Archiv des Autors: Jennifer

Video Tipp der Woche: Integrative Multi-Spezies-Vorhersage (IMP) Network Analysis Ressourcen

Eine Weile zurück Mary sah die folgenden Tweet gehen & sammelte sie als mögliches Thema für eines unserer wöchentlichen Tipps:

RT @ Moorejh: #Bioinformatik # Genomik RT @ GreeneScientist Interaktive und Video-Tutorials für IMP sind von: http://t.co/zvlVmoph

Diese Woche habe ich Mary behauptet “gesammelt” Tipp Idee & werden mit einem ihrer Videos als dieser Woche schnelle Spitze.

Das Integrative Multi-Spezies-Vorhersage (IMP) Webserver ist ein Gen-Gen-Netzwerk-Analyse-Ressourcen. Es gibt mehrere solcher Ressourcen (Cytoscape, IntAct, MINT, STRING, TO, und einer meiner persönlichen Favoriten GeneMania) das hat OpenHelix Tutorials auf (finden Sie auf unserer Weg Katalogeintrag). Die IMP-Entwickler bieten einen schönen Betrag der Hilfe für ihre Nutzer – sie nicht nur mehrere YouTube-Videos (ebenso wie wir uns auf die OpenHelix YouTube-Kanal), aber sie bieten auch zwei interaktive Tutorials, die Benutzer durch ein Beispiel Verwendung von IMP leiten lassen.

Für den heutigen Tipp, den ich bin mit dem dritten YouTube-Video, dass sie auf ihrer Liste Tutorial-Seite, weil ich dachte, es hatte die beste Bild-und Tonqualität. Die anderen Videos sind auch informative & wert sind einen Besichtigungstermin – genießen!

Referenz:
Wong AK, Park CY, Greene CS, Bongo LA, Guan Y, & MV Troyanskaya (2012). IMP: ein Multi-Spezies-funktionellen Genomik-Portal für die Integration, Visualisierung und Vorhersage von Protein-Funktionen und Netzwerke. Nucleic Acids Research, 40 DOI: 10.1093/nar/gks458

Video Tipp der Woche: 1000 Genome Dataset Browser von NCBI


Eine aktuelle NCBI Newsletter kündigte die Veröffentlichung einer neuen Ressource namens der 1000 Genome Dataset Browser, und das ist die Ressource, die ich in diesem Tipp werden mit. Es ist eines der Werkzeuge im Rahmen des neuen NCBI Variation Ressourcen-Seite, das auch über Ressourcen wie dbSNP, dbVar, dbGaP und ClinVar (von denen viele OpenHelix hat Tutorials für) sowie andere Variante Werkzeugen – Variation Reporter (Pre-Release-Version), Klinische Remap (Betaversion) und die Phänotyp-Genotyp Integrator.

Bevor ich zu diskutieren NCBI 1000 Genome Dataset Browser, Ich möchte ein wenig Zeit auf die zu verbringen 1000 Genome-Projekt, Um zu unterscheiden, was von NCBI und was ist aus dem Projekt selbst. Von der 1000 Genome Pilot Papier:

“Das Ziel der 1000 Genome Project ist zu entdecken, Genotyp und genaue Haplotyp Informationen über alle Formen der menschlichen DNA-Polymorphismus in mehreren menschlichen Populationen. Speziell, das Ziel ist, charakterisieren über 95% von Varianten, die in genomischen Regionen zugänglich sind aktuelle Hochdurchsatz-Sequenzierung Technologien und die Allelfrequenzen haben der 1% oder höher (die klassische Definition von Polymorphie) in jedem der fünf großen Bevölkerungsgruppen (Populationen in oder mit Herkunft aus Europa, Ostasien, Südasien, Westafrika und Amerika).”

Sie können die vollständige Papier aus dem unten stehenden Link zugreifen. Das Projekt wurde nun an der Pilotphase bewegt und wird die Freigabe neuer Daten die ganze Zeit. Sie können sehen, Ankündigungen und Einzelheiten des Projekts, oder diese Daten zugreifen, durch das Beamte 1000 Genome-Projekt Website, oder durch die offizielle 1000 Genome-Version der Ensembl Browser. Wie Sie vielleicht für einen vorstellen “Große Datenmengen” Projekt wie dieses, Daten zu einer Vielzahl von Datenbanken hinzugefügt NCBI, einschließlich dbSNP, der Lesen Sie Sequence-Archiv (SRA) und BioSample. Sie könnten zwar für diese Daten durch die universelle Entrez Suchsystem suchen, vorher um die Daten anzuzeigen müsste man bei jedem einzelnen Ergebnisse separaten Datenbank anzuzeigen. Das 1000 Genome Browser am NCBI wurde als leistungsfähige Schnittstelle wurde zur umfassenden Suche nach erstellt, und Betrachten, 1000 Genome Daten in NCBI Ressourcen auf einer einzigen Seite enthalten.

In der Video-Tipp werde ich Sie zu den verschiedenen Bereichen der Seite vertraut - der Browser mit einer Reihe von Widgets erstellt, jede mit ihrer eigenen Funktion. Ich werde nicht in der Lage sein, um alle Funktionen decken, oder zu demonstrieren, wie die Benutzer können ihre eigenen Variation Daten an den Browser hochladen – Ich lasse Ihnen den Spaß zu erkunden, die auf eigene Faust. Da das Werkzeug ist so jung, Bugs und Anregungen / Kommentare sind immer noch aktiv angefordert – wenn Sie etwas finden, Schau dir auch den FAQs (was zu besprechen Bugs in verschiedenen fixiert) und dann per E-Mail das Team.

