Archivo del Autor: María

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Viernes SNPpets

This week we’ve got DNA in the gig economy and for sports fans (?), new software resources for virus and lipids, a handy collection of cancer genomics papers, microbiomas, biosecurity, oveja, pearl millet, and de-extinction. My favorite read this week, aunque, was the mosquito and gene drive review paper. I am so on board to gene-drive those things….


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And why I want gene drive mosquitoes:

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. Today’s the last day. Vote once more. And remember how resources like GenBank let us have foundations for other important resources as well. There are new resources in this week’s SNPpets that are definitely descendants of GenBank. También, more tit-for-tat on the Venter paper privacy issue drama. A very personal genome story from a personal genome researcher. Makes you think about the policy issues in new ways. También, policy on gene editing in plants. The first species to have every members’ datos del genoma. Gene counts via RNAseq in a new resource, and a new cancer gene repository.


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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. On other fronts, hay grandes medios de comunicación sobre el artículo ADN reidentificación de Venter,,en,pero también hay retroceso significativo en ese,,en,Una serie de tweets allí llega a ese,,en,De otra manera,,en,más de las otras cosas interesantes en la genómica en torno a las herramientas disponibles y alrededor de otras especies,,en,Feliz de anunciar que nuestra herramienta de diseño de la pantalla de CRISPR agrupada,,en,GUÍAS,,en,Ahora se publica,,en,pic.twitter.com/q3AYw9gTUW,,en,Neville Sanjana,,en,@nevillesanjana,,en,twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944,,en,genómica hibridación y la historia especiación con introgresión medidas a través de los genomas de todos los gansos,,en,ornitología,,en,pic.twitter.com/cxDPXg1ZAe,,en,Ornithomics,,en,@ornithomics,,en,Identificación de individuos por predicción rasgo utilizando todo el genoma,,en,pic.twitter.com/JCKesjsAC2,,en,TeselaGen Biotech,,en,En realidad soy un autor en este documento y que era una de las razones por las que dejé HLI,,en–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, more of the other cool things in genomics around the tools available and around other species.


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https://twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944

https://twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136

 

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This week I left the “call to action” tweet at the top–puede vote for GenBank every day in August. And I know it’s September now, but I wanted to go and check–and they made it to the final four! So go vote for GenBank some more. Same link works fine. Other things this week: NYTimes shows more stories of people whose recreational genomics endeavors reveal family secrets. One of them is what’s in the reference genome? I don’t think the answer came up completely clearly, but it reminds me I want to look into that again. The breakthrough cancer diagnostics kit is approved. The girlfriend meme. And one more example of how far ahead agriculture is on genomics.


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This seems to be the answer:

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day in August. The cut is coming soon, so go vote again. In other news this week, a story about big data for assessing biodiversity across time and space. And a Big Photo. Whole-genome sequencing in primary care–not ready yet. #CRISPR ethics–not ready yet. Animal breeding, plant bioinformatics, and horizontal gene transfer round out the week.


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https://twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. Primero, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and E. coli datos, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


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https://twitter.com/surt_lab/status/897187105495019520

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This week there’s an actual call to action in the tweets. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award and GenBank is nominated–you can vote every day! The rest of the week’s intriguing tweets include yeast diversity, British historical diversity, non-coding regulatory stuff, computer-coding DNA hackers, y el establecimiento de normas para la información de las muestras no cultivadas de organismos y de los datos personales,,en,Durante la semana nos encontramos con una gran cantidad de,,en,Puede votar por,,en,Realmente, tratar de imaginar el último par de décadas sin ella,,en,dx.doi.org/10.1086/658657,,en,www.geneontology.org/,,en,github.com/sanger-pathogens/Artemis/blob/master/uk/ac/sanger/artemis/components/genebuilder/BasicGeneBuilderFrame.java,,en,manos,,en,¿Cómo puedo convertir 23andMe Raw Genoma de,,en,o FAST,,sv,Lo tengo en el archivo a.txt pero no se puede utilizar el formato de los programas reales bio,,en,¿Alguien sabe cómo puedo CONVERT.TXT a FASTA,,en,- someashole,,en,Aunque por lo general Biostar alberga las preguntas de la gente que es un poco más avanzado en su,,en,GRCh38 está siendo procesada por,,en,Estamos despiertos toda la noche para,,en,importación que se necesita de la primera ronda,,en.


