Archiv des Autors: Mary

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Freitag SNPpets

This week we’ve got DNA in the gig economy and for sports fans (?), new software resources for virus and lipids, a handy collection of cancer genomics papers, microbiomes, biosecurity, Schaf, pearl millet, and de-extinction. My favorite read this week, obwohl, was the mosquito and gene drive review paper. I am so on board to gene-drive those things….


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And why I want gene drive mosquitoes:

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. Heute ist der letzte Tag,,en,Abstimmen erneut,,en,Und merke dir,,en,Und denken Sie daran, wie Ressourcen wie GenBank uns Grundlagen für andere wichtige Ressourcen lassen und,,en,Es gibt neue Ressourcen in dieser SNPpets Woche, die auf jeden Fall sind,,en. Vote once more. And remember how resources like GenBank let us have foundations for other important resources as well. There are new resources in this week’s SNPpets that are definitely descendants of GenBank. Auch, more tit-for-tat on the Venter paper privacy issue drama. A very personal genome story from a personal genome researcher. Makes you think about the policy issues in new ways. Auch, policy on gene editing in plants. The first species to have every members’ Genom-Daten. Gene counts via RNAseq in a new resource, and a new cancer gene repository.


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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. On other fronts, there’s big media on Venter’s DNA re-identification article–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, mehr der anderen coolen Sachen in der Genomik um die Werkzeuge zur Verfügung, und um andere Arten,,en,Glücklich, dass unsere gepoolt CRISPR Screen-Design-Tool ankündigen,,en,GUIDES,,en,ist erschienen,,en,pic.twitter.com/q3AYw9gTUW,,en,Neville Sanjana,,en,@nevillesanjana,,en,twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944,,en,Hybridization Genomik und Speziation Geschichte mit Einkreuzungen über Genome aller Gänse gemessen,,en,Vogelkunde,,en,pic.twitter.com/cxDPXg1ZAe,,en,Ornithomics,,en,@ornithomics,,en,Identifizierung von Personen durch Merkmal Vorhersage unter Verwendung des gesamten Genoms,,en,pic.twitter.com/JCKesjsAC2,,en,TeselaGen Biotech,,en,Ich bin eigentlich ein Autor auf diesem Papier und es war einer der Gründe, warum ich HLI links,,en,‚S hier Ziel war es, Informationen zu teilen zu verhindern,,en,Jason Piper,,en,@piper_jason,,en,Preprints Umformung Biologie Verlags,,en,Papier in PNAS bei,,en,entlarvt durch,,en,in bioRxiv vor,,en,twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136,,en.


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https://twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944

https://twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136

 

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This week I left the “call to action” tweet at the top–Sie können vote for GenBank every day in August. Und ich weiß, es September ist jetzt,,en,aber ich wollte gehen und,,en,aber ich wollte gehen und überprüfen,,en,und sie schafften es in die letzten vier,,en,So geht Stimme für GenBank einig mehr,,en,Gleicher Link funktioniert gut,,en,Andere Dinge in dieser Woche,,en,NYTimes zeigt,,en, but I wanted to go and check–and they made it to the final four! So go vote for GenBank some more. Same link works fine. Other things this week: NYTimes shows more stories of people whose recreational genomics endeavors reveal family secrets. One of them is what’s in the reference genome? I don’t think the answer came up completely clearly, but it reminds me I want to look into that again. The breakthrough cancer diagnostics kit is approved. The girlfriend meme. And one more example of how far ahead agriculture is on genomics.


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This seems to be the answer:

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This week I left the “call to action” tweet at the top–Sie können jeden Tag in August zu GenBank abstimmen,,en,Der Schnitt wird in Kürze,,en,so gehen stimmen wieder,,en,In anderen,,en,In anderen Nachrichten in dieser Woche,,en,Eine Geschichte über große Datenmengen für die biologische Vielfalt in Zeit und Raum Beurteilung,,en,Und ein großes Foto,,en,Whole-Genom-Sequenzierung in der Grundversorgung,,en. The cut is coming soon, so go vote again. In other news this week, a story about big data for assessing biodiversity across time and space. And a Big Photo. Whole-genome sequencing in primary care–Noch nicht fertig,,en,CRISPR Ethik,,en,Tierzucht,,en,Pflanzen Bioinformatik,,en,und HGT die Woche abrunden,,en,twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368,,en,Noch früh Vorteile des ganzen erzählen,,en,Grundversorgung,,en,Studie fand heraus, vernachlässigbare Verbesserung,,en,pic.twitter.com/Kh2x2Xx2I5,,en,Matt Fisher,,fr,@Matt_R_Fisher,,en,EXCELLENT Stück,,en,@CookDeegan,,so,Jane Maienschein auf Notwendigkeit für Nicht-Experten über CRISPR Ethik zu sprechen,,en,Tierzucht und Genetik genetische,,en,Statistik Prinzipien, die verantwortlich Tierzucht ermöglichen,,en,@edxonline,,uz,Mooc,,cs,Alison Van Eenennaam,,en,@BioBeef,,nl,Core Facilities,,en,Horizontal Erworbene Gene sind oft zwischen eng verwandten Bakterienarten Gemeinsamer,,en. #CRISPR ethics–Noch nicht fertig,,en,CRISPR Ethik,,en,Tierzucht,,en,Pflanzen Bioinformatik,,en,und HGT die Woche abrunden,,en,twitter.com/FloridaMuseum/status/898293371814330368,,en,Noch früh Vorteile des ganzen erzählen,,en,Grundversorgung,,en,Studie fand heraus, vernachlässigbare Verbesserung,,en,pic.twitter.com/Kh2x2Xx2I5,,en,Matt Fisher,,fr,@Matt_R_Fisher,,en,EXCELLENT Stück,,en,@CookDeegan,,so,Jane Maienschein auf Notwendigkeit für Nicht-Experten über CRISPR Ethik zu sprechen,,en,Tierzucht und Genetik genetische,,en,Statistik Prinzipien, die verantwortlich Tierzucht ermöglichen,,en,@edxonline,,uz,Mooc,,cs,Alison Van Eenennaam,,en,@BioBeef,,nl,Core Facilities,,en,Horizontal Erworbene Gene sind oft zwischen eng verwandten Bakterienarten Gemeinsamer,,en. Animal breeding, plant bioinformatics, and horizontal gene transfer round out the week.


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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. Erste, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and E. coli Daten, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


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https://twitter.com/surt_lab/status/897187105495019520

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Diese Woche gibt es einen tatsächlichen Aufruf zum Handeln in der Tweets,,en,wieder für den Käse und pomegranite Genom,,en,Faszinierendste Geschwätz war diese Woche das alte Pflanzengenom Material an der Unterseite,,en,Ich versuche den Leuten zu sagen, wie weit vor der Landwirtschaft in der Genomik-Anwendungen,,en,menschliche Forscher,,en,ZZZZzzzzzzzzz,,en,Ein massives neues Projekt zielt darauf ab, zu sequenzieren,,en,Pflanzengenome in,,en,Wir müssen über Gentechnik auf Diskussion über,,en,@Kommentar,,en,Intelligence Squared,,en,IQ2US,,uz,wurde auf eine Weise arbeiten zu visualisieren,,en,Bearbeitungen mit,,en,ggjoy,,no,und paarweise Alignments,,en. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service nach Amerika Auszeichnung und GenBank nominiert,,en,Sie können jeden Tag abstimmen,,en,Der Rest der interessanten Tweets der Woche umfassen Hefe Vielfalt,,en,Britische historische Vielfalt,,en,nicht-kodierenden regulatorischen Sachen,,en,Computer-kodierenden DNA-Hacker,,en,und Festlegung von Standards für Informationen,,en–you can vote every day! The rest of the week’s intriguing tweets include yeast diversity, British historical diversity, non-coding regulatory stuff, computer-coding DNA hackers, and setting standards for information of uncultured samples of organisms and for personal data.


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Diese Woche gibt es einen tatsächlichen Aufruf zum Handeln in der Tweets,,en,wieder für den Käse und pomegranite Genom,,en,Faszinierendste Geschwätz war diese Woche das alte Pflanzengenom Material an der Unterseite,,en,Ich versuche den Leuten zu sagen, wie weit vor der Landwirtschaft in der Genomik-Anwendungen,,en,menschliche Forscher,,en,ZZZZzzzzzzzzz,,en,Ein massives neues Projekt zielt darauf ab, zu sequenzieren,,en,Pflanzengenome in,,en,Wir müssen über Gentechnik auf Diskussion über,,en,@Kommentar,,en,Intelligence Squared,,en,IQ2US,,uz,wurde auf eine Weise arbeiten zu visualisieren,,en,Bearbeitungen mit,,en,ggjoy,,no,und paarweise Alignments,,en. See Steven Salzberg’s tweet about the 2017 Service to America award. You can vote for Genbank. Wirklich–try to imagine the last couple of decades without it. And it’s time to celebrate government science in front of the public. Go vote. Danach, come back for the cheese and pomegranite genome. Most intriguing chatter this week was the ancient plant genome stuff at the bottom. I keep trying to tell people how far ahead agriculture is in genomics applications. Human researchers: ZZZZzzzzzzzzz.