Quick Links:
NCBI Newsletter Ankündigung Juli 20, 2012: http://1.usa.gov/RQu5dR

NCBI Variation Seite: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/

NCBI 1000 Genome Browser-Seite:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

1000 Genome Project-Site: http://www.1000genomes.org/home

Das 1000 Genome Projekt spezifische Version des Ensembl Browser:
http://browser.1000genomes.org

Referenz:
Das 1000 Genome Project Consortium (2010). Eine Karte des menschlichen Genoms Abweichung von der Bevölkerung angelegte Sequenzierung Nature, 467, 1061-1073 DOI: 10.1038/nature09534

Video Tipp der Woche: MetaboAnalyst 2.0


Bei der Suche durch die 2012 Web Server Ausgabe von NAR, Nucleic Acids Research Journal, Ich konnte nicht umhin Ankündigung Ressource-Namen, die ein bisschen zeigte über die Entwickler’ Sinn für Humor, wie “Taxman” und “XXmotif“. Es gab noch andere auf der Liste (“MAGNET“, “GENIES” und “KRÄFTIGKEIT“, zum Beispiel) deren Namen machte mich erschaudern vorstellen jemand versucht, sie mit einer gewöhnlichen Suchmaschine finden. [Our family’s favorite such resource is TOGETHER, oder Informationen Hyperlinked gegenüber Proteinen - Ich muss denken, dass die Entwickler bei diesem Namen zu Ehren des anderen gerichtet TOGETHER :) und Frühstück überall.]

Ich geblättert viele solcher Namen, bis ich eine Ressource in der heutigen Spitze verfügen gefunden. Ich wollte etwas Umgang mit einem aktuellen Thema – sie alle ziemlich fit, dass die Kriterien – und eine, die mich interessiert wurde, aber das war vor meiner “normalen Fachgebiet”. Ich entschied mich für “MetaboAnalyst 2.0“, das ist die Ressource, die ich in der heutigen Spitze verfügen. Es ist in dem Artikel beschriebenen “MetaboAnalyst 2,0-eine umfassende Server für metabolomische Datenanalyse” folgendermaßen:

“MetaboAnalyst ist eine web-basierte Suite für High-Throughput metabolomische Datenanalyse. Es wurde ursprünglich im Jahr 2009 veröffentlicht… MetaboAnalyst 2.0 enthält nun eine Vielzahl von neuen Modulen zur Datenverarbeitung, Daten QC und Datennormalisierung. Es hat auch neue Werkzeuge, um in die Interpretation der Daten zu unterstützen, neue Funktionen für Multi-Gruppen Datenanalyse unterstützt, sowie neue Möglichkeiten in der Korrelationsanalyse, Zeitreihenanalyse und Zwei-Faktor-Analyse. Wir haben auch aktualisierten und die graphische Ausgabe auf die Erzeugung hoher Auflösung unterstützen, Veröffentlichung Bildqualität.”

Wie ich schon oft zu tun, Ich begann “Erforschen” MetaboAnalyst 2.0 durch das Lesen ihrer NAR Artikel. Es ist gut geschrieben und beschreibt, wie das Ziel der Schnittstelle benutzerfreundlich sein und intuitiv, ich ging zu MetaboAnalyst 2.0 “treten einige Reifen”, sozusagen. Ich fand, dass die Schnittstelle ganz einfach ist & intuitiv zu bedienen. Und wirklich helfen Benutzer verstehen die Ressource vor dem Start in Hochladen ihrer eigenen Daten, Die Entwickler bieten eine breite Palette von beispielsweise Datensätze, die Benutzer können spielen, sowie Schritt-für-Schritt-Anleitungen (pdf, PowerPoint, & zwei Artikel, die Zeitschriftenabonnements verlangen, Noch keine Videos). In meinem Video verwende ich einen ihrer Datensätze & zeigen eine schnelle Beispiel einiger Analyseschritte. Natürlich gibt es keine Zeit, vollständig zu decken MetaboAnalyst 2.0, aber hoffentlich zeige ich Ihnen genug, um zu versuchen Sie es versuchen, auf eigene Faust.

*Bitte beachten Sie, dass die Entwickler darauf hin, dass Sie die Ergebnisse sofort herunterladen, da alle Benutzerdaten als privat und vertraulich behandelt MetaboAnalyst 2.0 wird auf dem Server für nur 72 Stunden bleiben, bevor sie automatisch gelöscht.

