Archiv des Autors: Trey

Video Tipp der Woche: LineUp, Datenvisualisierungstool Ranking

 

Caleydo, vom Institut für Maschinelles Sehen und Darstellen, eine Suite von Genomik und biomolekulare Visualisierungswerkzeuge. Als Projektentwickler Zustand, Stärke ist es “die Visualisierung von Abhängigkeiten zwischen mehreren Datensätzen.” Der Tipp der Woche in dieser Woche ist ein Video zur Einführung eines ihrer neuesten Tools: LineUp.

LineUp ist ein Open Source skalierbare Visualisierungstechnik für Ranking-Systeme, die mehrere unterschiedliche Reihen verwenden. Formation wurde entwickelt,

Adresse [der] brauchen, um die Rangfolge der Gene durch Mutationsfrequenz und andere klinische Parameter in einer Gruppe von Patienten verstehen,…Es ist ein ideales Werkzeug, um komplexe Partituren der Bioinformatik kombiniert Algorithmen erstellen und visualisieren.

Doch, es kann für viele verschiedene Ranking-Systeme verwendet, ob dies auf Ranglisten der Universitäten oder Restaurants sehen, oder Rang Datensätze aus aus verschiedenen Quellen. Im Video oben, die Nutzer erklären, wie man Lineup verwenden, die auf mehreren verschiedenen Rankings wie Studenten Ruf an und visuelle Ranking der Universitäten aussehen, Schüler-Dozenten-Verhältnis und viele andere. Das Tool ermöglicht es Benutzern, Gewichte, verschiedene Parameter zuordnen, um eine benutzerdefinierte Ranking erstellen.

Sie müssen wirklich das Video zu sehen, um die Macht der Visualisierung und die breite Anwendbarkeit verstehen. Ich sah sofort mehrere Verwendungen in der Forschung, sondern auch auf die Wahl Schulen für meine Kinder. In San Francisco Schulen sind durch “Lotterie,” und Sie können die Schulen mit Vorliebe Rang. Es gibt so viele Datensätze, die beeinflussen, dass für die Eltern, Abstand, Academic Ranking, Lehrer-Schüler-Verhältnis, Vielfalt Ranking und einige mehr. Ich könnte dieses Tool als eine gute Möglichkeit, um das Ranking bestimmen unsere Entscheidungen sehen. Die Einsatzmöglichkeiten sind endlos.

Quick Links:

Caleydo
LineUp

Referenz:

 

Gratzl S, Lex A, Gehlenborg N, Pfister H, & Streit M (2013). LineUp: visuelle Analyse von Multi-Attribut-Rankings. IEEE Transactions on Visualisierung und Computergrafik, 19 (12), 2277-86 PMID: 24051794

Video Tipp der Woche: BioRxiv, Ein Preprint-Server für die Biologie

Open Access die wissenschaftliche Forschung hat seit langem befürwortet, schon vor dem Aufkommen des Internets. Mit dem Internet, wuchs die Bewegung. Viele Open-Access-Zeitschriften, NIH benötigt nun NIH-finanzierten Forschung, um den offenen Zugang innerhalb eines Jahres nach Veröffentlichung sein, NSF und andere Agenturen werden auf ähnliche Pläne Arbeits.

Ein Teil dieser Bewegung, den Zugang zu Forschungs öffnen, “Preprint” ist gewachsen. Der Vorabdruck der wissenschaftlichen Forschung ermöglicht die schnelle Verbreitung von Forschungs und der offenen Diskussion der Ergebnisse, bevor sie habe durch Peer-Review gegangen. Peer-Review-Forschung kann Wochen dauern, Monate und manchmal Jahre, um öffentlich durch die Veröffentlichung verbreitet werden. In einer modernen Welt der sich schnell entwickelnden und verändernden Wissenschaft, Preprint-Verteilung ermöglicht eine viel schnellere Zugang zu Forschungs

Die bekanntesten Preprint-Server ist Archiv. Started in 1991 am Los Alamos National Laboratory und den Übergang zu Cornell University Library, arXiv ermöglicht die Open-Access-Preprint Verbreitung der Physik, Mathematik und Informatik Forschung. Durch die vielen Standards, es war ein Erfolg bei der Forschung schnell und offen diskutiert.

Es wurden in der Vergangenheit und gegenwärtig frühere Versuche für solche biologischen Forschung Preprints: Natur Precedings (die Annahme neuer Handschriften in nicht mehr 2012), PeerJ Preprints und andere.

