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Vídeo Consejo de la semana: Integrativa múltiples especies Predicción (IMP) Red de Recursos para el Análisis

Hace un tiempo que María vio el siguiente tweet pasar & recogido como un posible tema para uno de nuestros consejos semanales:

RT @ Moorejh: #bioinformática genómica RT # @ GreeneScientist Tutoriales interactivos y video para IMP están disponibles en: http://t.co/zvlVmoph

Esta semana me han dicho de María “coleccionado” punta idea & será con uno de sus vídeos como consejo rápido esta semana.

La Integrativa múltiples especies Predicción (IMP) servidor web es un recurso de la red gen-gen análisis. Hay varios recursos tales (Cytoscape, IntAct, MINT, CADENA, A, y uno de mis favoritos personales manía generada) que OpenHelix tiene tutoriales sobre (ver nuestra Camino Catálogo de lista). Los desarrolladores IMP proporcionar una buena cantidad de ayuda para sus usuarios – no sólo tienen múltiples vídeos de YouTube (como lo hacemos en la OpenHelix canal de YouTube), sino que también ofrecen dos tutoriales interactivos que permiten a los usuarios ser guiado a través de un ejemplo de uso del IMP.

Por consejo de hoy estoy con el tercer vídeo de YouTube que en su lista tutorial de la página, porque pensé que tenía el mejor sonido y calidad de imagen. Los otros videos son también informativo & vale la pena una visita – disfrutar!

De referencia:
Wong AK, Parque CY, Greene CS, Bongo LA, Y Guan, & OG Troyanskaya (2012). IMP: una multiplicidad de especies portal de genómica funcional para la integración, visualización y predicción de funciones de proteínas y redes. Nucleic Acids Research, 40 DOI: 10.1093/nar/gks458

Vídeo Consejo de la semana: 1000 Genomas Browser conjunto de datos de NCBI


Un reciente NCBI Newsletter anunció el lanzamiento de un nuevo recurso denominado 1000 Genomas Browser Dataset, y que es el recurso que se ofrece en este consejo. Es una de las herramientas disponibles a través de la nueva NCBI Variación recursos de la página, que también cuenta con recursos tales como dbSNP, dbVar, dbGaP y ClinVar (muchos de los cuales OpenHelix tiene tutoriales para) así como otras herramientas de variación – Variación Reportero (versión preliminar), Clínica Remap (Versión beta) y el Fenotipo-genotipo Integrador.

Antes de discutir la NCBI 1000 Genomas Browser Dataset, Me gustaría pasar un poco de tiempo en la 1000 Genomas del proyecto, con el fin de distinguir lo que es de NCBI y lo que es del propio proyecto. Desde el 1000 Genomas papel Pilot:

“El objetivo de la 1000 Proyecto Genomas es descubrir, genotipo y haplotipo proporcionar información precisa sobre todas las formas de polimorfismo de ADN humano en múltiples poblaciones humanas. Específicamente, el objetivo es caracterizar más 95% de las variantes que se encuentran en regiones genómicas accesible a las actuales tecnologías de secuenciación de alto rendimiento y que tienen frecuencia de los alelos de 1% o mayor (la definición clásica de polimorfismo) en cada uno de los cinco principales grupos de población (poblaciones o con ascendencia de Europa, Asia del Este, Asia del Sur, África Occidental y las Américas).”

Se puede acceder al texto completo desde el siguiente enlace. El proyecto se ha movido más allá de la fase piloto y está lanzando nuevos datos todo el tiempo. Usted puede ver los anuncios y los detalles del proyecto, o acceder a los datos, a través de la oficial 1000 Genomas sitio del proyecto, o a través de la oficial 1000 Genomas versión de los Ensembl navegador. Como es de imaginar por un “de datos grandes” proyecto como éste, datos ha sido añadido a una variedad de bases de datos de NCBI, incluyendo dbSNP, la Secuencia Leer Archivo (SRA) y Muestra biológica. Aunque se puede buscar esta información a través del sistema de búsqueda universal Entrez, antes de ver los datos que tendría que ver los resultados individuales en cada base de datos independiente. La 1000 Navegador de Genomas en NCBI ha sido creado como una interfaz de gran alcance para la búsqueda de manera integral, y visualización, 1000 Genomas datos contenidos en los recursos NCBI en una sola página.

En la punta de video que le permitirá familiarizarse con las distintas áreas de la página - el navegador se crea con una serie de widgets, cada uno con su propia función. No será capaz de cubrir todas las características, o demostrar cómo los usuarios pueden subir sus propios datos de variación en el navegador – Te voy a dejar la diversión de explorar los de su propio. Debido a que la herramienta es tan joven, bugs y sugerencias / comentarios todavía están siendo activamente solicitado – si encuentras algo, echa un vistazo a las FAQ (que discutir insectos en diferentes etapas de fijarse) y luego enviar el equipo.

