الكاتب المحفوظات: تراي

تلميح فيديو للأسبوع: تشكيلة الفريق, الترتيب البيانات أداة التصور

 

Caleydo, من معهد رسومات الحاسوب والرؤية, مجموعة الجينوميات وأدوات التصور الجزيئية البيولوجية. كدولة مطوري المشاريع, انها قوة غير “تصور الترابط بين مجموعات البيانات متعددة.” غيض من الأسبوع هذا الأسبوع هو شريط فيديو عرضه واحد من أحدث أدواتهم: تشكيلة الفريق.

تشكيلة الفريق هو تحجيم تقنية التصور مفتوح المصدر لأنظمة الترتيب التي تستخدم عدة صفوف متباينة. وقد وضعت هذه المباراة ل

عنوان [و] تحتاج إلى فهم ترتيب الجينات حسب التردد طفرة والمعلمات السريرية الأخرى في مجموعة من المرضى,…هو أداة مثالية لخلق وتصور عشرات مجتمعة معقدة من الخوارزميات المعلوماتية الحيوية.

حتى الآن, ويمكن استخدامه لكثير من النظم الترتيب مختلفة سواء كان ذلك لعرض ترتيب الجامعات أو المطاعم, أو المرتبة قواعد البيانات من مصادر مختلفة من. في الفيديو أعلاه, المستخدمين شرح كيفية استخدام تشكيلة الفريق للنظر في وبصرية ترتيب الجامعات بناء على عدة تصنيفات مختلفة مثل سمعة الطالب, نسبة الطلاب إلى أعضاء هيئة التدريس وغيرها الكثير. أداة تسمح للمستخدمين لتخصيص الأوزان لمعايير مختلفة لخلق العرف الترتيب.

كنت حقا بحاجة لمشاهدة الفيديو على فهم قوة الأداة التصور وتطبيق واسعة. رأيت على الفور العديد من الاستخدامات في مجال البحوث, ولكن حتى وصولا الى اختيار المدارس لأطفالي. في سان فرانسيسكو المدارس من قبل “اليانصيب,” وكنت ترتيب المدارس حسب الأفضلية. هناك الكثير من مجموعات البيانات التي تؤثر على أن للآباء والأمهات, مسافة, الترتيب الأكاديمي, المعلم إلى نسبة الطالب, التنوع المستوى والعديد من أكثر. كنت أرى هذه الأداة باعتبارها وسيلة رائعة لتحديد الترتيب من خياراتنا. استخدامات لا حصر لها.

روابط سريعة:

Caleydo
تشكيلة الفريق

مرجع:

 

Gratzl S, ليكس A, Gehlenborg N, فيستر H, & شترايت M (2013). تشكيلة الفريق: التحليل البصري للتصنيفات متعددة سمة لل. المعاملات IEEE على التصور ورسومات الحاسوب, 19 (12), 2277-86 PMID: 24051794

تلميح فيديو للأسبوع: BioRxiv, خادم ورقة للبيولوجيا

مفتوحة الوصول للبحث العلمي وقد دعا لفترة طويلة, حتى قبل ظهور شبكة الانترنت. مع شبكة الانترنت, نمت حركة. العديد من المجلات وصول مفتوحة, يتطلب NIH الآن الأبحاث الممولة من المعاهد الوطنية للصحة ليكون الوصول مفتوحة في غضون سنة النشر, جبهة الخلاص الوطني ووكالات أخرى تعمل على وضع خطط مماثلة.

وهناك جزء من هذه الحركة لفتح الوصول إلى البحوث, “ما قبل الطباعة” نمت أيضا. لورقة البحث العلمي يسمح لنشر سريع للبحث والمناقشة المفتوحة للنتائج قبل أن قد ذهبت من خلال استعراض النظراء. البحوث لاستعراض الأقران يمكن أن يستغرق أسابيع, الشهور والسنوات في وقت ليتم نشرها للجمهور من خلال نشر. في العالم الحديث من تطوير سريع وتغيير العلم, يسمح توزيع المطبوع عن وصول أسرع بكثير للبحث

خادم المستخدمة قبل أكثر من المعروف جيدا هو أرشيف. بدأت في 1991 في مختبر لوس ألاموس الوطني والانتقال إلى مكتبة جامعة كورنيل, arXiv يسمح لنشر الوصول المفتوح لورقة الفيزياء, البحوث الرياضية وعلوم الحاسوب. من قبل العديد من المعايير, فقد كان النجاح في الحصول على البحوث بسرعة وعلانية مناقشتها.

كانت هناك محاولات سابقة لمثل هذه المسودات البحوث البيولوجية في الماضي وحاليا: طبيعة Precedings (التي توقفت قبول المخطوطات جديدة في 2012), PeerJ المسودات و آخرون.