Das traditionelle Verleger wie Nature (Natur Precedings) war ein Streifzug ein offener Zugang Preprint-Repository gemacht, geht auf den Bedarf und die Nachfrage nach wie Service. Der Anstieg der biologischen Forschung Vorabdrucke in arXiv ist schnell gewachsen.biorxiv Erst im vergangenen Jahr, ein Fall wurde in PLoS Biology für so ein Server vorgenommen für die Lebenswissenschaften Forschung von Desjardins-Proulx et al.

Die erste und am häufigsten diskutierten Vorteil der offenen Vorabdrucke ist die Geschwindigkeit. Die Zeit zwischen der Vorlage und der offiziellen Veröffentlichung eines Manuskripts in Monaten gemessen werden, manchmal Jahre. Für all dieser Zeit, die Forschung nur auf einige wenige bekannt: Kollegen, Redakteure, und Rezensenten. So, die Wissenschaft nicht verwendet werden, diskutiert, oder durch die breitere wissenschaftliche Gemeinschaft überprüft. In einem aktuellen Blog-Post, C. Titus Brown bemerkte, wie Ihr einen Papier auf arXiv führte schnell zu einem Zitat (arXiv Papiere genannt werden), und seine Forschung wurde von einem anderen Forscher verwendet. Das derzeitige System der Handschriften versteckt vor der Abnahme Probleme für Wissenschaftler und Verlage. Handschriften, die unbekannt sind, können nicht verwendet werden und somit mehr Zeit, genannt zu werden nehmen. Es wurde gefunden, dass der Hochenergiephysik gezeigten, mit seiner hohen arXiv Zustellungsrate, hat die höchste Unmittelbarkeit zwischen Physik und Mathematik.

Und jetzt haben wir es. Oberhalb finden Sie die Promo-Video für ein neues Life-Sciences-Open-Access-Preprint-Server finden: bioRxiv. Die Wissenschaft hat eine einleitende Beitrag darüber ab November 2013 (2 Tage nach wurde bekannt,).

Wie arXiv, bioRxiv wird von Cold Spring Harbor untergebracht und führen. LIke arXiv, es ist Open-Access-, vordrucken und hat ähnliche Regeln. Sie können mehr über die Einzelheiten erfahren (wie Preprint-Zeitschrift Politik) auf der über Seite. Die Artikel können in fast jeder Lebenswissenschaften Thema aus der Biochemie bis zur Zoologie sein, und anderen Bereichen, wie Physik, wenn die Forschung hat direkte Relevanz für die Life-Science-. Es wird nicht, aber, veröffentlichen die medizinische Forschung wie klinische Studien.

Die Artikel werden in drei Kategorien eingeteilt:

Artikel in bioRxiv werden als kategorisiert Neue Ergebnisse, Bestätigungs Ergebnisse, oderWidersprüchliche Ergebnisse. Neue Ergebnisse beschreiben einen Fortschritt in einem Feld. Bestätigungs Ergebnisse weitgehend replizieren und bestätigen zuvor veröffentlichte Arbeit, währendWidersprüchliche Ergebnisse experimentelle Ansätze in bereits veröffentlichten Arbeiten verwendet weitgehend replizieren, aber die Ergebnisse widersprechen und / oder nicht
unterstützen.

Die biologische Forschung hat darum gebeten, und hier ist es. Zur Zeit, es gibt nur 200 oder so Manuskripte, eine schnelle Suche ‘Retrovirus‘ bringt nur 3 Ergebnisse. Aber, bioRxiv nur 6 Monate alt. Halten Sie ein Auge auf sie, noch besser, testen Sie es aus und senden.

Quick Links:

bioRxiv
Archiv

 

Desjardins-Proulx, P., Weiß, E., Adamson, J., Widder, K., Poisot, T., & Kies, D. (2013). Plädoyer für offene Preprints in Biologie PLoS Biology, 11 (5) DOI: 10.1371/journal.pbio.1001563

Video Tipp der Woche: Liste von Genen, die mit einer Krankheit

Ich bin derzeit in Puerto Varas, Chile bei einem EMBO-Workshop Genomics. Der Workshop ist vor allem für Studenten und Absolventen die Lehrer sind, zumeist, Alumni der Bork-Gruppe. Ich habe ein Tutorial über Genomik Datenbanken.

