaft AMA zu diesem Werkzeug. Es beschäftigt eine Reihe von Leuten,–einige Leute nur Fans von Science, die wahrscheinlich nie Proteinstrukturen gesehen hatte. Das ist in Ordnung mit mir–je mehr Leute, die Forschung zu schätzen wissen und lernen Sie, wie Forscher entdecken Proteine ​​ist eine gute Sache. Aber andere hatten gute technische Fragen für das Team–wie andere Wege, um Proteine ​​von Interesse mit Sequenzsuchen finden, oder die Integration mit anderen Tools wie UCSC Genome Browser. Alle Antworten sind dort drüben. Ich genoss die Frage nach dem Namen des Werkzeugs:

Es scheint, Sie die Ideen, die wir im Sinn hatte, zu erhalten: Verwendung Aquaria lässt uns diese faszinierenden Tiere beobachten (Proteine) aus der Natur. Aquaria schafft eine künstliche Umgebung und Beleuchtung, wo wir isolierten Proteinen beobachten; wie Zierfische, Proteine ​​sind häufig schön und (in der regel) leben im Wasser.

Ich fragte sie, wie dieser ausgespielt, und sie hatten etwa 1000 Menschen besuchen Sie die Website als Ergebnis dieser Veranstaltung Reddit. Das war wirklich interessant für mich,, und eine sehr gepflegte Weg, um das Bewusstsein zu fahren.

Sie einen Weg, um Nutzer mit einem meiner anderen Lieblings-Ressourcen zu unterstützen, hat auch–Biostars. Sie schufen eine Unterstützung Faden dort, wo Anwendungen können Fragen stellen und erhalten Antworten. https://www.biostars.org/t/aquaria/ Ich bevorzuge diese so zu Mailing-Listen, und ich bin froh, diese einfache Methode, um Unterstützung zu erhalten sehen. In der Tat, Fragte ich etwas, das ich noch nicht ganz herausfinden,.prot_structure_sample (Hier ist das Protein Ich betrachtete: http://aquaria.ws/P09616/7ahl/A Ich wollte alle Untereinheiten in Farbe sehen, Sie de-select Autofokus, das zu tun. Und Farbe durch Ketten für diese Version.)

Auch, für den Entwicklertypen: sie bieten eine Möglichkeit für Sie, mit dem Aquaria-Software interagieren eigene Merkmale von Interesse mit ihren API hinzufügen. Vielleicht haben Sie neue Mutationen Sie in irgendeiner Sequenz, die Sie in Ihrem Labor erhalten habe festgestellt haben,, zum Beispiel. Sie bieten Leitlinien zu, dass hier: http://bit.ly/aquaria-features. Sie berühren diese auf längere Videos (~ 27min) wenn Sie ein wenig mehr Erklärung wollen. Ich vermute, von der hohen Qualität Unterstützung sie bieten, sie interessiert, von Ihnen zu hören würde und welche Funktionen Sie möchten, dass diese Proteine ​​als auch angewendet sehen.

So ein dickes Lob an dieses Team für ein schickes Tool und wirklich ernst Multi-Media-Bemühungen verstärkt. Ich glaube, es war gut in allen Punkten durchgeführt. Ich wette, Sie mehrere der richtigen Leute erreicht Reddit als einer Pressemitteilung jemals wird. PIOs zur Kenntnis nehmen–erhalten Sie Ihre Wissenschaftler auf Reddit.

Quick-Links:

Aquarien Website: http://aquaria.ws/

Reddit Wissenschaft AMA: https://www.reddit.com/r/science/comments/2w2jvw/science_ama_series_we_are_dr_sean_odonoghue_and/

Biostar Stützgewinde: https://www.biostars.org/t/aquaria/

Referenz:
O'Donoghue S.I., Kenneth S Sabir, Maria Kalemanov, Christian Stolte, Benjamin Wellmann, Vivian Ho, Manfred Roos, Nelson Perdigão, Fabian A Sträucher, Julian Heinrich & Burkhard Rost & (2015). Aquarien: Vereinfachung der Entdeckung und Erkenntnis von Proteinstrukturen, Nature Methods, 12 (2) 98-99. DOI: http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3258

Die Daten werden nicht in den Zeitungen mehr. Wieder.

