Archives de l'auteur: Trey

Astuce Vidéo de la semaine: LineUp, outil de visualisation de classement de données

 

Caleydo, de l'Institut d'informatique graphique et Vision, une suite de la génomique et des outils de visualisation biomoléculaires. Comme l'indiquent les promoteurs de projets, cette force est “la visualisation des interdépendances entre plusieurs jeux de données.” L'astuce de la semaine cette semaine est une vidéo présentant l'un de leurs plus récents outils: LineUp.

LineUp est une technique de visualisation évolutive open source pour les systèmes de classement qui utilisent plusieurs rangs disparates. Gamme a été développée pour

Adresse [l'] besoin de comprendre le classement des gènes par la fréquence de mutation et d'autres paramètres cliniques dans un groupe de patients,…C'est un outil idéal pour créer et visualiser les scores combinés complexes d'algorithmes bioinformatiques.

Pourtant,, il peut être utilisé pour de nombreux systèmes de classement différents si c'est pour voir les classements des universités ou des restaurants, ou classé ensembles de données provenant de diverses sources de. Dans la vidéo ci-dessus, les utilisateurs expliquent comment utiliser Composition à regarder et visuelle le classement des universités en fonction de plusieurs classements différents tels que la réputation de l'étudiant, ratio élèves-professeurs et bien d'autres. L'outil permet aux utilisateurs d'attribuer des poids différents paramètres pour créer un classement personnalisé.

Vous avez vraiment besoin de regarder la vidéo pour comprendre la puissance de l'outil de visualisation et la large applicabilité. J'ai tout de suite vu plusieurs utilisations dans la recherche, mais jusque dans les écoles qui choisissent pour mes enfants. À San Francisco écoles sont par “loterie,” et vous classez les écoles de préférence. Il ya tellement de jeux de données qui affectent que pour les parents, distance, classement académique, rapport enseignant-élève, Classement diversité et plusieurs autres. Je pouvais voir cet outil comme un excellent moyen pour déterminer le classement de nos choix. Les utilisations sont sans fin.

Liens rapides:

Caleydo
LineUp

Référence:

 

Gratzl S, Lex A, Gehlenborg N, Pfister H, & Streit M (2013). LineUp: analyse visuelle de classement multi-attributs. IEEE transactions on visualisation et infographie, 19 (12), 2277-86 PMID: 24051794

Astuce Vidéo de la semaine: BioRxiv, Un serveur de prépublication pour la biologie

Ouvrez l'accès à la recherche scientifique a été préconisée depuis longtemps, même avant l'avènement de l'Internet. Avec l'Internet, le mouvement a grandi. Beaucoup de revues en libre accès, NIH exige maintenant la recherche financée par les NIH pour être en libre accès dans l'année de publication, NSF et d'autres organismes travaillent sur des projets similaires.

Une partie de ce mouvement pour ouvrir l'accès à la recherche, “prépublication” a également augmenté. La prépublication de la recherche scientifique permet la diffusion rapide de la recherche et la discussion ouverte des résultats avant qu'ils aient disparu examen par les pairs. La recherche évaluée par les pairs peut prendre des semaines, mois et des années de quelque temps pour être diffusées publiquement par la publication. Dans un monde moderne de fast-développement et l'évolution des sciences, distribution de prépublication permet un accès beaucoup plus rapide à la recherche

Le serveur de prépublication le plus connu est archives. Lancé en 1991 au Laboratoire national de Los Alamos et de passer à Cornell University Library, arXiv permet l'accès ouvert prépublication diffusion de la physique, la recherche mathématique et informatique. Par de nombreuses normes, il a été un succès en obtenant la recherche rapidement et ouvertement discutée.

Il ya eu des tentatives précédentes pour ces prépublications de recherche biologique dans le passé et actuellement: Nature Precedings (qui a cessé d'accepter de nouveaux manuscrits 2012), PeerJ Preprints et autres.