Quick Link:

MetaboAnalyst 2.0 – http://www.metaboanalyst.ca/

Referenzen:
Jianguo Xia, Rupasri Mandate, Igor V. Sinelnikov, David Broadhurst, & David S. Wishart (2012). MetaboAnalyst 2,0-eine umfassende Server für metabolomische Datenanalyse Nucleic Acids Research, 40 (W1) DOI: 10.1093/nar/gks374

Jianguo Xia, Nick Psychogios, Nelson Junge, & David S. Wishart (2009). MetaboAnalyst: ein Web-Server für metabolomische Datenanalyse und-interpretation Nucleic Acids Research Band 37, Ausgabe suppl 2 Pp. W652-W660. , 37 DOI: 10.1093/nar/gkp356

Genießen Sie die 2012 NAR Web Server Issue & a Cup of Coffee

In der Jagd nach etwas zu Funktion für diese Woche tip, Ich bemerkte, dass Nucleic Acids Research veröffentlicht hatte ihren 2012 Web Server Ausgabe bereits im Juli. Wie viele von euch vielleicht wissen, Die Nucleic Acids Research Journal ist ein Forum, in dem die Entwickler Bioinformatik Papiere, die die Entwicklung von biologisch relevanten Algorithmen zu beschreiben präsentieren können, Roman Nutzung der vorhandenen Algorithmen, oder dass berichten die Entwicklung von biologischen Datenbanken & ihre Nutzung. Der Web-Server Problem ist eine jährliche Sonderausgabe speziell auf Web-basierte Software-Ressourcen für die Analyse und Visualisierung von Daten konzentriert Molekularbiologie.

In diesem Jahr feiert ihren 10. Web-Server-Problem & Ich beschloss, check it out. Um die volle Aufmerksamkeit auf das Problem zu widmen, Ich begann Gießen mir eine große Tasse Kaffee in einer meiner Lieblings-Tassen, was irgendwie macht es besser schmecken. Dann machte ich mich auf die Frage zu genießen – Jedes Jahr habe ich immer durch das Lesen zu beginnen die Öffnung Redaktion & dann der Artikel über die Bioinformatik Link Directory. Die Redaktion der Regel erklärt, besonderes Augenmerk für die Ausgabe (in diesem Jahr ist die Analyse der nächsten Generation Sequenzierung Daten), und wird von der Chefredakteur der Ausgabe geschrieben, Gary Benson. Für mich, Die Redaktion setzt den Ton des Themas, sozusagen.

Next Ich konsumiere das Verzeichnis Artikel, zusammen mit ein paar Schlucke von meinem java. Was mich interessiert, in dem Artikel ist vielfältig. Zunächst ist die Diskussion von Trends, die sie sehen in der Entwicklung von Tools und Ressourcen, das ist wichtig für uns hier bei OpenHelix. Abbildung 6 bietet einen interessanten Einblick in den Kategorien und zählt von Ressourcen von jedem jährliche Ausgabe – Ich bin dafür, warum alle, aber einer Kategorie Rückgang neugierig 2008. Tabelle 1 bietet auch interessante Daten über Werkzeug Trends.

Ich bin auch in den Inhalten interessiert die Liste selbst – es ist eine große Liste von Leuten entwickelt, dass wir eine Menge Respekt vor. Ich war besonders in diesem Satz interessiert aus ihrem Artikel:

“Die Bioinformatik Links Directory hat auch aktiv curation ihres Inhalts initiiert, Entfernen abgestorbener Inhalte und Korrektur von inhaltlichen Fehlern, die in genauer obwohl gelegentlich kleinere zählt für 2012 geführt.”

Der Schwerpunkt liegt mir in dem Zitat oben. Meiner Meinung nach ist dies ein sehr wichtiger Aspekt jeder Liste. Wenn Sie sich erinnern, Mary geschrieben auf der Idee “Nachrufe für Bioinformatik.” und begann ein BioStar Beitrag diese Informationen sammeln. Der BioStar Beitrag generiert signifikante Kommentar & wie es aussieht kann geholfen haben inspirieren Bioinformatics Links Directory-Team, aus den Kommentaren. Aber es macht Sinn, dass Sie nicht brauchen nur Informationen sammeln, sondern weiterhin zu pflegen und zu filtern, dass die Daten so, dass es relevant bleibt – Ich meine, wenn der Wald mit Totholz unübersichtlich wird, der nutzbare “lebenden Bäumen” (ok, Ressourcen) von Benutzern verdeckt, Recht?

Das Problem ist, dass die Beibehaltung jede Liste (oder Dokumentation oder Tutorials, usw.) up-to-date ist eine harte, arbeitsintensive Tätigkeit. Hier bei OpenHelix halten wir auch eine Liste der Biologie-relevanten Ressourcen, die durch kostenlos durchsucht werden können, keine Registrierung notwendig, von unserem homepage. Wir haben derzeit einen Sommer intern Keulung durch eine Liste von über 5,000 Ressourcen und Tools , die wir kennen. Sie ist die Beseitigung doppelte Einträge in unserer Datenbank zu finden und zu sammeln alternative URLs – es ist erstaunlich, wie viele Ressourcen haben mehrere Zugänge, jede mit ihren eigenen URL. Aber verschiedene Türen nicht machen eine andere Ressource oder Gebrauchsmuster zu beseitigen, so wir sie bilden unsere Liste. Dann werden wir bekämpfen die toten Ressourcen, die Angebote, die nur zu einem kleinen Tool internen gehen Sie zu einem wichtigste Ressource, oder eine vorformatierte PubMed Suche nach etwas.