Ich weiß, das ist ein Thema, ich halte Hämmern auf. Aber ich bin mir nicht sicher, dass es wirklich von einer Menge Leute, die nicht so tief in die Bioinformatik Aspekte der Biologie grokked heute. Oder diejenigen, die Biologen unterstützen, wie z. B. Verlage und Bibliotheken, , die vielleicht nicht so in den täglichen Software-Aspekte getaucht werden.

Es war eine schöne Beitrag von Ed Yong letzte Woche über ein Papier auf Stichlinge veröffentlicht. Es gibt einige coole Dinge über dieses Papier–aber einer von ihnen ist allein die Tatsache, dass wir die Next-Generation-Sequencing-Technologie nutzen, müssen wir Arten im Wege zu prüfen, dass wir konnten einfach nicht vor. Und Ed wies darauf hin, dass es nicht nur ein Genom in diesem Papier–es gab 21 Genomsequenzierung Ereignisse in diesem Papier.

Und wegen der kühlen biologischen Nischen dieser Stichlinge–war es möglich, Populationen zu vergleichen, dass in interessanter Weise variiert. Einige waren Süßwasser-, einige waren Salz-Wasser-Basis, und dies könnte in verschiedenen Regionen der Erde untersucht werden, um zu vergleichen, ob die gleichen Anpassungen an verschiedenen Orten passiert aus dem gleichen Grund.

Es ist wirklich ein süßes Papier. Aber es dient auch einem anderen Punkt von mir, halten, dass ich damit immer und immer wieder. Die Daten sind nicht in der Zeitung mehr. Das Papier ist eine nette Art Übersicht über die Arbeit. Aber man kann nicht gesetzt 21 Genome in der Presse–und einer großen Liste A, T, G, und Cs würde nicht sein, dass wertvolles auf dem Papier sowieso. Sie können keine Spuren zeigen die Analysen in den Zeitungen. Sie können nur abzutasten einen Teil davon. Sie können zeigen ein paar “überzeugende Beispiele” wie wir sie an einem Ort zu nennen pflegte ich arbeitete.

Aber wenn Sie möchten, um andere Funktionen zu erforschen, oder Sie wollen auf dieser Arbeit aufbauen selbst, Sie brauchen, um zu den Datenbanken drehen. Die wirkliche Magie passiert es jetzt–nicht in der Zeitung. Zurück in den Tagen meiner Ausbildung und frühe Karriere, die Papiere waren genug. Sie sind nicht mehr. Es ist mir nicht klar, ob diese Tatsache zu schätzen Verlage ganz in diesem Bereich.

Und die Autoren bieten eine ganze Genom-Browser (basierend auf dem UCSC Genome Browser-Software-Plattform) für ihre Stichling Daten. Es ist wirklich sehr nett, tatsächlich–Ich werde dafür folgenden Link. Es ist auch eine hervorragende Demonstration, wie man bestehende Open-Source-Software verwenden, um eine Version für Ihre Bedürfnisse zu basteln.

Quick-Links:

Hier ist Eds Beitrag über die wesentlichen Merkmale der Arbeit: Stichling Genoms enthüllt Details von wiederholten Experiment der Evolution

Schauen Sie sich die Sticklebrowser selbst. Es ist eigentlich eher lieblich. Und informativ. http://sticklebrowser.stanford.edu

Um zu erfahren, zu verwenden UCSC Genome Browser basierte Software, sehen die Schulungsunterlagen von UCSC gesponsert: http://openhelix.com/ucsc

Referenz:

Jones, F., Grabherr, M., Chan, Y., Russell, P., Mauceli, E., Johnson, J., Swofford, R., Teufel, M., Zody, M., Weiß, S., Birney, E., Searle, S., Schmutz, J., Grimwood, J., Dickson, M., Myers, R., Miller, C., Summers, B., Knecht, A., Brady, S., Zhang, H., Pollen, A., Howes, T., Amemiya, C., Baldwin, J., Blühen, T., Jaffe, D., Nicol, R., Wilkinson, J., Lander, E., Di Palma, F., Lindblad-Toh, K., & Kingsley, D. (2012). Die genomische Grundlage der adaptiven Evolution in threespine Stichlinge Nature, 484 (7392), 55-61 DOI: 10.1038/nature10944

NAR-Datenbank Problem (immer eine Fundgrube)

Das Voraus Zugang Freisetzung der meisten der NAR-Datenbank Ausgabe Artikel wird. Wie üblich, Diese Ausgabe enthält diese Datenbank eine Fülle von neuen und aktualisierten Datenbeständen und Analyse-Tools. Wir werden schriftlich zusätzliche umfangreichere Blog-Beiträge auf sie und machte ein paar Tipps der Woche in den nächsten paar Monaten, aber ich dachte, ich würde das Problem und einige der Berichte Highlight:

Es gibt eine Menge über Aktuelles zu viele Datenbanken wir kennen und lieben (Links zu Volltexten Artikels sprengen): UCSC Genome Browser, Ensembl, UniProt, MINT, SMART, WormBase, Gene Ontology, ENCODE, KEGG, UCSC Archaebakterielle Browser, IMG / M, DBTSS, InterPro und andere (Wir haben Tutorials zu allen aufgelisteten hier).

Und, als Indiz für die Explosion der verfügbaren Daten (selbst zum Gegenstand einer Datenbank Problem Artikel, SRA), Es gibt eine Menge neuer(ish) Datenbanken auf bestimmte Datentypen wie MINES, eine Datenbank von Metallionen in Nukleinsäuren (schönen Namen :D); Dorine, eine Datenbank der RNA-Wechselwirkungen in post-transkriptionellen Regulation; BitterDB, eine Datenbank der bitteren Verbindungen und weit über 100 mehr.

Und ich gebe eine besondere shout out zu meiner ehemaligen PI am EMBL, weil ich kann, Peer Bork Gruppe hat 4 Datenbanken in der Frage genannten: Eierlikör, SMART, STITCH und OGEE. (und er und ein paar Mitglieder sind auf die InterPro Papier auch).

Das wird eine Fülle von Informationen zu durchwaten werden!

UCSC Genome Browser: http://genome.ucsc.edu
Ensembl: http://www.ensembl.org/
UniProt: http://www.uniprot.org/
MINT: http://mint.bio.uniroma2.it/mint/
SMART: http://smart.embl.de/
WormBase: http://www.wormbase.org/
Gene Ontology: http://www.geneontology.org/
ENCODE: http://genome.ucsc.edu/ENCODE/
KEGG: http://www.kegg.jp
UCSC Archaeal Brower: http://archaea.ucsc.edu/
IMG: http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/w/main.cgi
DBTSS: http://dbtss.hgc.jp/
InterPro: http://www.ebi.ac.uk/interpro

 

sciseekclaimtoken-4ec6d4e6da3c3

sciseekclaimtoken-4ec6cf9447e17

Publishers + Bioinformatik-Werkzeuge. Gute Idee.

So beobachtete ich meine Twitter-Feed heute und sah diesen Leckerbissen kommen:

@ FN_Press: Elsevier stellt Genome-Viewer http://bit.ly/nS92lE

….Die Genome-Viewer verwendet eine Genom-Browser von NCBI entwickelt (das National Center for Biotechnology Information an den National Institutes of Health). Elsevier Zusammenarbeit mit der NCBI, wie es der Entwicklung wurde der Browser, und ist der erste Herausgeber, der die Technologie in eine Anwendung integrieren für die Anzeige detaillierter Informationen über die Gensequenzen, die in den Artikeln erwähnt werden, sind.