Enlaces rápidos:
NCBI Newsletter anuncio julio 20, 2012: http://1.usa.gov/RQu5dR

NCBI página Variación: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/

NCBI 1000 Genomas página del navegador:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

1000 Genomas sitio del Proyecto: http://www.1000genomes.org/home

La 1000 genomas versión específica del proyecto Ensembl navegador:
http://browser.1000genomes.org

De referencia:
La 1000 Genomas Consorcio del Proyecto (2010). Un mapa de la variación del genoma humano la secuencia de la población a escala Naturaleza, 467, 1061-1073 DOI: 10.1038/nature09534

Vídeo Consejo de la semana: MetaboAnalyst 2.0


Al mirar a través de la 2012 Web Server Edición de NAR, Nucleic Acids Research revista, No pude evitar nombres Aviso recursos que revelaron un poco acerca de los desarrolladores’ sentido del humor, tal como “Taxman” y “XXmotif“. Había otros en la lista (“MAGNET“, “Genios” y “VIGOR“, por ejemplo) cuyos nombres me hizo temblar imaginando a alguien tratando de encontrar con el buscador promedio. [Our family’s favorite such resource is JUNTOS, o la información con hipervínculos sobre las proteínas - Tengo que pensar que los desarrolladores orientados a ese nombre en honor a la otra JUNTOS :) y los desayunos en todas partes.]

Yo desplaza a través de muchos nombres hasta que encontré un recurso para presentar en la punta de hoy. Yo quería algo trata de un tema de actualidad – todos ellos más o menos en forma que los criterios – y uno que me interesaba, pero que estaba fuera de mi “área normal de experiencia”. Me decidí por “MetaboAnalyst 2.0“, que es el recurso que presentará en la punta de hoy. Se describe en el artículo “MetaboAnalyst de 2.0 de un servidor completo para el análisis de datos metabolómicos” como sigue:

“MetaboAnalyst es una suite basada en web de alto rendimiento para el análisis de datos metabolómicos. Fue lanzado originalmente en 2009… MetaboAnalyst 2.0 ahora incluye una variedad de nuevos módulos para el procesamiento de datos, datos de control de calidad y normalización de datos. También cuenta con nuevas herramientas para ayudar en la interpretación de los datos, nuevas funciones para apoyar multi-grupo de análisis de datos, así como nuevas capacidades de análisis de correlación, análisis de series temporales y el análisis de dos factores. También hemos actualizado y mejorado la salida gráfica para apoyar la generación de alta resolución, imágenes de calidad de publicación.”

Como suelo hacer, Empecé “explorar” MetaboAnalyst 2.0 mediante la lectura de su artículo NAR. Está bien escrito y describe cómo el objetivo de la interfaz debe ser de uso fácil e intuitivo, así que me dirigí a MetaboAnalyst 2.0 “patear los neumáticos”, por decirlo así. He descubierto que la interfaz es bastante fácil & intuitivo de usar. Y para ayudar a los usuarios a comprender realmente el recurso antes de lanzarse a cargar sus propios datos, proporcionar a los desarrolladores una amplia gama de datos de ejemplo establece que los usuarios pueden jugar con, así como el paso a paso guías (pdf, PowerPoint, & dos artículos que requieren suscripciones a revistas, Aún no hay videos). En mi video que utiliza uno de sus conjuntos de datos & mostrar un ejemplo rápido de algunos pasos de análisis. Por supuesto que no es el momento de cubrir la totalidad de MetaboAnalyst 2.0, pero espero que os muestro lo suficiente como para tentar a probarlo por ti mismo.

*Por favor, tenga en cuenta que los desarrolladores sugiero que descargar los resultados de inmediato, ya que todos los datos de usuario se trata como privada y confidencial por MetaboAnalyst 2.0 permanecerán en el servidor para sólo 72 horas antes eliminan automáticamente.