Schaffung und Aufrechterhaltung einer hohen Qualität Liste ist nicht eine triviale Anstrengung. In ihrem Papier die Bioinformatik Links Directory Team beschreibt übrigen kurzfristigen als “Herausforderung für die Zukunft” und sagt,:

“Obwohl notwendig, aktuell bleiben und die Nützlichkeit der Bioinformatik Links Directory voraus, Diese Verbesserungen werden nur als nützlich erweisen, wenn sie von der Gemeinde betrieben. Als Community-driven-Repository, jeder in der Forschung oder Bioinformatik Gemeinde hat die Möglichkeit, zu helfen, die Sammlung besser und sinnvoller. “

Ich wünschte wirklich, sie besser zu Glück “Community curation” als viele Ressourcen haben in der Vergangenheit, & hoffe, dass sie erfolgreich. Nach unserer Erfahrung funktioniert es am besten mit stabilen, ausreichende Finanzierung, weil, wie sie sagen: “Sie bekommen, was Sie bezahlen”.

OK, nächster Beitrag wird auf den tatsächlichen Ressourcen im Web-Server Problem sein, Ich verspreche! :)

Quick-Links:

2012 NAR Web Server Issue: http://nar.oxfordjournals.org/content/40/W1.toc

Bioinformatics Links Directory: http://bioinformatics.ca/links_directory/

OpenHelix Homepage & Suche Portal: http://www.openhelix.com

Referenzen:
Gary Benson (2012). Leitartikel: Nucleic Acids Research ANNUAL WEB SERVER PROBLEM IN 2012 Nucleic Acids Research, 40 (W1) DOI: 10.1093/nar/gks607

Michelle D. Fathoms, David Yim, Winston Yeung, & B. F. Francis Ouellette (2012). Ein Jahrzehnt der Web-Server aktualisiert am Bioinformatik Link Directory: 2003-2012 Nucleic Acids Research, 40 (W1) DOI: 10.1093/nar/gks632

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

Video Tipp der Woche: Microbiome Ressourcen Von JGI


Vor etwas mehr als vor einem Monat eine Frage der Nature hatte zwei Artikel aus der Human Microbiome Project Consortium – Sie können sie gesehen haben, oder bemerkt, die Freitag SNPets Artikel hatten wir auf sie. Ich versprach mir, dass ich die Artikel zu lesen (was ich auch tat), und dass ich meine alten Freunde besuchen die IMG (Integrierte mikrobielle Genome) & IMG / M (IMG mit Microbiome Proben) zu sehen, was ist an diesen neuen leistungsstarke mikrobiellen Genoms Ressourcen. In der heutigen Spitze entschied ich mich, Sie mitnehmen auf meinen Besuch bei mir, da ich festgestellt, dass IMG nun eine Ressource für die Analyse der Genome in Bezug auf die Human Microbiome Project genannt Integrierte mikrobielle Genome-Projekt Human Microbiome, oder IMG / HMP. Wir besuchen sowohl die IMG / M (kurz) und die IMG / HMP in der heutigen Spitze.

Als ich nach IMG als ein alter Freund, Ich fühle, dass Art und Weise – unsere Tutorial zur IMG* war eines meiner ersten Projekte für OpenHelix. Ich war neu, IMG war und neue, Nachdem im März veröffentlicht worden 2005, nur wenige Monate, bevor ich erstellt unser Tutorial (auf ihrem Juni 2005 Freigabe, wenn ich mich richtig erinnern). Sie sind in einem so umfangreichen gewachsen, leistungsfähige Ressource. Um Ihnen eine Vorstellung davon, wie schnell sie sind gewachsen & entwickelt, unsere aktuellen IMG Tutorial ist Version 12 und ich werde auf Version arbeiten 13 sobald ich fertig Aktualisierung unserer SGD Tutorial. Als wir das erste erstellt unsere IMG / M-Tutorial*, Metagenomen waren ein relativ neues Konzept und die Ressource umfasste insgesamt 24 Mikrobiom Proben – jetzt hat es über 1000!

Aber genug mit der Nostalgie, Lassen Sie uns zu den Ressourcen erhalten! :) IMG / M integriert Metagenom Daten mit isolieren mikrobiellen Genomsequenzen aus der integrierten mikrobiellen Genoms (IMG) System zur Analyse der Zusammensetzung und phylogenetische funktionelle oder metabolische Potential der gesamten Genom zu ermöglichen (Metagenomen) in mikrobiellen Gemeinschaften (microbiomes). Genome als Bestandteil des Human Microbiome Project generiert (HMP) werden in IMG / M aus RefSeq via IMG inklusive. IMG / M-Ressourcen können Benutzer analysieren Metagenomen, Genome, Gene und Funktionen, indem sie Listen von Elementen und dann manipulieren sie in "Analyse Karren". Metagenomen kann auch analysiert mithilfe der Tools von ihren "Metagenom Details '-Seite zur Verfügung gestellt werden. Diese Optionen werden in viel näher erläutert, als ich hier decken in der IMG-/ M-Referenz, die ich vor Ort unter. Ich habe auch an der jüngsten Veröffentlichung IMG verknüpfen, da ein Verständnis ist es wichtig, jede IMG / M-basierten Ressource verstehen.

* OpenHelix Tutorial für diese Ressource zum Einzelkauf oder über ein Abonnement.

