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Vídeo Consejo de la semana: LineUp, herramienta de visualización de datos de clasificación

 

Caleydo, del Instituto de Gráficos y Visión por Ordenador, una suite de la genómica y herramientas de visualización biomoleculares. A medida que el estado de los desarrolladores de proyectos, su fuerza es “la visualización de las interdependencias entre múltiples bases de datos.” La punta de la semana esta semana es un vídeo que presenta una de sus herramientas más nuevas: LineUp.

Alineación es una técnica de visualización escalable de código abierto para sistemas de clasificación que utilizan varias filas dispares. Lineup se desarrolló para

dirección [la] necesitan entender el ranking de los genes por la frecuencia de mutación y otros parámetros clínicos en un grupo de pacientes,…Es una herramienta ideal para crear y visualizar las puntuaciones combinadas de complejos algoritmos bioinformáticos.

Todavía, que puede ser utilizado para muchos sistemas de clasificación diferentes ya sea para ver la clasificación de las universidades o restaurantes, o clasificado conjuntos de datos a partir de diversas fuentes. En el vídeo de arriba, los usuarios explican cómo usar Alineación a la vista y visual el ranking de universidades en base a varias clasificaciones diferentes, tales como la reputación del estudiante, proporción de estudiantes por facultad y muchos otros. La herramienta permite a los usuarios asignar pesos a los diferentes parámetros para crear un ranking personalizado.

Usted realmente necesidad de ver el video para entender el poder de la herramienta de visualización y la amplia aplicabilidad. Inmediatamente vi varios usos en la investigación, pero incluso a las escuelas que eligen para mis hijos. En San Francisco escuelas son por “lotería,” y clasificar las escuelas por preferencia. Hay muchos conjuntos de datos que afectan a que los padres, distancia, clasificación académica, maestro proporción de estudiantes, ranking de la diversidad y varios más. Pude ver esta herramienta como una gran manera para determinar el ranking de nuestras elecciones. Las aplicaciones son sin fin.

Enlaces rápidos:

Caleydo
LineUp

De referencia:

 

Gratzl S, Lex A, Gehlenborg N, Pfister H, & Streit M (2013). LineUp: análisis visual de los rankings de múltiples atributos. IEEE transactions on de visualización y gráficos por ordenador, 19 (12), 2277-86 Palabras: 24051794

Vídeo Consejo de la semana: BioRxiv, Un servidor de preimpresión para la biología

Acceso abierto a la investigación científica se ha defendido durante mucho tiempo, incluso antes de la llegada de Internet. Con el Internet, el movimiento creció. Muchas revistas de acceso abierto, NIH ahora requiere la investigación financiada por los NIH para ser de acceso abierto dentro de un año de publicación, NSF y otras agencias están trabajando en planes similares.

Una parte de ese movimiento hacia el acceso abierto a la investigación, “preimpresión” También ha crecido. La pre-impresión de la investigación científica permite la rápida difusión de la investigación y la discusión abierta de los resultados antes de que hayan pasado por la revisión por pares. Investigaciones de expertos puede llevar semanas, mes y año en algún momento a ser difundidos públicamente a través de la publicación. En un mundo moderno de gran desarrollo económico y el cambio de la ciencia, distribución de pre-impresión permite un acceso mucho más rápido a la investigación

El servidor de preimpresión más conocido es archivo. Iniciado en 1991 en el Laboratorio Nacional de Los Alamos y mudarse a Cornell University Library, arXiv permite la difusión del acceso abierto de pre-impresión de la física, la investigación matemática y ciencias de la computación. En muchos aspectos, ha sido un éxito en lograr que la investigación rápida y abiertamente discutidos.

Ha habido intentos anteriores para tales preprints de investigación biológica en el pasado y en la actualidad: Naturaleza Precedings (que dejó de aceptar nuevos manuscritos en 2012), PeerJ Preprints y otros.

Que un editor tradicional, tales como la naturaleza (Naturaleza Precedings) habían hecho una incursión de un repositorio de acceso abierto de pre-impresión, va a la necesidad y la demanda de servicios tales como. El auge de preprints de investigación biológica en arXiv ha crecido rápidamente.biorxiv Apenas el año pasado, un caso se realizó en PLoS Biology por sólo un servidor, para la investigación de ciencias de la vida por Desjardins-Proulx et al.

