Archivi autore: Maria

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Venerdì SNPpets

This week we’ve got DNA in the gig economy and for sports fans (?), new software resources for virus and lipids, a handy collection of cancer genomics papers, microbiomes, biosecurity, pecora, pearl millet, and de-extinction. My favorite read this week, anche se, was the mosquito and gene drive review paper. I am so on board to gene-drive those things….


SNPpets_2Benvenuto nella nostra raccolta di link caratteristica Venerdì: SNPpets. Durante la settimana abbiamo incontrato un sacco di link e legge che riteniamo interessanti, ma non ce la fanno ad un post del blog. Eccoli per il vostro divertimento…


And why I want gene drive mosquitoes:

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Questa settimana ho lasciato il,,en,chiamare all'azione,,en,twittare in cima,,en,si può votare per GenBank tutti i giorni nel mese di agosto,,en,Il taglio è in arrivo,,en,Quindi, andare votare di nuovo,,en,In altro,,en,In altre notizie di questa settimana,,en,una storia di dati di grandi dimensioni per la valutazione della biodiversità attraverso il tempo e lo spazio,,en,E una grande foto,,en,Whole-sequenziamento del genoma nelle cure primarie,,en “call to action” tweet at the top–potresti,,en,fino alla fine del concorso,,en,Ci sono nuove risorse in SNPpets di questa settimana che sono sicuramente discendenti di GenBank,,en,altro tit-for-tat sulla privacy carta problema dramma Venter,,en,Una storia molto personale genoma da un ricercatore del genoma personale,,en,Ti fa pensare circa le questioni di politica in modo nuovo,,en,politica in materia di modifica del gene nelle piante,,en,La prima specie ad avere ogni membri,,en,Gene counts tramite RNA-Seq in una nuova risorsa,,en,e un nuovo repository gene del cancro,,en,C'mon persone,,en,cerchiamo di far sapere al mondo quanto amiamo GenBank,,en,e il resto,,en,Continua a votare,,en,Pure,,en,Può essere una Rockstar Medical Librarian,,en,@ lwu5,,xh,E 'acceso,,en,governo olandese ha il buon senso,,en,presenta l'iniziativa per il trattamento di piante pragmatica genoma modificato,,en,pic.twitter.com/5FdfDvlFim,,en vote for GenBank every day until the end of the competition. Today’s the last day. Vote once more. And remember how resources like GenBank let us have foundations for other important resources as well. There are new resources in this week’s SNPpets that are definitely descendants of GenBank. Anche, more tit-for-tat on the Venter paper privacy issue drama. A very personal genome story from a personal genome researcher. Makes you think about the policy issues in new ways. Anche, policy on gene editing in plants. The first species to have every members’ genoma dei dati. Gene counts via RNAseq in a new resource, and a new cancer gene repository.


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Questa settimana ho lasciato il,,en,chiamare all'azione,,en,twittare in cima,,en,si può votare per GenBank tutti i giorni nel mese di agosto,,en,Il taglio è in arrivo,,en,Quindi, andare votare di nuovo,,en,In altro,,en,In altre notizie di questa settimana,,en,una storia di dati di grandi dimensioni per la valutazione della biodiversità attraverso il tempo e lo spazio,,en,E una grande foto,,en,Whole-sequenziamento del genoma nelle cure primarie,,en “call to action” tweet at the top–potresti,,en,fino alla fine del concorso,,en,Ci sono nuove risorse in SNPpets di questa settimana che sono sicuramente discendenti di GenBank,,en,altro tit-for-tat sulla privacy carta problema dramma Venter,,en,Una storia molto personale genoma da un ricercatore del genoma personale,,en,Ti fa pensare circa le questioni di politica in modo nuovo,,en,politica in materia di modifica del gene nelle piante,,en,La prima specie ad avere ogni membri,,en,Gene counts tramite RNA-Seq in una nuova risorsa,,en,e un nuovo repository gene del cancro,,en,C'mon persone,,en,cerchiamo di far sapere al mondo quanto amiamo GenBank,,en,e il resto,,en,Continua a votare,,en,Pure,,en,Può essere una Rockstar Medical Librarian,,en,@ lwu5,,xh,E 'acceso,,en,governo olandese ha il buon senso,,en,presenta l'iniziativa per il trattamento di piante pragmatica genoma modificato,,en,pic.twitter.com/5FdfDvlFim,,en vote for GenBank every day until the end of the competition. Su altri fronti,,en,c'è grande supporto sull'articolo DNA nuova identificazione di Venter,,en,ma c'è anche significativo ritorno di fiamma su quella,,en,Una serie di tweet in là arriva a quel,,en,Altrimenti,,en,più delle altre cose interessanti nel campo della genomica intorno agli strumenti disponibili e in giro altre specie,,en,Felice di annunciare che il nostro strumento di progettazione schermo CRISPR pool,,en,GUIDE,,en,è ora pubblicato,,en,pic.twitter.com/q3AYw9gTUW,,en,Neville Sanjana,,en,@nevillesanjana,,en,twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944,,en,genomica di ibridazione e la storia speciazione con introgression misurati attraverso genomi di tutte le oche,,en,ornitologia,,en,pic.twitter.com/cxDPXg1ZAe,,en,Ornithomics,,en,@ornithomics,,en,Identificazione dei singoli da trait predizione utilizzando intero genoma,,en,pic.twitter.com/JCKesjsAC2,,en,TeselaGen Biotech,,en,In realtà sono un autore su questo documento ed è stato uno dei motivi per cui ho lasciato HLI,,en, there’s big media on Venter’s DNA re-identification article–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, more of the other cool things in genomics around the tools available and around other species.