أن ناشر التقليدية مثل الطبيعة (طبيعة Precedings) قد قام بجولة مستودع الوصول لورقة مفتوحة, يذهب إلى الحاجة والطلب على مثل خدمة. صعود المسودات البحوث البيولوجية في arXiv وقد نمت بسرعة.biorxiv في العام الماضي فقط, قدم الحال في علم الأحياء بلوس لمثل الخادم لعلوم الحياة البحث من قبل ديجاردان-بروكس وآخرون.

الميزة الأولى وغالبا ما تناقش من المسودات المفتوحة هو سرعة. الوقت بين تقديم والنشرة الرسمية للمخطوطة يمكن قياسها في الأشهر, في بعض الأحيان في السنوات. كل هذا الوقت, ومن المعروف أن الأبحاث فقط لقلة مختارة: الزملاء, المحررين, والمراجعين. وهكذا, لا يمكن استخدام العلم, ناقش, أو مراجعتها من قبل المجتمع العلمي على نطاق أوسع. في بلوق وظيفة الأخيرة, C. وأشار براون تيتوس كيفية نشر ورقة عن arXiv أدى بسرعة إلى الاقتباس (ويمكن الاستشهاد أوراق arXiv), وكان يستخدم بحثه من قبل باحث آخر. النظام الحالي بإخفاء المخطوطات قبل قبول يطرح مشاكل لكلا العلماء والناشرين. المخطوطات التي هي غير معروفة لا يمكن استخدامها، وبالتالي يستغرق مزيدا من الوقت لأن يقتبس. وقد تبين أن فيزياء الطاقة العالية, مع ارتفاع معدل تقديم arXiv لها, لديها أعلى الفورية بين الفيزياء والرياضيات.

والآن لدينا ذلك. أعلاه ستجد الفيديو الترويجي لخادم علوم الحياة الجديدة الوصول المفتوح ما قبل الطباعة: bioRxiv. العلم لديه وظيفة تمهيدية حول هذا الموضوع من نوفمبر 2013 (2 بعد أيام أعلن).

مثل arXiv, يقع bioRxiv ويديرها كولد سبرينج هاربور. مثل arXiv, هو الوصول المفتوح, ما قبل الطباعة، ولها قواعد مماثلة. يمكنك معرفة المزيد عن تفاصيل (مثل سياسات مجلة المطبوع) على عن الصفحة. يمكن أن تكون المواد في معظم أي موضوع علوم الحياة من الكيمياء الحيوية لعلم الحيوان, وغيرها من المجالات, مثل الفيزياء, إذا كان البحث له صلة مباشرة لعلوم الحياة. انها لن, ومع ذلك, نشر البحوث الطبية مثل التجارب السريرية.

توضع المواد إلى ثلاث فئات:

يتم تصنيف المقالات في bioRxiv كما نتائج جديدة, نتائج مؤكدة, أونتائج متناقضة. نتائج جديدة وصف سلفة في حقل. نتائج مؤكدة تكرار وتأكيد إلى حد كبير الأعمال المنشورة سابقا, في حيننتائج متناقضة تكرار إلى حد كبير النهج التجريبية المستخدمة في الأعمال المنشورة سابقا ولكن النتائج تتناقض و / أو لا
يعتمد عليه.

وقد طلبت من المجتمع الأبحاث البيولوجية لذلك, وهنا هو. حاليا, هناك فقط 200 أو نحو ذلك المخطوطات المقدمة, بحث سريع ‘الارتجاعي‘ إحضار فقط 3 النتائج. لكن, bioRxiv فقط 6 أشهر من العمر. إبقاء العين على ذلك, الأفضل, اختبار بها وتقديم.

روابط سريعة:

bioRxiv
أرشيف

 

ديجاردان-برولكس, P., أبيض, E., ادامسون, ج., كبش, ك., Poisot, ت., & حصى, D. (2013). القضية لالمسودات المفتوحة في الأحياء علم الأحياء بلوس, 11 (5) دوى: 10.1371/journal.pbio.1001563

تلميح فيديو للأسبوع: قائمة من الجينات المرتبطة بمرض

أنا حاليا في بويرتو فاراس, تشيلي في ورشة عمل الجينوميات EMBO. ورشة العمل هو أساسا لطلاب غراد والمدربين و, بالنسبة للجزء الاكبر, الخريجين من مجموعة بورك. أعطى البرنامج التعليمي على قواعد بيانات الجينوم.