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I stayed up late last night to see if I’d have health care this morning, and I got off schedule. But off we go–still insured!

This Friday includes the first ever tardigrade protein structure! It’s bigger on the inside–wait, auf, wrong thing. Human wise, we have recreational genomics apps, and we have recreational genomics consequences. Epigenetic shampoo (ernst). Students and biotechnology issues, how are they thinking about the topics? Maize and Mars. Dead bovine DNA. Live cheese microbes. Hungry yet?


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Diese Woche nehme ich einen anderen Weg,,en,Es war etwas, das mich über den Missbrauch von Genomik stört,,en,und ich werde auf das schimpfen,,en,Kürzlich zeigte mir ein Freund zu etwas, das ich vorher nicht gesehen hatte,,,en,Kurbeln missbräuchlich 23andMe-Datentyp,,en,diagnostizieren,,en,Kinder als wahrscheinlich zu leiden,,en,Impfschaden,,en,Wie Sie aus der Hundepfeife könnten erkennen,,en,Dies bedeutet, dass anti-Impfstoff Kurbeln ihre Nachricht an eine neue Front einnehmen,,en,Sie sind missbräuchlich Daten Eltern davon zu überzeugen, dass ihre Kinder impfen gefährlich,,en,Das ist ein sehr,,en,sehr beunruhigende Richtung als Impfstoff Ängste bereits zu tragischen Ergebnissen geführt haben, wie Kinder durch Impfung vermeidbare Krankheiten bei steigenden Preisen erhalten,,en,Kurbeln kommen zusammen, um,,en,aufzuschlagen sie ihre schrecklichen Ideen, um Menschen und verkaufen,,en,detox,,en,Tränke und Ergänzungen,,en. There was something bothering me about misuse of genomics, and I’m going to rant on that. Recently a friend pointed me to something that I hadn’t seen before: cranks are misusing 23andMe-type of data to “diagnose” kids as being likely to suffer “vaccine injury”. As you might recognize from the dog-whistle, this means that anti-vaccine cranks are taking their message to a new front: personalisierte Genomik. They are misusing data to convince parents that vaccinating their kids is dangerous.

This is a very, very disturbing direction as vaccine fears already have led to tragic outcomes as kids get vaccine-preventable diseases at increasing rates.

Darüber hinaus, cranks are coming together around “personalisierten Medizin” to pitch their terrible ideas to people and sell them “detox” potions and supplements. Sie sprechen an die Öffentlichkeit über diese Dinge,,en,Wir müssen unser Spiel intensivieren und die Menschen bekommen eine bessere Information,,en,Es wird ernsthafte Konsequenzen,,en,Missbrauch von Genomik zu vielen Themen,,en,mit dem Potenzial für die öffentliche Gesundheit Ergebnisse,,en,So sind unter ein paar Links, dies zu veranschaulichen,,en,Es ist Zeit, das Bewusstsein für diese in der legit Genomik Gemeinde zu erhöhen,,en,Ich erwarte, dass andere nicht wussten dies vorging,,en,oftmals,,en,es ist ganz klar, dass sie diese Schlussfolgerungen sind Zeichnung,,en,Layla Katiraee,,ar,@BioChicaGMO,,fr,Aber manchmal,,en,es ist subtiler wie diese Konferenz,,en,Deshalb fordere ich,,en,zu überdenken diese Konferenz teilnehmen,,en,Es gibt eine Menge von Pseudowissenschaft eine Plattform auf der Veranstaltung gegeben wird,,en,In dieser Woche gibt es auf Genomik einig Mainstream-Kommunikation sowie,,en,Ich bin nicht sicher, ob es geholfen,,en,pic.twitter.com/zaBEWk86ox,,en,Nationale DNA-Tag,,en. We need to step up our game and get people better information. There will be serious consequences–misuse of genomics on many topics–with the potential for public health outcomes.

So below are a few links to illustrate this. It’s time to raise awareness of this in the legit genomics community. I expect others didn’t know this was going on, Auch.


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This week there was some mainstream communication on genomics as well. I’m not sure it helped. Seufzer.