Quick Links:
Integrierte mikrobielle Genome (IMG): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/pub/main.cgi

Integrierte mikrobieller Genome mit Microbiomes (IMG / M): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi

Integrierte mikrobielle Genome-Projekt Human Microbiome (IMG / HMP): http://www.hmpdacc-resources.org/imgm_hmp/

OpenHelix Einführungstutorial zu IMG: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=54

OpenHelix Einführungstutorial auf IMG / M: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=24

Referenzen:
Victor M. Markowitz, I-min A. Chen, Ken Chu, Ernest Szeto, Krishna Palaniappan, Yuri Grechkin, Anna Ratner, Biju Jacob, Amrita selbst, Marcel Huntemann, Konstantinos Liolios, Ioanna Pagani, Iain Anderson, Konstantinos Mavromatis, Natalia N. John, & Nikos C. Kyrpides (2012).
IMG / M: Die integrierte Metagenom Datenmanagement und vergleichende Analyse-System Nucl. Acids Res.. , 40 DOI: 10.1093/nar/gkr975

Victor M. Markowitz1, I-min A. Chen, Krishna Palaniappan, Ken Chu, Ernest Szeto, Yuri Grechkin, Anna Ratner, Biju Jacob, Jinghua Huang, Peter Williams, Marcel Huntemann, Iain Anderson, Konstantinos Mavromatis, Natalia N. John, & Nikos C. Kyrpides (2012). IMG: Die integrierte Datenbank mikrobielle Genome und vergleichende Analyse-System Nucl. Acids Res.., 40 DOI: 10.1093/nar/gkr1044

Mehr Big Daten zur Prüfung: BioImage Informatik

Ich bin mir nicht mehr sicher, wenn ich mich angemeldet für komplementäre Kopien von Nature Methods, Aber genau wie am Schnürchen mein Exemplar kommt jeden Monat. Wenn Sie möchten, um es zu bekommen, Sie können eine kostenpflichtige Registrierung beantragen hier (Firefox scheint zu funktionieren besser als IE, Mehrwertsteuer). Dieses Monats Thema besonders interessiert mich, weil es eine enthält Fokus auf BioImage Informatik. Der Schwerpunkt scheint frei zu sein, online zu lesen.

Ich fand den Fokus nur nach dem Lesen der Wissenschaft News article “Explosionsverletzungen zur Neurodegeneration in Veterans Linked” von Greg Miller. In Gregs Stück gibt es eine Beschreibung von einem unverwechselbaren Neuropathologie, die bei Sportlern und militärische Veteranen, die Kopfverletzungen zugezogen hatten gesehen worden. Das gleiche markante Muster wird in einem Mausmodell der Explosion Verletzungen gesehen & das Bild von der Verwicklung des Tau-Proteins in dem Artikel gezeigt erschien mir so interessant, dass ich meinem Mann davon erzählte beim Abendessen eine Nacht, so hatte ich bereits in meinem Kopf bioimages. Ich bin auch immer auf dem Gebiet der Bioinformatik interessiert, sowohl persönlich als auch als Mitglied des Team OpenHelix.

Die Kommentierungen, in der Reihenfolge, dass sie gedruckt wurden, waren, was ich anfangs gelesen. Das ersten Kommentar ist von Gene Myers, , die sich auch in frühen Genom Bioinformatik beteiligt, und es bot eine sehr interessante Perspektive sowohl auf den aktuellen Stand der BioImage Informatik und an der historischen Nutzung der Systeme in bioimages genetics.The folgende Zitat hat mich grinsen:

Das Feld ist immer noch in ihren Anfängen, und es gibt keine solche Sache wie eine typische BioImage Informatiker: sie werden entweder Computer-Vision-Experten auf der Suche nach neuen Problemen, klassische Sequenz-basierte Bioinformatiker auf der Suche nach der neuen Sache oder Physiker und Molekularbiologen, dessen Experimente benötigen sie, um die Informatik sauren Apfel beißen. … Aus meiner Sicht, es erinnert sehr an den Zustand der Bioinformatik in den frühen 1980er Jahren: die spannende, etwas chaotischen Free-for-all, die möglicherweise ist die Geburt von etwas Neuem.”

Und der folgende Absatz betonte die Wichtigkeit der “Due Diligence von Pilotstudien” und “optimierte Protokolle” erinnerte mich an meine Tage die Einrichtung einer Biocore Anlage ohne ausreichende finanzielle Mittel für entweder ausreichend Pilotstudien oder Optimierung, was letztlich zum Scheitern verurteilt den Nutzen der Maschine zu meinem Berater und Abteilung gleichermaßen. Dieser Kommentar die Bühne auch für den Rest der Gegenstände. Die anderen Kommentare enthalten eine Beschreibung der Unterschied in der Ziele der Computer-Vision-Feld und dem Feld BioImage Informatik, ein Plädoyer für die Verwendbarkeit in Bio-Imaging-Software gebaut werden, und ein historischer Kommentar zu den 25 Jahre des NIH Image, jetzt ImageJ.

Das Usability Artikel klang viele viele der gleichen Schreie, die wir machen hier bei OpenHelix – wenn Sie wollen, um brauchbare bioscience Software, die in der Tat verbreitet ist,, bei einem Minimum müssen Sie 1) Finanzierung und haben ein Mandat, um sie aufrecht zu erhalten auf lange Sicht, 2) haben motivierte Entwickler, die auf die Bedürfnisse der Nutzer und deren Feedback sind, einschließlich Behebung von Fehlern und 3) (last but not least absolut) Sie müssen Kenntnisse und Schulung auf Ihrer Software zur Verfügung stellen. Und meiner Meinung nach, irgendein Training WON”T durch – es hat eine hohe Qualität, auf dem neusten Stand, und einfacher zu bedienen & absorbieren als der Durchschnittswert der trockenen Dokumentation zur Programmierung Ihres Videorekorders Uhr (OK, Ich bin aus mir selbst dort, aber du weißt was ich meine…) Ich mag ihren Vorschlag, dass Förderorganisationen Beschreibungen, wie die Software gepflegt und dokumentiert werden beantragen, und darauf vorbereitet sein, die Finanzierung nicht nur für die Entwicklung bieten werden, sondern auch für Wartung. (Warum das Rad neu erfinden über & über, nur, damit jeder gehen flach mit disrepair?)