Sowieso, die letzten beiden Tage des Workshops ist eine Herausforderung, in Teams von 3-4 von einem Lehrer empfohlen, Schüler sind, um eine Liste von Genen, die mit Epilepsie zu entwickeln. Offensichtlich, könnte dies eine triviale Aufgabe sein, gerade zu gehen OMIM oder Genecards und ergreifen Sie eine Liste. Aber diese Herausforderung verlangt von ihnen, dahinter gehen und die verfügbaren Daten und Vorhersagen. Mein Team versucht, auf meine Anregung, einige Brainstorming-Techniken, um eine kreative Lösung zu gewährleisten, als sie tun konnte, einzeln oder nur Springen in normale Gruppendynamik. Es schien zu funktionieren, Ihre Lösung war sehr kreativ und wir werden herausfinden, wie das funktioniert heute.

Das war meine Art zu sagen, lange, in dem Prozess, den wir in vielen Datenbanken der Gen-Krankheit Informationen kamen. oben werden Sie ein Video von Ratten-Gen-Krankheit Verbände aus finden RGD, oft selbstverständlich verwendet werden, um menschliche Gen-Krankheit Verbände untersuchen.

Nachfolgend finden Sie eine Liste von einigen ausgezeichneten Datenbanken und Ressourcen zu finden, um ähnliche Listen finden:

Gene Verband Database http://geneticassociationdb.nih.gov/

G2D http://g2d2.ogic.ca

OMIM http://www.omim.org

Krankheiten http://diseases.jensenlab.org /

Genecards http://genecards.org

DisGeNET http://ibi.imim.es/web/DisGeNET/

Mehrere NCBI Ressourcen http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/find-gen-phen/

UCSC Genome Browser Spuren für Krankheit und Phänotyp http://genome.ucsc.edu

Es gibt einige andere, die ich bin sicher,, Wenn Sie einen Lieblings auf dieser Liste haben nicht, bitte kommentieren.

Referenz für RGD:
Laulederkind S.J.F., Hayman G.T., S. J. Wang, J. R. Smith, Lowry T.F., Nigam R., Petri V., J. Pons, Dwinell M.R. & Shimoyama M. & (2013). Der Rat Genome Database 2013–Daten, Werkzeuge und Benutzer, Briefings in Bioinformatics, 14 (4) 520-526. DOI:

Video Tipp der Woche: JANE, Vergleich der Stammbäume


Kann Inhalte anzuzeigen. Adobe Flash ist Pflicht.
Als ich tat mein Ph.D. in den alten Tagen der Sanger-Methode Sequenzierung und Lesen der Ergebnisse mit einer Hand auf der Tastatur und das Lesen der auf der Lese GATCs (und gehen in das Labor im Schnee bergauf in beide Richtungen), mein Ziel für schuften durch all das war schließlich eine Phylogenie der Sequenzen der retrotransposable Elemente Ich studierte. Warum wollte ich, dass die Phylogenie? Weil ich den Vergleich der Phylogenie der Retroelementen an, dass der Arten in dem sie wohnen. Wir versuchten zu bestimmen, ob diese Retroelemente waren innerhalb der Taxa Linie stabil (sie sind) oder es gab Promiscuous horizontalen Transfer vorkommenden. Wir haben diese Vergleiche, aber es wäre schön gewesen, eine "Rekonstruktion haben cophylogeny haben’ Programm :D. Es gibt oft ähnliche Vergleiche Phylogenien notwendig sind. Wirt-Parasit-Studien, Koevolution, usw.. Jane ist ein Softwarepaket, (kostenlos mit Anmeldung) dass eine heuristische Ansatz verwendet, “Ausführen eines genetischen Algorithmus mit einem Innenfitnessfunktion, die unter Verwendung eines dynamischen Programmieralgorithmus ausgewertet wird.” Es kann oft geben, eine optimale Lösung für diese cophylogeny Sie studieren. Jane war in der Arbeitsgruppe von Ran Libeskind-Hadas bei Harvey Mudd College-entwickelt und Sie können mehr über den Algorithmus zu lesen und hier nähern. Sie haben auch eine umfangreiches Tutorial geschrieben. In diesen Tipps konzentrieren wir uns in der Regel auf Web-Interface, um Werkzeuge, aber ich mochte dieses Paket (und es ist kostenlos) und wollte zu spielen, um mit ihm, so heute habe ich werde Sie durch eine sehr kurze Einführung zu Fuß zum Herunterladen und sich mit dem Tool gestartet. Quick Links: Jane Jane Tutorial CoPhylogeny Wiederaufbau TreeMap (ein weiterer cophylogeny Rekonstruktionssoftware) CopyCat (Noch ein weiteres) Buch Kapitel über Cophylogeny und Wiederaufbau Conow, C., Fielder, D., Ovadia, Y., & Libeskind-Hadas, R. (2010). Jane: ein neues Werkzeug für die cophylogeny Rekonstruktionsproblem Algorithmen für Molekulare Biologie, 5 (1) DOI: 10.1186/1748-7188-5-16

Video Tipp der Woche: MetaPhlAn und Galaxy

CPB Mit Galaxy 2 von Galaxy-Projekt auf Vimeo.

zum Laden und Verwenden von Datentypen und die OpenHelix Galaxy Tutorial für immer mit Galaxy-Schnittstelle und Anwendung vertraut.