La primera y más discutido a menudo las ventajas de preprints abiertos es la velocidad. El tiempo entre la presentación y la publicación oficial de un manuscrito puede ser medido en meses, a veces en años. Para todo este tiempo, la investigación es conocida sólo por unos pocos elegidos: colegas, editores, y los revisores. Así, la ciencia no se puede utilizar, discutido, o revisada por la comunidad científica en general. En un post reciente del blog, C. Tito Brown observó cómo publicar un documento sobre arXiv llevó rápidamente a una citación (papeles arXiv se pueden citar), y su investigación fue utilizada por otro investigador. El sistema actual de esconder los manuscritos antes de su aceptación plantea problemas para los científicos y editores. Manuscritos que son desconocidos no se pueden usar y por lo tanto tardan más en ser citado. Se ha demostrado que la física de alta energía, con su alta tasa de presentación arXiv, tiene la mayor inmediatez entre la física y las matemáticas.

Y ahora lo tenemos. Por encima se encuentra el video promocional para un servidor nuevas ciencias de la vida libre acceso preimpresión: bioRxiv. La ciencia tiene un mensaje introductorio al respecto a partir de noviembre 2013 (2 días después de que se anunció).

Como arXiv, bioRxiv está alojado y gestionado por Cold Spring Harbor. LIke arXiv, es de acceso libre, imprimir con anticipación y tiene reglas similares. Usted puede aprender más acerca de las características específicas (tales como las políticas de preimpresión revista) en el La página de. Los artículos pueden estar en casi cualquier tema ciencias de la vida desde la bioquímica a la zoología, y otros campos, como la física, si la investigación tiene relación directa con la ciencia de la vida. No lo hará, sin embargo, publicar la investigación médica, como los ensayos clínicos.

Los artículos se colocan en tres categorías:

Artículos en bioRxiv se clasifican como Nuevos Resultados, Resultados de confirmación, oResultados contradictorios. Nuevos Resultados describir un avance en un campo. Resultados de confirmación en gran medida replicar y confirmar el trabajo previamente publicado, mientrasResultados contradictorios replicar en gran medida los enfoques experimentales utilizados en trabajos publicados con anterioridad, pero los resultados se contradicen y / o no
apoyarlo.

La comunidad de investigación biológica ha pedido que, y aquí es. En la actualidad, sólo hay 200 o así los manuscritos presentados, una búsqueda rápida de ‘retrovirus‘ trae a colación sólo 3 resultados. Sin embargo,, bioRxiv es sólo 6 meses de edad. Mantenga un ojo en él, mejor aún, probarlo y presentar.

Enlaces rápidos:

bioRxiv
archivo

 

Desjardins-Proulx, P., Blanco, E., Adamson, J., Carnero, K., Poisot, T., & Grava, D. (2013). El caso de la Preprints abiertas en Biología PLoS Biology, 11 (5) DOI: 10.1371/journal.pbio.1001563

Vídeo Consejo de la semana: lista de genes asociados con una enfermedad

Actualmente estoy en Puerto Varas, Chile en un taller de la genómica EMBO. El taller es principalmente para estudiantes de posgrado y los instructores son, en la mayor parte, ex alumnos del grupo Bork. Le di un tutorial sobre las bases de datos de genómica.

De todos modos, los dos últimos días del taller es un reto, en equipos de 3-4 asesorado por un instructor, los estudiantes tienen que elaborar una lista de los genes asociados con la epilepsia. Obviamente, esto podría ser una tarea trivial, basta con ir a OMIM o GeneCards y apoderarse de una lista. Pero este reto les obliga a ir más allá de eso y utilizar los datos disponibles y hacer predicciones. Mi equipo intentó, en mi sugerencia, algunas técnicas de lluvia de ideas para asegurar una solución más creativa de lo que podrían llegar a individualmente o simplemente saltar en la dinámica de grupos normales. Pareció funcionar, su solución era bastante creativos y vamos a descubrir hoy cómo funcionaba.

Esa fue mi largo camino de decir, en el proceso nos encontramos con muchas bases de datos de la información genética de la enfermedad. arriba se encuentra un video de asociaciones de la enfermedad gen de rata de RGD, utiliza a menudo por supuesto, para investigar la asociación de la enfermedad de genes humanos.