Enlace rápido:

MetaboAnalyst 2.0 – http://www.metaboanalyst.ca/

Referencias:
Jianguo Xia, Manda Rupasri, Igor V. Sinelnikov, David Broadhurst, & David S. Wishart (2012). MetaboAnalyst de 2.0 de un servidor completo para el análisis de datos metabolómicos Nucleic Acids Research, 40 (W1) DOI: 10.1093/nar/gks374

Jianguo Xia, Nick Psychogios, Nelson Young, & David S. Wishart (2009). MetaboAnalyst: un servidor web para el análisis y la interpretación de datos metabolómico Nucleic Acids Research Volumen 37, Edición supl 2 Pp. W652-W660. , 37 DOI: 10.1093/nar/gkp356

Disfrutar de la 2012 NAR problema del servidor Web & una taza de café

En la caza de algo a la función para la punta de esta semana, Me di cuenta de que Nucleic Acids Research había lanzado su 2012 Edición Servidor Web en julio. Como muchos de ustedes se podrían tener en cuenta, la revista Nucleic Acids Research es un foro donde los desarrolladores pueden presentar trabajos de biología computacional que describen el desarrollo de algoritmos relevantes biológicamente, uso novedoso de algoritmos existentes, o que informan el desarrollo de bases de datos biológicas & su uso. El problema del servidor web es un número especial anual centrado específicamente en los recursos de software basados ​​en la web para el análisis y visualización de datos de biología molecular.

Este año se celebra su décima edición servidor web & Me decidí a probarlo. Con el fin de dedicar toda su atención a la cuestión, Empecé por mi mismo verter una taza grande de café en una de mis favoritas tazas, que de alguna manera hace que sea mejor sabor. Entonces me dispuse a disfrutar de la cuestión – cada año siempre comienzo con la lectura la editorial de apertura & entonces el artículo en el directorio de bioinformática enlaces. El editorial suele explicar énfasis especial en el tema (este año es el análisis de los datos de secuenciación de próxima generación), y está escrito por el editor ejecutivo de la cuestión, Gary Benson. Para mí, la editorial establece el tono de la cuestión, por decirlo así.

Luego me consumen el artículo directorio, junto con un par de sorbos de mi java. Lo que me interesa en este artículo es múltiple. El primero es la discusión de las tendencias que ven en el desarrollo de herramientas y recursos, lo cual es importante para nosotros aquí en OpenHelix. Figura 6 ofrece una interesante perspectiva de las categorías y cargos de los recursos de cada edición anual – Soy curioso en cuanto a por qué todos menos un descenso en categoría 2008. Mesa 1 También proporciona datos interesantes sobre las tendencias de la herramienta.

También estoy interesado en el contenido de la lista sí mismo – se trata de una gran lista está siendo desarrollado por la gente que tenemos un gran respeto por. Yo estaba especialmente interesado en esta frase de su artículo:

“El Directorio de Enlaces Bioinformática también ha iniciado curación activa de su contenido, eliminación del contenido muerto y la corrección de errores de contenido, que ha dado como resultado más exacto, aunque de vez en cuando pequeñas cuentas para 2012.”

El énfasis es mío en la cita anterior. En mi opinión este es un aspecto muy importante de cualquier lista. Si usted recuerda, María publicado en la idea de “Obituarios para las herramientas de la bioinformática.” y comenzó una BioStar mensaje para recopilar esta información. El puesto BioStar generado comentarios significativos & Parece que puede haber ayudado a inspirar al equipo de Bioinformática Directorio de enlaces, a partir de los comentarios. Pero tiene sentido que usted no necesita sólo recoger información, sino para seguir manteniendo y filtrar los datos para que siga siendo pertinente – Quiero decir que si el bosque está lleno de madera muerta, lo útil “árboles vivos” (ok, recursos) están oscurecidas de los usuarios, derecho?

El problema es que el mantenimiento de cualquier lista (o documentación o tutoriales, etc.) hasta al día es un duro, mano de obra intensiva actividad. Aquí en OpenHelix también tenemos una lista de los recursos pertinentes de la biología que se puede buscar a través de forma gratuita, sin necesidad de registrarse, de nuestra página principal. Actualmente contamos con un pasante de verano eliminación selectiva a través de una lista de más 5,000 recursos y herramientas que conocemos. Ella es la eliminación de entradas duplicadas en la base de datos mediante la búsqueda y recolección de direcciones URL alternativa – es increíble cuántos recursos tiene múltiples entradas, cada uno con su propia URL. Sin embargo, diferentes puertas no hacen un recurso diferente o utilidad por lo que eliminar a formar la lista. Entonces vamos a hacer frente a los recursos muertas, los inmuebles que basta con ir a una pequeña herramienta interna a un recurso principal, o una búsqueda pre-formateada para algo PubMed.

Creación y mantenimiento de una lista de alta calidad no es un esfuerzo trivial. En su artículo del equipo de Bioinformática Directorio de enlaces describe actual permaneciendo como una “reto de futuro” y dice:

“Aunque necesaria para mantenerse al día y avanzar en la utilidad de la Bioinformática Directorio de enlaces, estas mejoras sólo serán útiles si impulsado por la comunidad. Como repositorio impulsado por la comunidad, todos los miembros de la comunidad científica o la bioinformática tiene la oportunidad de ayudar a que la colección mejor y más significativo. “

Sinceramente les deseo lo mejor suerte en “comunidad curación” que muchos recursos se han tenido en el pasado, & Espero que tenga éxito. En nuestra experiencia, funciona mejor con estable, financiación suficiente, ya que como dicen: “se obtiene lo que se paga”.