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https://twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944

https://twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136

 

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Questa settimana ho lasciato il,,en,chiamare all'azione,,en,twittare in cima,,en,si può votare per GenBank tutti i giorni nel mese di agosto,,en,Il taglio è in arrivo,,en,Quindi, andare votare di nuovo,,en,In altro,,en,In altre notizie di questa settimana,,en,una storia di dati di grandi dimensioni per la valutazione della biodiversità attraverso il tempo e lo spazio,,en,E una grande foto,,en,Whole-sequenziamento del genoma nelle cure primarie,,en “call to action” tweet at the top–si può vote for GenBank every day in August. And I know it’s September now, but I wanted to go and check–and they made it to the final four! So go vote for GenBank some more. Same link works fine. Other things this week: NYTimes shows more stories of people whose recreational genomics endeavors reveal family secrets. One of them is what’s in the reference genome? I don’t think the answer came up completely clearly, but it reminds me I want to look into that again. The breakthrough cancer diagnostics kit is approved. The girlfriend meme. And one more example of how far ahead agriculture is on genomics.


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This seems to be the answer:

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Questa settimana ho lasciato il,,en,chiamare all'azione,,en,twittare in cima,,en,si può votare per GenBank tutti i giorni nel mese di agosto,,en,Il taglio è in arrivo,,en,Quindi, andare votare di nuovo,,en,In altro,,en,In altre notizie di questa settimana,,en,una storia di dati di grandi dimensioni per la valutazione della biodiversità attraverso il tempo e lo spazio,,en,E una grande foto,,en,Whole-sequenziamento del genoma nelle cure primarie,,en “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day in August. The cut is coming soon, so go vote again. In other news this week, a story about big data for assessing biodiversity across time and space. And a Big Photo. Whole-genome sequencing in primary care–non ancora pronto,,en,etica CRISPR,,en,Allevamento,,en,impianto di bioinformatica,,en,e trasferimento genico orizzontale completano la settimana,,en,twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368,,en,Ancora presto dirlo benefici di tutto,,en,Assistenza sanitaria di base,,en,studio enhancement trascurabile trovato,,en,pic.twitter.com/Kh2x2Xx2I5,,en,Matt Fisher,,fr,@Matt_R_Fisher,,en,pezzo ECCELLENTE by,,en,@CookDeegan,,so,Jane Maienschein sulla necessità per i non esperti per parlare di etica CRISPR,,en,Allevamento Animale e Genetica genetica,,en,principi statistici che consentono di allevamento animale responsabile,,en,@edxonline,,uz,Mooc,,cs,Alison Van Eenennaam,,en,@BioBeef,,nl,Servizi di base,,en,I geni orizzontalmente acquisiti sono spesso condivisi tra batteriche Strettamente correlati Specie,,en. #CRISPR ethics–non ancora pronto,,en,etica CRISPR,,en,Allevamento,,en,impianto di bioinformatica,,en,e trasferimento genico orizzontale completano la settimana,,en,twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368,,en,Ancora presto dirlo benefici di tutto,,en,Assistenza sanitaria di base,,en,studio enhancement trascurabile trovato,,en,pic.twitter.com/Kh2x2Xx2I5,,en,Matt Fisher,,fr,@Matt_R_Fisher,,en,pezzo ECCELLENTE by,,en,@CookDeegan,,so,Jane Maienschein sulla necessità per i non esperti per parlare di etica CRISPR,,en,Allevamento Animale e Genetica genetica,,en,principi statistici che consentono di allevamento animale responsabile,,en,@edxonline,,uz,Mooc,,cs,Alison Van Eenennaam,,en,@BioBeef,,nl,Servizi di base,,en,I geni orizzontalmente acquisiti sono spesso condivisi tra batteriche Strettamente correlati Specie,,en. Animal breeding, plant bioinformatics, and horizontal gene transfer round out the week.