على أي حال, في اليومين الأخيرين من ورشة العمل هو تحد, في فرق 3-4 نصح مدرب, الطلاب لوضع قائمة من الجينات المرتبطة الصرع. بوضوح, وهذا يمكن أن يكون مهمة تافهة, اذهبوا الى OMIM أو GENECARDS والاستيلاء على قائمة. ولكن هذا التحدي يتطلب منها أن تذهب وراء ذلك واستخدام البيانات المتاحة وجعل التوقعات. حاول فريقي, على اقتراحي, بعض تقنيات العصف الذهني لضمان التوصل إلى حل أكثر إبداعا مما كان يمكن أن نخرج بشكل فردي أو مجرد القفز في ديناميات الجماعة العادية. يبدو للعمل, وكان الحل قدراتهم الإبداعية تماما وسنجد اليوم كيف أن عملت.

كان ذلك طريقي طويلة من القول, في عملية وصلنا عبر العديد من قواعد البيانات من المعلومات الجينات المرض. أعلاه ستجد شريط فيديو لجمعيات أمراض الجينات الفئران من RGD, غالبا ما تستخدم بالطبع للتحقيق في الجمعيات المرض الجينات البشرية.

أدناه سوف تجد لائحة لبعض قواعد البيانات وموارد ممتازة للعثور على قوائم مماثلة:

قاعدة بيانات جمعية الجينات http://geneticassociationdb.nih.gov/

G2D http://g2d2.ogic.ca

OMIM http://www.omim.org

الأمراض المتشعب://diseases.jensenlab.org /

GeneCards http://genecards.org

DisGeNET http://ibi.imim.es/web/DisGeNET/

العديد من الموارد NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/find-gen-phen/

UCSC متصفح الجينوم المسارات للمرض والنمط الظاهري المتشعب://genome.ucsc.edu

وهناك العديد من الآخرين أنا متأكد, إذا كان لديك وجهة مفضلة ليس على هذه القائمة, يرجى التعليق.

مرجعية لRGD:
Laulederkind S.J.F., هايمان G.T., وانغ S.J., سميث J.R., لوري T.F., نيجام R., بتري V., J. بونس, Dwinell M.R. & Shimoyama M. & (2013). قاعدة بيانات الجينوم الجرذ 2013–البيانات, أدوات والمستخدمين, إحاطات في المعلوماتية الحيوية, 14 (4) 520-526. دوى:

تلميح فيديو للأسبوع: JANE, مقارنة phylogenies


غير قادر على عرض محتوى. مطلوب أدوبي فلاش.
عندما كنت اقوم دكتوراه. في الأيام القديمة من التسلسل سانجر الطريقة وقراءة في النتائج مع يد واحدة على لوحة المفاتيح وقراءة GATCs على قراءة (والذهاب إلى المختبر في شاقة الثلوج في كلا الاتجاهين), كان غرضي للالضرب من خلال كل ذلك في نهاية المطاف إلى الحصول على نسالة من متواليات من عناصر retrotransposable كنت أدرس. لماذا أريد أن نسالة? لأنني كنت مقارنة نسالة من retroelements إلى ذلك من الأنواع التي يقيمون فيها. كنا في محاولة لتحديد ما إذا كانت هذه retroelements مستقرة ضمن النسب الأصناف (فهي) أو كان هناك منحل نقل الأفقي تحدث. فعلنا هذه المقارنات, ولكن كان يمكن أن يكون من الجميل أن يكون "إعادة الإعمار cophylogeny’ برنامج :D. هناك كثير من الأحيان مقارنات مماثلة من phylogenies ضرورية. دراسات استضافة الطفيليات, التطور المشترك, الخ. جين هو مجموعة من البرامج (الحرة مع تسجيل) يستخدم نهج ارشادي, “تشغيل الخوارزمية الجينية مع وظيفة اللياقة البدنية الداخلية التي يتم تقييمها باستخدام خوارزمية البرمجة الديناميكية.” ويمكن في كثير من الأحيان تعطي الحل الأمثل لهذا cophylogeny كنت تدرس. وقد وضعت جين في المجموعة البحثية من ران ليبسكيند-هداس في كلية هارفي مود ويمكنك قراءة المزيد حول خوارزمية ونقترب هنا. لديهم أيضا البرنامج التعليمي واسعة مكتوبة. في هذه النصائح فإننا عادة ما تركز على واجهة ويب إلى أدوات, ولكن أحببت هذه الحزمة (وأنها حرة) ويريد اللعب مع حولها, ذلك اليوم سوف المشي لكم من خلال مقدمة سريعة جدا لتحميل وبدء العمل مع أداة. روابط سريعة: جين جين دروس CoPhylogeny إعادة الإعمار TreeMap (برامج أخرى إعادة الإعمار cophylogeny) تقليد (بعد آخر) كتاب الفصل على Cophylogeny وإعادة الإعمار Conow, C., فيلدر, د., عوفاديا, Y., & ليبسكيند-هداس, R. (2010). جين: أداة جديدة لمشكلة إعادة الإعمار cophylogeny خوارزميات لالبيولوجيا الجزيئية, 5 (1) دوى: 10.1186/1748-7188-5-16

تلميح فيديو للأسبوع: MetaPhlAn وغالاكسي

CPB طريق غالاكسي 2 من مشروع المجرة على فيميو.