Es gab auch Berichte über spezifische Software, wie OMERO.searcher, SimuCell, PhenoRipper, Fidschi, BioImageXD, und Eisig, sowie auf die Breites BioImage Benchmark-Sammlung (BBBC), eine Sammlung von Bild-Mikroskopie setzt für die Prüfung und Validierung von neuen Bild-Analyse-Algorithmen zur Verfügung.

Der Schwerpunkt schließt mit einer großen Beitrag von Bio-Imaging-Software-Tools, mit dem Ziel der Bereitstellung eines “wie” Zusammenfassung der Verwendung von Open-Source-Bildbearbeitungssoftware für jede Phase des BioImage Informatik. Es beginnt mit einer Diskussion der Datenerfassung & setzt sich über die Datenspeicherung und Workflow-Systeme. Ich könnte ein Tweek Abbildung nur ein bisschen, aber es funktioniert visualisieren, dass heute Software auf jeder Stufe der Bildverarbeitung ist erforderlich – von automatisierten Bild zu Bild Erreichung Abfrage und Analyse. Die Autoren auch auf die Bedeutung der Bildkommen berühren und kontrollierte Vokabulare, oder Ontologien. Tabelle 1 bietet eine schöne Auflistung Ressource einschließlich Software-Namen, Hauptfunktion und URL – Ich habe einige neue Ressourcen zur Kasse gehen! :)

Gesamt-, Ich würde diesen Fokus auf BioImage Informatik zu jedem Leben Wissenschaftler legen nahe,, ob Sie heute oder Analyse von Bildern nicht – Ich denke, es ist gibt einen Einblick in ein aktuelles&Kommen, spannendes Feld.

Quick Links:
BioImageXD: http://www.bioimagexd.net/

Broad Broad Bioimage Benchmark-Sammlung (BBBC): http://www.broadinstitute.org/bbbc/

Fidschi: http://imagej.nih.gov/ij/

Eisig: http://icy.bioimageanalysis.org/

OMERO.searcher: http://murphylab.web.cmu.edu/software/searcher/

PhenoRipper: http://www.phenoripper.org/

SimuCell: http://www.SimuCell.org/

 

Referenzliste:
Greg Miller (2012). Explosionsverletzungen zur Neurodegeneration in Veterans Linked Wissenschaft, 336 (6083), 790-791 DOI: 10.1126/science.336.6083.790

Gene Myers (2012). Warum BioImage Informatik zählt Nature Methods, 9, 659-660 DOI: 10.1038/nmeth.2024

Anne E Carpenter, Lee Kamentsky, & Kevin W Eliceiri (2012). Eine Aufforderung zur Bioimaging Software-Usability Nature Methods 9, 9, 666-670 DOI: 10.1038/nmeth.2073

Kevin W Eliceiri, Michael R. Berthold, Ilya G Goldberg, Luis Ibanez, B S Manjunath, Maryann E Martone, Robert F. Murphy, Hanchuan Peng, Anne L Anlagenbau, Badrinath Roysam, Nico Stuurmann, Jason R Swedlow, Pavel Tomancak, & & Anne E Carpenter (2012). Biological Imaging-Software-Tools Nature Methods, 9, 697-710 DOI: 10.1038/nmeth.2084

Video Tipp der Woche: Die PSI SBKB den neuen Inhalt Hubs


In der heutigen Spitze werde ich die neu organisierte Inhalte über Drehkreuze an die Funktion Protein Structure Initiative Strukturbiologie Knowledgebase, oder PSI SBKB. Wir haben eine frei, full-length-Tutorial auf der PSI SBKB dass wir uns in den Prozess der Aktualisierung, aber ich dachte, ich würde nur auf einem der neuen Updates für die PSI SBKB jetzt berühren, während es “heiß”. :) Ich zitiere aus ihrem PSI: Biologie im Rampenlicht, Juli 2012 News:

Dieser Monat, veröffentlichen wir einen neuen linken Menü, die unsere neue wissenschaftliche Hubs hebt. Diese Hubs sind so konzipiert, PSI und SBKB Informationen zu sammeln, so dass unser Publikum Funktionen basierend auf ihren Anforderungen finden.

Ich habe mit diesen Hubs gearbeitet in den letzten Monaten, und bekommen haben, um zuzusehen, wie sie entwickelt worden sind. Diese wissenschaftlichen Hubs machen es einfach für die Nutzer auf bestimmte Inhalte sowohl von der SBKB und dem PSI als Ganzes angeboten zugreifen, weil sie von Inhalten organisiert. Ich denke, die neue linke Organisation ist schön – Der helle Banner und Organisation wird diese Naben an Benutzer markieren, die hoffentlich in vollem Umfang nutzen die Ressourcen in jeder Nabe gefunden. Derzeit sind die wissenschaftlichen Zentren sind rund um die folgenden Inhalte organisiert: Ziele; Protein-Strukturen, Sequenzen und Funktion; Membranproteine; Homologiemodelle; und Methoden. In der Spitze Video, das ich kurz besuchen Sie die Membranproteine ​​Nabe und die Methoden-Hub, um Ihnen eine Vorstellung davon, welche Arten von Links und Inhalten, die Sie finden, aber so sicher sein, sie heraus zu überprüfen auf eigene Faust zu sehen, welche Ressourcen Sie können zur Förderung ihrer Forschung.