A continuación encontrará una lista de algunos excelentes bases de datos y recursos para encontrar listas similares:

Base de datos de la Asociación Gene http://geneticassociationdb.nih.gov/

G2D http://g2d2.ogic.ca

OMIM http://www.omim.org

Enfermedades http://diseases.jensenlab.org /

GeneCards http://genecards.org

DisGeNET http://ibi.imim.es/web/DisGeNET/

Varios recursos NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/find-gen-phen/

Pistas de la UCSC Genoma del navegador para la enfermedad y el fenotipo http://genome.ucsc.edu

Hay varios otros que estoy seguro, si usted tiene uno de los favoritos no figuran en esta lista, por favor comente.

Referencia para RGD:
Laulederkind S.J.F., Hayman G.T., Wang S.J., J. R. Smith, Lowry T.F., Nigam R., Petri V., J. Pons, Dwinell M.R. & Shimoyama M. & (2013). La base de datos del genoma Rat 2013–datos, herramientas y usuarios, Reuniones informativas en Bioinformática, 14 (4) 520-526. DOI:

Vídeo Consejo de la semana: JANE, comparando filogenias


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Cuando estaba haciendo mi doctorado. en los antiguos días de la secuenciación de Sanger y la lectura en los resultados con una mano en el teclado y la lectura de los GATCs en la lectura (y de ir al laboratorio en la cuesta arriba de la nieve en ambos sentidos), mi propósito para penosamente a través de todo lo que era para conseguir finalmente una filogenia de las secuencias de la retrotransposable elementos que estudiaba. ¿Por qué quería que la filogenia? Porque yo estaba comparando la filogenia de los retroelements a la de las especies en las que residen. Estábamos tratando de determinar si estos retroelements se mantuvieron estables dentro del linaje taxa (ellos son) o hubo promiscuo transferencia horizontal ocurren. Hicimos esas comparaciones, pero hubiera sido bueno tener una "reconstrucción cophylogeny’ programa :D. Hay muchas veces comparaciones similares de filogenias son necesarias. Estudios Huésped-Parásitos, coevolución, etc. Jane es un paquete de software (gratuita con inscripción) que utiliza un enfoque heurístico, “la ejecución de un algoritmo genético con una función de aptitud interna que se evaluó utilizando un algoritmo de programación dinámica.” A menudo puede dar una solución óptima para que cophylogeny usted está estudiando. Jane fue desarrollado en el grupo de investigación de Ran Libeskind-Hadas en Harvey Mudd College y usted puede leer más sobre el algoritmo y el enfoque aquí. También tienen un extenso tutorial escrito. En estos consejos solemos centrarnos en la interfaz web de herramientas, pero me gustó este paquete (y es gratis) y quería jugar con ella, así que hoy me voy a caminar a través de una introducción muy rápido para descargar y comenzar a utilizar el instrumento. Enlaces rápidos: Jane Jane Tutorial Reconstrucción CoPhylogeny TreeMap (otro software de reconstrucción cophylogeny) CopyCat (otro) Capítulo del libro en Cophylogeny y reconstrucción Conow, C., Fielder, D., Ovadia, Y., & Libeskind-Hadas, R. (2010). Jane: una nueva herramienta para el problema de la reconstrucción cophylogeny Algoritmos para la Biología Molecular, 5 (1) DOI: 10.1186/1748-7188-5-16

Vídeo Consejo de la semana: MetaPhlAn y Galaxy

CPB Usando Galaxy 2 de Galaxy Proyecto en Vimeo.

para la carga y el uso de tipos de datos y la OpenHelix Galaxy tutorial para familiarizarse con la interfaz de la galaxia y el uso.

Análisis de metagenómica puede ser un poco intimidante a veces, pero hay un buen número de herramientas que hay para ayudar a un investigador en el análisis. Genomas microbianos integrado en JGI tiene algunas herramientas excelentes tales como IMG / M y IMG HMP M. (OpenHelix tutorial) Hay otras herramientas excelentes que sugiero que echa un vistazo. QIIME es una excelente herramienta también.

Pero lo anterior no es per se un tutorial metagenómica, más bien es un poco corto screencast de cómo utilizar la interfaz de la galaxia para la carga de datos y tipos de datos. ¿Por qué? Porque otra excelente conjunto de herramientas a utilizar para el análisis de metagenómica es MetaPhlAn desde el laboratorio Huttenhower en Harvard.