Metagenomics Analyse kann manchmal ein bisschen einschüchternd, aber es gibt eine ganze Reihe von Tools gibt, die einen Forscher bei der Analyse unterstützen. Integrierte mikrobielle Genome bei JGI hat einige hervorragende Werkzeuge wie IMG / M und IMG HMP M. (OpenHelix Tutorial) Es gibt auch andere hervorragende Werkzeuge, die ich schlage vor, Sie überprüfen. QIIME ist ein ausgezeichnetes Werkzeug auch.

Aber die oben ist nicht per se eine Metagenom-Tutorial, sondern es ist eine kurze Screencast, wie die Galaxy-Schnittstelle für das Laden von Daten und Datentypen verwenden. Warum? Da eine weitere hervorragende Reihe von Tools für Metagenom-Analyse zu verwenden ist MetaPhlAn aus dem Labor in Harvard Huttenhower.

Die MetaPhlan Tools können heruntergeladen und verwendet werden "offline" werden, aber sie haben auch eine ausgezeichnete Galaxy Schnittstelle zu den Werkzeugen. Wenn Sie sich zu Fuß durch die MetaPhlAn Tutorials auf ihrer Website, einschließlich ihrer Galaxy-Modul ein, nachdem Sie sich mit Galaxy über vertraut, das sollte helfen, auf einige hervorragende Metagenom-Analyse beginnen.

Um ein Gefühl für diese und andere Tools und Workflows erhalten, Sie wollen vielleicht diese ausgezeichnete Folie aus Surya Saha gesetzt durchsuchen, Research Associate an der Cornell University, aus dem letzten Jahr.

Quick Links:

Galaxy

Nicola Segata, Levi Waldron, Annalisa Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, Olivier Jousson & Curtis Huttenhower (2012). Metagenom-mikrobiellen Gemeinschaft Profilerstellung mit einzigartigen Clade-spezifischer Marker-Gene Nature Methods (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

Beteiligen Sie sich an einer NSF “IDEEN LAB” (generieren Forschungspläne und Vorschläge)

Gruß!
Die kurze Verbindung: IUSE IDEEN LAB: http://www.nsf.gov/pubs/2014/nsf14033/nsf14033.jsp

IUSE:
NSF Bildungsdirektion hat eine Finanzierungsmöglichkeit namens "Die Verbesserung der MINT-Bildung Undergraduate " (IUSE).

Die Programmbeschreibung IUSE [PD 14-7513] http://www.nsf.gov/funding/pgm_summ.jsp?pims_id=504976 skizziert eine breite Fördermöglichkeit für Projekte, die unmittelbaren Herausforderungen und Chancen für Bachelor-Adresse Wissenschaft unterstützen, Technologie, Engineering, und Mathematik (ABSTIMMUNG) Bildung,
To generieren Forschungspläne und Vorschläge für diese, NSF hält ein…