لتحميل واستخدام أنواع البيانات و OpenHelix غالاكسي البرنامج التعليمي للحصول على دراية واجهة الاستخدام غالاكسي و.

يمكن أن يكون تحليل Metagenomics شاقة بعض الشيء في بعض الأحيان, ولكن هناك عدد لا بأس به من الأدوات هناك لمساعدة الباحث في تحليل. خريطة جينوم الميكروبية المتكاملة في JGI لديها بعض أدوات ممتازة مثل IMG / M و IMG HMP M. (OpenHelix البرنامج التعليمي) وهناك غيرها من الأدوات الممتازة التي أقترح عليك تحقق من. QIIME هو أداة ممتازة أيضا.

ولكن ما سبق ليس في حد ذاته تعليمي metagenomics, بل هو بعض سكرينكست قصيرة عن كيفية استخدام واجهة غالاكسي لتحميل البيانات وأنواع البيانات. لماذا? لأن مجموعة ممتازة من أدوات أخرى لاستخدامها لتحليل metagenomic هو MetaPhlAn من المختبر Huttenhower في جامعة هارفارد.

أدوات MetaPhlan يمكن تحميلها واستخدامها 'حاليا', ولكن لديهم أيضا ممتازة واجهة المجرة إلى الأدوات. إذا كنت تمشي نفسك من خلال دروس MetaPhlAn على موقعهم, بما في ذلك على غالاكسي وحدة واحدة, بعد تعريف نفسك مع غالاكسي أعلاه, التي ينبغي أن تساعدك على البدء في تحليل بعض metagenomics ممتازة.

للحصول على المظهر من هذه الأدوات وغيرها من وسير العمل, قد ترغب في تصفح من خلال هذه الشريحة الممتازة تعيين من [سورا ساها, باحث مشارك في جامعة كورنيل, عن العام الماضي.

روابط سريعة:

المجرة

نقولا Segata, ليفي والدرون, أناليزا Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, أوليفييه Jousson & كورتيس Huttenhower (2012). Metagenomic التنميط المجتمع الميكروبية باستخدام فريدة من نوعها الجينات علامة كليد محددة طبيعة أساليب (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

المشاركة في جبهة الخلاص الوطني “IDEAS LAB” (توليد جداول أعمال البحوث والمقترحات)

تحياتي!
الرابط القصير: IUSE IDEAS LAB: http://www.nsf.gov/pubs/2014/nsf14033/nsf14033.jsp

IUSE:
مديرية التعليم جبهة الخلاص الوطني لديه فرصة التمويل يسمى "تحسين الجامعية STEM التعليم " (IUSE).

وصف البرنامج IUSE [PD 14-7513] http://www.nsf.gov/funding/pgm_summ.jsp?pims_id=504976 الخطوط العريضة فرصة تمويل واسعة لدعم المشاريع التي تعالج التحديات والفرص التي تواجه العلوم الجامعية فوري, تكنولوجيا, هندسة, والرياضيات (STEM) تعليم,
Tس توليد جداول أعمال البحوث والمقترحات لهذا, جبهة الخلاص الوطني هو عقد…

أفكار مختبر:
مختبرات الأفكار هي الاجتماعات التي تجمع بين الباحثين, المربين وغيرهم في “كثيف, بيئة تفاعلية وخالية من التفكير, حيث تزج المشاركين أنفسهم في الحوار التعاوني من أجل بناء نهج جريئة ومبتكرة وتطوير المشاريع البحثية.” في أكثر الأحيان, هؤلاء “أفكار مختبرات” تنتج التعاون والمشاريع البحثية المقترحات الجديدة التي غالبا ما تذهب إلى ستمول. هو نمط أفكار مختبر بعد عملية مصنع الأفكار.
“لإجراء اتصالات جديدة, والتي هي في كثير من الأحيان عبر التأديبية, وأيضا إنشاء المشاريع البحثية الرواية إلى جانب استعراض الأقران في الوقت الحقيقي.”
هذا المختبر NSF أفكار عدة أغراض, ولكن الأكثر ذات الصلة لهذا المجتمع هو إيجاد طرق جديدة, ووضع مقترحات البحوث, للبث التفكير الحسابي, محو الأمية والكفاءة في المناهج الأساسية للتعليم الجامعي.
الأفراد تنطبق على مختبر أفكار, انها 2 اقتراح الصفحة ويرجع فبراير 4 (التالي الثلاثاء). يتم توفير التمويل للرحلة. هذه الأفكار مختبرات طرق ممتازة للالتقاء ومناقشة الجينوميات, البيولوجيا والتعليم, بناء علاقات تعاون جديدة ووضع مقترحات بحثية جديدة.
الرسالة ومزيد من المعلومات (قراءة الرابط):
خطاب الزميل العزيز حول موضوع ³ إعداد التطبيقات ل
المشاركة في المرحلة الأولى على أفكار مختبرات الجذعية الجامعية التعليم ² [جبهة الخلاص الوطني
14-033] وقد نشر على موقع على شبكة الإنترنت NSF.
إذا كان لديك أي أسئلة, يمكنك أن تسأل هنا أو عن طريق البريد الإلكتروني (wlathe AT openhelix.com ). أنا _not_ ضابط المشروع في جبهة الخلاص الوطني وليس لديهم كل الإجابات, ولكن يمكنني أن توجهك إلى الأماكن التي قد تجد اجابات.
الرجاء لا تتردد في نشر!