Wenn ein Autor eines Artikels tags einer Gensequenz, Elsevier Spiele in dieser Gen-Informationen in NCBI”s Datenbanken und zieht diese Informationen in dem Artikel. Dies erlaubt dem Leser des Artikels, um spezifische Informationen über jeden Strang durch Überfahren zu bekommen, und bietet darüber hinaus Funktionen wie Spiegeln die Stränge, Zoomen, um eine Sequenz, oder an eine bestimmte Position, um einen Track von Interesse innerhalb der Sequenz festlegen….

Es gibt nichts, was ich mehr liebe als Erkundung eines neuen Genom-Viewer, oder eine clevere neue Nutzung eines bestehenden! Die Pressemitteilung angebotenen Links, um ein paar Papiere, die angeblich diese neue Funktion zeigen, wurden. Ein…Ich konnte ihn nicht finden.

Schritt 1: Suchen Genom-Viewer.

Schritt 2: Sich Genoms Betrachter.

Schritt 3: Schreiben Sie bis Blogbeitrag über neue Genom-Viewer.

So hier sind wir, und ich bin bei Schritt stecken 1 noch. Aber ich habe solche setzte über über die zu Schritt 3. Ich bin sicher, die Leute bei Elsevier gehen, um mich zu diesem Browser–Ich habe bereits mit ihnen in Kontakt gewesen und sie gehen, um mir zu helfen.

Aber in der Zwischenzeit möchte ich sagen, wie cool eine Idee ist dies. Ich habe immer gedacht, es sollte mehr Integration zwischen der Wissenschaft Publikationen und Datenbanken. Und nicht nur, weil ich fest davon überzeugt, dass, zu einem großen Teil, die Daten nicht in den Zeitungen mehr.

Wir haben einen anderen Ansatz. Wir haben vor kurzem mit BioMedCentral Team um Schlagwort Artikel Partnerschaft mit der Rechenressourcen in ihrer Publikation, für die wir eine Ausbildung erwähnt. Auf ihren Seiten sehen Sie einen Link zu unserer Website, die wie folgt aussieht, auf einer kürzlich erschienenen Arbeit über CNVs in Trypanosomen: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/12/139

Auf unseren Seiten–wie dieses Beispiel unsere Zielseite für die GBrowse Tutorial–Sie werden sehen, neuere Arbeiten, die zu diesem Werkzeug bezeichnet.

Also, wenn Sie Interesse an GBrowse waren konnte man schnell sehen, wer mit ihm arbeitet,, wie, und es würde Ihnen helfen zu beurteilen, ob GBrowse ist das richtige Werkzeug für Sie braucht. Und könnten Sie unser Tutorial, um zu verstehen Möglichkeiten, die Daten aus einem Projekt, GBrowse verwendet erkunden. In vielen der “Große Datenmengen” Projekte, die Sie nicht gehen, um ein Gen-Liste oder ein Gen Link bekommen. Sie müssen den Satz in toto an den Standorten erkunden. Ich habe meine Garantie Hosen * auf diesen vor

Yeah. Ich habe starke Gefühle über diese.

Ich denke auch, es ist eine gute Idee für Verlage. Es ist ein bisschen Pushback ich über Abo Preise gesehen habe, Dieser Brief, der immer bei mir hängen geblieben, da ich es gelesen:

Der Leiter des Harvard Library System ist Pissed

Die Gewinnmargen der Zeitschriftenverlage in den Bereichen Wissenschaft, Technologie, und Medizin vor kurzem lief zu 30-40 Prozent; doch diejenigen Verlage add sehr wenig Wert auf den Forschungsprozess, und die meisten der Forschung ist letztlich durch die amerikanischen Steuerzahler durch die National Institutes of Health und anderen Organisationen finanziert.

Ich denke, dass durch Zugabe handlicher Zugriff auf die Daten in einem Papier, oder die notwendigen Werkzeuge, um weiter zu gehen, Publisher können Wert mehr als nur die traditionellen Publikation hinzufügen.