Ideas Lab:
Ideen Labore sind Treffen, die Forscher zusammen zu bringen, Erzieher und andere in eine “intensiv, interaktive und frei denk Umwelt, wo die Teilnehmer eintauchen in eine kooperative Dialog, um mutige und innovative Ansätze zu konstruieren und zu entwickeln Forschungsprojekte.” Mehr als oft nicht, diese “Ideen Labs” produzieren neue Kooperationen und Forschungsprojekte, die oft Vorschläge gehen auf gefördert werden. Der Ideen Lab wird nach der strukturierte Ideenfabrik Prozess.
“neue Verbindungen machen, die häufig Querdisziplinar sind, und auch neue Forschungsprojekte in Verbindung mit Echtzeit-Peer-Review zu generieren.”
Das NSF-Ideen-Labor hat mehrere Ziele, aber die, in engstem Zusammenhang mit dieser Gemeinschaft ist Suche nach neuen Wegen, und die Entwicklung von Forschungsvorschlägen, um die Rechen Denken ziehen lassen, Alphabetisierung und Kompetenz in den Kernlehrplan für Undergraduate-Ausbildung.
Personen gelten für die Ideen-Labor, es ist ein 2 Seite Vorschlag und ist auf Februar 4 (Nächste Dienstag). Die Förderung wird für die Reise zur Verfügung gestellt. Diese Ideen Labore sind ausgezeichnete Möglichkeiten, um Genomik treffen und über, Biologie und Bildung, bauen neue Kooperationen und neue Forschungsvorhaben zu entwickeln.
Der Brief und weitere Informationen (Lesen Sie den Link):
Ein Brief Sehr geehrter Herr Kollege zum Thema ³ Vorbereitung Anwendungen auf
Beteiligen Sie sich an der Phase I-Ideen Labs auf Undergraduate Education MINT ² [NSF
14-033] wurde auf der NSF Website veröffentlicht worden.
Wenn Sie irgendwelche Fragen haben,, Sie hier oder per E-Mail fragen (wlathe AT openhelix.com ). Ich bin _nicht_ ein Projekt Officer bei NSF und nicht alle Antworten, aber ich kann Ihnen zu den Orten, die Sie vielleicht Antworten zu finden lenken.
Bitte zögern Sie nicht verbreiten!

Tipp der Woche: Erstellen eines elektronischen Informed Consent


Informierte Einwilligung ist eine Stiftung der Forschung, und vor allem Genetik-Forschung, dass letzten Jahrzehnten obwohl es einige Zeit, um vergangenes Unrecht rechts genommen. Und mit der Genomforschung und persönliche Genomik Erzeugung von großen Datenmengen, informierte Zustimmung wird sowohl wichtiger und komplexer. Die National Human Genome Research Institute hat eine ziemlich gute Auswahl an Informationen und Vorschriften rund um informierte Zustimmung einschließlich der Regelungen, Richtlinien, spezifische NHGRI Richtlinien und geltenden Bundesrechts. Wenn Sie dabei Humangenetik und Genomforschung wäre es gut beraten, um sicherzustellen, dass Sie die Richtlinien und Probleme zu verstehen. Ein gutes Papier zu lesen, zu verstehen, würde der Artikel sein, “Schneiderei, den Prozess der Einwilligung in genetischen und genomischen Forschung” Genom-Medizin in nachstehend genannten.

Je nach Institution und Unterstützung, Sie vielleicht nicht immer bis zu schreiben oder zu verwalten Einwilligung Dokumentation, aber oft kleinere Einrichtungen oder Projekte müssen. So, Lassen Sie uns auf die Nitty Gritty Logistik bekommen tatsächlich die Schaffung einer informierten Zustimmung Umfrage-und Dokumenten-.

Der heutige Tipp der Woche ist die 4 Minute erste Teil einer fünfteiligen Reihe von iDASH an der UCSD auf die Schaffung eines elektronischen Einverständniserklärung mit LimeSurvey und dann mit Hilfe von Symbolen, iDASH der Informed Consent Management Tool. iDASH:

“ist einer der National Centers for Biomedical Computing (NCBC) unter der NIH-Roadmap für Bioinformatik. Gegründet 2010, die iDASH Zentrum befindet sich auf dem Campus der Universität von Kalifornien gehostet, San Diego und Adressen grundlegenden Herausforderungen für Forschung und Fortschritt ermöglicht globalen Kooperationen überall und jederzeit. Fahren biologische Projekte motivieren, informieren, und Support-Tool-Entwicklung in iDASH. iDASH arbeitet mit anderen NCBCs Werkzeuge und verbreitet durch jährliche Workshops, Präsentationen auf großen Konferenzen, und wissenschaftlichen Publikationen.”

Es gibt viele Möglichkeiten, um eine elektronische Umfrage erstellen, aber dieser Satz von Tutorials ist es gerade nach vorne mit LimeSurvey und Symbole. Die anderen kurzen Abschnitten sind hier: Teil zwei, drei, vier und fünf.

… und während ich Sie iDASH, Ich empfehle Ihnen, diese Stunde Vortrag von Philip Bourne zu sehen (an der UCSD) betitelt “In der Zukunft, wird eine biologische Datenbank wirklich anders als einer biologischen Fachzeitschrift sein.” Das Gespräch wurde vor einem Monat etwas mehr als gegeben und ein Update auf etwas Dr. Bourne sagte in 2005. Es ist eine gute logische Folge Marien (apt und wahr) oft wiederholte Mantra: “Die Daten nicht in der Zeitung nicht mehr.”