C'est un éditeur traditionnel tels que Nature (Nature Precedings) avait fait une incursion un référentiel accès prépublication ouvert, va au besoin et une demande pour un service tel que. La hausse des prépublications de recherche biologique dans arXiv a connu une croissance rapide.biorxiv Rien que l'an dernier, un cas a été faite en biologie PLOS pour un tel serveur pour la recherche sur les sciences de la vie par Desjardins-Proulx et al.

Le premier et le plus souvent discuté avantage de prépublications ouvertes est la vitesse. Le délai entre la soumission et la publication officielle d'un manuscrit peut être mesurée en mois, parfois dans les années. Pour tout ce temps, la recherche est connu seulement à quelques privilégiés: collègues, éditeurs, et auteurs. Ainsi, la science ne peut pas être utilisé, discutés, ou examinées par la communauté scientifique au sens large. Dans un récent blog, C. Titus Brown a noté comment poster un article sur arXiv rapidement mené à une citation (papiers arXiv peuvent être cités), et sa recherche a été utilisé par un autre chercheur. Le système actuel de cacher manuscrits avant l'acceptation pose des problèmes pour les scientifiques et les éditeurs. Les manuscrits qui ne sont pas connus ne peuvent pas être utilisés et donc prendre plus de temps pour être cités. Il a été montré que la physique des hautes énergies, avec son taux de soumission arXiv haut, a la plus grande immédiateté entre la physique et les mathématiques.

Et maintenant, nous avons. Ci-dessus vous trouverez la vidéo de promo pour un serveur de nouvelles sciences de la vie libre accès de prépublication: bioRxiv. La science a un poste d'introduction à ce sujet à partir de Novembre 2013 (2 jours après il a été annoncé).

Comme arXiv, bioRxiv est logé et géré par Cold Spring Harbor. LIke arXiv, il est en accès libre, pré-imprimer et a des règles similaires. Vous pouvez en apprendre plus sur les spécificités (telles que les politiques revue de prépublication) sur le sujet de la page. Les articles peuvent être en plus un sujet de sciences de la vie de la biochimie à la zoologie, et d'autres champs, telles que la physique, si la recherche a un intérêt direct pour sciences de la vie. Il ne sera pas, Mais, publier la recherche médicale comme les essais cliniques.

Les articles sont classés en trois catégories:

Articles dans bioRxiv sont classés comme Nouveaux résultats, Résultats de confirmation, ouRésultats contradictoires. Nouveaux résultats décrire une avance dans un champ. Résultats de confirmation largement reproduire et confirmer travaux déjà publiés, tandis queRésultats contradictoires largement reproduire des approches expérimentales utilisées dans des travaux déjà publiés, mais les résultats se contredisent et / ou ne
soutenir.

La communauté de la recherche biologique a demandé pour elle, et ici il est. Actuellement, il n'y a que 200 ou si les manuscrits soumis, une recherche rapide de ‘rétrovirus‘ fait apparaître que 3 les résultats. Mais, bioRxiv n'est que 6 mois. Gardez un oeil sur elle, mieux encore, tester et présenter.

Liens rapides:

bioRxiv
archives

 

Desjardins-Proulx, P., Blanc, E., Adamson, J., Bélier, K., Poisot, T., & Gravel, D. (2013). Le cas de Preprints Ouvert en biologie PLoS Biology, 11 (5) DOI: 10.1371/journal.pbio.1001563

Astuce Vidéo de la semaine: liste des gènes associés à une maladie

Je suis actuellement à Puerto Varas, Chili lors d'un atelier sur la génomique de l'EMBO. L'atelier s'adresse principalement aux étudiants des cycles supérieurs et les instructeurs sont, pour la plupart, anciens du groupe Bork. J'ai donné un tutoriel sur les bases de données de la génomique.