Wenn ich könnte sie nur finden…

++++++++++++++++++++++

*Hut Spitze zu Mike the Mad Biologe für mein neues Lieblingswort, “Garantie Hosen

Es gibt eine Datenbank für alles, sogar uber-Operons

Ich war etwa das Spiel mit Google Scholar ist neues Zitat Feature dass mir erlaubt, meine Papiere in einem Ort leicht zu sammeln (funktionierte ziemlich gut, Mehrwertsteuer, sparen ein paar Pannen, siehe unten) als ich merkte, es verpasst ein Papier von mir aus 2000: “Gene Kontext Erhaltung einer höheren Ordnung als Operons.” Die abstrakte:

Operons, co-transkribiert und co-reguliert zusammenhängende Sätze von Genen, sind schlecht über kurze Zeiträume der Evolution konserviert. Das Gen, um, Gen Inhalt und Regulationsmechanismen des Operons kann sehr unterschiedlich sein, auch in eng verwandten Arten. Hier, präsentieren wir verschiedene Hinweise, die darauf hindeuten,, obwohl ein Operon und seine einzelnen Genen und regulatorischen Strukturen neu geordnet beim Vergleich der Genome verschiedener Spezies, Diese Umlagerung ist eine konservative Verfahren. Genomische Rearrangements immer halten einzelne Gene in sehr spezifischen funktionalen und regulatorischen Kontext. Wir nennen diese konservierten Kontext ein uber-Operon.

Die uber-Operon. Es war mein PI vorgeschlagen Begriff. Leben und Arbeiten in Deutschland zum Zeitpunkt, Ich dachte, es war irgendwie komisch. Sowieso, Ich habe nie wirklich mehr als ein anderes Papier oder so auf, dass die Forschung und die Art der Überblick verloren erweitert, ob das Papier in viel resultierte. I in 'uber-Operon getippt’ in google heute und fand, dass es schon ein paar Mal zitiert (88) und, Ich fand das interessant: es wurden ein paar Datenbanken aufgebaut worden von “uber-Operons.”

Eine chinesische Forschergruppe schuf die Uber-Operon Database. Das Papier sieht interessant aus, aber leider ist der Server ausgefallen ist (ob es sich um vorübergehende oder dauerhafte, Ich weiß nicht,), der ODB (Operon Database) verwendet uber-Operons (die sie als Referenz Operons) zu Operons in der Datenbank vorhersagen , Nebulon ist ein weiterer, HUGO ist ein weiterer. Lesen Sie die capitel über numerische Methoden für die Vorhersage uber-Operons :)

Genau da, Ihnen zu zeigen,, gibt es eine Datenbank für alles.

Oh, und zurück zu Google Scholar Zitat. Es fand fast jedes Papier, das ich veröffentlicht habe, obwohl es verpasste zwei (einschließlich des oben) und hatte zwei Fehlalarme. Zusätzlich, viele Zitate fehlen (wie die 88 für dieses Papier, und viele andere aus anderen Zeitungen). Das ist nicht zu sagen, es ist nicht sinnvoll, Ich finde es ein nettes Tool, aber es ist nicht perfekt. Sie können find Sie mehr über Google Scholar Zitat hier, und etwa Microsoft ist eine ähnliche Funktion bietet sich hier.

Oh, und tut dies nach setzte mich in die HumbleBrag Hall of Fame? Wenn das für twitter vorbehalten, als vielleicht sollte ich twitter dieser so kann ich es bekommen :). (obwohl ich nicht sicher bin, unter Hinweis darauf, relativ kleinen Datenbanken eine relativ geringe Papier stellt Prahlerei, Demut ist oder nicht LOL).

Tipp der Woche: Menschliche Epigenomics Visualisierung Hub

Mehr und mehr sehen wir Fragen über die Möglichkeiten der Epigenomics Daten in den Workshops haben wir keinen Zugang. Dies kommt oft in der Werkstatt das machen wir konzentriert sich auf die ENCODE Daten, weil ENCODE bietet mehrere epigenomics Datensätze, die Forscher interessiert sind. [Der Workshop basiert auf dem Material zu tun Basis können Sie von den zu finden UCSC geförderten frei verfügbar ENCODE Tutorial.] Aber es gibt andere Browser und Datensammlungen, und Forscher wollen sicher sein, sie finden so weit wie möglich.