Aceptar, próximo post será sobre los recursos reales en la edición de servidor web, Prometo! :)

Enlaces rápidos:

2012 NAR problema del servidor Web: http://nar.oxfordjournals.org/content/40/W1.toc

Bioinformática Directorio de enlaces: http://bioinformatics.ca/links_directory/

OpenHelix Página de inicio & Buscar Portal: http://www.openhelix.com

Referencias:
Gary Benson (2012). Editorial: Nucleic Acids Research ANUAL DE SERVIDOR WEB EN CUESTIÓN 2012 Nucleic Acids Research, 40 (W1) DOI: 10.1093/nar/gks607

Michelle D. Brazas, David Yim, Winston Yeung, & B. F. Francis Ouellette (2012). Una década de cambios del servidor web en el directorio de enlaces bioinformática: 2003-2012 Nucleic Acids Research, 40 (W1) DOI: 10.1093/nar/gks632

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

Vídeo Consejo de la semana: Recursos microbioma Desde JGI


Poco más de un mes una cuestión de Naturaleza tenía dos artículos de la Consorcio Humana Proyecto del Microbioma – es posible que haya visto, o la cuenta de la Viernes SNPets los elementos que teníamos en ellos. Me prometí a mí mismo que yo había leído los artículos (lo que hice), y que me gustaría visitar a mis viejos amigos de la IMG (Genomas microbianos integrado) & IMG / M (IMG con muestras microbioma) para ver lo que es nuevo en estos poderosos recursos de genomas microbianos. En la punta de hoy he decidido que tomar a lo largo de mi visita con mi, porque me di cuenta que IMG tiene ahora un recurso dedicado al análisis de los genomas relacionados con el Proyecto Microbioma Humano llamado Integrados microbianos Genomas Humanos-Proyecto Microbioma, o IMG / HMP. Visitamos tanto IMG / M (brevemente) y el IMG / HMP en la punta de hoy.

Cuando me referí a IMG como un viejo amigo, Realmente me siento de esa manera – nuestra tutorial sobre IMG* Fue uno de mis primeros proyectos de OpenHelix. Yo era nuevo, e IMG nueva era, de haber sido puesto en libertad en marzo de 2005, sólo unos pocos meses antes de crear el tutorial (en su junio 2005 liberación, si yo estoy recordando correctamente). Se han convertido en una extensa tales, poderoso recurso. Para que os hagáis una idea de lo rápido que han crecido & desarrollado, nuestro tutorial IMG actual es la versión 12 y voy a estar trabajando en la versión 13 tan pronto como termine de actualizar nuestro tutorial USD. Cuando creamos nuestra IMG / M tutorial*, metagenomes eran un concepto relativamente nuevo y el recurso incluyó un total de 24 muestras microbioma – ahora cuenta con más de 1000!

Pero basta con la nostalgia, vamos a llegar a los recursos! :) IMG / M integra datos metagenoma con el aislamiento de secuencias del genoma microbiano del genoma microbiano integrado (IMG) sistema para permitir el análisis de la composición filogenética y potencial funcional o metabólica de los genomas de agregado (metagenomes) en las comunidades microbianas (microbiomas). Genomas generados como parte del Proyecto del Microbioma Humano (HMP) están incluidos en IMG / M de RefSeq a través de IMG. IMG / M recursos permiten a los usuarios analizar metagenomes, genomas, genes y las funciones de elaboración de listas de artículos y luego manipularlos en "carros de análisis". Metagenomes también se puede analizar utilizando las herramientas provistas en su página 'Detalles del metagenoma de los. Estas opciones se explican en detalle mucho más de lo que puede cubrir aquí, en la referencia IMG / M que en la siguiente lista. Yo también vincular a la publicación más reciente IMG, desde una comprensión de que es esencial para comprender cualquier recurso IMG / M basado.

* OpenHelix tutorial para este recurso disponible para compra individual o por medio de una suscripción.