De toute façon, les deux derniers jours de l'atelier est un défi, dans les équipes de 3-4 conseillé par un instructeur, les étudiants sont de développer une liste de gènes associés à l'épilepsie. Évidemment, ce pourrait être une tâche triviale, Il suffit d'aller à OMIM ou GeneCards et de saisir une liste. Mais ce défi leur demande d'aller derrière cela et utiliser les données disponibles et faire des prédictions. Mon équipe a tenté, sur ma suggestion, certaines techniques de remue-méninges pour assurer une solution plus créative que ce qu'ils pouvaient trouver individuellement ou tout simplement sauter dans la dynamique de groupe normales. Cela a semblé fonctionner, leur solution était très créative et nous savoir aujourd'hui comment cela a fonctionné.

C'était ma façon de dire à long, dans le processus que nous avons rencontré de nombreuses bases de données gène-maladie. ci-dessus, vous trouverez une vidéo d'associations de maladies gène de rat de RGD, souvent utilisé bien sûr pour étudier les associations de la maladie génétique humaines.

Ci-dessous vous trouverez une liste de quelques excellentes bases de données et de ressources pour trouver des listes similaires:

Base de données Association gène http://geneticassociationdb.nih.gov/

G2D http://g2d2.ogic.ca

OMIM http://www.omim.org

Maladies http://diseases.jensenlab.org /

GeneCards http://genecards.org

DisGeNET http://ibi.imim.es/web/DisGeNET/

Plusieurs ressources NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/find-gen-phen/

Les titres de navigateur UCSC Genome pour maladie et phénotype http://genome.ucsc.edu

Il existe plusieurs autres, je suis sûr, si vous avez un favori pas sur cette liste, s'il vous plaît commentaire.

Référence pour RGD:
Laulederkind S.J.F., Hayman G.T., Wang S.J., Smith J. R., Lowry T.F., Nigam R., Petri V., de Pons J., Dwinell M.R. & Shimoyama M. & (2013). La base de données Rat Genome 2013–des données, des outils et des utilisateurs, Briefings in Bioinformatics, 14 (4) 520-526. DOI:

Astuce Vidéo de la semaine: JANE, comparer phylogénies


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Quand je faisais mon doctorat. dans les anciens jours du séquençage Sanger, méthode et de la lecture dans les résultats d'une main sur le clavier et la lecture des GATCs sur la lecture (et d'aller au laboratoire dans la montée de la neige dans les deux sens), mon but pour piocher à travers tout ce qui était, à terme, obtenir une phylogénie des séquences de la éléments RETROTRANSPOSON j'étudiais. Pourquoi ai-je veux que la phylogénie? Parce que je comparais la phylogénie des rétroéléments à celle de l'espèce dans laquelle ils résident. Nous avons tenté de déterminer si ces rétroéléments sont stables dans la lignée de taxons (ils sont) ou il y avait la promiscuité transfert horizontal apparaissant. Nous avons fait ces comparaisons, mais il aurait été agréable d'avoir une «reconstruction de cophylogeny’ Programme :D. Il ya souvent des moments comparaisons similaires des phylogénies sont nécessaires. Études hôte-parasite, coévolution, etc. Jane est un logiciel (gratuit avec inscription) qui utilise une approche heuristique, “l'exécution d'un algorithme génétique avec une fonction d'adaptation interne qui est évaluée en utilisant un algorithme de programmation dynamique.” Il peut souvent donner une solution optimale pour que cophylogeny vous étudiez. Jane a été développé dans le groupe de recherche de Ran Libeskind-Hadas à Harvey Mudd College et vous pouvez En savoir plus sur l'algorithme et aborder ici. Ils ont aussi une vaste tutoriel écrit. Dans ces conseils, nous nous concentrons généralement sur l'interface web à outils, mais j'ai bien aimé ce forfait (et c'est gratuit) et je voulais jouer avec elle, Donc, aujourd'hui, je vais vous guider à travers une introduction très rapide à télécharger et débutez avec l'outil. Liens rapides: Jeanne Jane Tutoriel CoPhylogeny reconstruction TreeMap (un autre logiciel de reconstruction de cophylogeny) CopyCat (encore un autre) Chapitre de livre sur Cophylogeny et reconstruction Conow, C., Fielder, D., Ovadia, Y., & Libeskind-Hadas, R. (2010). Jeanne: un nouvel outil pour le problème de la reconstruction de cophylogeny Algorithmes pour la biologie moléculaire, 5 (1) DOI: 10.1186/1748-7188-5-16