Neben den Daten, die in die fließende UCSC Genome Browser ENCODE-Portal, Wir haben in der Vergangenheit über die gesprochen NCBI Epigenomics Ressource, einschließlich dieser Tipp. Wir haben auch entdeckt DANCER in der Vergangenheit als tip-of-the-Woche.

Ich bin immer noch erholt von meinem Urlaub in dieser Woche, so werde ich Ihnen ein sehr schönes Beispiel SciVee Punkt fand ich auf einer anderen Ressource, Human Epigenomics Visualisierung Hub von Washu, die sich unter diesem Link abgerufen werden: http://vizhub.wustl.edu/ Es ist länger als unsere üblichen Tipps–über 20 Minuten. Aber wenn Sie wollen damit beginnen, die Daten über die Browser erkunden, Es ist Ihre Zeit wert.

Basierend auf einer UCSC Genome Browser Rahmen, Diese Ressource konzentriert sich auf epigenomics Daten. Die Vertrautheit mit Grundwortschatz und funktionellen Eigenschaften der UCSC Genome Browser ist etwas, was ich empfehlen würde. Schauen Sie sich unsere frei verfügbaren UCSC gesponsert Tutorials für diese, welche Funktionen von Tracks und zeigt Cover, einschließlich solcher Dinge wie bigwig, Sessions, usw..

Das Projekt wird mit den zugehörigen Roadmap Epigenomics Project, die Sie im Detail auf der Baustelle zu erkunden, und mehr darüber zu erfahren in der nachstehenden Referenz.

Bei der Einbettung funktioniert nicht, Hier ist der Link zu der Seite SciVee: http://www.scivee.tv/node/31122

Quick-Link zu Vizhub: http://vizhub.wustl.edu/

Folgen Sie ihnen auf Twitter für News und Ankündigungen: @ WashUGBrowser

Referenz:
Bernstein, B., Stamatoyannopoulos, J., Costello, J., Ren, B., Milosavljevic, A., Meissner, A., Kellis, M., Marra, M., Beaudet, A., Ecker, J., Farnham, P., Hirst, M., Lander, E., Mikkelsen, T., & Thomson, J. (2010). Die NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium Nature Biotechnology, 28 (10), 1045-1048 DOI: 10.1038/nbt1010-1045

Nacktmull, an einem anderen Tag, ein anderes Genom

Das neuesten Genoms abgeschlossen werden ist der Nacktmull (Heterocephalus glaber). Jetzt, Könnte es einen Kühler (wenn hässlich) Säugetier auf dem Planeten? Es ist eines von nur zwei wirklich eusozialen Säugetieren der Welt, sie lebt bis zu 28 langen Jahren (meiner Tochter Ratte, keine Beziehung, lebte nur 3 Jahr) und ist überraschend resistent gegen viele Krankheiten.

So, Kein Wunder, das Genom sequenziert wurde. Vielleicht können wir einige Dinge über das soziale Verhalten und Langlebigkeit lernen.

Natürlich gibt es eine Ressource für sie bei http://www.naked-mole-rat.org/ obwohl es im Grunde nur eine BLAST-Server und einige Downloads. Ich zähle auf den Tag ist es unter UCSC oder Ensembl :D. Ich habe einige Gene Ich interessiere mich für den Vergleich.

Ein neues Feature BioMed Central

Präsentiert von OpenHelix und BioMed Central :D. Wir mögen vor allem die Funktion und Idee (natürlich) und dachten, wir würden es weitergeben.