نصيحة الأسبوع: تهيئة الموافقة المسبقة عن الالكترونية


وقد تم الموافقة المستنيرة أساس من البحوث, وخاصة أبحاث الوراثة, في تلك العقود القليلة الماضية على الرغم من انها أخذ بعض الوقت لتصحيح أخطاء الماضي. ومع علم الجينوم وعلم الجينوم الشخصية أبحاث توليد كميات ضخمة من البيانات, يصبح الموافقة المسبقة على حد سواء معقدة أكثر أهمية وأكثر. المعهد الوطني للبحوث الجينوم البشري لديه جميلة مجموعة جيدة من المعلومات والأنظمة المحيطة الموافقة المسبقة عن بما في ذلك اللوائح, المبادئ التوجيهية, المبادئ التوجيهية NHGRI محددة وقابلة للتطبيق التشريعات الاتحادية. إذا كنت تفعل الوراثة البشرية وأبحاث الجينوم أنه سيكون لزاما عليك للتأكد من أنك تفهم المبادئ التوجيهية والقضايا. ومن شأن ورقة جيدة لقراءة لفهم تكون المادة, “خياطة عملية الموافقة المسبقة في مجال الأبحاث الوراثية والجينوم” في الجينوم استشهد الطب أدناه.

اعتمادا على المؤسسة ودعمكم, قد لا يكون من أي وقت مضى حتى كتابة أو إدارة الوثائق الموافقة المسبقة عن, ولكن في كثير من الأحيان يجب أن المؤسسات الصغيرة أو المشاريع. هكذا, دعونا نصل الى لب الموضوع اللوجستية لخلق الواقع مسح الموافقة المسبقة عن وثيقة.

تلميح اليوم من الأسبوع هو 4 دقيقة الجزء الأول من سلسلة من خمسة أجزاء من iDASH في جامعة كاليفورنيا سان دييغو على تهيئة الموافقة المستنيرة الإلكترونية باستخدام LimeSurvey ثم استخدام الرموز, مطلعة أداة إدارة الموافقة على iDASH. iDASH:

“هي واحدة من المراكز الوطنية للحوسبة الطبية الحيوية (الأهلي كابيتال) بموجب خريطة الطريق NIH للالمعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحسابي. أسس في 2010, واستضاف مركز iDASH في حرم جامعة كاليفورنيا, سان دييغو وعناوين التحديات الأساسية لتقدم البحوث وتمكن التعاون العالمي في أي مكان وزمان. القيادة المشاريع البيولوجية حث, إعلام, وأداة للتنمية في دعم iDASH. iDASH يتعاون مع NCBCs الأخرى ونشر الأدوات عن طريق حلقات العمل السنوية, عروض في المؤتمرات الرئيسية, والمنشورات العلمية.”

هناك العديد من الطرق لخلق المسح الالكتروني, ولكن هذه المجموعة من الدروس يجعلها على التوالي إلى الأمام باستخدام LimeSurvey والرموز. المقاطع القصيرة الأخرى هنا: جزء اثنان, ثلاثة, أربعة و خمسة.

… وبينما أنا وأنت في iDASH, أقترح عليك مشاهدة هذا الكلام ساعة من قبل فيليب بورن (في جامعة كاليفورنيا سان دييغو) بعنوان “في المستقبل, وسوف تكون قاعدة بيانات بيولوجية مختلفة حقا من مجلة البيولوجية.” أعطيت الحديث قبل أكثر من شهر وتحديثا لشيء الدكتور. وقال بورن في 2005. انها نتيجة طبيعية جيدة لماري (ملائمة وحقيقية) تعويذة المتكررة: “البيانات ليست في ورقات أي أكثر من ذلك.”