Astuce Vidéo de la semaine: MetaPhlAn et Galaxy

CPB Utilisation Galaxy 2 à partir de Galaxy projet sur Vimeo.

pour le chargement et l'utilisation de types de données et la OpenHelix Galaxy tutoriel pour se familiariser avec l'interface de la galaxie et de l'utilisation.

analyse métagénomique peut être un peu intimidant parfois, mais il ya un bon nombre d'outils là-bas pour aider un chercheur en analyse. Génomes microbiens intégré à l'Institut Jane Goodall a quelques excellents outils tels que IMG/M et IMG HMP M. (OpenHelix tutoriel) Il ya d'autres excellents outils que je vous suggère de vérifier. QIIME est un excellent outil aussi.

Mais ce qui précède n'est pas en soi un tutoriel métagénomique, plutôt que c'est une courte screencast de la façon d'utiliser l'interface Galaxy pour le chargement de données et types de données. Pourquoi? Parce que un autre excellent ensemble d'outils à utiliser pour l'analyse métagénomique est MetaPhlAn du laboratoire Huttenhower à Harvard.

Les outils MetaPhlan peuvent être téléchargés et utilisés «hors ligne», mais ils ont aussi une excellente interface Galaxy aux outils. Si vous vous promenez à travers la Tutoriels MetaPhlAn sur leur site, y compris leur galaxie un module, Après vous être familiarisé avec Galaxy ci-dessus, qui devrait vous aider à démarrer sur un excellent analyse métagénomique.

Pour avoir une idée de ceux-ci et d'autres outils et workflows, vous pouvez naviguer à travers cet excellent jeu de diapositives de Surya Saha, associé de recherche à l'Université de Cornell, à partir de l'année dernière.

Liens rapides:

Galaxy

Nicola Segata, Levi Waldron, Annalisa Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, Olivier Jousson & Curtis Huttenhower (2012). Métagénomique profilage de la communauté microbienne en utilisant des gènes marqueurs spécifiques clade uniques Nature Methods (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

Participer à une NSF “Laboratoire d'idées” (générer des programmes de recherche et des propositions)

Salutations!
Le lien court: IUSE laboratoire d'idées: http://www.nsf.gov/pubs/2014/nsf14033/nsf14033.jsp

IUSE:
L'éducation de la direction de la NSF a une possibilité de financement appelé "Amélioration de premier cycle STEM Education " (IUSE).

La description du programme IUSE [PD 14-7513] http://www.nsf.gov/funding/pgm_summ.jsp?pims_id=504976 décrit un large éventail de possibilités de financement pour soutenir des projets qui répondent aux défis et opportunités rencontrés premier cycle en sciences immédiats, la technologie, d'ingénierie, et les mathématiques (STEM) l'éducation,
To générer des programmes de recherche et de propositions pour ce, NSF tient une…