Enlaces rápidos:
Genomas microbianos integrado (IMG): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/pub/main.cgi

Integrados con los genomas microbianos microbiomas (IMG / M): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi

Integrados microbianos Genomas Humanos-Proyecto Microbioma (IMG / HMP): http://www.hmpdacc-resources.org/imgm_hmp/

Tutorial de introducción a la OpenHelix IMG: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=54

Tutorial de introducción a la OpenHelix IMG / M: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=24

Referencias:
Victor M. Markowitz, I-Min A. Chen, Ken Chu, Ernest Szeto, Krishna Palaniappan, Yuri Grechkin, Anna Ratner, Biju Jacob, Amrita sí, Marcel Huntemann, Konstantinos Liolios, Ioanna Pagani, Iain Anderson, Konstantinos Mavromatis, Natalia N. Ivanova, & Nikos C. Kyrpides (2012).
IMG / M: integrado del metagenoma de gestión de datos y el sistema de análisis comparativo Nucl. Acids Res.. , 40 DOI: 10.1093/nar/gkr975

Victor M. Markowitz1, I-Min A. Chen, Krishna Palaniappan, Ken Chu, Ernest Szeto, Yuri Grechkin, Anna Ratner, Biju Jacob, Jinghua Huang, Peter Williams, Marcel Huntemann, Iain Anderson, Konstantinos Mavromatis, Natalia N. Ivanova, & Nikos C. Kyrpides (2012). IMG: los genomas microbianos base de datos integrada y un sistema de análisis comparativo Nucl. Acids Res., 40 DOI: 10.1093/nar/gkr1044

Los datos más grande a considerar: BioImage Informática

No estoy seguro de nada más, cuando me inscribí en copias complementarias de Nature Methods, pero al igual que mi copia de relojería llega cada mes. Si desea obtener también, usted puede solicitar una suscripción aquí (Firefox parece que funciona mejor que IE, IVA). El número de este mes en particular me interesó, ya que contiene una centrarse en Informática BioImage. El foco parece estar libre para leer en línea.

Me pareció que el foco justo después de haber leído el Ciencia Reportaje “Lesiones por onda expansiva vinculada a la neurodegeneración en Veteranos” por Greg Miller. En el artículo de Greg hay una descripción de una neuropatología característica que se ha visto en los atletas y los veteranos militares que habían incurrido lesiones en la cabeza. Este mismo patrón distintivo se ve en un modelo de ratón de lesión por onda expansiva & la imagen de los ovillos de proteína tau que aparecen en el artículo me pareció tan interesante que le dije a mi esposo al respecto durante la cena una noche, así que ya tenía en mi mente bioimágenes. También estoy siempre interesado en el campo de la bioinformática, tanto a nivel personal y como miembro del equipo de OpenHelix.

Los comentarios, en el orden en que fueron impresos, eran lo que he leído al principio. La primer comentario es por Gene Myers, que también participó a principios de bioinformática del genoma, y proporcionó una perspectiva muy interesante tanto en el estado actual de la informática BioImage y en el uso histórico de bioimágenes en los sistemas de siguiente cita me hizo sonreír genetics.The:

El campo está todavía en sus primeros días, y no hay tal cosa como un InformaticIAN BioImage típica: o se trata de expertos en visión por computador en busca de nuevos problemas, clásicos bioinformáticos basados ​​en la secuencia en busca de lo nuevo o físicos y los biólogos moleculares cuyos experimentos requieren que hacer de tripas corazón informática. … Desde mi punto de vista, que recuerda mucho el estado de la bioinformática en la década de 1980: la emocionante, algo caótico libre para todo lo que es, potencialmente, el nacimiento de algo nuevo.”

Y el párrafo siguiente destaca la importancia de “la debida diligencia de los estudios piloto” y “protocolos optimizados” me recordó mis días de la creación de un BioCore instalación sin fondos suficientes, ya sea para estudios experimentales suficientes o de optimización, que finalmente condenados de la utilidad de la máquina a mi asesor y el departamento por igual. Este comentario preparó el terreno así para el resto de los artículos. Los otros comentarios incluyó una descripción de la diferencia de goles de campo de la visión por computador y el campo de la informática BioImage, un alegato en favor de la usabilidad que se construirá en bioimagen de software, y un comentario histórico sobre la 25 años de NIH Image, Ahora ImageJ.

La artículo usabilidad sonaba a muchos a muchos de los mismos gritos que hacemos aquí en OpenHelix – si usted desea tener software biociencia útil que se utiliza efectivamente, como mínimo debe 1) contar con una financiación y un mandato para mantener a largo plazo, 2) tienen los desarrolladores motivados que respondan a sus necesidades de los usuarios y los comentarios, incluyendo los errores de fijación y 3) (último pero no menos absoluta) debe proporcionar la sensibilización y capacitación sobre el software. Y en mi opinión, ningún entrenamiento edad, ganó”Por T – tiene que ser de alta calidad, hasta al día, y más fácil de usar & absorber que la documentación seca promedio de programar el reloj de la videograbadora (Aceptar, Me estoy saliendo con no, pero ya sabes lo que quiero decir…) Me gusta su idea de que los organismos de financiación solicitar descripciones de cómo el software se mantenga y documentado, y estar preparado para proporcionar la financiación no sólo para el desarrollo, pero también para el mantenimiento. (¿Por qué reinventar la rueda una & encima, sólo para que cada uno va plana con mal estado?)