(wir erwähnt haben iDASH vor und ein Vortrag über die Kosten Kuration Interessant war, dass)

Quick-Links:

iDASH: http://idash.ucsd.edu
Icons: http://idash.ucsd.edu/electronic-informed-consent
iDASH Tutorials: http://www.scivee.tv/user/17631

Referenz:

Charles N Rotimi und Patricia A Marshall (2010). Schneiderei, den Prozess der Einwilligung in genetischen und genomischen Forschung Genome Medicine, 2 (3) : doi:10.1186/gm141

VideoTip der Woche: ENCODE @ Ensembl

Wir haben eine Menge von Tutorials (2 in der Tat, ENCODE Stiftungen & ENCODE @ UCSC), Tipps und Informationen über ENCODE. Wir haben auch eine Menge Tutorials (wieder 2, Ensembl und Ensembl Vermächtnis- auf den älteren Versionen ), Tipps und Informationen über Ensembl, die Datenbank und Browser bei EBI.

Jetzt ist hier ein Tipp der Woche sowohl Ensembl und Codieren. Dies ist einer der neueren Ergänzungen Ensembl die Video-Tutorials. Dieses Video schaut, wie Sequenzen, die in der Genregulation beteiligt sein könnten. Die meisten dieser Daten an Ensembl auf CODIEREN Daten. Dies ist mit der “Matrix,” eine Möglichkeit, die Regulierung Daten wählen Sie braucht auf Zelltypen basieren und die TF. Am Ende der 8 minütigen Video diskutieren sie ein bisschen mehr darüber, wie man alle Daten kodieren.

So, jetzt haben Sie eine Fülle von Informationen hier bei OpenHelix durch unsere Tutorials und unserem Blog über codieren und Ensembl.

Quick-Links:

ENCODE: http://encodeproject.org/ENCODE/
ENCODE @ UCSC: http://genome.ucsc.edu/ENCODE/
Ensembl: http://www.ensembl.org
ENCODE Tutorials: http://openhelix.com/encode
Ensembl Tutorials: http://openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

[Update]Tipp der Woche: A Lapse in Mittel, Einige Auswirkungen auf Forschung

nsfclosed[auf dem Laufenden über die Wirkung auf die Forschung zu halten, dies ist eine gute Artikel aus Science Careers, siehe unten für weitere Links und Informationen]. Verzeihen Sie mir, wie ich einen Ablauf in unserem wöchentlichen Tipps erstellen und stattdessen geben ein "Insider-’ Blick auf die Abschaltung (oder Erlöschen der Mittel in den offiziellen Sprachgebrauch). Das ganz sicher nicht ein umfassendes Verständnis davon, wie die Regierung Herunterfahren werden Sie als Forscher bewirken, Erzieher oder Student, aber hoffentlich wird Ihnen eine Idee geben.

Wie viele Leser wissen,, Ich bin derzeit auf einer temporären Abschied von OpenHelix an der National Science Foundation arbeiten. Obwohl auf Urlaub, Schreibe ich noch Tipps (Unter anderem) für das Blog. Jetzt bin ich dran war heute. Leider, gestern der Regierung stillgelegt und obwohl es tat, es dauerte viel des Tages, um für eine "geordnete Herunterfahren vorzubereiten.’ Wir waren einen großen Teil des Tages gegeben heruntergefahren Operationen. Das war eine intensive Zeit der E-Mails, Anrufe und Zubereitungen. Wir mussten das Büro verlassen durch 1:30pm. (Leider ist für mich mein Computer zu Hause beschlagnahmt bis in seine eigene Version einer Abschaltung am Vortag). Damit Sie, unsere Leser, kann eine Vorstellung von der Auswirkung des Herunterfahren auf NSF und Forschung im Allgemeinen bekommen, erlauben Sie mir, meine Erfahrung und einige der Auswirkungen der Abschaltung auf Forschung haben Sie beziehen und ggf..

Meine Arbeit bei NSF (und AAAS), zumeist, bringt der Arbeit an Programmen zur Teilnahme an wissenschaftlichen Ausbildung erweitern. Unter anderem, Ich organisiere Arbeitstreffen, um die Forschung in das Thema zu erforschen und zu entwickeln, und führen Sie eine Wissenschaft Engagement Projekt für Flüchtlingskinder Jugend.