Idées Lab:
Idées de laboratoires sont des réunions qui rassemblent des chercheurs, les éducateurs et les autres dans une “intensif, environnement interactif et la libre-pensée, où les participants se plonger dans un dialogue de collaboration en vue de construire des approches audacieuses et innovantes et de développer des projets de recherche.” Plus souvent qu'autrement, ces “Idées Labs” produire de nouvelles collaborations et de projets de recherche des propositions qui vont souvent à financer. Le laboratoire d'idées est calqué sur le Processus Ideas Factory.
“à établir de nouvelles connexions, qui sont souvent disciplinaire croix, et aussi générer de nouveaux projets de recherche et d'un examen par les pairs en temps réel.”
Ce laboratoire NSF Idées a plusieurs fins, mais le plus pertinent de cette communauté est trouver de nouvelles façons, et élaborer des propositions de recherche, d'insuffler la pensée de calcul, l'alphabétisation et les compétences dans le curriculum de base de l'enseignement de premier cycle.
Personnes demander au laboratoire d'idées, c'est un 2 proposition de la page et est prévu en février 4 (Suivant Mardi). Le financement est assuré pour le voyage. Ces idées laboratoires sont d'excellents moyens de rencontrer et de discuter de la génomique, la biologie et de l'éducation, construire de nouvelles collaborations et de développer de nouveaux projets de recherche.
La lettre et plus d'informations (lire le lien):
Une lettre de collègue Cher sur le thème de la préparation des demandes de ³
Participer à la phase I Idées Labs sur STEM enseignement au premier cycle ² [NSF
14-033] a été affiché sur le site Web de NSF.
Si vous avez des questions, vous pouvez demander ici ou par mail (wlathe AT openhelix.com ). Je suis _not_ un agent de projet à la NSF et ne pas avoir toutes les réponses, mais je peux vous diriger vers les endroits où vous pouvez trouver des réponses.
S'IL VOUS PLAÎT n'hésitez pas à diffuser!

Astuce de la semaine: Création d'un consentement électronique


Le consentement éclairé a été un fondement de la recherche, et en particulier la recherche en génétique, en ce que ces dernières décennies si ce n'est pris un certain temps pour redresser les torts du passé. Et la recherche en génomique et génomique personnelle générer d'énormes quantités de données, le consentement éclairé devient à la fois plus important et plus complexe. L'Institut National Human Genome Research a une jolie bonne sélection de l'information et de la réglementation entourant le consentement éclairé y compris les règlements, lignes directrices, lignes directrices spécifiques NHGRI et les lois fédérales applicables. Si vous faites la génétique humaine et la recherche en génomique il vous incombe de vous assurer que vous comprenez les lignes directrices et les questions. Un bon papier à lire pour comprendre serait l'article, “Adapter le processus de consentement éclairé dans la recherche génétique et génomique” du génome médecine cité ci-dessous.

En fonction de votre institution et le soutien, vous pourriez ne pas avoir à écrire jamais ou administrer documentation de consentement éclairé, mais souvent plus petites institutions ou les projets doivent. Alors, passons à la logistique graveleux Nitty de créer effectivement une enquête de consentement éclairé et le document.

Astuce du jour de la semaine est le 4 minute première partie d'une série de cinq de iDASH à l'UCSD sur la création d'un consentement éclairé à l'aide électronique LimeSurvey et puis en utilisant les icônes, Outil de gestion de consentement éclairé de iDASH. iDASH:

“est l'un des centres nationaux de Biomedical Computing (NCBC) en vertu de la Feuille de route du NIH pour la bioinformatique et la biologie computationnelle. Fondé en 2010, le centre iDASH est hébergé sur le campus de l'Université de Californie, San Diego et examine les défis fondamentaux aux progrès de la recherche et permet collaborations mondiales n'importe où et n'importe quand. Conduire des projets biologiques motiver, informer, et soutenir le développement de l'outil dans iDASH. iDASH collabore avec d'autres NCBCs et diffuse des outils via des ateliers annuels, présentations lors de grandes conférences, et des publications scientifiques.”

Il existe de nombreuses façons de créer un sondage électronique, mais cet ensemble de tutoriels en fait simple à l'aide de LimeSurvey et des icônes. Les autres sections sont courtes ici: Partie deux, trois, quatre et cinq.

… et tandis que je vous dois à iDASH, Je vous suggère de regarder cette heure parler de Philip Bourne (à l'UCSD) titré “Dans l'avenir, sera une base de données biologiques vraiment différente de celle d'un journal biologique.” La conférence a été donnée il ya plus d'un mois et un jour à quelque chose Dr. Bourne a déclaré dans 2005. C'est une bonne corollaire de Marie (apt et vrai) mantra souvent répété: “Les données ne sont pas dans les papiers plus.”