BioMed Central (BMC) ist ein Open Access-Verlag. BMC zusammen mit OpenHelix startete eine neues Feature kürzlich zu den Lesern der Zeitschriften BMC rechtzeitig Zugang zu relevanten genomischen Ressource Tutorials. Beim Lesen einer Forschungs-Artikel bei BMC, Forscher sind nun Links zu Online-Tutorials für viele der Genomik Ressourcen und Tools zur Verfügung gestellt werden oder zitiert in dem Artikel. Der Link führt den Leser direkt an die Ausbildung der Zielseite auf der Website OpenHelix. BMC hat eine große Auswahl an Open-Access-Qualität begutachteten Fachzeitschriften und ein Großteil der Forschung berichtet heute verwendet und zitiert viele der Ressourcen OpenHelix Züge auf. Forscher können jetzt schnell Training auf der Datenbanken und Werkzeuge in der Forschung verwendet. Zum Beispiel, dieser kürzlich erschienenen Artikel , Genomweite Charakterisierung der Nicht-polyadenylierte RNAs, in BMC Genome Biology zitiert mehrere Werkzeuge in der Forschung genutzten einschließlich GEO, AUCH und andere. Die neue Funktion findet diese Zitate in dem Artikel und Links zu den Listen OpenHelix Tutorials auf diese Ressourcen, wie im Bild zu sehen.

Es kann hart sein, um einen schnellen Link zu einer entsprechenden Ressource zu finden in Papiere–die Zitate sind manchmal unvollständig, oder nicht zu dem Standort stehen.

Wir haben Pläne, um diese Funktion in mehrfacher Hinsicht eine Ausbildung relevanten und wichtigen Genomik Ressourcen erweitern einfacher und schneller für Forscher.

Wir haben schon einige tolle Resonanz auf diese bekommen–Tolle Idee!

@jytricker Tolle Idee! @BioMedCentral / OpenHelix GU wird Trainer Wissenschaftler auf Genomik / Bioinformatik in Zeitungen erwähnt http://ow.ly/4eQbG

 

Tipp der Woche: Tänzerin für Krankheiten kommentierte Epigenetik Daten

Epigenetik und Epigenomics werden immer spannender Untersuchungsgebiete, und wir sehen mehr Anfragen für Datenbank-Ressourcen, um sie zu unterstützen, und für die Quellen der Daten aus dieser Art von Experimenten. Wenn Sie nicht über diese Untersuchungen an dieser Stelle, Besuche die Einträge in der Talking Glossary of Genetic Terms:

Epigenetik: Epigenetik ist ein aufstrebendes Gebiet der Wissenschaft, die erblichen Veränderungen durch die Aktivierung und Deaktivierung von Genen ohne Veränderung verursacht in der zugrunde liegenden DNA-Sequenz des Organismus Studien. Das Wort Epigenetik ist griechischen Ursprungs und bedeutet wörtlich die über (epi) das Genom.

Epigenome: Der Begriff Epigenom ist von dem griechischen Wort epi was wörtlich abgeleitet “oben” das Genom. Das Epigenom besteht aus chemischen Verbindungen, die zu modifizieren, oder Marke, das Genom in einer Weise, dass es was zu tun ist, wo es zu tun, und wenn es zu tun. Verschiedene Zellen haben unterschiedliche epigenetische Markierungen. Diese epigenetischen Markierungen, die nicht Teil der DNA selbst, kann von Zelle zu Zelle weitergegeben werden als Zellen teilen, und von einer Generation an die nächste.

Und für die Unterhaltung Teil–Sie hören Dr. Laura Elnitski Diskussion über diese im Detail–haben bei jedem Eintrag zu hören. Und gerade heute einen Artikel Bereitstellen eines Epigenetik Primer erschien in meinem Posteingang: Epigenetik: A Primer.

Diese faszinierenden–und manchmal rätselhaft–Euchromatin (CM) Signale und führt, dass in vielen Labors sind enthüllt und Projekte jetzt werden immer breiter verfügbar in verschiedenen Datenbanken. Für diese Woche Tipp der Woche werde ich vorstellen DANCER: Disease-Einnotiert Chromatin Epigenetics ReSource., eines der Instrumente, dass die Organisation dieser Art von Daten und ermöglicht zusätzliche Explorationen. Sie können hier DANCER: http://wodaklab.org/dancer/