Las herramientas MetaPhlan pueden ser descargados y utilizados 'offline', pero también tienen una excelente Interfaz de la galaxia a las herramientas. Si usted camina a ti mismo a través de la Tutoriales MetaPhlAn en su sitio, incluyendo su Galaxy módulo de, después de familiarizarse con la galaxia más arriba, que le ayudarán a empezar a trabajar en un excelente análisis de metagenómica.

Para tener una idea de estas y otras herramientas y flujos de trabajo, es posible que desee navegar a través de este excelente juego de diapositivas de Surya Saha, Investigador Asociado en la Universidad de Cornell, desde el año pasado.

Enlaces rápidos:

Galaxia

Nicola Segata, Levi Waldron, Annalisa Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, Olivier Jousson & Curtis Huttenhower (2012). Metagenomic perfil de la comunidad microbiana utilizando genes únicos marcadores-clado específico Nature Methods (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

Participar en un NSF “IDEAS LAB” (generar agendas de investigación y propuestas)

Saludos!
El enlace corto: IDEAS IUSE LAB: http://www.nsf.gov/pubs/2014/nsf14033/nsf14033.jsp

IUSE:
Dirección de Educación de la NSF tiene una oportunidad de financiamiento llamado "La mejora de la educación de pregrado STEM " (IUSE).

La descripción del programa IUSE [PD 14-7513] http://www.nsf.gov/funding/pgm_summ.jsp?pims_id=504976 esboza una amplia oportunidad de financiación para apoyar proyectos que aborden los desafíos y oportunidades que enfrenta la ciencia de pregrado inmediatos, tecnología, ingeniería, y matemáticas (MADRE) educación,
To generar agendas de investigación y propuestas de este, NSF es la celebración de un…

Ideas Lab:
Ideas laboratorios son encuentros que reúnen a investigadores, educadores y otros en un “intensivo, ambiente libre pensamiento interactivo y, donde los participantes se sumergen en un diálogo de colaboración con el fin de construir enfoques audaces e innovadoras y desarrollar proyectos de investigación.” Más a menudo que no, estos “Ideas Labs.” producir nuevas colaboraciones y proyectos de investigación propuestas que a menudo pasan a ser financiados. El Laboratorio de Ideas sigue el modelo de la Proceso Ideas Fábrica.
“para hacer nuevas conexiones, que son con frecuencia disciplinaria cruzada, así como generar proyectos de investigación nuevos, junto con la revisión por pares en tiempo real.”
Este laboratorio NSF Ideas tiene varios propósitos, pero el más pertinente para esta comunidad es búsqueda de nuevas formas, y desarrollar propuestas de investigación, para infundir el pensamiento computacional, alfabetización y competencias en el currículo básico para la educación de pregrado.
Individuos solicitar al laboratorio de ideas, se trata de un 2 propuesta de página y se debe febrero 4 (Siguiente Martes). Se financian el viaje. Estos laboratorios de ideas son excelentes maneras de reunirse y discutir la genómica, la biología y la educación, construir nuevas colaboraciones y desarrollar nuevas propuestas de investigación.
La carta y más información (leer el enlace):
Una carta a los Queridos Colegas en el tema de la preparación de solicitudes ³ a
Participar en la Fase I Ideas laboratorios en STEM Pregrado Educación ² [NSF
14-033] ha sido publicado en el sitio web de NSF.
Si usted tiene alguna pregunta, usted puede pedir aquí o por correo electrónico (wlathe AT openhelix.com ). Soy _no_ oficial de proyectos en la NSF y no tengo todas las respuestas, pero te puedo dirigir a los lugares que puedes encontrar respuestas.
POR FAVOR, no dude en difundir!

Consejo del la Semana: Creación de un Consentimiento Informado Electrónico


El consentimiento informado ha sido la base de la investigación, y sobre todo la investigación genética, en que las últimas décadas aunque es tomado bastante tiempo para corregir los errores del pasado. Y con la investigación genómica y genómica personal que generan enormes cantidades de datos, consentimiento informado se vuelve a la vez más importante y más compleja. El Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano tiene una bonita buena selección de información y reglamentos relacionados con el consentimiento informado incluyendo las regulaciones, directrices, directrices específicas NHGRI y legislación federal aplicable. Si usted está haciendo la genética humana y la investigación genómica le tocaría a asegurarse de que entiende las directrices y cuestiones. Un buen papel para leer para entender sería el artículo, “Adaptar el proceso de consentimiento informado en la investigación genética y genómica” Genoma en Medicina cita a continuación.