Als Teil der Abschaltung, NSF schloss seine Türen. Das ist so ziemlich die komplette Abschaltung. Alle Mitarbeiter wurden NSF gesagt, sie hätten bis 1:30pm zu vervollständigen ein “ordnungsgemäßes Herunterfahren” aller Aktivitäten. Für mich ist diese E-Mail enthalten alle PIs und Erzieher an einer Sitzung nächste Woche hier bei NSF über Informatik-Ausbildung für Menschen mit Behinderungen und andere, dass ich mit der Arbeit an anderen Projekten. Durch Bundes-Regeln, keine NSF Mitarbeiter, Kollegen oder andere Mitarbeiter darf E-Mails zugreifen, Kommunikation zu antworten, funktionieren auf jedem und alle NSF-Aktivitäten, Reisen zu Konferenzen oder Meetings oder sonst alle Geschäfte. Die Verletzung ist dies eine hohe Geldbuße.

Was bedeutet das für diejenigen, die Finanzierung haben oder Umgang mit NSF bedeuten? Wenn Sie keinen unmittelbaren Arbeit oder müssen eine NSF Mitarbeiter kontaktieren, als der Effekt ist minimal, wenn die Abschaltung ist kurz. Wenn Sie brauchen, um einen Zuschuss Vorschlag einreichen, sprechen Sie mit einem Zuschuss Offizier oder eine NSF Treffen zu besuchen oder jedes andere Unternehmen mit NSF in den nächsten Tagen (oder solange der Abschaltung dauert) Sie werden nicht in der Lage, dies zu tun. Alle Aktivitäten haben aufgehört. Wenn es eine Sitzung NSF, die während der Abschaltung, es wird abgebrochen.

Zum Beispiel, Ich habe die Planung und Organisation ein Treffen hier bei NSF für Pädagogen in der Informatik für Menschen mit Behinderungen. Es hat alles, was zur Folge davor Zimmer nieder, um die Einstellung zu wählen Agenden Rezensenten Beschaffung ASL Dolmetscher und Übersetzungen der Texte in Braille. Wenn das Herunterfahren weiter in die nächste Woche, dieser Sitzung wird abgebrochen und alle Teilnehmer werden nicht kommen. So, in meinem Fall, wenn das Herunterfahren dauerte bis in die nächste Woche, würde dies sogar abgesagt werden, die Forscher und Pädagogen (über 20) Teilnahme müssen ihre Flüge und Pläne stornieren und alle Vorkehrungen werden für die Katz sein. Offensichtlich wird dies einige Kosten aus verlorenen Flüge und Pläne, aber es bedeutet auch, dass Hunderte von Arbeitsstunden der bisherigen Arbeit verschwendet werden.

Wenn Sie eine aktuelle Auszeichnung, es sollte wenig Einfluss auf kurze Sicht sein, aber keine neuen Aufforderungen gemacht werden, Zuschüsse werden nicht erlaubt, eingereicht werden, usw.. Da die Homepage sagt jetzt:

Keine neuen Fördermöglichkeiten (Programmbeschreibungen, Ankündigungen oder Aufforderungen) ausgestellt werdenFastLane Vorschlag Vorbereitung und Einreichung ist nicht verfügbar.Grants.gov kann in Betrieb genommen werden, aber, seit FastLane wird nicht in Betrieb sein, Vorschlag Downloads aus Grants.govfindet nicht statt. Daher Vorschläge werden nicht für die Einhaltung der Anforderungen an die Vorbereitung NSF Vorschlag geprüft oder verarbeitet werden, bis die normalen Operationen sind erlaubt, um fortzufahren.”

Das National Institutes of Health Auch wenn die Auswirkungen Abschaltung wird etwas anders sein. Seit NIH ist eine Forschungseinrichtung neben eine Gewährung sein (NSF ist eine Gewährung Institution), alle Forschung an NIH wird aufhören. Universitäten fühlen sich wenig kurzfristig als eine der drei Gewährung Zyklen gerade abgeschlossen beeinflussen. Das sagte, 5. Oktober ist die nächste Runde der Fristen und wenn die Abschaltung weiterhin Vergangenheit dieses Datum, keine Zuschussanträge werden akzeptiert. Ein kurzer Abschaltung verzögert nur die Verarbeitung dieser Stipendien für bis zu einem Monat, je länger die Verzögerung desto exponentiell verzögert wird der Prozess wegen der Rückstände zu.