También se recibieron informes sobre el software específico, tal como OMERO.searcher, SimuCell, PhenoRipper, Fiyi, BioImageXD, y Helado, así como en la BioImage amplia colección de referencia (BBBC), una colección de imágenes de microscopía pone a disposición de la prueba y validación de nuevos algoritmos de análisis de imagen.

La atención concluye con una gran revisión de herramientas de software Bioimagen, con el objetivo de proporcionar una “cómo” resumen de la utilización de software de código abierto de imágenes para todas las etapas de la informática BioImage. Se comienza con una discusión de los datos de adquisición & continúa a través de sistemas de almacenamiento de datos y flujo de trabajo. Yo podría entender una Tweek un poco, pero sí visualizar que el software de hoy en día se requiere en cada etapa de análisis de imagen – consecución de la imagen automatizado para la recuperación y análisis de imagen. Los autores también tocan en la importancia de la anotación de imagen y vocabularios controlados, o las ontologías. Mesa 1 proporciona un listado de recursos, incluidos los nombres buen software, función principal y la URL – Tengo algunos recursos nuevos para ver ahora! :)

Total, Te sugiero que este enfoque sobre la informática BioImage a cualquier científico de la vida, si se están analizando las imágenes de hoy o no – Creo que es una incursión en un a&que viene, apasionante campo.

Enlaces rápidos:
BioImageXD: http://www.bioimagexd.net/

Amplia Amplia colección de referencia BioImage (BBBC): http://www.broadinstitute.org/bbbc/

Fiyi: http://imagej.nih.gov/ij/

Helado: http://icy.bioimageanalysis.org/

OMERO.searcher: http://murphylab.web.cmu.edu/software/searcher/

PhenoRipper: http://www.phenoripper.org/

SimuCell: http://www.SimuCell.org/

 

Lista de referencia:
Greg Miller (2012). Lesiones por onda expansiva vinculada a la neurodegeneración en Veteranos Ciencia, 336 (6083), 790-791 DOI: 10.1126/science.336.6083.790

Gene Myers (2012). ¿Por qué importa la informática BioImage Nature Methods, 9, 659-660 DOI: 10.1038/nmeth.2024

Anne E Carpenter, Lee Kamentsky, & Kevin W Eliceiri (2012). Un llamado a la usabilidad del software bioimagen Nature Methods 9, 9, 666-670 DOI: 10.1038/nmeth.2073

Kevin W Eliceiri, Michael R. Berthold, Ilya G Goldberg, Luis Ibáñez, B S Manjunath, Maryann Martone E, Robert F. Murphy, Hanchuan Peng, Ana L Planta, Badrinath Roysam, Nico Stuurmann, Jason R Swedlow, Pavel Tomancak, & & Anne E Carpenter (2012). Biológicos herramientas de imágenes de software Nature Methods, 9, 697-710 DOI: 10.1038/nmeth.2084

Vídeo Consejo de la semana: Nuevos centros SBKB El PSI de contenido


En la punta de hoy que contará con los cubos de contenido recientemente organizados en el Estructura de Proteínas de la Iniciativa de Base de Conocimiento de Biología Estructural, o PSI SBKB. Tenemos un libre, de longitud completa guía sobre la SBKB PSI que estamos en el proceso de actualización, pero pensé que acababa de tocar en una de las nuevas actualizaciones a la SBKB PSI ahora, si bien es “caliente”. :) Citando de su PSI: Biología en el punto de mira, De julio 2012 Noticias:

Este mes, lanzamos un nuevo menú izquierdo, que pone de relieve nuestros centros científicos nuevos. Estos centros están diseñados para recoger la ISP y la información SBKB para que nuestra audiencia pueda encontrar características en función de sus necesidades.

He estado trabajando con estos centros durante los últimos meses, y han llegado a ver como se han desarrollado. Estos centros científicos hacen que sea fácil para los usuarios tener acceso al contenido ofrecido tanto por el SBKB y la ISP en su conjunto, porque están organizados por el contenido. Creo que la nueva organización de la izquierda es agradable – la bandera brillante y la organización hará hincapié en estos centros a los usuarios, que se espera sacar el máximo provecho de los recursos que se encuentran en cada centro. Actualmente, los centros científicos están organizados alrededor de los siguientes contenidos: objetivos; estructuras de proteínas, secuencias y la función; proteínas de membrana; modelos de homología; y métodos. En el vídeo consejo que una breve visita al centro de proteínas de la membrana y el centro de los métodos para darle una idea de los tipos de enlaces y contenidos que se encuentran, pero así que asegúrese de comprobar a cabo por su cuenta para ver qué recursos se pueden encontrar para promover su investigación.