Dependiendo de su institución y el apoyo, es posible que no tenga que escribir cada vez hacia arriba o administrar documentos de consentimiento informado, pero a menudo las instituciones o proyectos más pequeños deben. Así que, vamos a llegar a la logística quid de la cuestión de crear realmente una encuesta en el consentimiento informado y el documento.

Consejo de hoy de la semana es el 4 minuto primera parte de una serie de cinco partes de iDASH en la UCSD en la creación de un consentimiento informado electrónico utilizando LimeSurvey y luego mediante los iconos, Herramienta de gestión de Consentimiento Informado del iDASH. iDASH:

“es uno de los Centros Nacionales de Computación Biomédica (NCBC) bajo la Hoja de Ruta de NIH de Bioinformática y Biología Computacional. Fundado en 2010, el centro iDASH está alojado en el campus de la Universidad de California, San Diego y aborda los retos fundamentales a los avances de investigación y permite a colaboraciones globales en cualquier lugar y en cualquier momento. Conducir proyectos biológicos motivar, informar, y el desarrollo de herramientas de apoyo en iDASH. iDASH colabora con otras broza y difunde herramientas a través de talleres anuales, presentaciones en las principales conferencias, y publicaciones científicas.”

Hay muchas maneras de crear una encuesta electrónica, pero este conjunto de tutoriales hace que sea sencillo utilizar LimeSurvey e iconos. Las otras secciones cortas están aquí: Parte dos, tres, cuatro y cinco.

… y mientras yo le tengo en iDASH, Yo sugiero que ver esta hora de conversación por Philip Bourne (en la UCSD) titulado “En el futuro, será una base de datos biológicos realmente ser diferente de una revista biológica.” La charla fue dada hace poco más de un mes y una actualización a algo Dr. Bourne dijo en 2005. Es un buen corolario de María (apt y verdadero) mantra repetido a menudo: “Los datos no están en los periódicos más.”

(hemos mencionado iDASH antes y una conferencia sobre la curación de costos que era interesante)

Enlaces rápidos:

iDASH: http://idash.ucsd.edu
iconos: http://idash.ucsd.edu/electronic-informed-consent
iDASH Tutoriales: http://www.scivee.tv/user/17631

De referencia:

Charles N Rotimi y Patricia A Marshall (2010). Adaptar el proceso de consentimiento informado en la investigación genética y genómica Genoma Medicina, 2 (3) : doi:10.1186/gm141

VideoTip de la semana: ENCODE @ Ensembl

Tenemos una gran cantidad de tutoriales (2 de hecho,, ENCODE Fundaciones & ENCODE @ UCSC), consejos y información sobre CODIFICAR. También tenemos una gran cantidad de tutoriales (otra vez 2, Ensembl y Ensembl Legado- en las versiones anteriores ), consejos y información sobre Ensembl, la base de datos y el navegador de EBI.

Ahora aquí está una extremidad de la semana tanto en Ensembl y codificar. Esta es una de las más recientes adiciones a Tutoriales en vídeo de Ensembl. Este video analiza cómo identificar secuencias que puedan estar involucrados en la regulación de genes. La mayor parte de estos datos en Ensembl se basa en datos de ENCODE. Se trata de utilizar la “Matriz,” una forma de seleccionar los datos de regulación que tiene que basarse en los tipos de células y del TF. Al final de la 8 Video minuto discuten un poco más acerca de cómo obtener toda codificar los datos.

Así que, Ahora usted tiene una gran cantidad de información aquí en OpenHelix través de nuestros tutoriales y nuestro blog sobre ENCODE y Ensembl.

Enlaces rápidos:

CODIFICAR: http://encodeproject.org/ENCODE/
ENCODE @ UCSC: http://genome.ucsc.edu/ENCODE/
Ensembl: http://www.ensembl.org
ENCODE Tutoriales: http://openhelix.com/encode
Tutoriales Ensembl: http://openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

[actualización]Consejo del la Semana: Un Lapso de los créditos de, Algunos Afecta a la Investigación

nsfclosed[mantenerse al tanto de los efectos sobre la investigación, que esto es una buena el artículo de Science Careers, A continuación encontrará más enlaces e información]. Perdóname que creo un lapso en nuestros consejos semanales y en su lugar dar un 'insider de’ vista de la parada (o la prescripción de los créditos en la jerga oficial). Esto no es un entendimiento más completo de la manera definitivamente el cierre del gobierno afectará a usted como investigador, educador o un estudiante, pero espero que le dará una idea.