Es gibt noch andere Auswirkungen auf das Herunterfahren auf Forscher auch. Visa Patenschaften oder Anfragen von Gastwissenschaftlern nicht beim Herunterfahren ausgestellt und einige Aktivitäten verschoben wird oder nicht mehr. Ein weiteres Beispiel aus meiner eigenen Arbeit ist die Wissenschaft Engagement Programm, das ich laufen für Flüchtlingskinder Jugend. Obwohl nicht durch NSF finanziert, es ist etwas, was ich tun unter meiner Gemeinschaft und somit darf ich nicht, daran zu arbeiten. Dies bedeutet, das Programm bis auf weiteres und die Schüler nicht in der Lage, an den Aktivitäten beteiligen sie schon immer sehr aufgeregt zu tun haben wird gestoppt werden.

So, Lassen Sie uns einmal auf die Spitze 10 Auswirkungen auf die Forschung die Abschaltung wird:

10. NSF, NIH und anderen Agentur Websites und Informationen nicht verfügbar oder betroffenen. Viele Datenbanken wie PubMed wird nicht aktualisiert oder gewartet werden.
9. Visa für Gastwissenschaftler in die USA oder Wissenschaftler zusammen Übersee werden nicht bearbeitet.
8. Zahlungen von Studiendarlehen und Stipendien könnten verlangsamt oder anderweitig beeinträchtigt auf lange Sicht.
7. NIH, NSF und andere Agentur-hosted Sitzungen und Diskussionen wird aufhören.
6. New Zuschüsse Vorschläge werden nicht akzeptiert, verarbeitet oder Bewertung.
5. Subunternehmen und Unternehmen, die auf NSF verlassen, NIH und anderen Forschungseinrichtungen und Institutionen Gewährung erhalten kein Geschäft und Zahlungen verzögert werden.
4. Regierung beschäftigt Forscher, gewähren Offiziere und Personal (am NIH und NSF unter anderem Agenturen) wird nicht gezahlt.
3. Regierung beschäftigt Forscher, Zuschuss Offiziere und Mitarbeiter werden nicht erlaubt zu arbeiten oder mit einem oder allen Sitzungen beitragen, arbeitsbezogene Aktivitäten oder Kommunikation.
2. Forschung an der NIH (und einige andere Agenturen wie Energy ARPA-E) wird aufhören.

und die Nummer eins beeinflussen (zumindest in der Traurigkeit Faktor)
1. Kinder mit Krebs werden abwenden am NIH.

Kennen Sie einen Effekt kennen verpasst hier? Wie!

Ein Artikel aus ThinkProgress über einige andere Auswirkungen auf Wissenschaft und Forschung, einschließlich anderer Organisationen wie NOAA, usw..

Ein lange Reddit Diskussion von Wissenschaftlern (mit einigen guten Zeiger und nicht-so-gute Geschichten) über die Auswirkungen.

Mach dir keine Sorgen, das Erlöschen in einem Video-Tipp wird nicht lange dauern, wie die Abschaltung. Ich habe viel Zeit heute :D , so tun werden, eine für später.

Tipp der Woche: 3D Protein Structure Modeling


Die heutige Tipp der Woche wird etwas anders sein als das, was wir normalerweise tun. Wir normalerweise markieren Sie eine Genomik oder biologische Datenbank in der Spitze, aber heute möchte ich Sie darauf hinweisen, um einige Tutorials zu den Grundlagen der Bioinformatik aus “Bioinformatik-made-simple.” Die Serie auf Protein-3D-Vorhersage ist ziemlich anständig und ist eine Mischung aus Videos und Text-Tutorials. Es wird Ihnen ein grundlegendes Verständnis 3d Proteinstrukturvorhersage. Sobald Sie das tun,, Sie setzen und bereit sein, starten Sie mit der unzähligen Software-Vorhersage-Tools und 3D Proteinstruktur-Datenbanken.

Das Tutorial ist ein Video über von Teil I das ist recht einfach: “was eine Proteinstruktur.” Die meisten unserer Leser wahrscheinlich schon wissen sollte, dass ;-), aber die späteren Teile der Serie anfangen, in mehr Details über 3d Proteinstrukturvorhersage. Teil II ist eine kurze Diskussion von den Zielen und Methoden der Vorhersage (mit einem Video von Begriffen verwendet), Teil III, Teil IV und Teil V (zu kommen) dann mehr ins Detail über die Software und Algorithmen zu bekommen. Viele haben zusätzliche Lesung. Es ist ziemlich einfach,, aber zumindest die Ihnen den Einstieg.

Related Links:

OpenHelix PDB Tutorial
OpenHelix SBKB Tutorials