Para más detalles sobre el SBKB PSI, consulte los siguientes enlaces & permanezca atento a nuestra completa, tutorial han sido actualizados sin llegar a un navegador más cercano! :)

Nota: los documentos de acceso abierto no cubrirá los nuevos centros, pero se describen muchos de los recursos accesibles desde los centros.

Enlaces rápidos:
PSI Biología Estructural Base de Conocimientos de los recursos: http://www.sbkb.org

Tutorial de introducción a la OpenHelix SBKB PSI (de libre acceso):
http://www.openhelix.com/sbkb

De los recursos relacionados – RCSB Protein Data Bank (RCSB AP): http://www.rcsb.org

Tutorial OpenHelix Relacionados introductoria sobre el anteproyecto de presupuesto RCSB (de libre acceso):
http://www.openhelix.com/pdb

Psi SBKB Referencias:

Gifford LK, Carter LG, Gabanyi MJ, Berman SM, & Adams EP (2012). La Iniciativa de Estructura de Proteínas Biología Estructural Conocimientos Tecnología Portal: una biología estructural recurso web. Diario de la genómica estructural y funcional, 13 (2), 57-62 Palabras: 22527514 (la suscripción)

Gabanyi MJ, Adams EP, Arnold K, Bordoli L, Carter LG, Flippen-Andersen J, Gifford L, Haas J, Un Kouranov, McLaughlin WA, Micallef DI, Menor W, Shah R, Schwede T, Tao YP, Westbrook JD, Zimmerman M, & Berman SM (2011). La Base de Conocimiento de Biología Estructural: un portal a las estructuras de proteínas, secuencias, funciones, y métodos. Diario de la genómica estructural y funcional, 12 (2), 45-54 Palabras: 21472436 (el libre acceso aquí)

Cormier CY, Parque JG, Fiacco M, Acero J, Hunter P, J Kramer, Singla R, & LaBaer J (2011). PSI:Biología de los materiales de depósito: un biólogo de recursos para los plásmidos de expresión de proteínas. Diario de la genómica estructural y funcional, 12 (2), 55-62 Palabras: 21360289 (el libre acceso aquí)

 

Vídeo Consejo de la semana: Nueva barra lateral de PubMed Filtros

En la punta de hoy me une a un vídeo de YouTube de NCBI que explica brevemente el nuevo Filtros función de la barra lateral que ha sido añadido a PubMed. Vimos por primera vez un tweet que el cambio iba a volver el 2 de mayo, justo cuando estaba completando una actualización total de nuestro tutorial completo de PubMed*.

Luché con el hecho de mantener nuestro equipo de producción para la nueva barra lateral, o para producir nuestro tutorial con el plan para actualizar en un futuro próximo – siempre es una lucha para saber cuál es la mejor opción ya que los cambios de recursos se puede producir a la velocidad de la luz, o de acuerdo a escalas de tiempo geológicas (ok, eso es una exageración, pero se siente de esa manera cuando se quiere lanzar una maravillosa, puesta al día del proyecto & algo que sostiene y hace que la publicación tardía de los materiales de nuestro tutorial). Con PubMed tuve la suerte de – Vi a un tweet que la función de la barra lateral se sumaría “en la próxima semana”. Le pregunté a nuestro profesional de la voz para poner el guión en espera & Me paseaba por PubMed esperando a ver qué (& cuando) las cosas que ocurren.

Fieles a su palabra, la función de la barra lateral se presentó en los resultados de PubMed el 10 de mayo, exactamente una semana desde que había visto al “en la próxima semana” anuncio – mi agradecimiento a la Revista & PubMed Equipos! :) No sólo empujar sus actualizaciones de forma oportuna, hicieron un vídeo de YouTube que explica los cambios & discutiendo en futuros cambios están programados para salir. El video es claro, y rápida, así que lo estoy usando como mi punta de esta semana. No estoy seguro de la función es 100% estable, como muestro en la imagen de abajo, y describen más adelante en el puesto, pero creo que el cambio podría cumplir con el objetivo NCBI – para que más gente cuenta & utilizar filtros para las búsquedas.

