Category Archives: SNPpets

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SNPpets vendredi

This week we’ve got DNA in the gig economy and for sports fans (?), new software resources for virus and lipids, a handy collection of cancer genomics papers, microbiomes, biosecurity, mouton, pearl millet, and de-extinction. My favorite read this week, si, was the mosquito and gene drive review paper. I am so on board to gene-drive those things….


SNPpets_2Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…


And why I want gene drive mosquitoes:

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. Today’s the last day. Vote once more. And remember how resources like GenBank let us have foundations for other important resources as well. There are new resources in this week’s SNPpets that are definitely descendants of GenBank. Aussi, more tit-for-tat on the Venter paper privacy issue drama. A very personal genome story from a personal genome researcher. Makes you think about the policy issues in new ways. Aussi, policy on gene editing in plants. The first species to have every members’ les données du génome. Gene counts via RNAseq in a new resource, and a new cancer gene repository.


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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. On other fronts, there’s big media on Venter’s DNA re-identification article–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, more of the other cool things in genomics around the tools available and around other species.


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https://twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944

https://twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136

 

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This week I left the “call to action” tweet at the top–vous pouvez vote for GenBank every day in August. And I know it’s September now, but I wanted to go and check–and they made it to the final four! So go vote for GenBank some more. Same link works fine. Other things this week: NYTimes shows more stories of people whose recreational genomics endeavors reveal family secrets. One of them is what’s in the reference genome? I don’t think the answer came up completely clearly, but it reminds me I want to look into that again. The breakthrough cancer diagnostics kit is approved. The girlfriend meme. And one more example of how far ahead agriculture is on genomics.


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This seems to be the answer:

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day in August. The cut is coming soon, so go vote again. In other news this week, a story about big data for assessing biodiversity across time and space. And a Big Photo. Whole-genome sequencing in primary care–not ready yet. #CRISPR ethics–not ready yet. Animal breeding, plant bioinformatics, and horizontal gene transfer round out the week.


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https://twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. Première, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and E. coli des données, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


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https://twitter.com/surt_lab/status/897187105495019520

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Cette semaine, il y a un appel à l'action réelle dans les tweets,,en,Voir tweet de Steven Salzberg sur le,,en,Service d'accorder l'Amérique et GenBank est nommé,,en,vous pouvez voter tous les jours,,en,Le reste des tweets intrigantes de la semaine comprennent la diversité des levures,,en,diversité historique britannique,,en,aspects réglementaires non codantes,,en,les pirates de l'ADN codant pour ordinateur,,en,et l'établissement de normes pour information,,en. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award and GenBank is nominated–you can vote every day! The rest of the week’s intriguing tweets include yeast diversity, British historical diversity, non-coding regulatory stuff, computer-coding DNA hackers, and setting standards for information of uncultured samples of organisms and for personal data.


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Cette semaine, il y a un appel à l'action réelle dans les tweets,,en,Voir tweet de Steven Salzberg sur le,,en,Service d'accorder l'Amérique et GenBank est nommé,,en,vous pouvez voter tous les jours,,en,Le reste des tweets intrigantes de la semaine comprennent la diversité des levures,,en,diversité historique britannique,,en,aspects réglementaires non codantes,,en,les pirates de l'ADN codant pour ordinateur,,en,et l'établissement de normes pour information,,en. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service d'accorder l'Amérique,,en,Vous pouvez voter pour GenBank,,en,essayez d'imaginer les deux dernières décennies sans elle,,en,Et il est temps de célébrer la science du gouvernement devant le public,,en,aller voter,,en,revenir pour le fromage et le génome pomegranite,,en,bavardage le plus intriguant cette semaine était l'ancienne substance du génome de la plante au fond,,en,Je continue à essayer de dire aux gens à quel point l'agriculture est avant dans les applications de la génomique,,en,chercheurs humains,,en,ZZZZzzzzzzzzz,,en,GenBank a été l'un des plus grands succès et utile,,en,Un énorme projet vise à séquencer,,en,génomes de plantes dans,,en,Nous devons parler de génie génétique via,,en,@Commentaire,,en,intelligence Squared,,en,IQ2US,,uz,travaille sur un moyen de visualiser,,en,les modifications effectuées via,,en,ggjoy,,no,et alignements par paires,,en. You can vote for Genbank. Vraiment–try to imagine the last couple of decades without it. And it’s time to celebrate government science in front of the public. Go vote. Après que les, come back for the cheese and pomegranite genome. Most intriguing chatter this week was the ancient plant genome stuff at the bottom. I keep trying to tell people how far ahead agriculture is in genomics applications. Human researchers: ZZZZzzzzzzzzz.


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I stayed up late last night to see if I’d have health care this morning, and I got off schedule. But off we go–still insured!

This Friday includes the first ever tardigrade protein structure! It’s bigger on the inside–wait, dans, wrong thing. Human wise, we have recreational genomics apps, and we have recreational genomics consequences. Epigenetic shampoo (sérieux). Students and biotechnology issues, how are they thinking about the topics? Maize and Mars. Dead bovine DNA. Live cheese microbes. Hungry yet?


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This week I’m taking a different tack. There was something bothering me about misuse of genomics, et je vais râler sur ce,en. Recently a friend pointed me to something that I hadn’t seen before: cranks are misusing 23andMe-type of data to “diagnose” kids as being likely to suffer “vaccine injury”. As you might recognize from the dog-whistle, this means that anti-vaccine cranks are taking their message to a new front: génomique personnalisée. They are misusing data to convince parents that vaccinating their kids is dangerous.

This is a very, very disturbing direction as vaccine fears already have led to tragic outcomes as kids get vaccine-preventable diseases at increasing rates.

En outre, cranks are coming together around “la médecine personnalisée” to pitch their terrible ideas to people and sell them “detox” potions and supplements. They are out talking to the public on these things. We need to step up our game and get people better information. Il y aura de graves conséquences,,en,il est très clair qu'ils tirer ces conclusions,,en,il est plus subtile comme cette conférence,,en,Il y a beaucoup de pseudoscience étant donné une plate-forme à l'événement,,en–misuse of genomics on many topics–with the potential for public health outcomes.

So below are a few links to illustrate this. It’s time to raise awareness of this in the legit genomics community. I expect others didn’t know this was going on, trop.


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This week there was some mainstream communication on genomics as well. I’m not sure it helped. Soupir.