Für weitere Details auf der PSI SBKB, siehe die Links unten, & stay tuned für unsere volle, aktualisiert Tutorial kommenden frei für einen Browser in Ihrer Nähe! :)

Note: Die Open-Access-Beiträge werden nicht auf die neue Hubs, sondern beschreiben viele der Ressourcen zugänglich von den Hubs.

Quick-Links:
PSI Strukturbiologie Knowledgebase Ressource: http://www.sbkb.org

OpenHelix Einführungstutorial auf der PSI SBKB (frei zugänglich):
http://www.openhelix.com/sbkb

In Verbindung stehende Ressource – RCSB Protein Data Bank (RCSB HVE): http://www.rcsb.org

Verwandte OpenHelix Einführungstutorial auf der RCSB HVE (frei zugänglich):
http://www.openhelix.com/pdb

Psi SBKB Referenzen:

Gifford LK, Carter LG, Gabanyi MJ, Berman HM, & Adams PD (2012). Die Proteinstruktur Initiative Strukturbiologie Knowledgebase Portal-Technologie: eine strukturelle Biologie Web-Ressource. Zeitschrift für strukturelle und funktionelle Genomik, 13 (2), 57-62 PMID: 22527514 (Abonnement erforderlich)

Gabanyi MJ, Adams PD, Arnold K, Bordoli L, Carter LG, Flippen-Andersen J, Gifford L, Haas J, Ein Kouranov, McLaughlin WA, Micallef IN, Minor W, Shah R, Schwede T, Tao YP, Westbrook JD, Zimmerman M, & Berman HM (2011). Die Strukturbiologie Knowledgebase: ein Portal für den Protein-Strukturen, Sequenzen, Funktionen, und Methoden. Zeitschrift für strukturelle und funktionelle Genomik, 12 (2), 45-54 PMID: 21472436 (Open Access hier)

Cormier CY, Park JG, Fiacco M, Stahl J, Hunter P, Kramer J, Singla R, & LaBaer J (2011). PSI:Biologie-Materialien Repository: eines Biologen Ressource für die Protein-Expressionsplasmide. Zeitschrift für strukturelle und funktionelle Genomik, 12 (2), 55-62 PMID: 21360289 (Open Access hier)

 

Video Tipp der Woche: die New PubMed Filter Sidebar

In der heutigen Spitze Ich bin mit einem YouTube-Video Verknüpfung von NCBI mit kurzen Erläuterungen zu den neuen Filter Sidebar Feature Das hat zu hinzugefügt worden PubMed. Wir sahen einen Tweet, dass die Änderung wurde immer wieder am 2. Mai, als ich gerade abgeschlossen insgesamt Update auf unsere volle PubMed Tutorial*.

Ich kämpfte mit, ob Sie unser Produktionsteam für die neue Seitenleiste halten, oder an unserem Tutorial mit dem Plan zu produzieren, um in naher Zukunft zu aktualisieren – es ist immer ein Kampf zu wissen, welche ist die beste Option, da Ressource Änderungen an der Geschwindigkeit des Lichts auftreten kann, oder nach geologischen Zeitskalen (ok, Das ist übertrieben, aber es fühlt sich so, wenn Sie eine wunderbare freigeben wollen, up-to-date-Projekt & Sie hält etwas auf und verursacht verzögerte Veröffentlichung von unserem Tutorial Materialien). Mit PubMed Ich hatte das Glück – Ich sah einen Tweet, dass die Sidebar-Funktion hinzugefügt werden würde “in der nächsten Woche”. Ich fragte unseren professionellen Stimme, um das Skript auf Eis gelegt & Ich ging um PubMed zu warten, was (& wenn) Dinge auftreten würde,.

Zu ihrem Wort, die Sidebar-Funktion zeigte sich auf PubMed Ergebnisse am 10. Mai, genau eine Woche her, seit ich gesehen hatte, die “in der nächsten Woche” Ankündigung – Mein Dank gilt dem NCBI & PubMed Teams! :) Nicht nur, dass sie schieben ihre Updates zeitnah, sie machten ein YouTube-Video zur Erläuterung der Änderungen & diskutieren, wo zukünftige Veränderungen geplant sind, um zu gehen. Das Video ist klar,, und schnelle, so verwende ich es als mein Tipp in dieser Woche. Ich bin mir nicht sicher, dass die Funktion ist 100% stabil, wie ich zeigen im Bild unten, und später in der post beschreiben, aber ich denke, der Wechsel könnte NCBI Ziel zu erreichen – für mehr Menschen zu bemerken, & nutzen Filter für ihre Suchanfragen.