In der zugehörigen Publikation, der DANCER Team beschreibt andere nützliche Ressourcen, die Epigenetik Daten liefern. Dazu gehören ChromDB, ChromatinDB (für Hefe), und das menschliche Histonmodifikationen Database (HHMD), unter anderem. Ich bin auch Kenntnis von anderen Quellen. Ein paar Monate zurück habe ich die NCBI Epigenomics Ressource wie mein tip-of-the-Woche. (Damals habe ich versprochen, dass, wenn die Veröffentlichung zur Verfügung standen, ich würde es erwähnen–das ist jetzt am unteren Rand in dem folgenden Abschnitt.) Es gibt auch einiges an diese Daten fließen in die UCSC Genome Browser ENCODE DCC. Einschließlich–darf ich hinzufügen–einige Daten aus der sehr cool Elnitski bidirektionalen Promotor Studien. Hier finden Sie ähnliche Datentypen über die modENCODE Projekt sowie.

So, Es gibt viele Mittel gibt. Jeder Anbieter hat verschiedene Projekte, Arten, Ziele, Displays, usw.. Aber die Gruppe, die DANCER entwickelt wollte eine Nische sie nicht sah bereits verfügbar füllen: Verknüpfung dieser epigenetischen Veränderungen, um mögliche Erkrankung Verein Daten. Hier ist, wie sie beschreiben ihre Arbeit:

Unsere Forschungsanstrengungen ist deshalb bestrebt, CM-Genen im Rahmen ihrer Protein-Interaktion zu erforschen Netzwerk, ihre Partnerschaft in Multi-Protein-Komplexe und zelluläre Signalwege, sowie deren Genexpressionsprofile….

Sie sind gut geeignet, um die Verknüpfung dieser Art von Informationen. Vielleicht erinnern Sie sich unsere bisherigen Untersuchungen und Diskussionen iRefWeb. Die Art des Netzes und Interaktion Daten, die sie sammeln in diesem Zusammenhang kann auf die Chromatin-Modifikation Arena gebracht werden. Der Punkt ist, dass man Schritte über die Änderungen nehmen wissen Sie über, ihrer Nachbarschaft von Wechselwirkungen zu erforschen, und potenziell ausgraben wichtig Krankheit Beziehungen aus, dass.

Die Daten umfassen mehrere Arten, und aus diesem Grund evolutionäre Konservierung kann auch geprüft werden.

Also, wenn Sie feststellen, dass Sie daran interessiert sind, zu erforschen Chromatinmodifikationen, und wünschen, dass die Daten weiter zu gehen, Besuche DANCER, und die anderen Werkzeuge und Projekte, die Bereitstellung von Informationen dieser Art sind. Wenn Sie die iRefWeb Schnittstelle verwendet, Sie einige Ähnlichkeiten in der Struktur sehen. Suchoptionen mit vielen Filter stehen zur Verfügung. Farbkodierte und sortierbar Ergebnisse werden bereitgestellt. Links zu Gen Details im Labor Wodak Tools und externe Links angeboten werden. Auf dem Gen Seiten bei DANCER haben Sie viele Arten von Annotationen, einschließlich Gene Ontology Beschreibungen, Beweise Art und Referenzen, Nachbarn, und Protein-Domäne Informationen sowie. Und neben den texty-Tabelle basiert Zeug, Sie können wählen, zu laden, bis das interaktive Netzwerk / Interaktion Grafik, nur mit dem Tool wie iRefWeb.

Es gibt viele Möglichkeiten, Dinge zu lernen aus diesem Tool. Probieren Sie es aus.

Quick Links und Verweise:

DANCER http://wodaklab.org/dancer/

Turinsky, A., Turner, B., Borja, R., Gleeson, J., Heath, M., Pu, S., Schweiz, T., Dong, D., Gong, Y., Auf, T., Xiong, X., Emili, A., Greenblatt, J., Parkinson, J., Zhang, Z., & Wodak, S. (2010). DANCER: Disease-Kommentierte Chromatin Epigenetik Resource Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq857

Fingerman, I., McDaniel, L., Zhang, X., Ratzat, W., Hassan, T., Jiang, Z., Cohen, R., & Schuler, G. (2010). NCBI Epigenomics: eine neue öffentliche Ressource für die Erkundung epigenomischen Datensätze Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq1146