(nous l'avons mentionné iDASH avant et une conférence sur la curation des coûts c'était intéressant)

Liens rapides:

iDASH: http://idash.ucsd.edu
Icônes: http://idash.ucsd.edu/electronic-informed-consent
iDASH Tutoriels: http://www.scivee.tv/user/17631

Référence:

Charles N Rotimi et Patricia A Marshall (2010). Adapter le processus de consentement éclairé dans la recherche génétique et génomique Génome Médecine, 2 (3) : doi:10.1186/gm141

VideoTip de la semaine: ENCODE @ Ensembl

Nous avons beaucoup de tutoriels (2 en fait,, ENCODE Fondations & ENCODE @ UCSC), Conseils et informations sur ENCODE. Nous avons aussi beaucoup de tutoriels (nouveau 2, Ensembl et Ensembl héritage- sur les anciennes versions ), Conseils et informations sur Ensembl, la base de données et navigateur à EBI.

Maintenant, voici une astuce de la semaine à la fois sur Ensembl et encoder. C'est l'un des plus récents ajouts à Les tutoriels vidéo de ENSEMBL. Cette vidéo se penche sur la façon d'identifier des séquences qui peuvent être impliqués dans la régulation génique. La plupart de ces données à Ensembl est basée sur des données ENCODE. Cela est d'utiliser le “Matrice,” un moyen de sélectionner les données de règlement vous avez besoin basé sur des types de cellules et de TF. A la fin de l' 8 vidéo d'une minute, ils discutent un peu plus sur la façon d'obtenir tout encoder des données.

Alors, maintenant vous avez une mine d'informations ici à OpenHelix par nos tutoriels et notre blog sur ENCODE et ENSEMBL.

Liens rapides:

ENCODE: http://encodeproject.org/ENCODE/
ENCODE @ UCSC: http://genome.ucsc.edu/ENCODE/
Ensembl: http://www.ensembl.org
ENCODE Tutoriels: http://openhelix.com/encode
Tutoriels ENSEMBL: http://openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

[mise à jour]Astuce de la semaine: Une lacune dans la Crédits, Certains effets sur la recherche

nsfclosed[se tenir au courant de l'effet sur la recherche, ce à partir est une bonne article de Science Careers, Voir ci-dessous pour plus de liens et d'informations]. Pardonnez-moi pendant que je crée un laps de nos conseils hebdomadaires et place donne un 'initié de’ voir de l'arrêt (ou à la prescription des crédits dans le langage officiel). Cette très certainement pas une pleine compréhension de la façon dont l'arrêt de gouvernement vous réaliser en tant que chercheur, éducateur ou un étudiant, mais j'espère vous donner une idée.

Comme de nombreux lecteurs le savent, Je suis actuellement sur une base temporaire laisser partir OpenHelix de travailler à la National Science Foundation. Bien en congé, J'écris toujours Conseils (entre autres activités) pour le blog. Mon tour était aujourd'hui. Malheureusement, hier, le gouvernement a fermé et si elle l'a fait, il a fallu beaucoup de la journée pour se préparer à un «arrêt ordonné.’ On nous a donné une grande partie de la journée pour arrêter les opérations. Ce fut un moment intense d'e-mails, des appels et des préparations. Nous avons dû quitter le bureau par 1:30h. (malheureusement pour moi mon ordinateur saisi dans sa propre version d'un arrêt de la veille). Alors que vous, nos lecteurs, peut avoir une idée de l'effet de l'arrêt de la NSF et la recherche en général, Permettez-moi de raconter mon expérience et certaines des affects la fermeture aura sur la recherche et peut-être vous.