(لقد ذكر iDASH قبل ومحاضرة حول كرأيشن التكلفة التي كانت مثيرة للاهتمام)

وصلات سريعة:

iDASH: http://idash.ucsd.edu
الرموز: http://idash.ucsd.edu/electronic-informed-consent
دروس iDASH: http://www.scivee.tv/user/17631

مرجع:

تشارلز N روتيمي وباتريشيا A مارشال (2010). خياطة عملية الموافقة المسبقة في مجال الأبحاث الوراثية والجينوم الجينوم الطب, 2 (3) : doi:10.1186/gm141

VideoTip من الأسبوع: ترميز @ Ensembl

لدينا الكثير من الدروس (2 في الواقع, ترميز المؤسسات & ترميز @ UCSC), نصائح و معلومات حول ترميز. لدينا أيضا الكثير من الدروس (ثانية 2, Ensembl و Ensembl وراثي- على الإصدارات القديمة ), نصائح و معلومات حول Ensembl, قاعدة البيانات والمتصفح في بنك الإمارات الدولي.

الآن هنا هو غيض من الأسبوع على كلا Ensembl وترميز. هذا هو واحد من أكثر الإضافات الأخيرة إلى دروس الفيديو Ensembl لل. يبدو هذا الفيديو على كيفية تحديد متواليات التي يمكن أن تشارك في تنظيم الجينات. ويستند معظم هذه البيانات في Ensembl على ترميز البيانات. هذا يستخدم “مصفوفة,” طريقة لتحديد بيانات التنظيم بحاجة لكم يعتمد على أنواع الخلايا وللTF. في نهاية 8 فيديو دقيقة يناقشون أكثر قليلا حول كيفية الحصول على كل ترميز البيانات.

هكذا, الآن لديك ثروة من المعلومات هنا في OpenHelix من خلال الدروس لدينا وبلوق عن ترميز وEnsembl.

وصلات سريعة:

ترميز: http://encodeproject.org/ENCODE/
ترميز @ UCSC: http://genome.ucsc.edu/ENCODE/
Ensembl: http://www.ensembl.org
ترميز دروس: http://openhelix.com/encode
دروس Ensembl: http://openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

[التحديث]نصيحة الأسبوع: مرور في الاعتمادات, بعض يؤثر على البحوث

nsfclosed[لمواكبة التأثير على البحوث, هذا من هو جيد المادة من علوم وظائف, انظر أدناه لمزيد من الروابط والمعلومات]. اغفر لي وأنا خلق مرور في نصائح الأسبوعية لدينا وبدلا من ذلك تعطي واحدة 'الداخل’ عرض من الاغلاق (أو مرور في الاعتمادات في لغة رسمية). هذا ليس فهم قطعا كاملا لكيفية اغلاق الحكومة سوف يؤثر أنت كباحث, المربي أو الطالب, ولكن نأمل سوف تعطيك فكرة.

وكما يعلم كثير من القراء, أنا حاليا بصفة مؤقتة ترك من OpenHelix للعمل في مؤسسة العلوم الوطنية. على الرغم من على ترك, ما زلت أكتب نصائح (من بين أنشطة أخرى) لبلوق. جاء دوري اليوم. للأسف, أمس الحكومة إيقاف وعلى الرغم من أنه لم, أنها أخذت الكثير من اليوم للتحضير ل'اغلاق منظم.’ لقد أعطيت جزء كبير من اليوم لاغلاق العمليات. وكان ذلك الوقت مكثفة من رسائل البريد الإلكتروني, دعوات والاستعدادات. كان علينا أن ترك منصبه 1:30مساء. (لسوء الحظ بالنسبة لي ضبطت جهاز الكمبيوتر الخاص بي حتى في انها النسخة الخاصة من الاغلاق في اليوم السابق). حتى يتسنى لك, قرائنا, قد تحصل على فكرة عن تأثير للاغلاق على جبهة الخلاص الوطني والبحث بشكل عام, اسمحوا لي أن تتصل تجربتي وبعض من يؤثر سوف اغلاق لها على البحث وربما كنت.

عملي في جبهة الخلاص الوطني (وAAAS), بالنسبة للجزء الاكبر, يتطلب ضرورة العمل على برامج لتوسيع نطاق المشاركة في تعليم العلوم. من بين أنشطة أخرى, أنا تنظيم لقاءات عمل لاستكشاف البحوث في هذا الموضوع وتطوير وتشغيل مشروع الاشتباك العلم للشباب اللاجئين.