Como muchos lectores saben, Actualmente estoy en un temporal dejar de OpenHelix a trabajar en la Fundación Nacional para la Ciencia. A pesar de permiso, Sigo escribiendo Consejos (entre otras actividades) para el blog. Mi turno es de hoy. Desafortunadamente, ayer el gobierno cerró y aunque lo hizo, tomó una gran parte del día para prepararse para un "cierre ordenado.’ Nos dieron una gran parte del día para cerrar las operaciones. Ese fue un momento intenso de mensajes de correo electrónico, llamadas y preparaciones. Tuvimos que salir de la oficina de 1:30pm. (por desgracia para mí mi ordenador de casa se paralizó en su propia versión de un cierre del día anterior). Así que usted, nuestros lectores, puede tener una idea del efecto del cierre de la NSF y la investigación en general, Permítanme relatar mi experiencia y algunos de los efectos del cierre tendrá en la investigación y, posiblemente,.

Mi trabajo en NSF (y la AAAS), en la mayor parte, implica trabajar en programas para ampliar la participación en la educación científica. Entre otras actividades, Organizo reuniones de trabajo para explorar la investigación en el tema y desarrollar y ejecutar un proyecto de compromiso ciencia para los jóvenes refugiados.

Como parte del cierre, NSF cerró sus puertas. Esto es casi una parada completa abajo. Todos los empleados de la NSF se les dijo que tenían hasta 1:30pm para completar un “cierre ordenado” de todas las actividades. Para mí, esto incluye correo electrónico a todos los inhibidores de la proteasa y los educadores que asisten a una reunión la próxima semana aquí en la NSF sobre la enseñanza de computación para las personas con discapacidad y otras personas que estoy trabajando en otros proyectos con. Según las reglas federales, ningún empleado NSF, compañero o el resto del personal se le permite acceder al correo electrónico, responder a las comunicaciones, trabajar en cualquier y todas las actividades relacionadas con la NSF, viajar a las conferencias o reuniones o no llevar a cabo cualquier tipo de negocio. La violación de esto es una gran multa.

¿Qué significa eso para los que tienen financiación o tratos con NSF? Si usted no tiene trabajo inmediato o necesita ponerse en contacto con un empleado NSF, que el efecto será mínimo si el apagado es corto. Si usted tiene que presentar una propuesta de subvención, hablar con un oficial de la concesión o tener una reunión del NSF para asistir o cualquier otro negocio con NSF en los próximos días (o tan largo como el cierre tiene una duración) usted no será capaz de hacerlo. Todas las actividades han cesado. Si hay una reunión NSF que tiene lugar durante la parada, que se cancele.

Por ejemplo, He estado planeando y organizando una reunión aquí en la NSF para educadores en ciencias de la computación para las personas con discapacidad. Se ha implicado todo, desde conseguir habitaciones y ubicado a establecer agendas para escoger evaluadores de la contratación de intérpretes de ASL y la traducción de documentos en Braille. Si el cierre continúa la próxima semana, dicha reunión será cancelada y todos los asistentes no podrá venir. Así que, en mi caso, si el cierre se prolongó hasta la próxima semana, esto aún sería cancelado, los investigadores y educadores (sobre 20) asistir tendrán que cancelar sus vuelos y los planes y todos los acuerdos será en vano. Obviamente, esto tendrá algunos costos de vuelos y planes de pérdida de, pero también significa que cientos de horas hombre de trabajo anterior será en vano.

Si usted tiene un premio actual, debería haber un impacto en el corto plazo, pero no se harán nuevas solicitudes, No se permitirán las subvenciones que se presentará, etc. Como ahora la página dice:

No hay nuevas oportunidades de financiación (descripciones de los programas, anuncios o solicitudes) se emitiráPreparación de propuestas FastLane y sumisión no estarán disponibles.Grants.gov puede estar en funcionamiento, sin embargo, desde FastLane no estará operando, Descargas propuesta de Grants.govNo se llevará a cabo. Por lo tanto, las propuestas no se comprobará el cumplimiento de los requisitos de preparación de propuestas NSF o procesados ​​hasta que se permiten las operaciones normales para continuar.”