Mon travail à la NSF (et AAAS), pour la plupart, implique de travailler sur des programmes visant à élargir la participation à l'enseignement des sciences. Parmi les autres activités, J'organise des réunions de travail pour explorer la recherche dans ce domaine et de développer et d'exécuter un projet d'engagement de la science pour les jeunes réfugiés.

Dans le cadre de l'arrêt, NSF fermé ses portes. C'est à peu près un arrêt complet vers le bas. Tous les employés de la NSF ont dit qu'ils avaient jusqu'à 1:30h pour terminer une “arrêt ordonné” de toutes les activités. Pour moi, cela inclus emailing toutes les IP et les éducateurs participant à une réunion la semaine prochaine ici à la NSF sur l'éducation de l'informatique pour les personnes handicapées et d'autres que je travaille avec d'autres projets. Par les règles fédérales, aucun employé NSF, Le personnel boursier ou autre n'est autorisé à accéder au courrier électronique, répondre aux communications, travailler sur toutes les activités liées à la NSF, se rendre à des conférences ou des réunions ou autrement effectuer toute entreprise. La violation de cette est une forte amende.

Qu'est-ce que cela signifie pour ceux qui ont des fonds ou des activités avec NSF? Si vous n'avez pas de travail immédiat ou avez besoin de contacter un employé NSF, que l'effet sera minime si l'arrêt est court. Si vous devez présenter une demande de subvention, parler à un agent de subvention ou avoir une réunion NSF d'assister ou de toute autre entreprise avec NSF dans les prochains jours (ou aussi longtemps que l'arrêt dure) vous serez en mesure de le faire. Toutes les activités ont cessé. S'il ya une réunion NSF qui a lieu pendant l'arrêt, il est annulé.

Par exemple, J'ai été la planification et l'organisation d'une réunion ici à la NSF pour les éducateurs en informatique pour les personnes handicapées. Il a tout entraîné d'obtenir des chambres installées à l'établissement de programmes à leurs auteurs choisissent de se procurer des interprètes en ASL et traduire des documents en braille. Si l'arrêt se poursuit la semaine prochaine, cette réunion sera annulée et tous les participants sera incapable de venir. Alors, dans mon cas, si l'arrêt a duré dans la semaine prochaine, cette même serait annulé, les chercheurs et les éducateurs (sur 20) traitant devra annuler leur vol et les plans et toutes les dispositions seront pour rien. Évidemment, cela aura des coûts de vols perdus et les plans, mais cela signifie aussi que des centaines d'heures de travail de travail passé seront gaspillés.

Si vous avez une attribution en cours, il devrait y avoir peu d'impact à court terme, mais pas de nouvelles demandes de propositions seront faites, subventions ne seront pas autorisés à soumettre, etc. Comme la page d'accueil dit maintenant:

Pas de nouvelles possibilités de financement (des descriptions de programme, annonces ou des sollicitations) seront émisespréparation de la proposition de FastLane et la présentation seront indisponibles.Grants.gov peut être opérationnel, Mais, depuis FastLane ne sera pas opérant, téléchargements proposition de Grants.govn'aura pas lieu. C'est pourquoi les propositions ne seront pas vérifiées pour la conformité avec les exigences de préparation de la proposition sans provision ou traitées avant les opérations normales soient autorisés à reprendre.”

L' National Institutes of Health sera également l'arrêt si l'impact sera quelque peu différente. Depuis NIH est une institution de recherche, en plus d'être un un octroi (NSF est une institution accordant), toutes les recherches au NIH cessera. Les universités se sentent peu à court terme affecter comme l'un des trois cycles d'octroi viennent de terminer. Cela dit, 5 octobre est la prochaine série de délais et si la fermeture vers le bas continue au-delà de cette date, pas de demandes de subventions seront acceptées. Un court arrêt ne fera que retarder le traitement de ces subventions pendant un mois, plus le délai le plus exponentielle retardé le processus deviendra en raison de retards.