كجزء من الاغلاق, اغلاق NSF أبوابه. هذا هو الى حد كبير اغلاق كاملة لأسفل. وقيل جميع العاملين لديهم حتى NSF 1:30مساء لاستكمال “اغلاق منظم” جميع الأنشطة. بالنسبة لي شمل هذا البريد الإلكتروني عن حزب القانون والعدالة والمربين حضور اجتماع الأسبوع المقبل هنا في جبهة الخلاص الوطني حول التعليم علوم الحاسب الآلي لذوي الإعاقة وغيرهم أن أعمل مع في مشاريع أخرى. بواسطة القواعد الاتحادية, لا يجوز لأي موظف NSF, يسمح زميل أو غيرهم من الموظفين للوصول إلى البريد الإلكتروني, الرد على الاتصالات, تعمل على أي وجميع الأنشطة ذات الصلة NSF, السفر إلى مؤتمرات أو اجتماعات أو إجراء أي عمل خلاف ذلك. انتهاك هذه هي غرامة كبيرة.

ماذا يعني ذلك بالنسبة لأولئك الذين لديهم تمويل أو التعامل مع NSF? إذا كان لديك أي عمل فوري أو بحاجة إلى الاتصال الموظف NSF, من التأثير سوف يكون ضئيلا للغاية إذا اغلاق قصيرة. إذا كنت في حاجة إلى تقديم اقتراح منحة, التحدث إلى ضابط منحة أو لديك اجتماع جبهة الخلاص الوطني لحضور أو أي عمل آخر مع جبهة الخلاص الوطني في غضون الأيام القليلة المقبلة (أو طالما يستمر الاغلاق) أنت لن تكون قادرة على القيام بذلك. وقد توقفت جميع الأنشطة. إذا كان هناك اجتماع جبهة الخلاص الوطني التي تحدث أثناء إيقاف التشغيل, تم الغاؤها.

مثلا, لقد تم تخطيط وتنظيم لقاء هنا في جبهة الخلاص الوطني للمعلمين في علوم الكمبيوتر للأشخاص ذوي الإعاقة. واستتبع ذلك كل شيء بدءا من الحصول على غرف استقر لوضع جداول أعمال على المعلقين اختيار لشراء المترجمين ASL وترجمة الوثائق إلى لغة بريل. اذا استمر الاغلاق الى الاسبوع المقبل, سيتم إلغاء هذا الاجتماع وسوف تكون جميع الحاضرين قادر على المجيء. هكذا, في حالتي, إذا استمر الاغلاق في الاسبوع المقبل, هذا من شأنه حتى يتم إلغاء, الباحثين والمربين (حول 20) وسوف يحضر لديك لإلغاء رحلاتهم والخطط وسوف تكون جميع الترتيبات لشيء. ومن الواضح أن هذا سوف يكون لها بعض التكاليف من الرحلات وخطط خسر, لكن ذلك يعني أيضا أن مئات من ساعات رجل الأعمال السابقة سوف يضيع.

إذا كان لديك جائزة الحالي, ينبغي أن يكون هناك تأثير يذكر على المدى القصير, ولكن لن يتم استدراج العروض الجديد, لن يسمح المنح التي ستقدم, الخ. كما يقول موقع الآن:

عدم وجود فرص تمويل جديدة (وصف البرنامج, إعلانات أو استدراج العروض) وستصدرسوف فاست لين إعداد وتقديم اقتراح يكون غير متوفر.Grants.gov قد تكون قائمة وعاملة, ومع ذلك, منذ فاست لين لن يكون التشغيل, التنزيلات اقتراح من Grants.govلن تأخذ مكان. لذلك لن يتم فحص المقترحات للالتزام بمتطلبات إعداد اقتراح NSF أو معالجتها حتى يتم السماح استئناف العمليات العادية في.”

و المعاهد الوطنية للصحة كما سوف الاغلاق على الرغم من أن التأثير سيكون مختلفا نوعا ما. منذ المعاهد الوطنية للصحة هي مؤسسة بحثية وبالإضافة إلى ذلك لتكون واحدة منح (جبهة الخلاص الوطني هو مؤسسة منح), وسوف جميع البحوث في المعاهد الوطنية للصحة تتوقف. سوف تشعر الجامعات المدى القصير القليل تؤثر باعتبارها واحدة من دورات منح ثلاثة أكملت للتو. وقال ان, 5 أكتوبر هو الجولة القادمة من المواعيد النهائية واذا استمر اغلاق الماضية ذلك التاريخ, لن يتم قبول أي طلبات المنح. وهناك اغلاق قصيرة إلا إلى تأخير معالجة هذه المنح لمدة تصل الى شهر, ويعد هذا التأخير تأخير أكثر أضعافا مضاعفة وسوف تصبح العملية بسبب تراكم الأعمال.