En el vídeo el narrador afirma que el área de los filtros se ha ido & los dos filtros por defecto se selecciona de forma permanente, como se indica por las marcas de verificación que no pueden ser “unclicked”. En”no estoy viendo las marcas de verificación en cualquiera de “Texto libre disposición completa” enlace (se muestra) o el “Revisión” enlace, que no está en la vista en mi imagen. También veo una diferencia en cuanto a si tengo derecho de los subconjuntos filtrados en función de si estoy registrado en Revista (la ventana superior se muestra en la parte posterior de la imagen), o no (la parte inferior, ventana delantera). En mi IE manos 9.0 & Firefox 12.0 tanto la función de manera similar en estos aspectos.

El video NCBI en realidad no muestran cómo los resultados de mira después de los filtros se añaden, pero en jugar con él a mí me parece que todos los filtros se aplican a su búsqueda & que sólo te dan una serie de resultados, no vincula a varios subconjuntos. Aunque ahora es más fácil añadir filtros para búsquedas, si es así como filtros que van a trabajar en el futuro, Creo que voy a extrañar los filtros viejos – Me gusta ser capaz de cambiar entre las diferentes categorías de resultados sin tener que cambiar mis filtros o volver a ejecutar búsquedas. Asegúrese de compartir sus pensamientos & preferencias con NCBI para que puedan crear el mejor recurso para sus necesidades de los usuarios!

* OpenHelix tutorial para este recurso disponible para compra individual o por medio de una suscripción.

Enlaces rápidos:

Tutorial de introducción a la OpenHelix PubMed (pronto a ser actualizado): http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=70

PubMed de recursos: http://www.pubmed.gov/

PubMed de referencia:
Sayers, E.W., Barrett, T., Benson, D.Ä., Bolton, E., Bryant, S.H., Canese, K., Chetvernin, V, Iglesia, D.M., DiCuccio, M., Federhen, S. & (2011). Los recursos de base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica, Nucleic Acids Research, 40 (D1) D25. DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Vídeo Consejo de la semana – La Célula: Una biblioteca de imágenes

¿Quién dice que los medios sociales son una pérdida de tiempo? No me – mis actualizaciones por LinkedIn seguir incluyendo los anuncios de la “Imagen de la semana” de La Célula: Una biblioteca de imágenes. Para mi consejo esta semana he decidido hacer un seguimiento de que & echa un vistazo a las imágenes disponibles de este recurso, & Me alegro de haberlo hecho. La Biblioteca de Imágenes de la célula es traído a usted por el La Sociedad Americana de Biología Celular (BCSV), y contiene miles de imágenes, de series de tiempo y de grupos de imágenes, vídeos y animaciones de células en una variedad de organismos. Las imágenes son organizadas por proceso de la célula, Componente de la célula, Tipo de célula, Organismo y añadió recientemente. Usted puede navegar por las imágenes o hacer una búsqueda básica de la página de inicio, o realizar búsquedas avanzadas. La el formulario de búsqueda avanzada permite a los usuarios consultar con las palabras clave, y para los atributos de imagen, categorías específicas de concesión de licencias de imágenes, categorías biológicas, técnicas de imagen, o términos de anatomía asociados.

Para citar Acerca de la página, la biblioteca de imágenes de la célula:

“Esta biblioteca es una base de datos de los recursos públicos y de fácil acceso de las imágenes, Vídeos, y las animaciones de las células, capturar una amplia diversidad de organismos, tipos de células, y procesos celulares. El propósito de esta base de datos es avanzar la investigación sobre la actividad celular, con el objetivo final de mejorar la salud humana.”

Y la biblioteca no se limita a permitirle acceder a las imágenes, también puede proporcionar sus propias imágenes para ser presentado en la Biblioteca, como se describe en sus “contribuir” página. Usted aporta sus datos en bruto o imágenes de datos mínimamente procesados ​​o videos de ellos y que será comentada por profesionales con amplia experiencia disciplinaria. Cada imagen recibe un CIL, o Celular Image número de acceso Library, que puede ser utilizado para hacer referencia a una imagen.

En este consejo voy a referirme a las características de las pantallas de imagen, y cualquier otra cosa que pueda caber en, pero puedo garantizar que hay más para que usted pueda explorar por su cuenta. Después de ver nuestro vídeo de la punta, Le sugiero que la cabeza a La Célula: una biblioteca de imágenes & compruébelo usted mismo. Si lo hace, asegúrese de compartir sus ideas con el equipo de desarrollo de la Biblioteca por medio de llenar la encuesta de usuarios. Gracias!

Enlaces rápidos:

La Célula: una biblioteca de imágenes – http://cellimagelibrary.org/

Referencias:

(En la utilidad de la biblioteca de imágenes de la célula para la enseñanza de las ciencias) – Molinero, K. (2010). Encontrar la clave - la biología celular y la educación científica Tendencias en Biología Celular, 20 (12), 691-694 DOI: 10.1016/j.tcb.2010.08.008