Il ya d'autres effets sur l'arrêt des chercheurs ont également. Visa commandites ou demandes de chercheurs invités ne seront pas émis lors de l'arrêt et certaines activités seront reportées ou cessent. Un autre exemple de mon propre travail est le programme d'engagement de la science Je cours pour les jeunes réfugiés. Bien que n'étant pas financé par la NSF, c'est quelque chose que je fais dans ma bourse et donc je ne suis pas autorisé à travailler sur elle. Cela signifie que le programme sera interrompu jusqu'à nouvel ordre et les étudiants ne seront pas en mesure de participer aux activités qu'ils ont été très heureux de le faire.

Alors, nous allons réitérer le haut 10 effets sur la recherche de l'arrêt auront:

10. NSF, NIH et d'autres sites d'agences et d'information seront indisponibles ou affectées. De nombreuses bases de données telles que PubMed ne seront pas mis à jour ou maintenus.
9. Visas pour les scientifiques en visite aux États-Unis ou collaborateurs scientifiques à l'étranger ne seront pas traitées.
8. Paiement des prêts et des bourses étudiantes pourraient être ralentis ou autrement affectées à long terme.
7. NIH, NSF et d'autres réunions agence hébergés et discussions cesseront.
6. De nouvelles propositions de subventions ne seront pas acceptés, traités ou examinés.
5. Les entrepreneurs et les entreprises qui dépendent de la NSF, NIH et d'autres institutions de recherche et d'octroi ne recevront aucune entreprise et les paiements seront retardés.
4. Gouvernement chercheurs employés, accorder des officiers et du personnel (au NIH et la NSF entre autres organismes) ne seront pas payés.
3. Gouvernement chercheurs employés, responsables des subventions et du personnel ne seront pas autorisés à travailler ou à contribuer à toute et à toutes les réunions, activités ou les communications liées au travail.
2. La recherche au NIH (et d'autres organismes comme l'ARPA-E de l'énergie) cessera.

et le numéro un effet sur (au moins dans le facteur de tristesse)
1. Enfants avec le cancer sera détourner au NIH.

Connaissez-vous un effet manqué ici? Comment!

Une article de ThinkProgress sur d'autres effets sur la science et la recherche, y compris d'autres organismes comme NOAA, etc.

Une longue discussion sur Reddit des scientifiques (avec quelques bons pointeurs et pas si bonnes histoires) sur les effets.

Ne vous inquiétez pas, l'expiration d'une pointe de vidéo ne sera pas longtemps que l'arrêt. J'ai beaucoup de temps aujourd'hui :D , sera donc de faire un pour plus tard.

Astuce de la semaine: 3D Protein Structure Modeling


Astuce du jour de la semaine va être un peu différent de ce que nous faisons habituellement. Nous soulignons généralement une base de données génomique ou biologique dans la pointe, mais aujourd'hui, je voudrais attirer votre attention sur quelques tutoriels sur les bases de la bio-informatique de “bioinformatique-made-simple.” La série sur les protéines prévision 3D est assez décent et est un mélange de vidéos et tutoriels texte. Il vous donnera une compréhension 3d prédiction de structure protéique de base. Une fois que vous le faites, vous serez fixé et prêt à commencer à utiliser le outils de prédiction de Myriad Software et 3D bases de données de structure de la protéine.

Le tutoriel ci-dessus est une vidéo de la partie I c'est assez basique: “ce qui est une structure protéique.” La plupart de nos lecteurs devraient probablement déjà savoir que ;-), mais les dernières parties de la série commencent à entrer dans plus de détails sur la 3D prédiction de structure protéique. La deuxième partie est une brève discussion des objectifs et des méthodes de prédiction (avec une vidéo de termes courants utilisés), partie III, partie IV et la partie V (à venir) puis entrer dans plus de détails sur les logiciels et les algorithmes. Beaucoup ont des lectures supplémentaires. Il est assez basique, mais au moins vous aider à démarrer.

Liens connexes:

OpenHelix APB Tutorial
SBKB OpenHelix Tutoriel