وهناك آثار أخرى على الاغلاق على الباحثين أيضا. تأشيرة الرعايات أو لن يتم إصدار طلبات من العلماء الزائرين خلال إغلاق وسيتم تأجيل بعض الأنشطة أو التوقف. مثال آخر من عملي الخاص هو البرنامج الاشتباك العلوم أركض للشباب اللاجئين. وإن لم يكن تمويلها من خلال NSF, هو شيء أقوم به في إطار زمالة بلدي، وبالتالي لا يحق لي للعمل على ذلك. هذا يعني أنه سيتم توقف البرنامج حتى إشعار آخر وسوف يقوم الطلاب لن تكون قادرة على المشاركة في الأنشطة التي قد تم متحمس جدا للقيام.

هكذا, دعونا نكرر الأعلى 10 الآثار على البحوث اغلاق سيكون لها:

10. جبهة الخلاص الوطني, سوف المعاهد الوطنية للصحة ومواقع وكالة أخرى وتكون المعلومات غير متاحة أو المتضررة. لن يتم تحديث العديد من قواعد البيانات مثل مجلات أو الاحتفاظ بها.
9. لا يمكن معالجتها على تأشيرات لزيارة العلماء إلى الولايات المتحدة أو يتعاون العلماء في الخارج.
8. قد تباطأ دفعات من القروض الطلابية ورواتب أو تتأثر إلا في الأجل الطويل.
7. المعاهد الوطنية للصحة, سوف NSF والاجتماعات والوكالات الأخرى المستضافة مناقشات تتوقف.
6. لن يتم قبول المنح مقترحات جديدة, معالجتها أو مراجعتها.
5. المقاولين والشركات التي تعتمد على NSF, سوف المعاهد الوطنية للصحة والمؤسسات البحثية ومنح أخرى لا يتلقون أي عمل وسيتم تأجيل المدفوعات.
4. الحكومة الباحثين العاملين, منح الضباط والموظفين (في المعاهد الوطنية للصحة وجبهة الخلاص الوطني بين الوكالات الأخرى) لن يتم دفع.
3. الحكومة الباحثين العاملين, لن يسمح ضباط المنح وموظفين للعمل أو المساهمة في أي وجميع الاجتماعات, الأنشطة أو الاتصالات ذات الصلة بالعمل.
2. البحوث في المعاهد الوطنية للصحة (وبعض الوكالات الأخرى مثل طاقة ARPA-E) سوف تتوقف.

ورقم واحد يؤثر (على الأقل في عامل الحزن)
1. الأطفال مع سرطان سيتم الابتعاد في المعاهد الوطنية للصحة.

هل تعرف من تأثير غاب هنا? كيف!

و المادة من ثينكبروجريس حول بعض الآثار الأخرى على العلوم والبحوث بما في ذلك وكالات أخرى مثل NOAA, الخ.

A مناقشة رديت طويلة من العلماء (مع بعض المؤشرات الجيدة وقصص ليست بهذه جيدة) حول الآثار.

لا تقلق, سوف مضي في تلميح الفيديو لا تكون دام الاغلاق. لدي الكثير من الوقت اليوم :D , لذلك سيتم القيام بأحد في وقت لاحق.

نصيحة الأسبوع: 3D بروتين النمذجة هيكل


تلميح اليوم من الأسبوع ستكون مختلفة قليلا عن ما نقوم به عادة. ونحن عادة تسليط الضوء على قاعدة بيانات الجينوم أو بيولوجية في الطرف, ولكن اليوم أود أن أشير لك بعض الدروس على أساسيات المعلوماتية الحيوية من “المعلوماتية الحيوية من صنع-بسيطة.” هذه السلسلة على التنبؤ 3D البروتين هو لائق جدا وعبارة عن مزيج من أشرطة الفيديو والدروس النص. وسوف تعطيك بروتين 3D فهم التنبؤ بنية الأساسية. كنت تفعل ذلك مرة واحدة, سوف تحدد لك وعلى استعداد لبدء استخدام أدوات التنبؤ البرمجيات لا تعد ولا تحصى و 3قواعد البيانات بنية البروتين D.

البرنامج التعليمي أعلاه هو شريط فيديو من الجزء الأول وهذا هو الأساسية جدا: “ما هو بنية البروتين.” معظم القراء ربما ينبغي أن نعلم بالفعل أن ;-), ولكن في وقت لاحق أجزاء من سلسلة تبدأ الدخول في مزيد من التفاصيل حول 3D التنبؤ بنية البروتين. الجزء الثاني هو مناقشة وجيزة من أغراض وأساليب التنبؤ (مع شريط فيديو من المصطلحات الشائعة المستخدمة), الجزء الثالث, الجزء الرابع والجزء الخامس (قادمة) ثم ندخل في المزيد من التفاصيل حول البرنامج والخوارزميات. كثير من لديهم قراءات إضافية. فمن جميلة الأساسية, ولكن على الأقل الحصول على انك بدأته.

ذات صلة:

OpenHelix PDB دروس
OpenHelix SBKB دروس