In der Video der Erzähler fest, dass die Filter-Bereich gegangen ist & die beiden Standard-Filter ausgewählt werden permanent, wie von den Häkchen, die nicht sein kann angegeben “unclicked”. In”m nicht zu sehen, diese Häkchen auf entweder “Kostenloser Volltext verfügbar” Link (gezeigt) oder “Überprüfung” Link, das ist nicht in Sicht in meinem Bild. Ich sehe auch einen Unterschied, ob ich die richtigen gefilterte Teilmengen je nachdem, ob ich in mein NCBI angemeldet bin (die obere Fenster an der Rückseite des Bildes dargestellt), oder nicht (die untere, Frontscheibe). In meinen Händen IE 9.0 & Firefox 12.0 Beide funktionieren in ähnlicher Weise in diesen Aspekten.

Das NCBI Video nicht wirklich zeigen, wie Ergebnisse nach Filtern hinzugefügt werden schauen, aber in Spielen mit mir sieht es aus wie alle Ihre Filter werden angewendet, um die Suche & Sie bekommen nur eine Reihe von Ergebnissen, nicht verschiedenen Teilmengen verbindet. Zwar ist es jetzt einfacher, Filter, um Suchvorgänge hinzufügen, wenn es das ist, wie Filter werden zur Arbeit gehen nach vorne gehen, Ich denke ich werde die alten Filter verpassen – Irgendwie mag ich in der Lage, zwischen verschiedenen Unterkategorien der Ergebnisse wechseln, ohne meine Filter ändern oder erneut Suchen. Achten Sie darauf, Ihre Gedanken zu teilen & Vorlieben mit NCBI, so dass sie für ihre Nutzer die beste Ressource erstellen können muss!

* OpenHelix Tutorial für diese Ressource zum Einzelkauf oder über ein Abonnement.

Quick-Links:

OpenHelix Einleitende Lernprogramm zur Verwendung von PubMed (bald aktualisiert werden): http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=70

PubMed Ressource: http://www.pubmed.gov/

PubMed-Referenz:
Sayers, E.W., Barrett, T., Benson, DA, Bolton, E., Bryant, S.H., Canese, K., Chetvernin, V, Kirche, DM, DiCuccio, M., Federhen, S. & (2011). Database Ressourcen des National Center for Biotechnology Information, Nucleic Acids Research, 40 (D1) D25. DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Video Tipp der Woche – The Cell: Ein Image Library

Wer sagt, dass Social Media ist eine Verschwendung von Zeit? Nicht ich – meine LinkedIn Updates halten, einschließlich Ankündigungen der “Bild der Woche” von The Cell: Ein Image Library. Für mein Tipp in dieser Woche habe ich beschlossen, Follow-up auf, dass & Besuche die verfügbaren Bilder von dieser Ressource, & Ich bin froh, dass ich. The Cell Image Library wird Ihnen präsentiert von der brachte Die American Society for Cell Biology (ASCB), und enthält Tausende von Bildern, Zeitreihen und Gruppen von Bildern, Videos und Animationen von Zellen in einer Vielzahl von Organismen. Die Bilder werden von Cell-Prozess organisiert, Cell Component, Zelltyp, Organismus und Kürzlich hinzugefügt. Sie können Ordner durchsuchen Bilder oder führen Sie eine einfache Suche auf der Homepage, oder eine erweiterte Suche. Das erweiterte Suchformular ermöglicht es Benutzern, mit Stichworten abfragen, und für Bildattributen, spezifische Bildlizenzierung Kategorien, biologischen Kategorien, bildgebenden Verfahren, oder assoziierten Begriffe Anatomie.

Um zu zitieren Über ihre Seite, Der Cell Image Library:

“Diese Bibliothek ist eine öffentliche und leicht zugänglichen Ressourcen-Datenbank von Bildern, Videos, und Animationen von Zellen, Erfassung einer großen Vielfalt von Organismen, Zelltypen, und zellulärer Prozesse. Der Zweck dieser Datenbank ist es, Forschung auf zellulärer Aktivität fördern, mit dem letztendlichen Ziel der Verbesserung der menschlichen Gesundheit.”

Und die Bibliothek nicht nur ermöglichen es Ihnen, Bilder zugreifen, Sie können auch Ihre eigenen Bilder, um in der Bibliothek zu sehen sein, wie beschrieben in ihre “beitragen” Seite. Sie tragen Ihre Rohdaten oder minimal verarbeiteten Daten von Bildern oder Videos, um sie, und sie werden kommentiert von Fachleuten mit einem breiten disziplinären Kompetenz. Jedes Bild erhält eine CIL, oder Handy Bildarchiv Zugangsnummer, das verwendet werden kann, um ein Bild zu verweisen.

In diesem Tipp werde ich auf die Merkmale der Bild-Displays berühren, und noch etwas, dass ich in passen, aber ich kann garantieren, es gibt noch mehr für Sie auf eigene Faust zu erkunden. Nach unserem Video Spitze, Ich empfehle Ihnen, den Kopf über The Cell: ein Image Library & Prüfen Sie selbst. Wenn Sie dies tun, sollten Sie Ihre Erkenntnisse mit der Bibliothek Entwickler-Team zu teilen, indem Sie ihre Nutzerbefragung. Dank!

Quick Links:

The Cell: ein Image Library – http://cellimagelibrary.org/

Referenzen:

(Auf dem Programm des Cell-Image Library für den naturwissenschaftlichen Unterricht) – Miller, C. (2010). Den Schlüssel - Zellbiologie und naturwissenschaftlichen Unterricht Trends in Cell Biology, 20 (12), 691-694 DOI: 10.1016/j.tcb.2010.08.008