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This week there’s an actual call to action in the tweets. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award. You can vote for Genbank. Realmente–try to imagine the last couple of decades without it. And it’s time to celebrate government science in front of the public. Go vote. Después de que, come back for the cheese and pomegranite genome. Most intriguing chatter this week was the ancient plant genome stuff at the bottom. I keep trying to tell people how far ahead agriculture is in genomics applications. Human researchers: ZZZZzzzzzzzzz.


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I stayed up late last night to see if I’d have health care this morning, and I got off schedule. But off we go–still insured!

This Friday includes the first ever tardigrade protein structure! It’s bigger on the inside–wait, en, wrong thing. Human wise, we have recreational genomics apps, and we have recreational genomics consequences. Epigenetic shampoo (en serio). Students and biotechnology issues, how are they thinking about the topics? Maize and Mars. Dead bovine DNA. Live cheese microbes. Hungry yet?


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This week I’m taking a different tack. There was something bothering me about misuse of genomics, and I’m going to rant on that. Recently a friend pointed me to something that I hadn’t seen before: cranks are misusing 23andMe-type of data to “diagnose” kids as being likely to suffer “vaccine injury”. Como se pueden reconocer desde el perro silbato,,en,esto significa que las manivelas anti-vacunas están llevando su mensaje a un nuevo frente,,en,Ellos están haciendo mal uso de datos para convencer a los padres que la vacunación de sus hijos es peligroso,,en,Esto es muy,,en,dirección muy preocupante ya que los temores de vacunas ya se han llevado a resultados trágicos como los niños tienen enfermedades prevenibles mediante la vacunación a un ritmo creciente,,en,manivelas se están uniendo en torno,,en,para lanzar sus terribles ideas a la gente y los venden,,en,desintoxicación,,en,pociones y suplementos,,en, this means that anti-vaccine cranks are taking their message to a new front: la genómica personalizada. They are misusing data to convince parents that vaccinating their kids is dangerous.

This is a very, very disturbing direction as vaccine fears already have led to tragic outcomes as kids get vaccine-preventable diseases at increasing rates.

Además, cranks are coming together around “la medicina personalizada” to pitch their terrible ideas to people and sell them “detox” potions and supplements. Están fuera hablando con el público en estas cosas,,en,Tenemos que intensificar nuestro juego y conseguir que la gente una mejor información,,en,Habrá consecuencias graves,,en,el mal uso de la genómica en muchos temas,,en,con el potencial de resultados de salud pública,,en,Así que a continuación se encuentran algunos enlaces para ilustrar esto,,en,Es hora de dar a conocer esta en la comunidad genómica de fiar,,en,Espero que otros no sabían que esto iba en,,en,A menudo,,en,es muy claro que están dibujando estas conclusiones,,en,Layla Katiraee,,ar,@BioChicaGMO,,fr,Pero a veces,,en,es más sutil, como esta conferencia,,en,Por lo tanto, insto,,en,reconsiderar asistir a esta conferencia,,en,Hay una gran cantidad de pseudociencia está dando una plataforma en el evento,,en,Esta semana hubo algún tipo de comunicación dominante en la genómica, así,,en,No estoy seguro de que ayudó,,en,pic.twitter.com/zaBEWk86ox,,en,Día Nacional de ADN,,en. We need to step up our game and get people better information. There will be serious consequences–misuse of genomics on many topics–with the potential for public health outcomes.

So below are a few links to illustrate this. It’s time to raise awareness of this in the legit genomics community. I expect others didn’t know this was going on, también.


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This week there was some mainstream communication on genomics as well. I’m not sure it helped. Suspiro.