La Institutos Nacionales de Salud También apagado aunque el impacto será algo diferente. Desde NIH es una institución de investigación, además de ser una concesión (NSF es una institución que otorga), toda la investigación en el NIH cesará. Universidades se sentirán poco a corto plazo afectará como uno de los tres ciclos de la concesión acaba de terminar. Dicho esto, 05 de octubre es la próxima serie de plazos y si el cierre continúa hasta después de esa fecha, no se aceptarán solicitudes de subvención. Un corto cierre sólo retrasará el procesamiento de esas subvenciones hasta por un mes, el más largo es el retardo de la más exponencialmente retrasa el proceso se convertirá en causa de los retrasos.

Hay otros efectos sobre el cierre de sesión en investigadores también. Visa patrocinios o de las solicitudes de los científicos visitantes no se emitirán durante el cierre y algunas actividades serán pospuestas o dejan. Otro ejemplo de mi trabajo es el programa de compromiso con la ciencia me encuentro para los jóvenes refugiados. Aunque no es financiado a través de NSF, es algo que hago bajo mi beca y por eso no se me permite trabajar en él. Esto significa que el programa se suspendió hasta nuevo aviso y los estudiantes no podrán participar en las actividades que han estado muy contentos de hacer.

Así que, vamos a reiterar la parte superior 10 efectos sobre la investigación del cierre tendrán:

10. NSF, NIH y otros sitios de las agencias y la información estarán disponibles o no afectado. Muchas bases de datos como PubMed no serán actualizados o mantenidos.
9. Visas para científicos visitantes a los EE.UU. o los científicos que colaboran en el extranjero no serán procesadas.
8. Los pagos de préstamos y becas estudiantiles pueden ponerse lentos o afectadas a largo plazo.
7. NIH, NSF y otras reuniones de la agencia alojados y discusiones cesarán.
6. No se aceptarán nuevas subvenciones propuestas, procesado ni revisado.
5. Contratistas y empresas que dependen de NSF, NIH y otras instituciones de investigación y la concesión no recibirán negocio y pagos se retrasó.
4. Gobierno investigadores empleados, conceder funcionarios y personal (en los NIH y la NSF, entre otros organismos) no se pagarán.
3. Gobierno investigadores empleados, oficiales de la subvención y el personal no se les permite trabajar o contribuir a cualquier y todas las reuniones, actividades y comunicaciones relacionadas con el trabajo.
2. La investigación en el NIH (y algunos otros organismos, como la energía ARPA-E) cesará.

y el número uno afecta (al menos en el factor de tristeza)
1. Niños con el cáncer será alejarse de los NIH.

¿Sabe usted de un efecto perdiste aquí? ¿Cómo!

Un artículo de ThinkProgress sobre algunos otros efectos sobre la ciencia y la investigación, incluyendo otras agencias como NOAA, etc.

A discusión Reddit largo de los científicos (con algunos buenos consejos y no tan buenas historias) acerca de los efectos.

No se preocupe, el lapso de una punta vídeo no pasará mucho tiempo como el cierre. No tengo mucho tiempo hoy :D , así que va a hacer uno para más tarde.

Consejo del la Semana: 3D Protein Structure Modeling


Consejo de hoy de la semana va a ser un poco diferente de lo que solemos hacer. Por lo general, destacamos una base de datos genómica o biológico en la punta, pero hoy me gustaría señalarle a algunos tutoriales sobre los fundamentos de la bioinformática de “bioinformática-made-simple.” La serie de proteínas de predicción 3D es bastante decente y es una mezcla de videos y tutoriales de texto. Se le dará una comprensión 3d predicción de estructura de la proteína básica. Una vez hecho esto, usted estará configurado y listo para empezar a utilizar el herramientas miríada de predicción de software y 3Bases de datos de estructura de proteínas D.

El tutorial de arriba es un video de la parte I que es bastante básico: “lo que es una estructura de la proteína.” La mayoría de nuestros lectores probablemente ya debe saber que ;-), pero las partes posteriores de la serie comienza a recibir en más detalles acerca de la predicción de estructura 3D de proteínas. Parte II es una breve discusión de los fines y métodos de predicción (con un video de términos comunes utilizados), parte III, parte IV y parte V (venir) a continuación, entrar en más detalles sobre el software y los algoritmos. Muchos tienen lecturas adicionales. Es bastante básico, sino que, al menos, empezar.

Enlaces relacionados:

OpenHelix AP Tutorial
SBKB OpenHelix Tutorial