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https://twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368

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Questa settimana ho lasciato il,,en,chiamare all'azione,,en,twittare in cima,,en,si può votare per GenBank tutti i giorni nel mese di agosto,,en,Il taglio è in arrivo,,en,Quindi, andare votare di nuovo,,en,In altro,,en,In altre notizie di questa settimana,,en,una storia di dati di grandi dimensioni per la valutazione della biodiversità attraverso il tempo e lo spazio,,en,E una grande foto,,en,Whole-sequenziamento del genoma nelle cure primarie,,en “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. Primo, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and E. coli dati, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


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https://twitter.com/surt_lab/status/897187105495019520

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This week there’s an actual call to action in the tweets. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award and GenBank is nominated–you can vote every day! The rest of the week’s intriguing tweets include yeast diversity, British historical diversity, non-coding regulatory stuff, computer-coding DNA hackers, and setting standards for information of uncultured samples of organisms and for personal data.


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This week there’s an actual call to action in the tweets. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award. You can vote for Genbank. Veramente–try to imagine the last couple of decades without it. And it’s time to celebrate government science in front of the public. Go vote. Dopo, tornare per il formaggio e genoma melograno,,en,chiacchiere più intrigante questa settimana è stata la roba impianto genoma antica in fondo,,en,Continuo a cercare di dire alla gente in che misura l'agricoltura è avanti nelle applicazioni di genomica,,en,ricercatori umani,,en,ZZZZzzzzzzzzz,,en,Una massiccia nuovo progetto si propone di sequenza,,en,genomi vegetali in,,en,Noi parliamo di Ingegneria Genetica via,,en,@Commento,,en,intelligenza Squared,,en,IQ2US,,uz,lavorato su un modo per visualizzare,,en,edita utilizzando,,en,ggjoy,,no,e allineamenti a coppie,,en,cosa ne pensi,,en,pic.twitter.com/G59XaXHrbX,,en,Devang Mehta,,hi,@_dewangm,,hi,La ricerca di comunità batteriche vivaci di forme di formaggio di fossa,,en,pic.twitter.com/DibHO9qtAx,,en,MFW quando cerco di ottimizzare il flusso di lavoro di elaborazione di un DNA da banco automatico utilizzando robot da molti fornitori,,en,plzhelp,,ru,pic.twitter.com/439pkbm8Zb,,en,I recenti progressi in impianti di modifica del genoma,,en,nuovi strumenti e prospettive future,,en. Most intriguing chatter this week was the ancient plant genome stuff at the bottom. I keep trying to tell people how far ahead agriculture is in genomics applications. Human researchers: ZZZZzzzzzzzzz.


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I stayed up late last night to see if I’d have health care this morning, and I got off schedule. But off we go–still insured!

This Friday includes the first ever tardigrade protein structure! It’s bigger on the inside–wait, in, wrong thing. Human wise, we have recreational genomics apps, and we have recreational genomics consequences. Epigenetic shampoo (sul serio). Gli studenti e le questioni di biotecnologia,,en,come si pensa sui temi,,en,Mais e Marte,,en,DNA bovino morto,,en,microbi vivi formaggio,,en,Hungry ancora,,en,@FEBS_Letters,,en,le prime strutture di sempre di un,,en,tardigrade,,en,proteine ​​arrivato nel PPB questa settimana,,en,pic.twitter.com/XRygMrdLEC,,en,internamente,,en,parla di "ricreazione,,en,"medico,,en,Apps genoma,,en,Precauzioni per sfocata linea Twixt,,en,Pensò che era irlandese - fino a quando un test del DNA ha aperto un mistero di 100 anni,,en,pic.twitter.com/aqLfPzhpby,,en,pilarcubas,,en,@pilarcubas,,en, how are they thinking about the topics? Maize and Mars. Dead bovine DNA. Live cheese microbes. Hungry yet?


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This week I’m taking a different tack. There was something bothering me about misuse of genomics, and I’m going to rant on that. Recently a friend pointed me to something that I hadn’t seen before: cranks are misusing 23andMe-type of data to “diagnose” kids as being likely to suffer “vaccine injury”. As you might recognize from the dog-whistle, this means that anti-vaccine cranks are taking their message to a new front: genomica personalizzata. They are misusing data to convince parents that vaccinating their kids is dangerous.

This is a very, very disturbing direction as vaccine fears already have led to tragic outcomes as kids get vaccine-preventable diseases at increasing rates.

Inoltre, cranks are coming together around “medicina personalizzata” to pitch their terrible ideas to people and sell them “detox” potions and supplements. They are out talking to the public on these things. We need to step up our game and get people better information. There will be serious consequences–misuse of genomics on many topics–with the potential for public health outcomes.

So below are a few links to illustrate this. It’s time to raise awareness of this in the legit genomics community. I expect others didn’t know this was going on, troppo.


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This week there was some mainstream communication on genomics as well. I’m not sure it helped. Sospiro.